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_refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.272 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.172 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 23.164 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id 1 _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand ? _refine_hist.number_atoms_solvent ? _refine_hist.number_atoms_total 56580 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.008 0.019 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.000 _refine_ls_shell.d_res_low 3.078 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 68685 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.859 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 6BCX _struct.title 'mTORC1 structure refined to 3.0 angstroms' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6BCX _struct_keywords.text 'PIKK, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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refined 187.5108 98.7556 66.0723 0.4286 0.5178 0.2298 0.1283 -0.1333 -0.1793 3.7193 9.6461 4.0902 3.2667 0.0534 -4.1224 0.3270 -0.0388 0.1433 -0.0927 -0.2571 0.2583 0.5408 -0.4564 -0.0699 'ELECTRON MICROSCOPY' 8 ? refined 148.5531 80.3111 54.2979 0.7307 0.5980 0.7744 0.1270 0.1025 0.0839 4.3198 6.4448 2.8347 -3.7853 1.9246 0.7175 -0.1185 0.2045 0.1357 0.0811 0.1942 -0.6259 0.0916 0.3592 -0.0757 'ELECTRON MICROSCOPY' 9 ? refined 117.1831 96.8319 42.5227 0.3351 0.0389 0.2516 0.0919 0.0308 -0.0372 7.4541 2.9982 3.1628 -1.6616 2.4848 -1.0016 -0.0076 0.1361 -0.1645 -0.1534 -0.1036 0.1704 0.1775 -0.0175 0.1112 'ELECTRON MICROSCOPY' 10 ? refined 165.1988 63.2872 50.2806 0.6915 0.5655 0.5485 0.0867 0.0644 0.0287 5.7970 2.9626 3.5391 -2.4212 1.4490 -0.6579 0.2741 1.1361 -0.2754 -0.5363 0.0151 -0.0770 0.1706 0.3894 -0.2892 'ELECTRON MICROSCOPY' 11 ? refined 165.3890 64.2815 92.7885 0.1241 0.2183 0.0518 0.1233 -0.0440 -0.0206 1.6557 3.6698 3.0309 -0.0636 0.0514 0.6237 0.0520 -0.2393 0.0005 0.0994 0.0111 0.0712 0.1921 -0.0186 -0.0632 'ELECTRON MICROSCOPY' 12 ? refined 205.5969 64.2712 75.9074 0.9081 0.8187 0.8220 0.1457 -0.0194 -0.1437 7.2954 6.4329 2.2085 4.7075 0.2250 -1.1479 0.0702 -0.0527 -1.2593 -0.7643 -0.2591 -1.0646 0.6414 0.2134 0.1889 'ELECTRON MICROSCOPY' 13 ? refined 201.2929 86.2354 76.9430 0.6856 0.2879 0.4338 0.1200 -0.0040 0.0051 4.6316 3.0342 6.6817 -0.7566 -0.0837 -0.7737 -0.0449 -0.0137 0.0456 -0.4168 0.1291 0.0942 0.1632 0.2818 -0.0842 'ELECTRON MICROSCOPY' 14 ? refined 178.1075 