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laminin receptor precursor,37LRP,37/67 kDa laminin receptor,LRP/LR,67 kDa laminin receptor,67LR,Colon carcinoma laminin-binding protein,Laminin receptor 1,LamR,Laminin-binding protein precursor p40,LBP/p40,Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag,NEM/1CHD4,Small ribosomal subunit protein uS2 ; 35 'Small ribosomal subunit protein uS3' 36 'Small ribosomal subunit protein uS10' 37 'Small ribosomal subunit protein eS1,v-fos transformation effector protein,Fte-1' 38 'Small ribosomal subunit protein uS11' 39 'Small ribosomal subunit protein eS26' 40 'Small ribosomal subunit protein eS28' 41 ;Cell proliferation-inducing gene 21 protein,Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1,Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3,Human lung cancer oncogene 7 protein,HLC-7,Receptor for activated C kinase,Small ribosomal subunit protein RACK1 ; 42 'RIG protein,Small ribosomal subunit protein uS19' 43 'Small ribosomal subunit protein eS8' 44 'Ubiquitin carboxyl extension protein 80' 45 'Phosphoprotein NP33,Small ribosomal subunit protein eS6' 46 'Small ribosomal subunit protein eS12' 47 'Small ribosomal subunit protein eS24' 48 'Small ribosomal subunit protein eS10' 49 eIF-4B 50 'eIF3b,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9,Prt1 homolog,hPrt1,eIF-3-eta,eIF3 p110,eIF3 p116' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MPAYFQRPENALKRANEFLEVGKKQPALDVLYDVMKSKKHRTWQKIHEPIMLKYLELCVDLRKSHLAKEGLYQYKNICQQ VNIKSLEDVVRAYLKLAEEKTEAAKEESQQMVLDIEDLDNIQTPESVLLSAVSGEDTQDRTDRLLLTPWVKFLWESYRQC LDLLRNNSRVERLYHDIAQQAFKFCLQYTRKAEFRKLCDNLRMHLSQIQRHHNQSTAINLNNPESQSMHLETRLVQLDSA ISMELWQEAFKAVEDIHGLFSLSKKPPKPQLMANYYNKVSTVFWKSGNALFHASTLHRLYHLSREMRKNLTQDEMQRMST 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KNMYELHKKVSPNELILGWYATGHDITEHSVLIHEYYSREAPNPIHLTVDTSLQNGRMSIKAYVSTSMGVPGRTMGVMFT PLTVKYAYYDTERIGVDLIMKTCFSPNRVIGLSSDLQQVGGASARIQDALSTVLQYAEDVLSGKVSADNTVGRFLMSLVN QVPKIVPDDFETMLNSNINDLLMVTYLANLTQSQIALNEKLVNL ; 4 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MASRKEGTGSGGTSSSSATGVVGKGKGKGGSGDSAVKQVQIDGLVVLKIIKHYQEEGQGTEVVQGVLLGLVVEDRLEITN CFPFPQHTEDDADFDEVQYQMEMMRSLRHVNIDHLHVGWYQSTYYGSFVTRALLDSQFSYQHAIEESVVLIYDPIKTAQG SLSLKAYRLTPKLMEVCKEKDFSPEALKKANITFEHMFEEVPIVIKNSHLINVLMWELEKKSAVADKHELLSLASSNHLG KNLQLLMDRVDEMSQDIVKYNTYMRNTSKQQQQKHQYQQRRQQENMQRQSRGEPPLPEEDLSKLFKPPQPPARMDSLLIA GQINTYCQNIKEFTAQNLGKLFMAQALQEYNN ; ;MASRKEGTGSGGTSSSSATGVVGKGKGKGGSGDSAVKQVQIDGLVVLKIIKHYQEEGQGTEVVQGVLLGLVVEDRLEITN CFPFPQHTEDDADFDEVQYQMEMMRSLRHVNIDHLHVGWYQSTYYGSFVTRALLDSQFSYQHAIEESVVLIYDPIKTAQG SLSLKAYRLTPKLMEVCKEKDFSPEALKKANITFEHMFEEVPIVIKNSHLINVLMWELEKKSAVADKHELLSLASSNHLG KNLQLLMDRVDEMSQDIVKYNTYMRNTSKQQQQKHQYQQRRQQENMQRQSRGEPPLPEEDLSKLFKPPQPPARMDSLLIA GQINTYCQNIKEFTAQNLGKLFMAQALQEYNN ; 5 ? 