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'Klebsiella pneumoniae' 573 ? ? ? ? ? ? ? ? ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; 866768 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? pET28b ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 6 1 sample 1 63 'Klebsiella pneumoniae' ? 573 ? 7 1 sample 1 63 'Klebsiella pneumoniae' ? 573 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 1 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 2 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 ? 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_struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6GH6 _struct_keywords.text 'transcription initiation, DNA loading, transcription bubble, sigma factor, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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WATSON-CRICK ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 29 B . ? GLU 29 B PRO 30 B ? PRO 30 B 1 -6.62 2 PHE 57 C . ? PHE 57 C PRO 58 C ? PRO 58 C 1 -2.46 3 LEU 120 D . ? LEU 120 D PRO 121 D ? PRO 121 D 1 1.66 4 PRO 121 D . ? PRO 121 D SER 122 D ? 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AD9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? parallel AD3 1 2 ? parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 13 ? GLU A 17 ? LEU A 13 GLU A 17 AA1 2 HIS A 23 ? LEU A 28 ? HIS A 23 LEU A 28 AA1 3 ASP A 199 ? GLU A 206 ? ASP A 199 GLU A 206 AA1 4 ARG A 182 ? ALA A 189 ? ARG A 182 ALA A 189 AA2 1 ILE A 99 ? SER A 105 ? ILE A 99 SER A 105 AA2 2 SER A 139 ? GLY A 149 ? SER A 139 GLY A 149 AA2 3 GLY A 53 ? ILE A 61 ? GLY A 53 ILE A 61 AA2 4 ARG A 170 ? LEU A 172 ? ARG A 170 LEU A 172 AA3 1 ASP B 15 ? VAL B 19 ? ASP B 15 VAL B 19 AA3 2 HIS B 23 ? LEU B 28 ? HIS B 23 LEU B 28 AA3 3 LYS B 200 ? THR B 207 ? LYS B 200 THR B 207 AA3 4 VAL B 180 ? GLU B 188 ? VAL B 180 GLU B 188 AA4 1 VAL B 98 ? SER B 105 ? VAL B 98 SER B 105 AA4 2 SER B 139 ? ARG B 150 ? SER B 139 ARG B 150 AA4 3 PRO B 52 ? ILE B 61 ? PRO B 52 ILE B 61 AA4 4 LEU B 171 ? LEU B 172 ? LEU B 171 LEU B 172 AA5 1 VAL B 90 ? ARG B 91 ? VAL B 90 ARG B 91 AA5 2 GLU B 122 ? ILE B 123 ? GLU B 122 ILE B 123 AA6 1 LYS C 13 ? ASP C 14 ? LYS C 13 ASP C 14 AA6 2 ILE C 1182 ? ALA C 1183 ? ILE C 1182 ALA C 1183 AA6 3 VAL C 700 ? GLY C 701 ? 