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DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MSRRNPPGSRNGGGPTNASPFIKRDRMRRNFLRMRMGQNGSNSSSPGVPNGDNSRGSLVKKDDPEYAEEREKMLLQIGVE ADAGRSNVKVKDEDPNEYNEFPLRAIPKEDLENMRTHLLKFQSKKKINPVTDFHLPVRLHRKDTRNLQFQLTRAEIVQRQ KEISEYKKKAEQERSTPNSGGMNKSGTVSLNNTVKDGSQTPTVDSVTKDNTANGVNSSIPTVTGSSVPPASPTTVSAVES NGLSNGSTSAANGLDGNASTANLANGRPLVTKLEDAGPAEDPTKVGMVKYDGKEVTNEPEFEEGTMDPLADVAPDGGGRA KRGNLRRKTRQLKVLDENAKKLRFEEFYPWVMEDFDGYNTWVGSYEAGNSDSYVLLSVEDDGSFTMIPADKVYKFTARNK YATLTIDEAEKRMDKKSGEVPRWLMKHLDNIGTTTTRYDRTRRKLKAVADQQAMDEDDRDDNSEVELDYDEEFADDEEAP 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(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA) ; GCTAATACCGTGGCCGGGAGTGGCACACACCTATATATATGTGGCTGGGCCGGGCA T ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPDENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYT FQKAQVEAEWV ; ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTGSALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPDENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYT FQKAQVEAEWV ; U ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSEKHHHHHH ; ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSEKHHHHHH ; V ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 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_entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 13 1 sample 'Biological sequence' 1 345 ;Baker's yeast ; ? 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2 ;MSDLANSEKYYDEDPYGFEDESAPITAEDSWAVISAFFREKGLVSQQLDSFNQFVDYTLQDIICEDSTLILEQLAQHTTE SDNISRKYEISFGKIYVTKPMVNESDGVTHALYPQEARLRNLTYSSGLFVDVKKRTYEAIDVPGRELKYELIAEESEDDS ESGKVFIGRLPIMLRSKNCYLSEATESDLYKLKECPFDMGGYFIINGSEKVLIAQERSAGNIVQVFKKAAPSPISHVAEI RSALEKGSRFISTLQVKLYGREGSSARTIKATLPYIKQDIPIVIIFRALGIIPDGEILEHICYDVNDWQMLEMLKPCVED GFVIQDRETALDFIGRRGTALGIKKEKRIQYAKDILQKEFLPHITQLEGFESRKAFFLGYMINRLLLCALDRKDQDDRDH FGKKRLDLAGPLLAQLFKTLFKKLTKDIFRYMQRTVEEAHDFNMKLAINAKTITSGLKYALATGNWGEQKKAMSSRAGVS QVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSCISVGTDPMPIITFLSE WGMEPLEDYVPHQSPDATRVFVNGVWHGVHRNPARLMETLRTLRRKGDINPEVSMIRDIREKELKIFTDAGRVYRPLFIV EDDESLGHKELKVRKGHIAKLMATEYQDIEGGFEDVEEYTWSSLLNEGLVEYIDAEEEESILIAMQPEDLEPAEANEEND LDVDPAKRIRVSHHATTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQ KPLGTTRAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKKYGMSITETFEKPQRT NTLRMKHGTYDKLDDDGLIAPGVRVSGEDVIIGKTTPISPDEEELGQRTAYHSKRDASTPLRSTENGIVDQVLVTTNQDG LKFVKVRVRTTKIPQIGDKFASRHGQKGTIGITYRREDMPFTAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVAALSGN EGDASPFTDITVEGISKLLREHGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQIFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPMQVLTRQPVE GRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAASFLKERLMEASDAFRVHICGICGLMTVIAKLNHNQFECKGCDNKIDIYQIHIPYAA KLLFQELMAMNITPRLYTDRSRDF ; 1 3 UNP RPB3_YEAST P16370 ? 