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36 ;CCUUCUCAAACAUUCUGUUUGGUAGUGAGUGAUACUCUUUGGAGUUAACUUGAAAUUGCUGGCCUUUUCAUUGGAUGUUU UUUUUCCAAAGAGAGGUUUCUCUGCGUGCUUGAGGUAUAAUGCAAGUACGGUCGUUUUAGGUUUUACCAACUGCGGCUAA UCUUUUUUUAUACUGAGCGUAUUGGAACGUUAUCGAUAAGAAGAGAGCGUCUAGGCGAACAAUGUUCUUAAA ; 525 37 UNP ERB1_YEAST Q04660 ? 37 ;MMAKNNKTTEAKMSKKRAASEESDVEEDEDKLLSVDGLIDAEASESDEDDDEYESAVEEKESSSDKEAQDDSDDDSDAEL NKLLAEEEGDGEEDYDSSEFSDDTTSLTDRLSGVKLQTIVDPNIYSKYADGSDRIIKPEINPVYDSDDSDAETQNTIGNI PLSAYDEMPHIGYDINGKRIMRPAKGSALDQLLDSIELPEGWTGLLDKNSGSSLNLTKEELELISKIQRNEQTDDSINPY EPLIDWFTRHEEVMPLTAVPEPKRRFVPSKNEAKRVMKIVRAIREGRIIPPKKLKEMKEKEKIENYQYDLWGDSTETNDH VMHLRAPKLPPPTNEESYNPPEEYLLSPEEKEAWENTEYSERERNFIPQKYSALRKVPGYGESIRERFERSLDLYLAPRV RKNKLNIDPNSLIPELPSPKDLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDD EENPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFGTVKKSNLEVNENGDGDEDGE NESAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKLSWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKG IIMDAKFHPFKPQLFVCSQRYVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLR YHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLGVLDAIWHPREAWLFSAGADN TARLWTT ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6EM4 x 1 ? 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P38805 1 ? 295 ? 1 295 2 2 6EM4 F 1 ? 244 ? P05737 1 ? 244 ? 1 244 3 3 6EM4 3 1 ? 306 ? P10962 1 ? 306 ? 1 306 4 4 6EM4 4 1 ? 278 ? P35178 1 ? 278 ? 1 278 5 5 6EM4 5 1 ? 463 ? P53136 1 ? 463 ? 1 463 6 6 6EM4 A 1 ? 291 ? Q08235 1 ? 291 ? 1 291 7 7 6EM4 J 1 ? 427 ? P36049 1 ? 427 ? 1 427 8 8 6EM4 u 1 ? 199 ? Q07915 1 ? 199 ? 1 199 9 9 6EM4 v 1 ? 231 ? P40007 1 ? 231 ? 1 231 10 10 6EM4 y 1 ? 245 ? Q12522 1 ? 245 ? 1 245 11 11 6EM4 B 1 ? 387 ? P14126 1 ? 387 ? 1 387 12 12 6EM4 C 1 ? 362 ? P10664 1 ? 362 ? 1 362 13 13 6EM4 e 1 ? 130 ? P38061 1 ? 130 ? 1 130 14 14 6EM4 E 1 ? 176 ? Q02326 1 ? 176 ? 1 176 15 15 6EM4 f 1 ? 107 ? P05744 1 ? 107 ? 1 107 16 16 6EM4 G 1 ? 256 ? P17076 1 ? 256 ? 1 256 17 17 6EM4 h 1 ? 120 ? P0CX84 1 ? 120 ? 1 120 18 18 6EM4 i 1 ? 100 ? O14455 1 ? 100 ? 1 100 19 19 6EM4 j 1 ? 88 ? P49166 1 ? 88 ? 1 88 20 20 6EM4 L 1 ? 199 ? Q12690 1 ? 199 ? 1 199 21 21 6EM4 M 1 ? 138 ? P36105 1 ? 138 ? 1 138 22 22 6EM4 N 1 ? 204 ? P05748 1 ? 204 ? 1 204 23 23 6EM4 O 1 ? 199 ? P26784 1 ? 199 ? 1 199 24 24 6EM4 P 1 ? 184 ? P05740 1 ? 184 ? 1 184 25 25 6EM4 Q 1 ? 186 ? P0CX49 1 ? 186 ? 1 186 26 26 6EM4 S 1 ? 172 ? P0CX23 1 ? 172 ? 1 172 27 27 6EM4 V 1 ? 137 ? P0CX41 1 ? 137 ? 1 137 28 28 6EM4 Y 1 ? 127 ? P05743 1 ? 127 ? 1 127 29 29 6EM4 1 1 ? 3396 ? 834774822 455155 ? 451760 ? 1 3396 30 30 6EM4 2 1 ? 158 ? 1214879358 281 ? 438 ? 1 158 31 31 6EM4 D 1 ? 505 ? Q03532 1 ? 505 ? 1 505 32 32 6EM4 K 1 ? 376 ? P38779 1 ? 376 ? 1 376 33 33 6EM4 n 1 ? 605 ? P53261 1 ? 605 ? 1 605 34 34 6EM4 o 1 ? 220 ? P53927 1 ? 220 ? 1 220 35 35 6EM4 t 1 ? 322 ? P40693 1 ? 322 ? 