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EMDB EMD-0132 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-07-10 2 'Structure model' 1 1 2019-08-21 3 'Structure model' 1 2 2020-07-29 4 'Structure model' 1 3 2024-05-15 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data 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'_em_imaging_optics.phase_plate' 5 3 'Structure model' '_em_imaging_optics.sph_aberration_corrector' 6 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 7 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 8 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 9 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 10 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 11 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 12 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 13 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 14 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 15 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 16 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 17 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 18 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 19 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 20 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 21 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 22 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 23 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 24 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 25 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6H3C _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-07-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB 'Related BRCC36-containing complex' 6GVW unspecified EMDB 'Cryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2' EMD-0132 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Bunker, R.D.' 1 0000-0001-8866-5290 'Rabl, J.' 2 0000-0001-6375-852X 'Thoma, N.H.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 75 _citation.language ? _citation.page_first 483 _citation.page_last 497.e9 _citation.title 'Structural Basis of BRCC36 Function in DNA Repair and Immune Regulation.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2019.06.002 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31253574 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Rabl, J.' 1 ? primary 'Bunker, R.D.' 2 ? primary 'Schenk, A.D.' 3 ? primary 'Cavadini, S.' 4 ? primary 'Gill, M.E.' 5 ? primary 'Abdulrahman, W.' 6 ? primary 'Andres-Pons, A.' 7 ? primary 'Luijsterburg, M.S.' 8 ? primary 'Ibrahim, A.F.M.' 9 ? primary 'Branigan, E.' 10 ? primary 'Aguirre, J.D.' 11 ? primary 'Marceau, A.H.' 12 ? primary 'Guerillon, C.' 13 ? primary 'Bouwmeester, T.' 14 ? primary 'Hassiepen, U.' 15 ? primary 'Peters, A.H.F.M.' 16 ? primary 'Renatus, M.' 17 ? primary 'Gelman, L.' 18 ? primary 'Rubin, S.M.' 19 ? primary 'Mailand, N.' 20 ? primary 'van Attikum, H.' 21 ? primary 'Hay, R.T.' 22 ? primary 'Thoma, N.H.' 23 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'BRISC complex subunit Abraxas 2' 49256.246 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36' 38417.402 2 3.4.19.- ? ? ? 3 polymer man 'BRISC and BRCA1-A complex member 2' 45890.949 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'BRISC and BRCA1-A complex member 1' 39263.824 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial' 56144.711 2 2.1.2.1 A264T ? ? 6 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? 