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Klebsiella pneumoniae and comparison with a related Streptococcus pneumoniae complex. ; _citation.year 2016 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1107/S2059798316001212 _citation.pdbx_database_id_PubMed 27050128 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Veselkov, D.A.' 1 ? primary 'Laponogov, I.' 2 ? primary 'Pan, X.S.' 3 ? primary 'Selvarajah, J.' 4 ? primary 'Skamrova, G.B.' 5 ? primary 'Branstrom, A.' 6 ? primary 'Narasimhan, J.' 7 ? primary 'Prasad, J.V.' 8 ? primary 'Fisher, L.M.' 9 ? primary 'Sanderson, M.R.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A' 83915.148 4 5.99.1.3,5.99.1.3 ? ? ? 2 polymer syn 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'expression tag' 1496 44 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 software_defined_assembly PISA hexameric 6 2 software_defined_assembly PISA hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 13950 ? 1 MORE -102 ? 1 'SSA (A^2)' 60330 ? 2 'ABSA (A^2)' 13650 ? 2 MORE -105 ? 2 'SSA (A^2)' 60820 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,G,H,I,M,N,O,R,S,T 2 1 D,E,F,J,K,L,P,Q,U,V,W,X # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 32 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? C DC 4 O2 ? ? ? 1_555 I DG 1 N2 ? ? F DC 4 I DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? H DC 1 N3 ? ? ? 1_555 I DG 12 N1 ? ? H DC 8 I DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? H DC 1 N4 ? ? ? 1_555 I DG 12 O6 ? ? H DC 8 I DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? H DC 1 O2 ? ? ? 1_555 I DG 12 N2 ? ? H DC 8 I DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? H DG 2 N1 ? ? ? 1_555 I DC 11 N3 ? ? H DG 9 I DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? H DG 2 N2 ? ? ? 1_555 I DC 11 O2 ? ? H DG 9 I DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? H DG 2 O6 ? ? ? 1_555 I DC 11 N4 ? ? H DG 9 I DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? H DT 3 N3 ? ? ? 1_555 I DA 10 N1 ? ? H DT 10 I DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? H DT 3 O4 ? ? ? 1_555 I DA 10 N6 ? ? H DT 10 I DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OD2 ? 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A SIX RESIDUE HIS TAG IS IN THE C-TERMINUS. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 389 ? A MET 1 2 1 Y 1 A LYS 390 ? A LYS 2 3 1 Y 1 A LYS 391 ? A LYS 3 4 1 Y 1 A LEU 392 ? A LEU 4 5 1 Y 1 A THR 393 ? A THR 5 6 1 Y 1 A SER 394 ? A SER 6 7 1 Y 1 A GLY 395 ? A GLY 7 8 1 Y 1 A PRO 396 ? A PRO 8 9 1 Y 1 A ALA 397 ? A ALA 9 10 1 Y 1 A LEU 398 ? A LEU 10 11 1 Y 1 A PRO 399 ? 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N 402 LYS CG HG3 sing N N 403 LYS CD CE sing N N 404 LYS CD HD2 sing N N 405 LYS CD HD3 sing N N 406 LYS CE NZ sing N N 407 LYS CE HE2 sing N N 408 LYS CE HE3 sing N N 409 LYS NZ HZ1 sing N N 410 LYS NZ HZ2 sing N N 411 LYS NZ HZ3 sing N N 412 LYS OXT HXT sing N N 413 MET N CA sing N N 414 MET N H sing N N 415 MET N H2 sing N N 416 MET CA C sing N N 417 MET CA CB sing N N 418 MET CA HA sing N N 419 MET C O doub N N 420 MET C OXT sing N N 421 MET CB CG sing N N 422 MET CB HB2 sing N N 423 MET CB HB3 sing N N 424 MET CG SD sing N N 425 MET CG HG2 sing N N 426 MET CG HG3 sing N N 427 MET SD CE sing N N 428 MET CE HE1 sing N N 429 MET CE HE2 sing N N 430 MET CE HE3 sing N N 431 MET OXT HXT sing N N 432 PHE N CA sing N N 433 PHE N H sing N N 434 PHE N H2 sing N N 435 PHE CA C sing N N 436 PHE CA CB sing N N 437 PHE CA HA sing N N 438 PHE C O doub N N 439 PHE C OXT sing N N 440 PHE CB CG sing N N 441 PHE CB HB2 sing N N 442 PHE CB HB3 sing N N 443 PHE CG CD1 doub Y N 444 PHE CG CD2 sing Y N 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