1 322 36 36 6EM4 6 1 ? 232 ? 1102641490 525 ? 756 ? 1 232 37 37 6EM4 H 1 ? 807 ? Q04660 1 ? 807 ? 1 807 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6EM4 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6EM4 _struct.title 'State B architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes' _struct.pdbx_descriptor ;Ribosome production factor 1, 60S ribosomal protein L7-A, Protein MAK16, Ribosomal RNA-processing protein 1, Ribosome biogenesis protein NSA1, Ribosome biogenesis protein BRX1, rRNA-processing protein EBP2, Ribosome biogenesis protein RLP24, Nucleolar protein 16, Eukaryotic translation initiation factor 6, 60S ribosomal protein L3, 60S ribosomal protein L4-A, 60S ribosomal protein L32, 60S ribosomal protein L6-A, 60S ribosomal protein L33-A, 60S ribosomal protein L8-A, 60S ribosomal protein L35-A, 60S ribosomal protein L36-B, 60S ribosomal protein L37-A, 60S ribosomal protein L13-A, 60S ribosomal protein L14-A, 60S ribosomal protein L15-A, 60S ribosomal protein L16-A, 60S ribosomal protein L17-A, 60S ribosomal protein L18-A, 60S ribosomal protein L20-A, 60S ribosomal protein L23-A, 60S ribosomal protein L26-A, ATP-dependent RNA helicase HAS1, Proteasome-interacting protein CIC1, Pescadillo homolog, Ribosome biogenesis protein 15, Ribosome biogenesis protein RLP7, Ribosome biogenesis protein ERB1/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6EM4 _struct_keywords.text 'Large Subunit Biogenesis Nucleolus, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ALA K 166 SER K 175 1 ? 10 HELX_P HELX_P174 AT3 ASP FA 184 ? THR FA 188 ? ASP K 184 THR K 188 1 ? 5 HELX_P HELX_P175 AT4 SER FA 189 ? MET FA 194 ? SER K 189 MET K 194 1 ? 6 HELX_P HELX_P176 AT5 GLY FA 196 ? ASN FA 200 ? GLY K 196 ASN K 200 5 ? 5 HELX_P HELX_P177 AT6 SER FA 218 ? ASN FA 232 ? SER K 218 ASN K 232 1 ? 15 HELX_P HELX_P178 AT7 ARG FA 255 ? LYS FA 272 ? ARG K 255 LYS K 272 1 ? 18 HELX_P HELX_P179 AT8 THR GA 17 ? GLN GA 26 ? THR n 17 GLN n 26 1 ? 10 HELX_P HELX_P180 AT9 SER GA 28 ? GLY GA 40 ? SER n 28 GLY n 40 1 ? 13 HELX_P HELX_P181 AU1 TYR GA 64 ? MET GA 72 ? TYR n 64 MET n 72 1 ? 9 HELX_P HELX_P182 AU2 GLU GA 74 ? GLY GA 97 ? GLU n 74 GLY n 97 1 ? 24 HELX_P HELX_P183 AU3 GLU GA 98 ? ASN GA 108 ? GLU n 98 ASN n 108 1 ? 11 HELX_P HELX_P184 AU4 LEU GA 114 ? ILE GA 118 ? LEU n 114 ILE n 118 5 ? 5 HELX_P HELX_P185 AU5 SER GA 124 ? ILE GA 129 ? SER n 124 ILE n 129 1 ? 6 HELX_P HELX_P186 AU6 ASP GA 131 ? ASN GA 144 ? ASP n 131 ASN n 144 1 ? 14 HELX_P HELX_P187 AU7 SER GA 152 ? 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SER H 383 LEU H 396 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 185 E . ? ALA 185 5 PRO 186 E ? PRO 186 5 1 -1.30 2 LEU 17 K . ? LEU 17 B PRO 18 K ? PRO 18 B 1 1.00 3 ILE 148 L . ? ILE 148 C PRO 149 L ? PRO 149 C 1 -1.39 4 GLY 67 N . ? GLY 67 E PRO 68 N ? 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