6 'polypeptide(L)' no no 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; j ? 39 'polypeptide(L)' no no ;TKKRRNNGRAKKGRGHVQPIRCTNCACCVPKDKAIKKFVIRNIVEAAAVRDISEVSVFDAYVLPKLYVKLHYCVSCAIHS KVVRNRSREARKDRTPPPR ; ;TKKRRNNGRAKKGRGHVQPIRCTNCACCVPKDKAIKKFVIRNIVEAAAVRDISEVSVFDAYVLPKLYVKLHYCVSCAIHS KVVRNRSREARKDRTPPPR ; k ? 40 'polypeptide(L)' no no RVQPIKLARVTKVLGRTGSQGQCTQVRVEFMDDTSRSIIRNVKGPVREGDVLTLLESEREARRL RVQPIKLARVTKVLGRTGSQGQCTQVRVEFMDDTSRSIIRNVKGPVREGDVLTLLESEREARRL l ? 41 'polypeptide(L)' no no ;TEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSG SWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNTLGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSS NPIIVSCGWDKLVKVWNLANCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTLDGGDIINALCF SPNRYWLCAATGPSIKIWDLEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVTI ; ;TEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSG SWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNTLGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSS NPIIVSCGWDKLVKVWNLANCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTLDGGDIINALCF SPNRYWLCAATGPSIKIWDLEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVTI ; m ? 42 'polypeptide(L)' no no ;VEQKKKRTFRKFTYRGVDLDQLLDMSYEQLMQLYSARQRRRLSRGLRRKQHSLLKRLRKAKKEAPPMEKPEVVKTHLRDM IILPEMVGSMVGVYNGKTFNQVEIKPEMIGHYLGEFSITYKPVKHGR ; ;VEQKKKRTFRKFTYRGVDLDQLLDMSYEQLMQLYSARQRRRLSRGLRRKQHSLLKRLRKAKKEAPPMEKPEVVKTHLRDM IILPEMVGSMVGVYNGKTFNQVEIKPEMIGHYLGEFSITYKPVKHGR ; n ? 43 'polypeptide(L)' no no ;GISRDNWHKRRKTGGKRKPYHKKRKYELGRPAANTKIGPRRIHTVGVRGGNKKYRALRLDVGNFSWGSECCTRKTRIIDV VYNASNNELVRTKTLVKNCIVLIDSTPYRQWYESHYALPLGRKKGAKLTPEEEEILNKKRSKKIQKKYDERKKNAKISSL LEEQFQQGKLLACIASRPGQCGRADGYVLEGKELEFYLRKIKARKG ; ;GISRDNWHKRRKTGGKRKPYHKKRKYELGRPAANTKIGPRRIHTVGVRGGNKKYRALRLDVGNFSWGSECCTRKTRIIDV VYNASNNELVRTKTLVKNCIVLIDSTPYRQWYESHYALPLGRKKGAKLTPEEEEILNKKRSKKIQKKYDERKKNAKISSL LEEQFQQGKLLACIASRPGQCGRADGYVLEGKELEFYLRKIKARKG ; o ? 44 'polypeptide(L)' no no KKSYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKISRLRRECPSDECGAGVFMASHFDRHYCGKCCLTYCFNK KKSYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKISRLRRECPSDECGAGVFMASHFDRHYCGKCCLTYCFNK p ? 45 'polypeptide(L)' no no ;MKLNISFPATGCQKLIEVDDERKLRTFYEKRMATEVAADALGEEWKGYVVRISGGNDKQGFPMKQGVLTHGRVRLLLSKG HSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDANLSVLNLVIVKKGEKDIPGLTDTTVPRRLGPKRASRIRKLFNLSKEDDVRQYVVRK PLNKEGKKPRTKAPKIQRLVTPRVLQHKRRRIALKKQRTKKNKEEAAEYAKLLAKRMKEAKEKRQEQIAKRRRLSSL ; ;MKLNISFPATGCQKLIEVDDERKLRTFYEKRMATEVAADALGEEWKGYVVRISGGNDKQGFPMKQGVLTHGRVRLLLSKG HSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDANLSVLNLVIVKKGEKDIPGLTDTTVPRRLGPKRASRIRKLFNLSKEDDVRQYVVRK PLNKEGKKPRTKAPKIQRLVTPRVLQHKRRRIALKKQRTKKNKEEAAEYAKLLAKRMKEAKEKRQEQIAKRRRLSSL ; q ? 