3 ;MSEEGPQVKIREASKDNVDFILSNVDLAMANSLRRVMIAEIPTLAIDSVEVETNTTVLADEFIAHRLGLIPLQSMDIEQL EYSRDCFCEDHCDKCSVVLTLQAFGESESTTNVYSKDLVIVSNLMGRNIGHPIIQDKEGNGVLICKLRKGQELKLTCVAK KGIAKEHAKWGPAAAIEFEYDPWNKLKHTDYWYEQDSAKEWPQSKNCEYEDPPNEGDPFDYKAQADTFYMNVESVGSIPV DQVVVRGIDTLQKKVASILLALTQMDQDKVNFASGDNNTASNMLGSNEDVMMTGAEQDPYSNASQMGNTGSGGYDNAW ; 1 4 UNP RPB4_YEAST P20433 ? 4 ;NVSTSTFQTRRRRLKKVEEEENAATLQLGQEFQLKQINHQGEEEELIALNLSEARLVIKEALVERRRAFKRSQKKHKKKH LKHENANDETTAVEDEDDDLDEDDVNADDDDFMHSETREKELESIDVLLEQTTGGNNKDLKNTMQYLTNFSRFRDQETVG AVIQLLKSTGLHPFEVAQLGSLACDTADEAKTLIPSLNNKISDDELERILKELSNLETLY ; 2 5 UNP RPAB1_YEAST P20434 ? 5 ;MDQENERNISRLWRAFRTVKEMVKDRGYFITQEEVELPLEDFKAKYCDSMGRPQRKMMSFQANPTEESISKFPDMGSLWV EFCDEPSVGVKTMKTFVIHIQEKNFQTGIFVYQNNITPSAMKLVPSIPPATIETFNEAALVVNITHHELVPKHIRLSSDE KRELLKRYRLKESQLPRIQRADPVALYLGLKRGEVVKIIRKSETSGRYASYRICM ; 1 6 UNP RPAB2_YEAST P20435 ? 6 ;SDYEEAFNDGNENFEDFDVEHFSDEETYEEKPQFKDGETTDANGKTIVTGGNGPEDFQQHEQIRRKTLKEKAIPKDQRAT TPYMTKYERARILGTRALQISMNAPVFVDLEGETDPLRIAMKELAEKKIPLVIRRYLPDGSFEDWSVEELIVDL ; 2 7 UNP RPB7_YEAST P34087 ? 7 ;MFFIKDLSLNITLHPSFFGPRMKQYLKTKLLEEVEGSCTGKFGYILCVLDYDNIDIQRGRILPTDGSAEFNVKYRAVVFK PFKGEVVDGTVVSCSQHGFEVQVGPMKVFVTKHLMPQDLTFNAGSNPPSYQSSEDVITIKSRIRVKIEGCISQVSSIHAI GSIKEDYLGAI ; 1 8 UNP RPAB3_YEAST P20436 ? 8 ;MSNTLFDDIFQVSEVDPGRYNKVCRIEAASTTQDQCKLTLDINVELFPVAAQDSLTVTIASSLNLEDTPANDSSATRSWR PPQAGDRSLADDYDYVMYGTAYKFEEVSKDLIAVYYSFGGLLMRLEGNYRNLNNLKQENAYLLIRR ; 1 9 UNP RPB9_YEAST P27999 ? 9 ;MTTFRFCRDCNNMLYPREDKENNRLLFECRTCSYVEEAGSPLVYRHELITNIGETAGVVQDIGSDPTLPRSDRECPKCHS RENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS ; 1 10 UNP RPAB5_YEAST P22139 ? 10 MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD 1 11 UNP RPB11_YEAST P38902 ? 11 ;MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEG YDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF ; 1 12 UNP RPAB4_YEAST P40422 ? 12 MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR 1 13 UNP TF2B_YEAST P29055 ? 13 ;MMTRESIDKRAGRRGPNLNIVLTCPECKVYPPKIVERFSEGDVVCALCGLVLSDKLVDTRSEWRTFSNDDHNGDDPSRVG EASNPLLDGNNLSTRIGKGETTDMRFTKELNKAQGKNVMDKKDNEVQAAFAKITMLCDAAELPKIVKDCAKEAYKLCHDE KTLKGKSMESIMAASILIGCRRAEVARTFKEIQSLIHVKTKEFGKTLNIMKNILRGKSEDGFLKIDTDNMSGAQNLTYIP RFCSHLGLPMQVTTSAEYTAKKCKEIKEIAGKSPITIAVVSIYLNILLFQIPITAAKVGQTLQVTEGTIKSGYKILYEHR DKLVDPQLIANGVVSLDNLPGVEKK ; 1 14 PDB 6GYK 6GYK ? 14 ? 1 15 UNP TBP_YEAST P13393 ? 15 ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; 1 16 UNP T2FA_YEAST P41895 ? 16 ;MSRRNPPGSRNGGGPTNASPFIKRDRMRRNFLRMRMGQNGSNSSSPGVPNGDNSRGSLVKKDDPEYAEEREKMLLQIGVE ADAGRSNVKVKDEDPNEYNEFPLRAIPKEDLENMRTHLLKFQSKKKINPVTDFHLPVRLHRKDTRNLQFQLTRAEIVQRQ KEISEYKKKAEQERSTPNSGGMNKSGTVSLNNTVKDGSQTPTVDSVTKDNTANGVNSSIPTVTGSSVPPASPTTVSAVES NGLSNGSTSAANGLDGNASTANLANGRPLVTKLEDAGPAEDPTKVGMVKYDGKEVTNEPEFEEGTMDPLADVAPDGGGRA KRGNLRRKTRQLKVLDENAKKLRFEEFYPWVMEDFDGYNTWVGSYEAGNSDSYVLLSVEDDGSFTMIPADKVYKFTARNK YATLTIDEAEKRMDKKSGEVPRWLMKHLDNIGTTTTRYDRTRRKLKAVADQQAMDEDDRDDNSEVELDYDEEFADDEEAP IIDGNEQENKESEQRIKKEMLQANAMGLRDEEAPSENEEDELFGEKKIDEDGERIKKALQKTELAALYSSDENEINPYLS ESDIENKENESPVKKEEDSDTLSKSKRSSPKKQQKKATNAHVHKEPTLRVKSIKNCVIILKGDKKILKSFPEGEWNPQTT KAVDSSNNASNTVPSPIKQEEGLNSTVAEREETPAPTITEKDIIEAIGDGKVNIKEFGKFIRRKYPGAENKKLMFAIVKK LCRKVGNDHMELKKE ; 1 17 UNP T2FB_YEAST P41896 ? 