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ILE C 748 ASN C 752 AC2 1 THR C 789 ? ASP C 790 ? THR C 789 ASP C 790 AC2 2 GLU C 793 ? LEU C 794 ? GLU C 793 LEU C 794 AC3 1 MET C 1066 ? ALA C 1067 ? MET C 1066 ALA C 1067 AC3 2 VAL C 1225 ? LYS C 1234 ? VAL C 1225 LYS C 1234 AC3 3 GLN C 798 ? PHE C 804 ? GLN C 798 PHE C 804 AC3 4 ILE C 1096 ? LEU C 1098 ? ILE C 1096 LEU C 1098 AC3 5 ILE C 816 ? SER C 819 ? ILE C 816 SER C 819 AC3 6 ILE C 1076 ? ASN C 1080 ? ILE C 1076 ASN C 1080 AC4 1 MET C 1066 ? ALA C 1067 ? MET C 1066 ALA C 1067 AC4 2 VAL C 1225 ? LYS C 1234 ? VAL C 1225 LYS C 1234 AC4 3 GLN C 1209 ? ILE C 1210 ? GLN C 1209 ILE C 1210 AC5 1 GLY C 846 ? PRO C 847 ? GLY C 846 PRO C 847 AC5 2 THR C 830 ? THR C 843 ? THR C 830 THR C 843 AC5 3 VAL C 1046 ? ARG C 1058 ? VAL C 1046 ARG C 1058 AC5 4 THR C 927 ? VAL C 931 ? THR C 927 VAL C 931 AC6 1 GLY C 846 ? PRO C 847 ? GLY C 846 PRO C 847 AC6 2 THR C 830 ? THR C 843 ? THR C 830 THR C 843 AC6 3 VAL C 1046 ? ARG C 1058 ? VAL C 1046 ARG C 1058 AC6 4 PHE C 934 ? THR C 935 ? 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ILE D 820 MET D 822 AD5 2 VAL D 880 ? VAL D 882 ? VAL D 880 VAL D 882 AD6 1 LYS D 959 ? SER D 961 ? LYS D 959 SER D 961 AD6 2 THR D 980 ? LYS D 983 ? THR D 980 LYS D 983 AD6 3 LYS D 996 ? VAL D 997 ? LYS D 996 VAL D 997 AD7 1 SER D 1160 ? VAL D 1163 ? SER D 1160 VAL D 1163 AD7 2 GLU D 1202 ? VAL D 1204 ? GLU D 1202 VAL D 1204 AD8 1 GLY D 1277 ? GLU D 1278 ? GLY D 1277 GLU D 1278 AD8 2 ALA D 1264 ? ILE D 1266 ? ALA D 1264 ILE D 1266 AD8 3 TYR D 1302 ? SER D 1303 ? TYR D 1302 SER D 1303 AD9 1 UNK F 299 ? UNK F 301 ? UNK M 279 UNK M 281 AD9 2 UNK F 306 ? UNK F 308 ? UNK M 286 UNK M 288 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLU A 17 ? N GLU A 17 O LYS A 25 ? O LYS A 25 AA1 2 3 N LEU A 28 ? N LEU A 28 O LEU A 201 ? O LEU A 201 AA1 3 4 O LYS A 200 ? O LYS A 200 N GLU A 188 ? N GLU A 188 AA2 1 2 N LYS A 104 ? N LYS A 104 O ILE A 140 ? O ILE A 140 AA2 2 3 O GLN A 147 ? O GLN A 147 N ALA A 55 ? N ALA A 55 AA2 3 4 N VAL A 59 ? N VAL A 59 O LEU A 171 ? O LEU A 171 AA3 1 2 N GLU B 17 ? N GLU B 17 O LYS B 25 ? O LYS B 25 AA3 2 3 N ALA B 24 ? N ALA B 24 O MET B 205 ? O MET B 205 AA3 3 4 O GLU B 206 ? O GLU B 206 N ARG B 182 ? N ARG B 182 AA4 1 2 N LYS B 104 ? N LYS B 104 O ILE B 140 ? O ILE B 140 AA4 2 3 O ARG B 143 ? O ARG B 143 N GLU B 60 ? N GLU B 60 AA4 3 4 N VAL B 59 ? N VAL B 59 O LEU B 171 ? O LEU B 171 AA5 1 2 N ARG B 91 ? N ARG B 91 O GLU B 122 ? O GLU B 122 AA6 1 2 N LYS C 13 ? N LYS C 13 O ALA C 1183 ? O ALA C 1183 AA6 2 3 O ILE C 1182 ? O ILE C 1182 N GLY C 701 ? N GLY C 701 AA7 1 2 N VAL C 71 ? N VAL C 71 O LYS C 99 ? O LYS C 99 AA7 2 3 N ILE C 104 ? N ILE C 104 O LYS C 115 ? O LYS C 115 AA8 1 2 N VAL C 71 ? 