data_6D84 # _entry.id 6D84 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6D84 pdb_00006d84 10.2210/pdb6d84/pdb WWPDB D_1000234158 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2018-08-08 2 'Structure model' 1 1 2019-12-18 3 'Structure model' 1 2 2024-03-13 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 3 'Structure model' 'Derived calculations' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' pdbx_audit_support 2 3 'Structure model' chem_comp_atom 3 3 'Structure model' chem_comp_bond 4 3 'Structure model' database_2 5 3 'Structure model' struct_conn # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 2 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 3 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 4 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 5 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 6 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 7 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 8 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 9 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 10 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 11 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 12 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 13 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6D84 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-04-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details . _pdbx_database_related.db_id EMD-7454 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Buffalo, C.Z.' 1 ? 'Morris, K.L.' 2 ? 'Hurley, J.H.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 174 _citation.language ? _citation.page_first 659 _citation.page_last 671.e14 _citation.title 'HIV-1 Nefs Are Cargo-Sensitive AP-1 Trimerization Switches in Tetherin Downregulation.' _citation.year 2018 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2018.07.004 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30053425 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Morris, K.L.' 1 ? primary 'Buffalo, C.Z.' 2 ? primary 'Sturzel, C.M.' 3 ? primary 'Heusinger, E.' 4 ? primary 'Kirchhoff, F.' 5 ? primary 'Ren, X.' 6 ? primary 'Hurley, J.H.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Bone marrow stromal antigen 2,Protein Nef' 29880.166 4 ? 'L164A, L165A' 'Tetherin UNP residues 2-21, Nef UNP residues 1-206' ? 2 polymer man 'AP-1 complex subunit beta-1' 66152.547 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'ADP-ribosylation factor 1' 22314.250 4 ? ? ? ? 4 polymer man 'AP-1 complex subunit gamma-1' 68194.094 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'AP-1 complex subunit mu-1' 48606.730 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'AP-1 complex subunit sigma-3' 18321.338 2 ? ? ? ? 7 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 4 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;BST-2,HM1.24 antigen,Tetherin,3'ORF,Negative factor,F-protein ; 2 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit beta-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit beta-1,Beta-1-adaptin,Beta-adaptin 1,Clathrin assembly protein complex 1 beta large chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin beta subunit ; 4 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit gamma-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit gamma-1,Clathrin assembly protein complex 1 gamma-1 large chain,Gamma-adaptin,Gamma1-adaptin,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin subunit gamma-1 ; 5 ;AP-mu chain family member mu1A,Adaptor protein complex AP-1 subunit mu-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit mu-1,Clathrin assembly protein complex 1 mu-1 medium chain 1,Clathrin coat assembly protein AP47,Clathrin coat-associated protein AP47,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit,Mu-adaptin 1,Mu1A-adaptin ; 6 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C,Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C,Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1C small chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1C subunit,Sigma 1C subunit of AP-1 clathrin,Sigma-adaptin 1C,Sigma1C-adaptin ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSASTSYDYCRVPMEDGDKRCKGSDEASEGSGMGGKWSKSSVIGWPAVRERMRR AEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIH SQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGENTSAAHPVSLHGMDDPEREVLE WRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC ; ;MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSASTSYDYCRVPMEDGDKRCKGSDEASEGSGMGGKWSKSSVIGWPAVRERMRR AEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIH SQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGENTSAAHPVSLHGMDDPEREVLE WRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC ; T,L,R,O ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSMTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAK SQPDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVED QGFLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQ SICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILK HEMKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDL IQTKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKST QVQLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPT LLDELICYIGTLASVYHKPPSAFVEG ; ;GSMTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAK SQPDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVED QGFLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQ SICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILK HEMKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDL IQTKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKST QVQLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPT LLDELICYIGTLASVYHKPPSAFVEG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDV GGLDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSL RHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; ;MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDV GGLDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSL RHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; C,H,I,N ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; G,K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; M,P ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVCQTMGER ; ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVCQTMGER ; S,Q ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 8 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 TYR n 1 4 TYR n 1 5 HIS n 1 6 HIS n 1 7 HIS n 1 8 HIS n 1 9 HIS n 1 10 HIS n 1 11 ASP n 1 12 TYR n 1 13 ASP n 1 14 ILE n 1 15 PRO n 1 16 THR n 1 17 THR n 1 18 GLU n 1 19 ASN n 1 20 LEU n 1 21 TYR n 1 22 PHE n 1 23 GLN n 1 24 GLY n 1 25 ALA n 1 26 MET n 1 27 GLY n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 SER n 1 31 THR n 1 32 SER n 1 33 TYR n 1 34 ASP n 1 35 TYR n 1 36 CYS n 1 37 ARG n 1 38 VAL n 1 39 PRO n 1 40 MET n 1 41 GLU n 1 42 ASP n 1 43 GLY n 1 44 ASP n 1 45 LYS n 1 46 ARG n 1 47 CYS n 1 48 LYS n 1 49 GLY n 1 50 SER n 1 51 ASP n 1 52 GLU n 1 53 ALA n 1 54 SER n 1 55 GLU n 1 56 GLY n 1 57 SER n 1 58 GLY n 1 59 MET n 1 60 GLY n 1 61 GLY n 1 62 LYS n 1 63 TRP n 1 64 SER n 1 65 LYS n 1 66 SER n 1 67 SER n 1 68 VAL n 1 69 ILE n 1 70 GLY n 1 71 TRP n 1 72 PRO n 1 73 ALA n 1 74 VAL n 1 75 ARG n 1 76 GLU n 1 77 ARG n 1 78 MET n 1 79 ARG n 1 80 ARG n 1 81 ALA n 1 82 GLU n 1 83 PRO n 1 84 ALA n 1 85 ALA n 1 86 ASP n 1 87 GLY n 1 88 VAL n 1 89 GLY n 1 90 ALA n 1 91 VAL n 1 92 SER n 1 93 ARG n 1 94 ASP n 1 95 LEU n 1 96 GLU n 1 97 LYS n 1 98 HIS n 1 99 GLY n 1 100 ALA n 1 101 ILE n 1 102 THR n 1 103 SER n 1 104 SER n 1 105 ASN n 1 106 THR n 1 107 ALA n 1 108 ALA n 1 109 ASN n 1 110 ASN n 1 111 ALA n 1 112 ALA n 1 113 CYS n 1 114 ALA n 1 115 TRP n 1 116 LEU n 1 117 GLU n 1 118 ALA n 1 119 GLN n 1 120 GLU n 1 121 GLU n 1 122 GLU n 1 123 GLU n 1 124 VAL n 1 125 GLY n 1 126 PHE n 1 127 PRO n 1 128 VAL n 1 129 THR n 1 130 PRO n 1 131 GLN n 1 132 VAL n 1 133 PRO n 1 134 LEU n 1 135 ARG n 1 136 PRO n 1 137 MET n 1 138 THR n 1 139 TYR n 1 140 LYS n 1 141 ALA n 1 142 ALA n 1 143 VAL n 1 144 ASP n 1 145 LEU n 1 146 SER n 1 147 HIS n 1 148 PHE n 1 149 LEU n 1 150 LYS n 1 151 GLU n 1 152 LYS n 1 153 GLY n 1 154 GLY n 1 155 LEU n 1 156 GLU n 1 157 GLY n 1 158 LEU n 1 159 ILE n 1 160 HIS n 1 161 SER n 1 162 GLN n 1 163 ARG n 1 164 ARG n 1 165 GLN n 1 166 ASP n 1 167 ILE n 1 168 LEU n 1 169 ASP n 1 170 LEU n 1 171 TRP n 1 172 ILE 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