17 ;MSSGSAGAPALSNNSTNSVAKEKSGNISGDEYLSQEEEVFDGNDIENNETKVYEESLDLDLERSNRQVWLVRLPMFLAEK WRDRNNLHGQELGKIRINKDGSKITLLLNENDNDSIPHEYDLELTKKVVENEYVFTEQNLKKYQQRKKELEADPEKQRQA YLKKQEREEELKKKQQQQKRRNNRKKFNHRVMTDRDGRDRYIPYVKTIPKKTAIVGTVCHECQVMPSMNDPNYHKIVEQR RNIVKLNNKERITTLDETVGVTMSHTGMSMRSDNSNFLKVGREKAKSNIKSIRMPKKEILDYLFKLFDEYDYWSLKGLKE RTRQPEAHLKECLDKVATLVKKGPYAFKYTLRPEYKKLKEEERKATLGELADEQTGSAGDNAQGDAEADLEDEIEMEDVV ; 1 18 PDB 6GYK 6GYK ? 18 ? 1 19 UNP TOA1_YEAST P32773 ? 19 ;MSNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLTETKVTTFSWDNQFNEGNINGVQNDLNFNLATPG VNSSEFNIKEENTG ; 1 20 UNP TOA1_YEAST P32773 ? 19 SALLDTDEVGSELDDSDDDYLISEGEEDGPDENLMLCLYDKVTRTKARWKCSLKDGVVTINRNDYTFQKAQVEAEWV 210 21 UNP T2AG_YEAST P32774 ? 20 ;MAVPGYYELYRRSTIGNSLVDALDTLISDGRIEASLAMRVLETFDKVVAETLKDNTQSKLTVKGNLDTYGFCDDVWTFIV KNCQVTVEDSHRDASQNGSGDSQSVISVDKLRIVACNSKKSE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6GYK A 1 ? 1733 ? P04050 1 ? 1733 ? 1 1733 2 2 6GYK B 1 ? 1224 ? P08518 1 ? 1224 ? 1 1224 3 3 6GYK C 1 ? 318 ? P16370 1 ? 318 ? 1 318 4 4 6GYK D 1 ? 220 ? P20433 2 ? 221 ? 2 221 5 5 6GYK E 1 ? 215 ? P20434 1 ? 215 ? 1 215 6 6 6GYK F 1 ? 154 ? P20435 2 ? 155 ? 2 155 7 7 6GYK G 1 ? 171 ? P34087 1 ? 171 ? 1 171 8 8 6GYK H 1 ? 146 ? P20436 1 ? 146 ? 1 146 9 9 6GYK I 1 ? 122 ? P27999 1 ? 122 ? 1 122 10 10 6GYK J 1 ? 70 ? P22139 1 ? 70 ? 1 70 11 11 6GYK K 1 ? 120 ? P38902 1 ? 120 ? 1 120 12 12 6GYK L 1 ? 70 ? P40422 1 ? 70 ? 1 70 13 13 6GYK M 1 ? 345 ? P29055 1 ? 345 ? 1 345 14 14 6GYK N 1 ? 56 ? 6GYK 5 ? 60 ? 5 60 15 15 6GYK O 1 ? 240 ? P13393 1 ? 240 ? 1 240 16 16 6GYK Q 1 ? 735 ? P41895 1 ? 735 ? 1 735 17 17 6GYK R 1 ? 400 ? P41896 1 ? 400 ? 1 400 18 18 6GYK T 1 ? 56 ? 6GYK 26 ? 81 ? 26 81 19 19 6GYK U 1 ? 94 ? P32773 1 ? 94 ? 1 209 20 20 6GYK U 95 ? 171 ? P32773 210 ? 286 ? 210 286 21 21 6GYK V 1 ? 122 ? P32774 1 ? 122 ? 1 122 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 21 6GYK LYS V 123 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 123 1 21 6GYK HIS V 124 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 124 2 21 6GYK HIS V 125 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 125 3 21 6GYK HIS V 126 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 126 4 21 6GYK HIS V 127 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 127 5 21 6GYK HIS V 128 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 128 6 21 6GYK HIS V 129 ? UNP P32774 ? ? 