7 water nat water 18.015 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Abraxas brother protein 1,Protein FAM175B' 2 ;BRCA1-A complex subunit BRCC36,BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3,BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 36,BRISC complex subunit BRCC36 ; 3 'BRCA1-A complex subunit BRE,BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 45,Brain and reproductive organ-expressed protein' 4 'Mediator of RAP80 interactions and targeting subunit of 40 kDa,New component of the BRCA1-A complex' 5 'SHMT,Glycine hydroxymethyltransferase,Serine methylase' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHVDENLYFQGGGRMAASISGYTFSAVCFHSANSNADHEGFLLGEVRQEETFSISDSQISNTEFLQVIEIHNHQP CSKLFSFYDYASKVNEESLDRILKDRRKKVIGWYRFRRNTQQQMSYREQVLHKQLTRILGVPDLVFLLFSFISTANNSTH ALEYVLFRPNRRYNQRISLAIPNLGNTSQQEYKVSSVPNTSQSYAKVIKEHGTDFFDKDGVMKDIRAIYQVYNALQEKVQ AVCADVEKSERVVESCQAEVNKLRRQITQRKNEKEQERRLQQAVLSRQMPSESLDPAFSPRMPSSGFAAEGRSTLGDAEA SDPPPPYSDFHPNNQESTLSHSRMERSVFMPRPQAVGSSNYASTSAGLKYPGSGADLPPPQRAAGDSGEDSDDSDYENLI DPTEPSNSEYSHSKDSRPMAHPDEDPRNTQTSQI ; ;MHHHHHHVDENLYFQGGGRMAASISGYTFSAVCFHSANSNADHEGFLLGEVRQEETFSISDSQISNTEFLQVIEIHNHQP CSKLFSFYDYASKVNEESLDRILKDRRKKVIGWYRFRRNTQQQMSYREQVLHKQLTRILGVPDLVFLLFSFISTANNSTH ALEYVLFRPNRRYNQRISLAIPNLGNTSQQEYKVSSVPNTSQSYAKVIKEHGTDFFDKDGVMKDIRAIYQVYNALQEKVQ AVCADVEKSERVVESCQAEVNKLRRQITQRKNEKEQERRLQQAVLSRQMPSESLDPAFSPRMPSSGFAAEGRSTLGDAEA SDPPPPYSDFHPNNQESTLSHSRMERSVFMPRPQAVGSSNYASTSAGLKYPGSGADLPPPQRAAGDSGEDSDDSDYENLI DPTEPSNSEYSHSKDSRPMAHPDEDPRNTQTSQI ; A,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHVDENLYFQGGGRMAVQVVQAVQAVHLESDAFLVCLNHALSTEKEEVMGLCIGELNDDTRSDSKFAYTGTEMRT VAEKVDAVRIVHIHSVIILRRSDKRKDRVEISPEQLSAASTEAERLAELTGRPMRVVGWYHSHPHITVWPSHVDVRTQAM YQMMDQGFVGLIFSCFIEDKNTKTGRVLYTCFQSIQAQKSSESLHGPRDFWSSSQHISIEGQKEEERYERIEIPIHIVPH VTIGKVCLESAVELPKILCQEEQDAYRRIHSLTHLDSVTKIHNGSVFTKNLCSQMSAVSGPLLQWLEDRLEQNQQHLQEL QQEKEELMQELSSLE ; ;MHHHHHHVDENLYFQGGGRMAVQVVQAVQAVHLESDAFLVCLNHALSTEKEEVMGLCIGELNDDTRSDSKFAYTGTEMRT VAEKVDAVRIVHIHSVIILRRSDKRKDRVEISPEQLSAASTEAERLAELTGRPMRVVGWYHSHPHITVWPSHVDVRTQAM YQMMDQGFVGLIFSCFIEDKNTKTGRVLYTCFQSIQAQKSSESLHGPRDFWSSSQHISIEGQKEEERYERIEIPIHIVPH VTIGKVCLESAVELPKILCQEEQDAYRRIHSLTHLDSVTKIHNGSVFTKNLCSQMSAVSGPLLQWLEDRLEQNQQHLQEL QQEKEELMQELSSLE ; B,G ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHVDENLYFQGGGRMSPEVALNRISPMLSPFISSVVRNGKVGLDATNCLRITDLKSGCTSLTPGPNCDRFKLHIP YAGETLKWDIIFNAQYPELPPDFIFGEDAEFLPDPSALQNLASWNPSNPECLLLVVKELVQQYHQFQCSRLRESSRLMFE YQTLLEEPQYGENMEIYAGKKNNWTGEFSARFLLKLPVDFSNIPTYLLKDVNEDPGEDVALLSVSFEDTEATQVYPKLYL SPRIEHALGGSSALHIPAFPGGGCLIDYVPQVCHLLTNKVQYVIQGYHKRREYIAAFLSHFGTGVVEYDAEGFTKLTLLL MWKDFCFLVHIDLPLFFPRDQPTLTFQSVYHFTNSGQLYSQAQKNYPYSPRWDGNEMAKRAKAYFKTFVPQFQEAAFANG KL ; ;MHHHHHHVDENLYFQGGGRMSPEVALNRISPMLSPFISSVVRNGKVGLDATNCLRITDLKSGCTSLTPGPNCDRFKLHIP YAGETLKWDIIFNAQYPELPPDFIFGEDAEFLPDPSALQNLASWNPSNPECLLLVVKELVQQYHQFQCSRLRESSRLMFE YQTLLEEPQYGENMEIYAGKKNNWTGEFSARFLLKLPVDFSNIPTYLLKDVNEDPGEDVALLSVSFEDTEATQVYPKLYL SPRIEHALGGSSALHIPAFPGGGCLIDYVPQVCHLLTNKVQYVIQGYHKRREYIAAFLSHFGTGVVEYDAEGFTKLTLLL MWKDFCFLVHIDLPLFFPRDQPTLTFQSVYHFTNSGQLYSQAQKNYPYSPRWDGNEMAKRAKAYFKTFVPQFQEAAFANG KL ; C,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMEVAEPSSPTEEEEEEEEHSAEPRPRTRSNPEGAEDRAVGAQASVGSRSEGEGEAAS ADDGSLNTSGAGPKSWQVPPPAPEVQIRTPRVNCPEKVIICLDLSEEMSLPKLESFNGSKTNALNVSQKMIEMFVRTKHK IDKSHEFALVVVNDDTAWLSGLTSDPRELCSCLYDLETASCSTFNLEGLFSLIQQKTELPVTENVQTIPPPYVVRTILVY SRPPCQPQFSLTEPMKKMFQCPYFFFDVVYIHNGTEEKEEEMSWKDMFAFMGSLDTKGTSYKYEVALAGPALELHNCMAK LLAHPLQRPCQSHASYSLLEEEDEAIEVEATV ; ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMEVAEPSSPTEEEEEEEEHSAEPRPRTRSNPEGAEDRAVGAQASVGSRSEGEGEAAS ADDGSLNTSGAGPKSWQVPPPAPEVQIRTPRVNCPEKVIICLDLSEEMSLPKLESFNGSKTNALNVSQKMIEMFVRTKHK IDKSHEFALVVVNDDTAWLSGLTSDPRELCSCLYDLETASCSTFNLEGLFSLIQQKTELPVTENVQTIPPPYVVRTILVY SRPPCQPQFSLTEPMKKMFQCPYFFFDVVYIHNGTEEKEEEMSWKDMFAFMGSLDTKGTSYKYEVALAGPALELHNCMAK LLAHPLQRPCQSHASYSLLEEEDEAIEVEATV ; D,I ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSGQLVRMAIRAQHSNAAQTQTGEANRGWTGQESLSDSDPEMWELLQREKDRQCRGLELIASE NFCSRAALEALGSCLNNKYSEGYPGKRYYGGAEVVDEIELLCQRRALEAFDLDPAQWGVNVQPYSGSPANLAVYTALLQP HDRIMGLDLPDGGHLTHGYMSDVKRISATSIFFESMPYKLNPKTGLIDYNQLALTARLFRPRLIIAGTSAYARLIDYARM REVCDEVKAHLLADMAHISGLVAAKVIPSPFKHADIVTTTTHKTLRGTRSGLIFYRKGVKAVDPKTGREIPYTFEDRINF AVFPSLQGGPHNHAIAAVAVALKQACTPMFREYSLQVLKNARAMADALLERGYSLVSGGTDNHLVLVDLRPKGLDGARAE RVLELVSITANKNTCPGDRSAITPGGLRLGAPALTSRQFREDDFRRVVDFIDEGVNIGLEVKSKTAKLQDFKSFLLKDSE TSQRLANLRQRVEQFARAFPMPGFDEH ; ;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSGQLVRMAIRAQHSNAAQTQTGEANRGWTGQESLSDSDPEMWELLQREKDRQCRGLELIASE NFCSRAALEALGSCLNNKYSEGYPGKRYYGGAEVVDEIELLCQRRALEAFDLDPAQWGVNVQPYSGSPANLAVYTALLQP HDRIMGLDLPDGGHLTHGYMSDVKRISATSIFFESMPYKLNPKTGLIDYNQLALTARLFRPRLIIAGTSAYARLIDYARM REVCDEVKAHLLADMAHISGLVAAKVIPSPFKHADIVTTTTHKTLRGTRSGLIFYRKGVKAVDPKTGREIPYTFEDRINF AVFPSLQGGPHNHAIAAVAVALKQACTPMFREYSLQVLKNARAMADALLERGYSLVSGGTDNHLVLVDLRPKGLDGARAE RVLELVSITANKNTCPGDRSAITPGGLRLGAPALTSRQFREDDFRRVVDFIDEGVNIGLEVKSKTAKLQDFKSFLLKDSE TSQRLANLRQRVEQFARAFPMPGFDEH ; E,J ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 'ZINC ION' ZN 7 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 HIS n 1 3 HIS n 1 4 HIS n 1 5 HIS n 1 6 HIS n 1 7 HIS n 1 8 VAL n 1 9 ASP n 1 10 GLU n 1 11 ASN n 1 12 LEU n 1 13 TYR n 1 14 PHE n 1 15 GLN n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 GLY n 1 19 ARG n 1 20 MET n 1 21 ALA n 1 22 ALA n 1 23 SER n 1 24 ILE n 1 25 SER n 1 26 GLY n 1 27 TYR n 1 28 THR n 1 29 PHE n 1 30 SER n 1 31 ALA n 1 32 VAL n 1 33 CYS n 1 34 PHE n 1 35 HIS n 1 36 SER n 1 37 ALA n 1 38 ASN n 1 39 SER n 1 40 ASN n 1 41 ALA n 1 42 ASP n 1 43 HIS n 1 44 GLU n 1 45 GLY n 1 46 PHE n 1 47 LEU n 1 48 LEU n 1 49 GLY n 1 50 GLU n 1 51 VAL n 1 52 ARG n 1 53 GLN n 1 54 GLU n 1 55 GLU n 1 56 THR n 1 57 PHE n 1 58 SER n 1 59 ILE n 1 60 SER n 1 61 ASP n 1 62 SER n 1 63 GLN n 1 64 ILE n 1 65 SER n 1 66 ASN n 1 67 THR n 1 68 GLU n 1 69 PHE n 1 70 LEU n 1 71 GLN n 1 72 VAL n 1 73 ILE n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 HIS n 1 77 ASN n 1 78 HIS n 1 79 GLN n 1 80 PRO n 1 81 CYS n 1 82 SER n 1 83 LYS n 1 84 LEU n 1 85 PHE n 1 86 SER n 1 87 PHE n 1 88 TYR n 1 89 ASP n 1 90 TYR n 1 91 ALA n 1 92 SER n 1 93 LYS n 1 94 VAL n 1 95 ASN n 1 96 GLU n 1 97 GLU n 1 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UNP P34897 ALA 285 'cloning artifact' 264 200 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 43420 ? 1 MORE -322 ? 1 'SSA (A^2)' 129910 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;Assembly can be purified by glycerol gradient centrifugation or size exclusion chromatography. Affinity between BRISC and SHMT2 was determined by biolayer interferometry (Kd ~46 nM). ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 25 ? 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ASP D 162 TYR D 171 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 AD3 LEU D 206 ? GLN D 215 ? LEU D 183 GLN D 192 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 THR D 252 ? CYS D 261 ? THR D 229 CYS D 238 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN D 273 ? LYS D 278 ? ASN D 250 LYS D 255 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 MET D 282 ? GLY D 292 ? MET D 259 GLY D 269 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 SER D 293 ? ASP D 295 ? SER D 270 ASP D 272 5 ? 