46 'polypeptide(L)' no no ;GGVMDVNTALQEVLKTALIHDGLARGIREAAKALDKRQAHLCVLASNCDEPMYVKLVEALCAEHQINLIKVDDNKKLGEW VGLCKIDREGKPRKVVGCSCVVVKDYGKESQAKDVIEEYFKCKK ; ;GGVMDVNTALQEVLKTALIHDGLARGIREAAKALDKRQAHLCVLASNCDEPMYVKLVEALCAEHQINLIKVDDNKKLGEW VGLCKIDREGKPRKVVGCSCVVVKDYGKESQAKDVIEEYFKCKK ; r ? 47 'polypeptide(L)' no no ;DTVTIRTRKFMTNRLLQRKQMVIDVLHPGKATVPKTEIQEKLAKMYKTTPDVIFVFGFRTHFGGGKTTGFGMIYDSLDYA KKNEPKHRLARHGLYEKKKTSRKQRKERKNRMKKVRGTAKANVGAGKKPKE ; 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6FEC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] 0.64 _refine.aniso_B[1][2] -0.57 _refine.aniso_B[1][3] -1.05 _refine.aniso_B[2][2] 4.34 _refine.aniso_B[2][3] -2.56 _refine.aniso_B[3][3] -4.98 _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 105.458 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.961 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS' _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6FEC _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? 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_refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 0.020 29932 ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.915 1.954 44216 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.376 3.000 69307 ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.592 5.000 3945 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 41.463 24.432 1638 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 20.998 15.000 5854 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.942 15.000 222 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.150 0.200 4935 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.009 0.020 36132 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 0.020 6629 ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.674 39.396 15825 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.673 39.397 15824 ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 32.731 59.036 19763 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 32.731 59.036 19764 ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.883 36.156 16832 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.883 36.156 16833 ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 37.154 55.101 24454 ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 63.439 ? 58918 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 63.439 ? 58919 ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 6.300 _refine_ls_shell.d_res_low 6.463 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 7099 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.519 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # _struct.entry_id 6FEC _struct.title 'Human cap-dependent 48S pre-initiation complex' _struct.pdbx_descriptor ;Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT D, 40S ribosomal protein S11, 40S ribosomal protein S16, 40S ribosomal protein S4, X isoform, 40S ribosomal protein S29, 40S ribosomal protein S9, 40S ribosomal protein S18, Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1, 40S ribosomal protein S23, 40S ribosomal protein S19, Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3, 40S ribosomal protein S5, 40S ribosomal protein S30, 40S ribosomal protein S25, 40S ribosomal protein S7, 40S ribosomal protein S27, 40S ribosomal protein S13, 40S ribosomal protein S15a, 40S ribosomal protein S21, 40S ribosomal protein S2, EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT (eIF2-Beta), 40S ribosomal protein S17, 40S ribosomal protein SA, 40S ribosomal protein S3, 40S ribosomal protein S20, 40S ribosomal protein S3a, 40S ribosomal protein S14, 40S ribosomal protein S26, 40S ribosomal protein S28, Receptor of activated protein C kinase 1, 40S ribosomal protein S15, 40S ribosomal protein S8, Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a, 40S ribosomal protein S6, 40S ribosomal protein S12, 40S ribosomal protein S24, 40S ribosomal protein S10, Eukaryotic translation initiation factor 4B, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6FEC _struct_keywords.text 'Translation initiation, 48S complex, capped mRNA, initiation factor 4B, start codon recognition, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 23 ? X N N 24 ? Y N N 25 ? Z N N 26 ? AA N N 27 ? BA N N 28 ? CA N N 29 ? DA N N 30 ? EA N N 31 ? FA N N 32 ? GA N N 33 ? HA N N 34 ? IA N N 35 ? JA N N 36 ? KA N N 37 ? LA N N 38 ? MA N N 39 ? NA N N 40 ? OA N N 41 ? PA N N 42 ? QA N N 43 ? RA N N 44 ? SA N N 45 ? TA N N 46 ? UA N N 47 ? VA N N 48 ? WA N N 49 ? XA N N 50 ? YA N N 51 ? ZA N N 51 ? AB N N 51 ? BB N N 51 ? CB N N 51 ? DB N N 51 ? EB N N 51 ? FB N N 51 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 9 ? GLU A 20 ? GLU 1 9 GLU 1 20 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 23 ? LYS A 39 ? LYS 1 23 LYS 1 39 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 ILE A 46 ? ARG A 62 ? ILE 1 46 ARG 1 62 1 ? 17 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA A 67 ? ASN A 76 ? ALA 1 67 ASN 1 76 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 81 ? ASP A 117 ? VAL 1 81 ASP 1 117 1 ? 37 HELX_P HELX_P6 AA6 GLN A 122 ? ALA A 131 ? 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'U-C MISPAIR' ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 495 A . ? SER 495 1 ASP 496 A ? ASP 496 1 1 1.71 2 ALA 505 A . ? ALA 505 1 PRO 506 A ? PRO 506 1 1 -13.36 3 THR 321 B . ? THR 391 2 TYR 322 B ? TYR 392 2 1 -0.17 4 GLU 357 B . ? 