'expression tag' 129 7 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6GYK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6GYK _struct.title 'Structure of a yeast closed complex (core CC1)' _struct.pdbx_descriptor ;DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4, Transcription initiation factor IIB, TATA-box-binding protein, Transcription initiation factor IIF subunit alpha, Transcription initiation factor IIF subunit beta, Transcription initiation factor IIA large subunit,Transcription initiation factor IIA large subunit, Transcription initiation factor IIA subunit 2/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6GYK _struct_keywords.text 'Rna polymerase II, transcription initiation, promoter opening, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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C CYS 95 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc20 metalc ? ? I CYS 7 SG ? ? ? 1_555 Z ZN . ZN ? ? I CYS 7 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc21 metalc ? ? I CYS 10 SG ? ? ? 1_555 Z ZN . ZN ? ? I CYS 10 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc22 metalc ? ? I CYS 29 SG ? ? ? 1_555 Z ZN . ZN ? ? I CYS 29 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc23 metalc ? ? I CYS 32 SG ? ? ? 1_555 Z ZN . ZN ? ? I CYS 32 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc24 metalc ? ? I CYS 75 SG ? ? ? 1_555 AA ZN . ZN ? ? I CYS 75 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc25 metalc ? ? I CYS 78 SG ? ? ? 1_555 AA ZN . ZN ? ? I CYS 78 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc26 metalc ? ? I CYS 103 SG ? ? ? 1_555 AA ZN . ZN ? ? I CYS 103 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc27 metalc ? ? I CYS 106 SG ? ? ? 1_555 AA ZN . ZN ? ? I CYS 106 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc28 metalc ? ? J CYS 7 SG ? ? ? 1_555 BA ZN . ZN ? ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog7 hydrog ? ? N DC 3 N4 ? ? ? 1_555 R DG 54 O6 ? ? N DC 7 T DG 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? N DC 3 O2 ? ? ? 1_555 R DG 54 N2 ? ? N DC 7 T DG 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? N DC 4 N3 ? ? ? 1_555 R DG 53 N1 ? ? N DC 8 T DG 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? N DC 4 N4 ? ? ? 1_555 R DG 53 O6 ? ? N DC 8 T DG 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog11 hydrog ? ? N DC 4 O2 ? ? ? 1_555 R DG 53 N2 ? ? N DC 8 T DG 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? N DC 5 N3 ? ? ? 1_555 R DG 52 N1 ? ? N DC 9 T DG 77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? N DC 5 N4 ? ? ? 1_555 R DG 52 O6 ? ? N DC 9 T DG 77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? N DC 5 O2 ? ? ? 1_555 R DG 52 N2 ? ? N DC 9 T DG 77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog15 hydrog ? ? N DG 6 N1 ? ? ? 1_555 R DC 51 N3 ? ? N DG 10 T DC 76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? 