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EMDB EMD-0174 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'HCIV-1 spike complex (open)' EMD-0073 'other EM volume' EMDB 'HCIV-1 spike complex (close)' EMD-0072 'other EM volume' EMDB 'DNA-devoid HCIV-1 map' EMD-0050 'other EM volume' EMDB 'related HHIV-2 cryo-EM map at 4.4 Angstroms resolution' EMD-0172 'other EM volume' EMDB 'HHIV-2 pentameric spike complex' EMD-0131 'other EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) at 3.74 Angstrom resolution. ; EMD-0174 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6H9C _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-08-03 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE 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_citation.title 'Structural basis for assembly of vertical single beta-barrel viruses.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-08927-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30862777 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Santos-Perez, I.' 1 ? primary 'Charro, D.' 2 ? primary 'Gil-Carton, D.' 3 ? primary 'Azkargorta, M.' 4 ? primary 'Elortza, F.' 5 ? primary 'Bamford, D.H.' 6 0000-0002-6438-8118 primary 'Oksanen, H.M.' 7 0000-0003-3047-8294 primary 'Abrescia, N.G.A.' 8 0000-0001-5559-1918 # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6H9C _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? 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'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Haloarcula californiae icosahedral virus 1' ? 2 1 sample 1 146 ? 'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 108 ? 'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 75 ? 'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Haloarcula californiae icosahedral virus 1' ? 5 1 sample 1 46 ? 'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Haloarcula californiae icosahedral virus 1' ? 6 1 sample 1 18 ? 'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 232 ? 'Haloarcula californiae ATCC 33799' 662475 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Haloarcula californiae icosahedral virus 1' ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A1C7A3R1_9VIRU A0A1C7A3R1 ? 1 ;MGNIGNLSAEKQISLYDGQPFISEQDVAAGDPNTPALTIEGPDGYVIAVDAGTPIAPEFRDSNGEKLDPSTRVIVQKCDR QGNPLGDGIIFNDTLGRFNYNKMRTDPDYMRKTAKSLMVDEREIVKVFVDVPDGANGYDAERSRFTLGDDTSDFGKAVEI VDHDDLTEGETQAVKSASQRSGGA ; 1 2 UNP A0A1C7A3R7_9VIRU A0A1C7A3R7 ? 2 ;MRDNQDLLVKRLGRLVNVLESKEFGGTTTVDKDLDVTKNVTRTDEPNEDNTPDYFSTGKDRVLVPDTEEWERLGFGIVAK TVNVRTTDDVLLAFANPNTNGPTFKIRSNESPFTIGGDAGIDTAFMWLKKAESAQNDPAVEIIAYR ; 1 3 PDB 6H9C 6H9C ? 3 ? 1 4 PDB 6H9C 6H9C ? 4 ? 1 5 PDB 6H9C 6H9C ? 5 ? 1 6 PDB 6H9C 6H9C ? 6 ? 1 7 UNP A0A1C7A3R2_9VIRU A0A1C7A3R2 ? 7 ;MADQTQEYTLSHTGGLLGSSKVTTASNQTAPQRETAIISFEVPRKFSEIEYVGQRDATRFVPRTTEEITGTANDDTVVQL QANIQPIAGEEDMADQDYPVVVAYNVTQGAQVEIADVNYATDEVTLATDPADGDTVKLWPIMGDGEVQFRLVNQFGQEEG RVYPWATPLYRWHDFPQLKRGREINLHGSVTWQENETVEVLLDAPQAITWEDADYPEGQYVSTFEQDVEITL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6H9C D 1 ? 184 ? 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. n EA 1 166 LEU 166 166 166 LEU LEU a . n EA 1 167 THR 167 167 167 THR THR a . n EA 1 168 GLU 168 168 168 GLU GLU a . n EA 1 169 GLY 169 169 169 GLY GLY a . n EA 1 170 GLU 170 170 170 GLU GLU a . n EA 1 171 THR 171 171 171 THR THR a . n EA 1 172 GLN 172 172 172 GLN GLN a . n EA 1 173 ALA 173 173 173 ALA ALA a . n EA 1 174 VAL 174 174 174 VAL VAL a . n EA 1 175 LYS 175 175 ? ? ? a . n EA 1 176 SER 176 176 ? ? ? a . n EA 1 177 ALA 177 177 ? ? ? a . n EA 1 178 SER 178 178 ? ? ? a . n EA 1 179 GLN 179 179 ? ? ? a . n EA 1 180 ARG 180 180 ? ? ? a . n EA 1 181 SER 181 181 ? ? ? a . n EA 1 182 GLY 182 182 ? ? ? a . n EA 1 183 GLY 183 183 ? ? ? a . n EA 1 184 ALA 184 184 ? ? ? a . n FA 1 1 MET 1 1 ? ? ? 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Y . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details 'complete icosahedral assembly' _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 1920-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1920 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression ;1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,60 ; _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 2 'point symmetry operation' ? 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FA ALA 184 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 1 M NaCl 'Sodium Chloride' 1 2 70 mM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 3 20 mM KCl 'Potasium Chloride' 1 4 1 mM CaCl2 'Calcium Chloride' 1 5 50 mM C4H11NO3 Tris-HCl # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 662475 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Haloarcula californiae icosahedral virus 1' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 36 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON II (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 3218 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 4584 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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Taxonomic identifier 1735722 NCBI. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 662475 _em_virus_natural_host.organism 'Haloarcula californiae ATCC 33799' _em_virus_natural_host.strain ? # _em_virus_shell.id 1 _em_virus_shell.entity_assembly_id 1 _em_virus_shell.diameter 800 _em_virus_shell.name ? _em_virus_shell.triangulation 28 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Spanish Ministry of Economy and Competitiveness' Spain BFU2015-64541-R 1 'Spanish Ministry of Economy and Competitiveness' Spain SEV-2016-0644 2 'Academy of Finland' Finland '1306833, 255342,256518,283072' 3 'Other government' Spain 'Basque Governament PRE_2016_2_0151' 4 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #