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'X-RAY DIFFRACTION' 8.9932 49.4591 . . 142 6690 96.00 . . . 0.1752 . 0.1650 . . . . . . . . . . # _struct.entry_id 6AEB _struct.title 'Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (AAG PAM)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6AEB _struct_keywords.text 'enzyme, DNA BINDING PROTEIN-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? 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AC3 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LYS D 954 ? LEU D 958 ? LYS B 954 LEU B 958 AA1 2 ASN D 758 ? MET D 763 ? ASN B 758 MET B 763 AA1 3 TYR D 5 ? ILE D 11 ? TYR B 5 ILE B 11 AA1 4 SER D 15 ? THR D 22 ? SER B 15 THR B 22 AA1 5 ILE D 48 ? LEU D 52 ? ILE B 48 LEU B 52 AA1 6 ASN D 1093 ? LYS D 1096 ? ASN B 1093 LYS B 1096 AA2 1 SER D 29 ? LYS D 33 ? SER B 29 LYS B 33 AA2 2 SER D 42 ? ASN D 46 ? SER B 42 ASN B 46 AA3 1 PHE D 498 ? ASP D 499 ? PHE B 498 ASP B 499 AA3 2 LEU D 502 ? LYS D 506 ? LEU B 502 LYS B 506 AA4 1 ALA D 538 ? PHE D 539 ? ALA B 538 PHE B 539 AA4 2 LYS D 528 ? VAL D 530 ? LYS B 528 VAL B 530 AA4 3 GLU D 579 ? SER D 581 ? GLU B 579 SER B 581 AA5 1 ASP D 837 ? ALA D 840 ? ASP B 837 ALA B 840 AA5 2 LYS D 855 ? THR D 858 ? LYS B 855 THR B 858 AA6 1 LYS D 942 ? TYR D 943 ? LYS B 942 TYR B 943 AA6 2 LEU D 949 ? ILE D 950 ? LEU B 949 ILE B 950 AA7 1 GLU D 1049 ? LEU D 1052 ? GLU B 1049 LEU B 1052 AA7 2 GLU D 1056 ? LYS D 1059 ? GLU B 1056 LYS B 1059 AA8 1 ILE D 1063 ? THR D 1065 ? ILE B 1063 THR B 1065 AA8 2 ILE D 1072 ? ASP D 1075 ? ILE B 1072 ASP B 1075 AA9 1 ILE D 1120 ? ALA D 1121 ? ILE B 1120 ALA B 1121 AA9 2 GLY D 1133 ? PHE D 1134 ? GLY B 1133 PHE B 1134 AB1 1 LYS D 1156 ? THR D 1167 ? LYS B 1156 THR B 1167 AB1 2 VAL D 1139 ? LYS D 1151 ? VAL B 1139 LYS B 1151 AB1 3 ILE D 1196 ? LEU D 1198 ? ILE B 1196 LEU B 1198 AB2 1 VAL D 1219 ? LYS D 1222 ? VAL B 1219 LYS B 1222 AB2 2 LYS D 1211 ? SER D 1216 ? LYS B 1211 SER B 1216 AB2 3 LEU D 1203 ? GLU D 1205 ? LEU B 1203 GLU B 1205 AB2 4 THR D 1346 ? GLN D 1350 ? THR B 1346 GLN B 1350 AB2 5 GLU D 1357 ? ASP D 1361 ? GLU B 1357 ASP B 1361 AB3 1 PHE D 1324 ? LYS D 1325 ? PHE B 1324 LYS B 1325 AB3 2 THR D 1330 ? ILE D 1331 ? THR B 1330 ILE B 1331 AB4 1 LYS H 954 ? THR H 957 ? LYS F 954 THR F 957 AB4 2 ASN H 758 ? MET H 763 ? ASN F 758 MET F 763 AB4 3 TYR H 5 ? ILE H 11 ? TYR F 5 ILE F 11 AB4 4 VAL H 16 ? THR H 22 ? VAL F 16 THR F 22 AB4 5 ILE H 48 ? LEU H 52 ? ILE F 48 LEU F 52 AB4 6 ASN H 1093 ? LYS H 1096 ? ASN F 1093 LYS F 1096 AB5 1 SER H 42 ? ASN H 46 ? SER F 42 ASN F 46 AB5 2 SER H 29 ? GLY H 36 ? SER F 29 GLY F 36 AB5 3 GLU H 1357 ? ASP H 1361 ? GLU F 1357 ASP F 1361 AB5 4 THR H 1346 ? GLN H 1350 ? THR F 1346 GLN F 1350 AB5 5 LEU H 1203 ? GLU H 1205 ? LEU F 1203 GLU F 1205 AB5 6 LYS H 1211 ? LEU H 1214 ? LYS F 1211 LEU F 1214 AB5 7 LEU H 1220 ? LYS H 1222 ? LEU F 1220 LYS F 1222 AB6 1 PHE H 498 ? ASP H 499 ? PHE F 498 ASP F 499 AB6 2 LEU H 502 ? LYS H 506 ? LEU F 502 LYS F 506 AB7 1 ALA H 538 ? PHE H 539 ? ALA F 538 PHE F 539 AB7 2 LYS H 528 ? VAL H 530 ? LYS F 528 VAL F 530 AB7 3 GLU H 579 ? SER H 581 ? GLU F 579 SER F 581 AB8 1 ASP H 837 ? ALA H 840 ? ASP F 837 ALA F 840 AB8 2 LYS H 855 ? THR H 858 ? LYS F 855 THR F 858 AB9 1 GLU H 1049 ? LEU H 1052 ? GLU F 1049 LEU F 1052 AB9 2 GLU H 1056 ? LYS H 1059 ? GLU F 1056 LYS F 1059 AC1 1 ILE H 1063 ? THR H 1065 ? ILE F 1063 THR F 1065 AC1 2 ILE H 1072 ? ASP H 1075 ? ILE F 1072 ASP F 1075 AC2 1 LYS H 1156 ? THR H 1167 ? LYS F 1156 THR F 1167 AC2 2 VAL H 1139 ? LYS H 1151 ? VAL F 1139 LYS F 1151 AC2 3 ILE H 1196 ? LEU H 1198 ? ILE F 1196 LEU F 1198 AC3 1 PHE H 1324 ? LYS H 1325 ? PHE F 1324 LYS F 1325 AC3 2 THR H 1330 ? ILE H 1331 ? THR F 1330 ILE F 1331 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O LEU D 958 ? O LEU B 958 N ILE D 761 ? N ILE B 761 AA1 2 3 O GLU D 762 ? O GLU B 762 N ILE D 11 ? N ILE B 11 AA1 3 4 N SER D 6 ? N SER B 6 O ILE D 21 ? O ILE B 21 AA1 4 5 N TRP D 18 ? N TRP B 18 O GLY D 49 ? O GLY B 49 AA1 5 6 N LEU D 52 ? N LEU B 52 O VAL D 1095 ? O VAL B 1095 AA2 1 2 N LYS D 30 ? N LYS B 30 O LYS D 45 ? O LYS B 45 AA3 1 2 N ASP D 499 ? N ASP B 499 O GLU D 505 ? O GLU B 505 AA4 1 2 O ALA D 538 ? O ALA B 538 N TYR D 529 ? N TYR B 529 AA4 2 3 N LYS D 528 ? N LYS B 528 O SER D 581 ? O SER B 581 AA5 1 2 N ASP D 837 ? N ASP B 837 O THR D 858 ? O THR B 858 AA6 1 2 N LYS D 942 ? N LYS B 942 O ILE D 950 ? O ILE B 950 AA7 1 2 N ILE D 1050 ? N ILE B 1050 O ARG D 1058 ? O ARG B 1058 AA8 1 2 N GLU D 1064 ? N GLU B 1064 O VAL D 1073 ? O VAL B 1073 AA9 1 2 N ILE D 1120 ? N ILE B 1120 O PHE D 1134 ? O PHE B 1134 AB1 1 2 O LYS D 1156 ? O LYS B 1156 N LYS D 1151 ? N LYS B 1151 AB1 2 3 N SER D 1142 ? N SER B 1142 O LEU D 1198 ? O LEU B 1198 AB2 1 2 O GLN D 1221 ? O GLN B 1221 N MET D 1213 ? N MET B 1213 AB2 2 3 O ARG D 1212 ? O ARG B 1212 N PHE D 1204 ? N PHE B 1204 AB2 3 4 N LEU D 1203 ? N LEU B 1203 O ILE D 1348 ? O ILE B 1348 AB2 4 5 N LEU D 1347 ? N LEU B 1347 O ILE D 1360 ? O ILE B 1360 AB3 1 2 N PHE D 1324 ? N PHE B 1324 O ILE D 1331 ? O ILE B 1331 AB4 1 2 O ILE H 956 ? O ILE F 956 N ILE H 759 ? N ILE F 759 AB4 2 3 O GLU H 762 ? O GLU F 762 N ILE H 11 ? N ILE F 11 AB4 3 4 N ALA H 10 ? N ALA F 10 O GLY H 17 ? O GLY F 17 AB4 4 5 N TRP H 18 ? N TRP F 18 O GLY H 49 ? O GLY F 49 AB4 5 6 N LEU H 52 ? N LEU F 52 O VAL H 1095 ? O VAL F 1095 AB5 1 2 O ILE H 43 ? O ILE F 43 N PHE H 32 ? N PHE F 32 AB5 2 3 N LEU H 35 ? N LEU F 35 O ARG H 1359 ? O ARG F 1359 AB5 3 4 O THR H 1358 ? O THR F 1358 N HIS H 1349 ? N HIS F 1349 AB5 4 5 O ILE H 1348 ? O ILE F 1348 N LEU H 1203 ? N LEU F 1203 AB5 5 6 N PHE H 1204 ? N PHE F 1204 O ARG H 1212 ? O ARG F 1212 AB5 6 7 N MET H 1213 ? N MET F 1213 O GLN H 1221 ? O GLN F 1221 AB6 1 2 N ASP H 499 ? N ASP F 499 O GLU H 505 ? O GLU F 505 AB7 1 2 O ALA H 538 ? O ALA F 538 N TYR H 529 ? N TYR F 529 AB7 2 3 N LYS H 528 ? N LYS F 528 O SER H 581 ? O SER F 581 AB8 1 2 N ASP H 837 ? N ASP F 837 O THR H 858 ? O THR F 858 AB9 1 2 N ILE H 1050 ? N ILE F 1050 O ARG H 1058 ? O ARG F 1058 AC1 1 2 N GLU H 1064 ? N GLU F 1064 O TRP H 1074 ? O TRP F 1074 AC2 1 2 O GLU H 1162 ? O GLU F 1162 N VAL H 1145 ? N VAL F 1145 AC2 2 3 N SER H 1142 ? N SER F 1142 O LEU H 1198 ? O LEU F 1198 AC3 1 2 N PHE H 1324 ? N PHE F 1324 O ILE H 1331 ? 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"C1'" N9 sing N N 252 DG "C1'" "H1'" sing N N 253 DG N9 C8 sing Y N 254 DG N9 C4 sing Y N 255 DG C8 N7 doub Y N 256 DG C8 H8 sing N N 257 DG N7 C5 sing Y N 258 DG C5 C6 sing N N 259 DG C5 C4 doub Y N 260 DG C6 O6 doub N N 261 DG C6 N1 sing N N 262 DG N1 C2 sing N N 263 DG N1 H1 sing N N 264 DG C2 N2 sing N N 265 DG C2 N3 doub N N 266 DG N2 H21 sing N N 267 DG N2 H22 sing N N 268 DG N3 C4 sing N N 269 DT OP3 P sing N N 270 DT OP3 HOP3 sing N N 271 DT P OP1 doub N N 272 DT P OP2 sing N N 273 DT P "O5'" sing N N 274 DT OP2 HOP2 sing N N 275 DT "O5'" "C5'" sing N N 276 DT "C5'" "C4'" sing N N 277 DT "C5'" "H5'" sing N N 278 DT "C5'" "H5''" sing N N 279 DT "C4'" "O4'" sing N N 280 DT "C4'" "C3'" sing N N 281 DT "C4'" "H4'" sing N N 282 DT "O4'" "C1'" sing N N 283 DT "C3'" "O3'" sing N N 284 DT "C3'" "C2'" sing N N 285 DT "C3'" "H3'" sing N N 286 DT "O3'" "HO3'" sing N N 287 DT "C2'" "C1'" sing N N 288 DT "C2'" "H2'" sing N N 289 DT "C2'" "H2''" sing N N 290 DT "C1'" N1 sing N N 291 DT "C1'" 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_ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 6 1_555 B DT 25 1_555 0.750 -0.137 0.284 10.014 -5.564 -20.556 1 A_A4:DT25_C A 4 ? 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