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'Staphylococcus aureus' 1280 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A077UVB6_STAAU A0A077UVB6 ? 1 ;MTNHKLIEAVTKSQLRTDLPSFRPGDTLRVHVRIIEGTRERIQVFEGVVIKRRGGGVSETFTVRKISSGVGVERTFPLHT PKIEKIEVKRRGKVRRAKLYYLRSLRGKAARIQEIR ; 1 2 UNP B3VKN3_STAAU B3VKN3 ? 2 ;MAIKKYKPITNGRRNMTSLDFAEITKTTPEKSLLKPLPKKAGRNNQGKLTVRHHGGGHKRQYRVIDFKRNKDGINAKVDS IQYDPNRSANIALVVYADGEKRYIIAPKGLEVGQIVESGAEADIKVGNALPLQNIPVGTVVHNIELKPGKGGQIARSAGA SAQVLGKEGKYVLIRLRSGEVRMILSTCRATIGQVGNLQHELVNVGKAGRSRWKGIRPTVRGSVMNPNDHPHGGGEGRAP IGRPSPMSPWGKPTLGKKTRRGKKSSDKLIVRGRKK ; 1 3 UNP A0A077VMP6_STAAU A0A077VMP6 ? 3 ;MPRVKGGTVTRARRKKTIKLAKGYFGSKHTLYKVAKQQVMKSGQYAFRDRRQRKRDFRKLWITRINAAARQHEMSYSRLM NGLKKAGIDINRKMLSEIAISDEKAFAQLVTKAKDALK ; 1 4 UNP D7URR3_STAAU D7URR3 ? 4 ;MFAIIETGGKQIKVEEGQEIFVEKLDVNEGDTFTFDKVLFVGGDSVKVGAPTVEGATVTATVNKQGRGKKITVFTYKRRK NSKRKKGHRQPYTKLTIDKINA ; 1 5 UNP A0A077UKF9_STAAU A0A077UKF9 ? 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12 ;MTKGILGRKIGMTQVFGENGELIPVTVVEAKENVVLQKKTVEVDGYNAIQVGFEDKKAYKKDAKSNKYANKPAEGHAKKA DAAPKRFIREFRNVDVDAYEVGQEVSVDTFVAGDVIDVTGVSKGKGFQGAIKRHGQSRGPMSHGSHFHRAPGSVGMASDA SRVFKGQKMPGRMGGNTVTVQNLEVVQVDTENKVILVKGNVPGPKKGLVEIRTSIKK ; 1 13 UNP W8UVN7_STAAU W8UVN7 ? 13 MAKLQITLTRSVIGRPETQRKTVEALGLKKTNSSVVVEDNPAIRGQINKVKHLVTVEEK 1 14 UNP A0A077UWR7_STAAU A0A077UWR7 ? 14 MAVPKRRTSKTRKNKRRTHFKISVPGMTECPNCGEYKLSHRVCKNCGSYNGEEVAAK 1 15 UNP A0A077UXT4_STAAU A0A077UXT4 ? 15 MRVNVTLACTECGDRNYITTKNKRNNPERVEMKKFCSRENKQTLHRETK 1 16 UNP T1YD75_STAAU T1YD75 ? 16 MEVFCMVKRTYQPNKRKHSKVHGFRKRMSTKNGRKVLARRRRKGRKVLSA 1 17 UNP A0A077UL47_STAAU A0A077UL47 ? 17 MPKMKTHRGAAKRVKRTASGQLKRSRAFTSHLFANKSTKQKRQLRKARLVSKSDMKRVKQLLAYK 1 18 UNP A0A077UGV8_STAAU A0A077UGV8 ? 18 MKVRPSVKPICEKCKVIKRKGKVMVICENPKHKQRQG 1 19 UNP A0A166DK89_STAAU A0A166DK89 ? 19 ;MANYDVLKLDGTKSGSIELSDAVFGIEPNNSVLFEAINLQRASLRQGTHAVKNRSAVSGGGRKPWKQKGTGRARQGTIRA PQWRGGGIVFGPTPRSYAYKMPKKMRRLALRSALSFKVQENGLTVVDAFNFEAPKTKEFKNVLSTLEQPKKVLVVTENED VNVELSARNIPGVQVTTAQGLNVLDITNADSLVITEAAAKKVEEVLG ; 1 20 UNP W8TUE6_STAAU W8TUE6 ? 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A0A077UVB6 1 ? 116 ? 1 116 2 2 6DDD B 1 ? 276 ? B3VKN3 1 ? 276 ? 1 276 3 3 6DDD C 1 ? 118 ? A0A077VMP6 1 ? 118 ? 1 118 4 4 6DDD D 1 ? 102 ? D7URR3 1 ? 102 ? 1 102 5 5 6DDD E 1 ? 116 ? A0A077UKF9 1 ? 116 ? 1 116 6 6 6DDD F 1 ? 91 ? W8TUB4 1 ? 91 ? 1 91 7 7 6DDD G 1 ? 105 ? W8TRD5 1 ? 105 ? 1 105 8 8 6DDD H 1 ? 217 ? A0A133Q8Z9 3 ? 219 ? 1 217 9 9 6DDD I 1 ? 85 ? A0A077ULC5 10 ? 94 ? 10 94 10 10 6DDD J 1 ? 62 ? A0A077URJ8 1 ? 62 ? 1 62 11 11 6DDD K 1 ? 69 ? A0A077W1J5 1 ? 69 ? 1 69 12 12 6DDD L 1 ? 217 ? W8U3W0 1 ? 