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'Zhou, B.-R.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 2301 _citation.page_last 2301 _citation.title 'Atomic resolution cryo-EM structure of a native-like CENP-A nucleosome aided by an antibody fragment.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-10247-4 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31127102 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhou, B.R.' 1 0000-0002-5375-7977 primary 'Yadav, K.N.S.' 2 ? primary 'Borgnia, M.' 3 ? primary 'Hong, J.' 4 ? primary 'Cao, B.' 5 ? primary 'Olins, A.L.' 6 ? primary 'Olins, D.E.' 7 ? primary 'Bai, Y.' 8 ? primary 'Zhang, P.' 9 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6E0P _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? 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;ATCAGGAAGTTCATATAAAAGGCAAACGGAAGCATTCTCAGAATATTCTTTGTGATGATGGAGTTTCACTCACAGAGCTG AACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; M,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 SER n 1 4 SER n 1 5 HIS n 1 6 HIS n 1 7 HIS n 1 8 HIS n 1 9 HIS n 1 10 HIS n 1 11 SER n 1 12 SER n 1 13 GLY n 1 14 LEU n 1 15 PRO n 1 16 ARG n 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 265 'house mouse' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 145 'Homo sapiens' Human 9606 ? 6 1 sample 1 145 'Homo sapiens' Human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CENPA_HUMAN P49450 ? 1 ;MGPRRRSRKPEAPRRRSPSPTPTPGPSRRGPSLGASSHQHSRRRQGWLKEIRKLQKSTHLLIRKLPFSRLAREICVKFTR GVDFNWQAQALLALQEAAEAFLVHLFEDAYLLTLHAGRVTLFPKDVQLARRIRGLEEGLG ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 6E0P 6E0P ? 5 ? 1 6 PDB 6E0P 6E0P ? 6 ? 1 7 PDB 6E0P 6E0P ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6E0P A 19 ? 158 ? P49450 1 ? 140 ? 1 140 2 2 6E0P B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 6E0P C 1 ? 130 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 4 4 6E0P D 1 ? 126 ? P06899 1 ? 126 ? 0 125 5 1 6E0P E 19 ? 158 ? P49450 1 ? 140 ? 1 140 6 2 6E0P F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 6E0P G 1 ? 130 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 8 4 6E0P H 1 ? 126 ? P06899 1 ? 126 ? 0 125 9 5 6E0P I 1 ? 145 ? 6E0P 1 ? 145 ? 1 145 10 6 6E0P J 1 ? 145 ? 6E0P 1 ? 145 ? 1 145 11 7 6E0P M 1 ? 265 ? 6E0P 3 ? 267 ? 3 267 12 7 6E0P N 1 ? 265 ? 6E0P 3 ? 267 ? 3 267 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6E0P MET A 1 ? UNP P49450 ? ? 'initiating methionine' -17 1 1 6E0P GLY A 2 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -16 2 1 6E0P SER A 3 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -15 3 1 6E0P SER A 4 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -14 4 1 6E0P HIS A 5 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -13 5 1 6E0P HIS A 6 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -12 6 1 6E0P HIS A 7 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -11 7 1 6E0P HIS A 8 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -10 8 1 6E0P HIS A 9 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -9 9 1 6E0P HIS A 10 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -8 10 1 6E0P SER A 11 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -7 11 1 6E0P SER A 12 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -6 12 1 6E0P GLY A 13 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -5 13 1 6E0P LEU A 14 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -4 14 1 6E0P PRO A 15 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -3 15 1 6E0P ARG A 16 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -2 16 1 6E0P SER A 17 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -1 17 1 6E0P HIS A 18 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' 0 18 5 6E0P MET E 1 ? UNP P49450 ? ? 'initiating methionine' -17 19 5 6E0P GLY E 2 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -16 20 5 6E0P SER E 3 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -15 21 5 6E0P SER E 4 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -14 22 5 6E0P HIS E 5 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -13 23 5 6E0P HIS E 6 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -12 24 5 6E0P HIS E 7 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -11 25 5 6E0P HIS E 8 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -10 26 5 6E0P HIS E 9 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -9 27 5 6E0P HIS E 10 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -8 28 5 6E0P SER E 11 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -7 29 5 6E0P SER E 12 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -6 30 5 6E0P GLY E 13 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -5 31 5 6E0P LEU E 14 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -4 32 5 6E0P PRO E 15 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -3 33 5 6E0P ARG E 16 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -2 34 5 6E0P SER E 17 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' -1 35 5 6E0P HIS E 18 ? UNP P49450 ? ? 'expression tag' 0 36 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6E0P _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6E0P _struct.title 'Cryo-EM structure of the centromeric nucleosome (Native alpha satellite DNA) in complex with a single chain antibody fragment' _struct.pdbx_descriptor 'Histone H3-like centromeric protein A, Histone H4, Histone H2A type 1-B/E, Histone H2B type 1-J, scFv/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6E0P _struct_keywords.text 'CENP-A, Centromere, Native alpha satellite DNA, anti-nucleosome antibody, acidic patch, nucleosome, NUCLEAR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'NUCLEAR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 64 ? GLN A 73 ? GLY A 46 GLN A 55 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 81 ? LYS A 95 ? ARG A 63 LYS A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 105 ? ALA A 134 ? GLN A 87 ALA A 116 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 PHE A 140 ? GLY A 152 ? PHE A 122 GLY A 134 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? ARG B 93 ? THR B 82 ARG B 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 17 ? GLY C 23 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 27 ? GLY C 38 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 46 ? ASN C 74 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 80 ? ASN C 90 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 91 ? LEU C 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN C 113 ? LEU C 117 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 38 ? HIS D 50 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 56 ? ASN D 85 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 105 ? ALA D 125 ? GLY D 104 ALA D 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 64 ? 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THR N 109 SER N 113 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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