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AG1 ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA7 7 8 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB2 7 8 ? anti-parallel AB2 8 9 ? anti-parallel AB2 9 10 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD4 5 6 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD5 6 7 ? parallel AD5 7 8 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? parallel AE8 3 4 ? parallel AE9 1 2 ? parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? parallel AF2 4 5 ? anti-parallel AF2 5 6 ? anti-parallel AF2 6 7 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF8 4 5 ? anti-parallel AF8 5 6 ? anti-parallel AF8 6 7 ? anti-parallel AF8 7 8 ? anti-parallel AF8 8 9 ? anti-parallel AF8 9 10 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AF9 4 5 ? parallel AF9 5 6 ? anti-parallel AF9 6 7 ? anti-parallel AF9 7 8 ? anti-parallel AF9 8 9 ? anti-parallel AF9 9 10 ? anti-parallel AF9 10 11 ? anti-parallel AF9 11 12 ? parallel AF9 12 13 ? anti-parallel AF9 13 14 ? anti-parallel AF9 14 15 ? parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? parallel AG1 4 5 ? anti-parallel AG1 5 6 ? anti-parallel AG1 6 7 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 1418 ? ASP A 1419 ? LEU A 1418 ASP A 1419 AA1 2 VAL A 17 ? LEU A 21 ? VAL A 17 LEU A 21 AA1 3 ILE B 1212 ? LEU B 1216 ? ILE B 1212 LEU B 1216 AA2 1 GLY A 82 ? PHE A 91 ? GLY A 82 PHE A 91 AA2 2 ILE A 235 ? VAL A 241 ? ILE A 235 VAL A 241 AA3 1 THR A 173 ? ASP A 177 ? THR A 173 ASP A 177 AA3 2 LYS A 180 ? TRP A 185 ? LYS A 180 TRP A 185 AA3 3 GLU A 198 ? LEU A 202 ? GLU A 198 LEU A 202 AA4 1 ILE A 250 ? PHE A 252 ? ILE A 250 PHE A 252 AA4 2 GLN A 256 ? GLY A 258 ? GLN A 256 GLY A 258 AA5 1 ALA A 314 ? LEU A 315 ? ALA A 314 LEU A 315 AA5 2 ARG M 95 ? ILE M 96 ? ARG M 95 ILE M 96 AA6 1 LYS A 343 ? ARG A 344 ? LYS A 343 ARG A 344 AA6 2 ARG B 1129 ? PHE B 1130 ? ARG B 1129 PHE B 1130 AA7 1 HIS B 1104 ? ARG B 1106 ? HIS B 1104 ARG B 1106 AA7 2 SER A 348 ? GLY A 355 ? SER A 348 GLY A 355 AA7 3 GLU A 486 ? HIS A 490 ? GLU A 486 HIS A 490 AA7 4 PRO A 441 ? ASN A 445 ? PRO A 441 ASN A 445 AA7 5 MET A 455 ? VAL A 462 ? MET A 455 VAL A 462 AA7 6 GLN A 363 ? VAL A 366 ? 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TYR H 95 SER H 108 AB3 1 LEU A 588 ? ARG A 590 ? LEU A 588 ARG A 590 AB3 2 MET A 605 ? ILE A 608 ? MET A 605 ILE A 608 AB3 3 GLN A 611 ? PHE A 614 ? GLN A 611 PHE A 614 AB4 1 GLY A 766 ? GLN A 767 ? GLY A 766 GLN A 767 AB4 2 PHE A 799 ? VAL A 800 ? PHE A 799 VAL A 800 AB5 1 ILE A 848 ? VAL A 850 ? ILE A 848 VAL A 850 AB5 2 THR A 856 ? ASN A 858 ? THR A 856 ASN A 858 AB5 3 VAL A 863 ? GLN A 865 ? VAL A 863 GLN A 865 AB6 1 ILE A 878 ? SER A 882 ? ILE A 878 SER A 882 AB6 2 ASN A 953 ? PRO A 957 ? ASN A 953 PRO A 957 AB7 1 GLU A 1280 ? TYR A 1287 ? GLU A 1280 TYR A 1287 AB7 2 GLU A 1303 ? ASP A 1309 ? GLU A 1303 ASP A 1309 AB7 3 SER A 1115 ? VAL A 1118 ? SER A 1115 VAL A 1118 AB7 4 TYR A 1328 ? THR A 1329 ? TYR A 1328 THR A 1329 AB8 1 THR A 1141 ? THR A 1142 ? THR A 1141 THR A 1142 AB8 2 THR A 1272 ? ARG A 1274 ? THR A 1272 ARG A 1274 AB9 1 LEU A 1224 ? TRP A 1228 ? LEU A 1224 TRP A 1228 AB9 2 LEU A 1236 ? VAL A 1242 ? LEU A 1236 VAL A 1242 AB9 3 TRP A 1191 ? LEU A 1197 ? 