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HEK293F ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_CVHSA P59594 ? 1 ;SDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSDTLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATE KSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFAVSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVS EKSGNFKHLREFVFKNKDGFLYVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLGINITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYF VGYLKPTTFMLKYDENGTITDAVDCSQNPLAELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATK FPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLP DDFMGCVLAWNTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQP YRVVVLSFELLNAPATVCGPKLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQPFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEILDI SPCSFGGVSVITPGTNASSEVAVLYQDVNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQTQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIG AGICASYHTVSLLRSTSQKSIVAYTMSLGADSSIAYSNNTIAIPTNFSISITTEVMPVSMAKTSVDCNMYICGDSTECAN LLLQYGSFCTQLNRALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQMYKTPTLKYFGGFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLFNKVTLADA GFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDDMIAAYTAALVSGTATAGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGV TQNVLYENQKQIANQFNKAISQIQESLTTTSTALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEV QIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQAAPHGVVFLHVTYVPSQ ERNFTTAPAICHEGKAYFPREGVFVFNGTSWFITQRNFFSPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIINNTVYDPLQPELDSFKEE LDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQ ; 14 2 UNP D9IEJ2_BPT4 D9IEJ2 ? 1 AGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL 457 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6CS0 A 1 ? 1177 ? 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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.10140971997 ? 36350 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0631006594121 ? 4264 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.00746660485183 ? 4603 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.05009693944 ? 15692 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6CS0 _struct.title 'SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, one S1 CTD in an upwards conformation' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein,Envelope glycoprotein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6CS0 _struct_keywords.text 'membrane fusion, glycoprotein, receptor binding, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 2 ? 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A ASN 770 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 783 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 1043 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 1056 A NAG 1316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 1067 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 1080 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 1103 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 1116 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 52 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? B ASN 65 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 269 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 318 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 576 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 589 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? 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C ASN 65 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 106 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 119 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 214 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 227 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 269 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 318 C NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 576 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 589 C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 589 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 602 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 678 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 691 C NAG 1312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 686 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 699 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 770 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 783 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 1043 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 1056 C NAG 1320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 1067 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 1080 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 1103 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 1116 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale35 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? ? covale36 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale37 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale38 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale39 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale40 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale41 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale42 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale43 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale44 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale45 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale46 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale47 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale48 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale49 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale50 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale51 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale52 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale53 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale54 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? covale55 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale56 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale57 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale58 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale59 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale60 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale61 covale both ? S BMA . O6 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale62 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale63 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? T NAG 2 T BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale64 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale65 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale66 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 456 A . ? PRO 469 A PRO 457 A ? 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