3 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO D 310 ? HIS D 315 ? PRO D 287 HIS D 292 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 HIS D 315 ? LEU D 322 ? HIS D 292 LEU D 299 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 CYS D 330 ? ALA D 334 ? CYS D 307 ALA D 311 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 SER E 25 ? ASN E 38 ? SER F 6 ASN F 19 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN E 95 ? LYS E 104 ? ASN F 76 LYS F 85 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 AE4 SER E 125 ? LEU E 139 ? SER F 106 LEU F 120 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN E 183 ? THR E 187 ? ASN F 164 THR F 168 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 SER E 201 ? HIS E 211 ? SER F 182 HIS F 192 1 ? 11 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY E 212 ? PHE E 215 ? 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O ? ? G ZN 401 G HOH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 NE2 ? 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COOT and ISOLDE were used for local rebuilding. Phenix was used for atom displacement parameter (ADP / B-factor) refinement. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 117 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Correlation coefficient and' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? ? 6GVW 1 ? ? PDB 'experimental model' 6GVW 1 2 ? A ? 5V7I 2 ? ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 7111 'Trichoplusia ni' pFastBac 'High Five' 3 3 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Drift correction was performed using Motioncor2. CTF was fitted using GCTF CryoFLARE was used for automation. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 45 _em_image_recording.average_exposure_time 7 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1822 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'CEOS Cs-corrector' # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Particles were auto-picked.' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 332598 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Gautomatch 0.53 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'CryoFLARE was used for automation of the drift correction, particle picking and CTF determination during data aquisition' EPU 1.1.0.30 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Rosetta 2018.09.60072 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 2.1 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 14 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 15 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 17 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 18 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 19 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 20 'MODEL REFINEMENT' ? Rosetta 2018.09.60072 ? 1 ? 21 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.15-3459 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.44 _em_specimen.details 'Sample was purified by gel filtration over a Superose 6 column.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6GVW 2 'experimental model' PDB 5V7I # _space_group.IT_number 1 _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 6H3C _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H N O S ZN # loop_