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ASP B 407 ? LYS B 404 ASP B 407 AC7 1 GLN B 224 ? LYS B 227 ? GLN B 224 LYS B 227 AC7 2 ILE B 234 ? ARG B 241 ? ILE B 234 ARG B 241 AC7 3 THR B 253 ? TYR B 259 ? THR B 253 TYR B 259 AC7 4 ILE B 269 ? THR B 272 ? ILE B 269 THR B 272 AC7 5 ILE B 280 ? PRO B 281 ? ILE B 280 PRO B 281 AC8 1 ARG B 497 ? ASN B 499 ? ARG B 497 ASN B 499 AC8 2 VAL B 536 ? ASN B 538 ? VAL B 536 ASN B 538 AC9 1 CYS B 544 ? ILE B 545 ? CYS B 544 ILE B 545 AC9 2 VAL B 633 ? GLU B 641 ? VAL B 633 GLU B 641 AC9 3 VAL B 690 ? ILE B 693 ? VAL B 690 ILE B 693 AD1 1 GLU B 650 ? LEU B 651 ? GLU B 650 LEU B 651 AD1 2 VAL B 633 ? GLU B 641 ? VAL B 633 GLU B 641 AD1 3 HIS B 740 ? CYS B 741 ? HIS B 740 CYS B 741 AD1 4 ILE B 703 ? ALA B 704 ? ILE B 703 ALA B 704 AD2 1 GLU B 564 ? PRO B 565 ? GLU B 564 PRO B 565 AD2 2 VAL B 585 ? HIS B 590 ? VAL B 585 HIS B 590 AD2 3 THR B 578 ? VAL B 582 ? THR B 578 VAL B 582 AD2 4 GLU B 623 ? PHE B 627 ? GLU B 623 PHE B 627 AD2 5 SER B 614 ? ASP B 618 ? SER B 614 ASP B 618 AD3 1 ALA B 793 ? LEU B 796 ? ALA B 793 LEU B 796 AD3 2 SER B 853 ? GLN B 862 ? SER B 853 GLN B 862 AD3 3 LYS B 962 ? LYS B 972 ? LYS B 962 LYS B 972 AD3 4 GLY B 947 ? THR B 956 ? GLY B 947 THR B 956 AD3 5 ARG B 904 ? VAL B 905 ? ARG B 904 VAL B 905 AD4 1 ALA B 793 ? LEU B 796 ? ALA B 793 LEU B 796 AD4 2 SER B 853 ? GLN B 862 ? SER B 853 GLN B 862 AD4 3 LYS B 962 ? LYS B 972 ? LYS B 962 LYS B 972 AD4 4 GLY B 947 ? THR B 956 ? GLY B 947 THR B 956 AD4 5 LEU L 56 ? LEU L 57 ? LEU L 56 LEU L 57 AD4 6 ILE L 30 ? CYS L 31 ? ILE L 30 CYS L 31 AD5 1 PHE B 1069 ? GLU B 1070 ? PHE B 1069 GLU B 1070 AD5 2 ILE B 1085 ? ARG B 1094 ? ILE B 1085 ARG B 1094 AD5 3 LYS B 979 ? ALA B 981 ? LYS B 979 ALA B 981 AD5 4 LYS B 987 ? TYR B 994 ? LYS B 987 TYR B 994 AD5 5 MET B 839 ? ASN B 842 ? MET B 839 ASN B 842 AD5 6 LEU B 1010 ? ILE B 1012 ? LEU B 1010 ILE B 1012 AD5 7 GLN B 821 ? ILE B 827 ? GLN B 821 ILE B 827 AD5 8 ILE B 1085 ? ARG B 1094 ? ILE B 1085 ARG B 1094 AD6 1 THR B 873 ? PHE B 874 ? 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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain _em_entity_assembly_recombinant.cell 3 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 4 2 32630 'synthetic construct' ? ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 37 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6GYK 'double helix' 6GYK 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 N DT 1 1_555 R DA 56 1_555 -0.081 -0.334 -1.017 -4.852 1.483 0.043 1 N_DT5:DA81_T N 5 ? 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