90.4432 113.7738 0.3493 0.3194 0.3379 0.1271 0.0902 0.0754 7.7329 1.2309 2.1786 -0.8699 0.2009 0.5866 -0.1933 -0.6320 0.1603 0.0190 0.0226 -0.1333 0.1476 0.2742 0.1707 'ELECTRON MICROSCOPY' 15 ? refined 142.9294 88.1781 93.1771 0.2856 0.3968 0.1439 0.1860 -0.1255 -0.0746 8.3004 6.3631 6.4974 0.5257 0.8568 1.6035 0.0295 0.5402 0.3842 -0.5538 -0.3087 0.3916 -0.1589 -0.5496 0.2792 'ELECTRON MICROSCOPY' 16 ? refined 124.1824 71.4762 108.0996 1.3898 1.3918 1.1613 -0.2424 0.2580 0.1387 6.0483 6.1048 5.0338 1.3460 -2.2236 -4.1115 -0.3635 -1.6272 -1.1832 0.9640 0.1213 0.7088 0.9128 -0.4888 0.2422 'ELECTRON MICROSCOPY' 17 ? refined 162.8291 29.2775 109.7475 0.6174 0.8142 0.3609 0.0631 -0.0604 -0.2258 4.7701 6.9748 5.5805 0.3143 -0.3798 -1.8427 0.0618 -0.4958 -0.4012 0.4935 -0.0314 -0.1692 0.6556 0.0906 -0.0304 'ELECTRON MICROSCOPY' 18 ? refined 109.9864 71.7566 69.3231 0.2788 0.1823 0.0370 0.1359 0.0225 -0.0341 2.6470 5.9145 3.4389 -1.7182 -0.7664 -0.7332 -0.0389 -0.0039 -0.1679 -0.1739 -0.0665 -0.0293 0.2523 0.0091 0.1054 'ELECTRON MICROSCOPY' 19 ? refined 105.8182 96.1752 73.3644 0.2383 0.1777 0.0748 0.1050 -0.0005 0.0118 6.9344 7.7728 6.5132 0.8435 0.2464 0.1695 -0.0734 -0.3380 0.2632 0.4392 0.0766 -0.6164 -0.5689 0.4936 -0.0033 'ELECTRON MICROSCOPY' 20 ? refined 81.9536 95.9397 73.7187 0.4903 0.2174 0.0433 0.0325 -0.0397 -0.0838 10.3961 4.1552 1.6418 1.7420 -3.2966 -1.5317 0.1059 0.1821 -0.3105 -0.0467 -0.1847 0.0870 0.3561 -0.0950 0.0788 'ELECTRON MICROSCOPY' 21 ? refined 57.3339 94.1687 81.0044 0.5713 0.1147 0.2324 0.2016 -0.0703 -0.0588 11.3815 3.4978 4.3663 -0.7183 0.6528 -0.3724 -0.0527 -0.3053 -0.2906 0.0994 0.1409 0.1845 0.1207 -0.2935 -0.0882 'ELECTRON MICROSCOPY' 22 ? refined 37.9021 85.9641 71.9490 1.3195 0.6692 0.8611 0.1447 -0.2010 0.0253 4.0632 7.2950 8.7268 1.0951 0.4220 -2.0846 0.0768 -0.2611 -1.4424 -0.2515 -0.0260 0.5247 1.4607 -0.9406 -0.0508 'ELECTRON MICROSCOPY' 23 ? refined 35.7872 118.2345 52.5191 1.6843 1.0459 0.5708 0.3300 0.0758 0.2735 5.8935 5.5826 4.7820 -1.0104 0.7936 -0.1535 -0.0518 1.0240 1.0253 -0.4540 0.0252 0.0722 -0.5913 -0.3445 0.0266 'ELECTRON MICROSCOPY' 24 ? refined 120.2943 131.7411 24.8442 1.6294 1.5650 1.5983 -0.0010 -0.0660 0.0141 0.3220 0.0086 2.9651 0.0252 -0.9558 -0.0801 0.1331 -0.0294 -0.0099 -0.0287 0.0738 -0.0418 -0.6285 -0.2336 -0.2069 'ELECTRON MICROSCOPY' 25 ? refined 118.8462 151.5206 25.8308 1.5319 1.5618 1.5618 -0.0214 -0.0082 -0.0584 0.7080 0.2077 3.0463 0.1366 0.1392 -0.7044 0.1799 -0.3546 -0.3045 -0.0029 0.0402 0.0008 0.0467 -0.2139 -0.2201 'ELECTRON MICROSCOPY' 26 ? refined 104.0109 166.3719 24.3655 2.6208 2.5446 2.2645 -0.0424 -0.0406 0.0056 0.0917 0.1332 0.0459 0.1029 -0.0627 -0.0773 -0.0406 -0.1646 -0.2037 0.0250 -0.0654 -0.1314 0.0101 0.0386 0.1060 'ELECTRON MICROSCOPY' 27 ? refined 82.3260 159.0078 26.1582 2.4440 2.0425 2.1267 -0.0969 0.0552 -0.0019 0.0203 0.0005 0.0118 0.0018 0.0021 -0.0004 -0.0254 -0.0499 0.1993 0.0098 0.0193 0.0254 -0.1676 0.0281 0.0061 'ELECTRON MICROSCOPY' 28 ? refined 79.0367 130.8097 37.2767 1.1596 1.2958 0.7798 0.1755 0.2040 0.0867 8.4186 6.6290 3.2362 -2.9588 1.5556 -0.5237 -0.0230 0.2440 0.9509 -0.2078 -0.2909 0.5573 -0.7087 -0.6456 0.3139 'ELECTRON MICROSCOPY' 29 ? refined 103.9909 114.7148 55.3741 0.2550 0.1052 0.1230 0.1283 0.0620 -0.0119 5.7366 2.6434 4.8671 0.0642 1.7783 -0.4522 0.2185 -0.2253 0.3594 -0.1499 -0.0485 0.1395 -0.3657 -0.4527 -0.1700 'ELECTRON MICROSCOPY' 30 ? refined 123.5882 135.4405 65.9847 0.4156 0.5222 0.2267 0.1338 0.1331 0.1854 3.5397 9.7788 3.9911 3.2333 -0.0023 4.1301 0.2718 -0.0157 -0.1032 -0.0741 -0.2278 -0.2448 -0.5123 0.4225 -0.0441 'ELECTRON MICROSCOPY' 31 ? refined 162.5911 153.7818 54.3050 0.7486 0.5855 0.7799 0.1308 -0.1059 -0.0720 4.5083 6.4483 2.9864 -4.0557 -1.9980 -0.5373 -0.1158 0.2093 -0.1612 -0.0033 0.1619 0.6084 -0.0569 -0.3736 -0.0460 'ELECTRON MICROSCOPY' 32 ? 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refined 133.1024 143.6874 113.7775 0.3546 0.3164 0.3291 0.1328 -0.0697 -0.0608 7.8193 1.1961 2.1808 -0.8687 -0.1872 -0.5936 -0.1943 -0.6333 -0.1486 0.0218 0.0275 0.1327 -0.1388 -0.2684 0.1669 'ELECTRON MICROSCOPY' 38 ? refined 168.2674 145.9517 93.1582 0.2804 0.3964 0.1462 0.1891 0.1415 0.0865 8.2931 6.6428 6.4841 0.4846 -0.8581 -1.6640 0.0064 0.5456 -0.3886 -0.5624 -0.2959 -0.4092 0.1654 0.5451 0.2895 'ELECTRON MICROSCOPY' 39 ? refined 187.0195 162.6548 108.0666 1.4459 1.4398 1.1602 -0.3051 -0.2451 -0.1276 5.7383 6.2291 4.6929 1.3434 2.5142 4.1357 -0.3932 -1.5963 1.1785 0.9248 0.1794 -0.7362 -0.8218 0.4687 0.2138 'ELECTRON MICROSCOPY' 40 ? refined 148.2516 204.7797 109.7236 0.6186 0.8089 0.3408 0.0741 0.0405 0.2140 4.8574 7.0228 5.6899 0.3129 0.4186 1.8094 0.0547 -0.4959 0.4020 0.5164 -0.0304 0.1765 -0.6538 -0.0837 -0.0244 'ELECTRON MICROSCOPY' 41 ? refined 201.2183 162.4130 69.3198 0.2797 0.1832 0.0365 0.1334 -0.0163 0.0388 2.6032 5.9125 3.4628 -1.7191 0.7835 0.6926 -0.0361 -0.0113 0.1664 -0.1748 -0.0642 0.0314 -0.2421 -0.0130 0.1003 'ELECTRON MICROSCOPY' 42 ? 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