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N1 A C 440 ? ? C2 A C 440 ? ? 116.64 120.30 -3.66 0.40 N 40 1 C5 A C 440 ? ? C6 A C 440 ? ? N1 A C 440 ? ? 124.15 121.00 3.15 0.50 N 41 1 N1 A C 440 ? ? C2 A C 440 ? ? O2 A C 440 ? ? 125.18 118.90 6.28 0.60 N 42 1 N3 A C 440 ? ? C2 A C 440 ? ? O2 A C 440 ? ? 115.50 121.90 -6.40 0.70 N 43 1 C2 A C 440 ? ? N1 A C 440 ? ? "C1'" A C 440 ? ? 128.61 118.80 9.81 1.10 N 44 1 N1 A C 462 ? ? C2 A C 462 ? ? O2 A C 462 ? ? 122.61 118.90 3.71 0.60 N 45 1 C6 A C 469 ? ? N1 A C 469 ? ? C2 A C 469 ? ? 117.55 120.30 -2.75 0.40 N 46 1 C5 A C 469 ? ? C6 A C 469 ? ? N1 A C 469 ? ? 124.61 121.00 3.61 0.50 N 47 1 C6 A C 480 ? ? N1 A C 480 ? ? C2 A C 480 ? ? 117.76 120.30 -2.54 0.40 N 48 1 C5 A C 480 ? ? C6 A C 480 ? ? N1 A C 480 ? ? 124.30 121.00 3.30 0.50 N 49 1 C6 A C 491 ? ? N1 A C 491 ? ? C2 A C 491 ? ? 117.04 120.30 -3.26 0.40 N 50 1 C5 A C 491 ? ? C6 A C 491 ? ? N1 A C 491 ? ? 124.43 121.00 3.43 0.50 N 51 1 N1 A C 491 ? ? C2 A C 491 ? ? O2 A C 491 ? ? 125.68 118.90 6.78 0.60 N 52 1 N3 A C 491 ? ? C2 A C 491 ? ? O2 A C 491 ? ? 115.47 121.90 -6.43 0.70 N 53 1 C2 A C 491 ? ? N1 A C 491 ? ? "C1'" A C 491 ? ? 128.31 118.80 9.51 1.10 N 54 1 C6 A C 492 ? ? N1 A C 492 ? ? C2 A C 492 ? ? 117.83 120.30 -2.47 0.40 N 55 1 N1 A C 492 ? ? C2 A C 492 ? ? O2 A C 492 ? ? 125.03 118.90 6.13 0.60 N 56 1 N3 A C 492 ? ? C2 A C 492 ? ? O2 A C 492 ? ? 115.90 121.90 -6.00 0.70 N 57 1 C2 A C 492 ? ? N1 A C 492 ? ? "C1'" A C 492 ? ? 127.33 118.80 8.53 1.10 N 58 1 C4 A G 525 ? ? C5 A G 525 ? ? N7 A G 525 ? ? 113.34 110.80 2.54 0.40 N 59 1 N9 A G 525 ? ? C4 A G 525 ? ? C5 A G 525 ? ? 102.67 105.40 -2.73 0.40 N 60 1 C6 A G 525 ? ? C5 A G 525 ? ? N7 A G 525 ? ? 126.13 130.40 -4.27 0.60 N 61 1 C5 A U 528 ? ? C6 A U 528 ? ? N1 A U 528 ? ? 125.97 122.70 3.27 0.50 N 62 1 C6 A C 539 ? ? N1 A C 539 ? ? C2 A C 539 ? ? 117.52 120.30 -2.78 0.40 N 63 1 C4 A C 539 ? ? C5 A C 539 ? ? C6 A C 539 ? ? 114.11 117.40 -3.29 0.50 N 64 1 C5 A C 539 ? ? C6 A C 539 ? ? N1 A C 539 ? ? 126.60 121.00 5.60 0.50 N 65 1 N3 A U 572 ? ? C2 A U 572 ? ? O2 A U 572 ? ? 117.99 122.20 -4.21 0.70 N 66 1 C2 A U 572 ? ? N1 A U 572 ? ? "C1'" A U 572 ? ? 124.92 117.70 7.22 1.20 N 67 1 N3 A G 596 ? ? C4 A G 596 ? ? N9 A G 596 ? ? 129.63 126.00 3.63 0.60 N 68 1 C4 A G 596 ? ? N9 A G 596 ? ? "C1'" A G 596 ? ? 135.16 126.50 8.66 1.30 N 69 1 C2 A U 597 ? ? N1 A U 597 ? ? "C1'" A U 597 ? ? 125.14 117.70 7.44 1.20 N 70 1 N1 A C 598 ? ? C2 A C 598 ? ? O2 A C 598 ? ? 123.64 118.90 4.74 0.60 N 71 1 C2 A C 598 ? ? N1 A C 598 ? ? "C1'" A C 598 ? ? 