217 ? 1 217 13 13 6DDD M 1 ? 59 ? W8UVN7 1 ? 59 ? 1 59 14 14 6DDD N 1 ? 57 ? A0A077UWR7 1 ? 57 ? 1 57 15 15 6DDD O 1 ? 49 ? A0A077UXT4 1 ? 49 ? 1 49 16 16 6DDD P 1 ? 50 ? T1YD75 1 ? 50 ? -4 45 17 17 6DDD Q 1 ? 65 ? A0A077UL47 1 ? 65 ? 1 65 18 18 6DDD R 1 ? 37 ? A0A077UGV8 1 ? 37 ? 1 37 19 19 6DDD S 1 ? 207 ? A0A166DK89 1 ? 207 ? 1 207 20 20 6DDD V 1 ? 145 ? W8TUE6 1 ? 145 ? 1 145 21 21 6DDD W 1 ? 122 ? A0A077UUA0 1 ? 122 ? 1 122 22 22 6DDD X 1 ? 146 ? 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'2,2-dichloro-N-({(5S)-3-[3-fluoro-4-(morpholin-4-yl)phenyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)acetamide' 'oxazolidinone antibiotic LZD-5' 'C16 H18 Cl2 F N3 O4' 406.236 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6DDD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6DDD _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0081 ? 86641 ? f_bond_d ? ? 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GLY a 103 GLU a 110 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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_em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6DDD 'double helix' 6DDD 'a-form double helix' 6DDD tetraloop 6DDD 'mismatched base pair' 6DDD 'internal loop' 6DDD 'triple helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 Z U 4 1_555 Z A 2918 1_555 -1.070 -0.216 0.413 -10.171 -7.766 -3.481 1 1_U4:A2918_1 1 4 ? 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1 2918 ? 1 5 ? 1 2917 ? 1 Z A 5 1_555 Z U 2917 1_555 Z A 6 1_555 Z U 2916 1_555 -0.574 -0.986 3.409 0.997 3.797 39.885 -1.884 0.955 3.291 5.550 -1.458 40.070 2 11_A5A6:U2916U2917_11 1 5 ? 1 2917 ? 1 6 ? 1 2916 ? 1 Z A 6 1_555 Z U 2916 1_555 Z G 7 1_555 Z C 2915 1_555 1.024 -1.932 2.927 -2.057 9.039 27.129 -5.523 -2.438 2.105 18.594 4.230 28.641 3 11_A6G7:C2915U2916_11 1 6 ? 1 2916 ? 1 7 ? 1 2915 ? 1 Z G 7 1_555 Z C 2915 1_555 Z U 8 1_555 Z A 2914 1_555 -0.750 -1.806 3.481 5.027 -0.593 29.425 -3.377 2.555 3.345 -1.156 -9.806 29.848 4 11_G7U8:A2914C2915_11 1 7 ? 1 2915 ? 1 8 ? 1 2914 ? 1 Z U 8 1_555 Z A 2914 1_555 Z U 9 1_555 Z A 2656 1_555 -1.851 -2.383 3.747 1.993 -3.623 79.137 -1.755 1.513 3.796 -2.842 -1.563 79.227 5 11_U8U9:A2656A2914_11 1 8 ? 1 2914 ? 1 9 ? 1 2656 ? 1 Z G 15 1_555 Z U 570 1_555 Z G 16 1_555 Z U 569 1_555 0.894 -1.855 3.379 -1.310 4.934 25.042 -5.562 -2.385 2.916 11.230 2.982 25.549 6 11_G15G16:U569U570_11 1 15 ? 1 570 ? 1 16 ? 1 569 ? 1 Z G 16 1_555 Z U 569 1_555 Z G 17 1_555 Z C 568 1_555 0.049 -1.953 3.475 -1.891 6.015 38.995 -3.613 -0.300 3.146 8.940 2.811 39.482 7 11_G16G17:C568U569_11 1 16 ? 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