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F MET 35 316 1 Y 1 M THR 16 ? F THR 36 317 1 Y 1 M PRO 17 ? F PRO 37 318 1 Y 1 M GLN 18 ? F GLN 38 319 1 Y 1 M LEU 19 ? F LEU 39 320 1 Y 1 M GLN 20 ? F GLN 40 321 1 Y 1 M GLN 21 ? F GLN 41 322 1 Y 1 M ALA 22 ? F ALA 42 323 1 Y 1 M ILE 23 ? F ILE 43 324 1 Y 1 M ARG 24 ? F ARG 44 325 1 Y 1 M LEU 25 ? F LEU 45 326 1 Y 1 M LEU 26 ? F LEU 46 327 1 Y 1 M GLN 27 ? F GLN 47 328 1 Y 1 M LEU 28 ? F LEU 48 329 1 Y 1 M SER 29 ? F SER 49 330 1 Y 1 M THR 30 ? F THR 50 331 1 Y 1 M LEU 31 ? F LEU 51 332 1 Y 1 M GLU 32 ? F GLU 52 333 1 Y 1 M LEU 33 ? F LEU 53 334 1 Y 1 M GLN 34 ? F GLN 54 335 1 Y 1 M GLN 35 ? F GLN 55 336 1 Y 1 M GLU 36 ? F GLU 56 337 1 Y 1 M LEU 37 ? F LEU 57 338 1 Y 1 M GLN 38 ? F GLN 58 339 1 Y 1 M GLN 39 ? F GLN 59 340 1 Y 1 M ALA 40 ? F ALA 60 341 1 Y 1 M LEU 41 ? F LEU 61 342 1 Y 1 M GLU 42 ? F GLU 62 343 1 Y 1 M SER 43 ? F SER 63 344 1 Y 1 M ASN 44 ? F ASN 64 345 1 Y 1 M PRO 45 ? F PRO 65 346 1 Y 1 M LEU 46 ? F LEU 66 347 1 Y 1 M LEU 47 ? F LEU 67 348 1 Y 1 M GLU 48 ? 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F GLU 101 382 1 Y 1 M LEU 82 ? F LEU 102 383 1 Y 1 M PRO 83 ? F PRO 103 384 1 Y 1 M LEU 84 ? F LEU 104 385 1 Y 1 M ASP 85 ? F ASP 105 386 1 Y 1 M ALA 86 ? F ALA 106 387 1 Y 1 M SER 87 ? F SER 107 388 1 Y 1 M TRP 88 ? F TRP 108 389 1 Y 1 M ASP 89 ? F ASP 109 390 1 Y 1 M GLU 90 ? F GLU 110 391 1 Y 1 M ILE 91 ? F ILE 111 392 1 Y 1 M TYR 92 ? F TYR 112 393 1 Y 1 M THR 93 ? F THR 113 394 1 Y 1 M ALA 94 ? F ALA 114 395 1 Y 1 M GLY 95 ? F GLY 115 396 1 Y 1 M THR 96 ? F THR 116 397 1 Y 1 M PRO 97 ? F PRO 117 398 1 Y 1 M SER 98 ? F SER 118 399 1 Y 1 M GLY 99 ? F GLY 119 400 1 Y 1 M ASN 100 ? F ASN 120 401 1 Y 1 M GLY 101 ? F GLY 121 402 1 Y 1 M VAL 102 ? F VAL 122 403 1 Y 1 M ASP 103 ? F ASP 123 404 1 Y 1 M TYR 104 ? F TYR 124 405 1 Y 1 M GLN 105 ? F GLN 125 406 1 Y 1 M ASP 106 ? F ASP 126 407 1 Y 1 M ASP 107 ? F ASP 127 408 1 Y 1 M GLU 108 ? F GLU 128 409 1 Y 1 M LEU 109 ? F LEU 129 410 1 Y 1 M PRO 110 ? F PRO 130 411 1 Y 1 M VAL 111 ? F VAL 131 412 1 Y 1 M TYR 112 ? 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'UCSF Chimera' 1.9 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 8.03 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.10.1 ? 1 ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? 'CCP4 package' 7 ? 1 ? 12 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6GH6 'double helix' 6GH6 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 G DC 5 1_555 H DG 59 1_555 0.146 -0.506 -1.342 -12.655 1.602 0.584 1 N_DC-31:DG31_T N -31 ? 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