125.58 118.80 6.78 1.10 N 72 1 N9 A G 607 ? ? C4 A G 607 ? ? C5 A G 607 ? ? 102.91 105.40 -2.49 0.40 N 73 1 N1 A U 620 ? ? C2 A U 620 ? ? O2 A U 620 ? ? 127.48 122.80 4.68 0.70 N 74 1 C2 A U 620 ? ? N1 A U 620 ? ? "C1'" A U 620 ? ? 126.39 117.70 8.69 1.20 N 75 1 C6 A C 622 ? ? N1 A C 622 ? ? C2 A C 622 ? ? 117.48 120.30 -2.82 0.40 N 76 1 C5 A C 622 ? ? C6 A C 622 ? ? N1 A C 622 ? ? 124.25 121.00 3.25 0.50 N 77 1 N3 A G 649 ? ? C4 A G 649 ? ? N9 A G 649 ? ? 129.85 126.00 3.85 0.60 N 78 1 C6 A G 649 ? ? C5 A G 649 ? ? N7 A G 649 ? ? 126.45 130.40 -3.95 0.60 N 79 1 C8 A G 649 ? ? N9 A G 649 ? ? "C1'" A G 649 ? ? 118.96 127.00 -8.04 1.30 N 80 1 C4 A G 649 ? ? N9 A G 649 ? ? "C1'" A G 649 ? ? 135.25 126.50 8.75 1.30 N 81 1 C2 A U 678 ? ? N1 A U 678 ? ? "C1'" A U 678 ? ? 125.18 117.70 7.48 1.20 N 82 1 C6 A C 730 ? ? N1 A C 730 ? ? C2 A C 730 ? ? 117.85 120.30 -2.45 0.40 N 83 1 C5 A C 730 ? ? C6 A C 730 ? ? N1 A C 730 ? ? 124.45 121.00 3.45 0.50 N 84 1 N1 A C 730 ? ? C2 A C 730 ? ? O2 A C 730 ? ? 123.25 118.90 4.35 0.60 N 85 1 C2 A C 730 ? ? N1 A C 730 ? ? "C1'" A C 730 ? ? 125.64 118.80 6.84 1.10 N 86 1 C2 A U 819 ? ? N1 A U 819 ? ? "C1'" A U 819 ? ? 125.31 117.70 7.61 1.20 N 87 1 N1 A C 829 ? ? C2 A C 829 ? ? O2 A C 829 ? ? 124.84 118.90 5.94 0.60 N 88 1 N3 A C 829 ? ? C2 A C 829 ? ? O2 A C 829 ? ? 116.70 121.90 -5.20 0.70 N 89 1 C6 A C 835 ? ? N1 A C 835 ? ? C2 A C 835 ? ? 116.85 120.30 -3.45 0.40 N 90 1 C5 A C 835 ? ? C6 A C 835 ? ? N1 A C 835 ? ? 124.14 121.00 3.14 0.50 N 91 1 N1 A C 835 ? ? C2 A C 835 ? ? O2 A C 835 ? ? 125.83 118.90 6.93 0.60 N 92 1 N3 A C 835 ? ? C2 A C 835 ? ? O2 A C 835 ? ? 114.79 121.90 -7.11 0.70 N 93 1 C6 A C 835 ? ? N1 A C 835 ? ? "C1'" A C 835 ? ? 112.21 120.80 -8.59 1.20 N 94 1 C2 A C 835 ? ? N1 A C 835 ? ? "C1'" A C 835 ? ? 130.88 118.80 12.08 1.10 N 95 1 C6 A C 849 ? ? N1 A C 849 ? ? C2 A C 849 ? ? 117.58 120.30 -2.72 0.40 N 96 1 N1 A C 849 ? ? C2 A C 849 ? ? O2 A C 849 ? ? 124.58 118.90 5.68 0.60 N 97 1 N3 A C 849 ? ? C2 A C 849 ? ? O2 A C 849 ? ? 116.19 121.90 -5.71 0.70 N 98 1 C2 A C 849 ? ? N1 A C 849 ? ? "C1'" A C 849 ? ? 128.16 118.80 9.36 1.10 N 99 1 C6 A C 880 ? ? N1 A C 880 ? ? C2 A C 880 ? ? 117.48 120.30 -2.82 0.40 N 100 1 C5 A C 880 ? ? C6 A C 880 ? ? N1 A C 880 ? ? 124.35 121.00 3.35 0.50 N 101 1 N1 A U 914 ? ? C2 A U 914 ? ? O2 A U 914 ? ? 128.68 122.80 5.88 0.70 N 102 1 N3 A U 914 ? ? 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RELION 1.4 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6FEC 'double helix' 6FEC 'a-form double helix' 6FEC 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 J A 483 1_555 J U 31 1_555 -3.894 -2.262 -0.265 -2.661 -6.583 -89.707 1 A_A506:U31_A A 506 ? 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