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EMDB EMD-0275 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with picrotoxin and megabody Mb38.' _pdbx_database_related.db_id EMD-0275 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6HUG _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-10-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Masiulis, S.' 1 0000-0001-8986-913X 'Desai, R.' 2 0000-0003-1270-7188 'Uchanski, T.' 3 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signal peptide: MKKSPGLSDY LWAWTLFLST LTGRSYG FLAG tag: DYKDDDDK ; 2 polymer man 'Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3' 54444.578 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2' 56922.055 1 ? ? ? ;Linker sequence: GGSGGSGGSGK 1D4 tag: TETSQVAPA ; 4 polymer man 'Megabody Mb38' 57784.301 1 ? ? ? ;6His tag: HHHHHH EPEA tag: EPEA ; 5 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1559.386 1 ? ? ? ? 6 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 3 ? ? ? ? 7 branched man 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;QVQLQESGGGLVQTKTTTSVIDTTNDAQNLLTQAQTIVNTLKDYCPILIAKSSSSNGGTNNANTPSWQTAGGGKNSCATF GAEFSAASDMINNAQKIVQETQQLSANQPKNITQPHNLNLNSPSSLTALAQKMLKNAQSQAEILKLANQVESDFNKLSSG HLKDYIGKCDASAISSANMTMQNQKNNWGNGCAGVEETQSLLKTSAADFNNQTPQINQAQNLANTLIQELGNNPFRASGG GSGGGGSGKLSDTYEQLSRLLTNDNGTNSKTSAQAINQAVNNLNERAKTLAGGTTNSPAYQATLLALRSVLGLWNSMGYA VICGGYTKSPGENNQKDFHYTDENGNGTTINCGGSTNSNGTHSYNGTNTLKADKNVSLSIEQYEKIHEAYQILSKALKQA GLAPLNSKGEKLEAHVTTSKYGSLRVSCAASGRTFTTYIMAWFRQAPGKEREFLAAMDQGRIQYYGDSVRGRFTISRDYA KNSVDLQLDGLRPEDTAVYYCAAGAGFWGLRTASSYHYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA ; G ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ASP n 1 2 TYR n 1 3 LYS n 1 4 ASP n 1 5 ASP n 1 6 ASP n 1 7 ASP n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 PRO n 1 11 SER n 1 12 LEU n 1 13 GLN n 1 14 ASP n 1 15 GLU n 1 16 LEU n 1 17 LYS n 1 18 ASP n 1 19 ASN n 1 20 THR n 1 21 THR n 1 22 VAL n 1 23 PHE n 1 24 THR n 1 25 ARG n 1 26 ILE n 1 27 LEU n 1 28 ASP n 1 29 ARG n 1 30 LEU n 1 31 LEU n 1 32 ASP n 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GABRA1 ? ? ? ? ? ? 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293SGnTI- 3022 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 473 Human ? GABRB3 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293SGnTI- 3022 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 495 Human ? GABRG2 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293SGnTI- 3022 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 539 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Lama glama' 9844 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GBRA1_BOVIN P08219 ? 1 ;QPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGP MTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSY AYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVIL SQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGK SVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAF PLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ ; 28 2 UNP GBRB3_HUMAN P28472 P28472-2 2 ;MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNM DYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAA CMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLA LLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGI QYRKQSMPREGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN ; 1 3 UNP GBRG2_HUMAN P18507 P18507-2 3 ;MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNK LRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADA HWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQF SFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLST IARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTIDIRPRSATIQMN NATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL ; 1 4 PDB 6HUG 6HUG ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6HUG A 9 ? 437 ? 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UNP P08219 ? ? 'expression tag' -2 6 1 6HUG ASP A 7 ? UNP P08219 ? ? 'expression tag' -1 7 1 6HUG LYS A 8 ? UNP P08219 ? ? 'expression tag' 0 8 3 6HUG GLY C 476 ? UNP P18507 ? ? linker 437 9 3 6HUG GLY C 477 ? UNP P18507 ? ? linker 438 10 3 6HUG SER C 478 ? UNP P18507 ? ? linker 439 11 3 6HUG GLY C 479 ? UNP P18507 ? ? linker 440 12 3 6HUG GLY C 480 ? UNP P18507 ? ? linker 441 13 3 6HUG SER C 481 ? UNP P18507 ? ? linker 442 14 3 6HUG GLY C 482 ? UNP P18507 ? ? linker 443 15 3 6HUG GLY C 483 ? UNP P18507 ? ? linker 444 16 3 6HUG SER C 484 ? UNP P18507 ? ? linker 445 17 3 6HUG GLY C 485 ? UNP P18507 ? ? linker 446 18 3 6HUG LYS C 486 ? UNP P18507 ? ? linker 447 19 3 6HUG THR C 487 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 448 20 3 6HUG GLU C 488 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 449 21 3 6HUG THR C 489 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 450 22 3 6HUG SER C 490 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 451 23 3 6HUG GLN C 491 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 452 24 3 6HUG VAL C 492 ? UNP P18507 ? ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PIO non-polymer . ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; 'dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate' 'C25 H49 O19 P3' 746.566 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 RI5 non-polymer . ;(1aR,2aR,3S,6R,6aS,8aS,8bR,9R)-2a-hydroxy-8b-methyl-9-(prop-1-en-2-yl)hexahydro-3,6-methano-1,5,7-trioxacyclopenta[ij]c yclopropa[a]azulene-4,8(3H)-dione ; PICROTOXIN 'C15 H16 O6' 292.284 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6HUG _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6HUG _struct.title 'CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with picrotoxin and megabody Mb38.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6HUG _struct_keywords.text ;GABAAR, PTX, Membrane, Channel, Nanobody, Megabody, Cys-loop, PLGIC, Inhibition, Signalling, CNS, Neurons, Chloride, Ion, GABA, Picrotoxin, MEMBRANE PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 6 ? K N N 8 ? L N N 6 ? M N N 7 ? N N N 9 ? O N N 10 ? P N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 18 ? ARG A 29 ? ASP A 10 ARG A 21 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 81 ? LYS A 84 ? GLU A 73 LYS A 76 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 95 ? SER A 100 ? ASN A 87 SER A 92 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 HIS A 150 ? PHE A 154 ? 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ALA B 246 LEU B 272 1 ? 27 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS B 304 ? GLY B 333 ? LYS B 279 GLY B 308 1 ? 30 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP B 444 ? TYR B 471 ? ASP B 419 TYR B 446 1 ? 28 HELX_P HELX_P21 AC3 VAL C 66 ? LEU C 74 ? VAL C 27 LEU C 35 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG C 124 ? LYS C 127 ? ARG C 85 LYS C 88 5 ? 4 HELX_P HELX_P23 AC5 THR C 279 ? VAL C 292 ? THR C 240 VAL C 253 1 ? 14 HELX_P HELX_P24 AC6 SER C 293 ? ILE C 296 ? SER C 254 ILE C 257 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA C 300 ? THR C 320 ? ALA C 261 THR C 281 1 ? 21 HELX_P HELX_P26 AC8 ILE C 321 ? LYS C 324 ? ILE C 282 LYS C 285 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 AC9 THR C 333 ? SER C 361 ? THR C 294 SER C 322 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 AD1 LYS C 448 ? TYR C 474 ? LYS C 409 TYR C 435 1 ? 27 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP D 18 ? ARG D 29 ? ASP D 10 ARG D 21 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU D 81 ? LYS D 84 ? GLU D 73 LYS D 76 5 ? 4 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN D 95 ? SER D 100 ? ASN D 87 SER D 92 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU D 182 ? VAL D 187 ? 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A CYS 147 SG ? ? ? 1_555 A CYS 161 SG ? ? A CYS 139 A CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 161 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 190 SG ? ? ? 1_555 C CYS 204 SG ? ? C CYS 151 C CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 147 SG ? ? ? 1_555 D CYS 161 SG ? ? D CYS 139 D CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 161 SG ? ? ? 1_555 E CYS 175 SG ? ? E CYS 136 E CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 428 SG ? ? ? 1_555 F CYS 501 SG ? ? G CYS 428 G CYS 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? covale1 covale one ? A ASN 119 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 111 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 80 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 149 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 247 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 208 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 119 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? D ASN 111 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 80 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? E ASN 149 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale9 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale10 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.241 ? ? covale11 covale both ? G BMA . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? 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I BMA 3 I MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale21 covale both ? I MAN . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale22 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? covale23 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale24 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale25 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale26 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale27 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? covale28 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale29 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? 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F THR 369 978 1 Y 1 G LEU 370 ? F LEU 370 979 1 Y 1 G LYS 371 ? F LYS 371 980 1 Y 1 G ALA 372 ? F ALA 372 981 1 Y 1 G ASP 373 ? F ASP 373 982 1 Y 1 G LYS 374 ? F LYS 374 983 1 Y 1 G ASN 375 ? F ASN 375 984 1 Y 1 G VAL 376 ? F VAL 376 985 1 Y 1 G SER 377 ? F SER 377 986 1 Y 1 G LEU 378 ? F LEU 378 987 1 Y 1 G SER 379 ? F SER 379 988 1 Y 1 G ILE 380 ? F ILE 380 989 1 Y 1 G GLU 381 ? F GLU 381 990 1 Y 1 G GLN 382 ? F GLN 382 991 1 Y 1 G TYR 383 ? F TYR 383 992 1 Y 1 G GLU 384 ? F GLU 384 993 1 Y 1 G LYS 385 ? F LYS 385 994 1 Y 1 G ILE 386 ? F ILE 386 995 1 Y 1 G HIS 387 ? F HIS 387 996 1 Y 1 G GLU 388 ? F GLU 388 997 1 Y 1 G ALA 389 ? F ALA 389 998 1 Y 1 G TYR 390 ? F TYR 390 999 1 Y 1 G GLN 391 ? F GLN 391 1000 1 Y 1 G ILE 392 ? F ILE 392 1001 1 Y 1 G LEU 393 ? F LEU 393 1002 1 Y 1 G SER 394 ? F SER 394 1003 1 Y 1 G LYS 395 ? F LYS 395 1004 1 Y 1 G ALA 396 ? F ALA 396 1005 1 Y 1 G LEU 397 ? F LEU 397 1006 1 Y 1 G LYS 398 ? F LYS 398 1007 1 Y 1 G GLN 399 ? F GLN 399 1008 1 Y 1 G ALA 400 ? F ALA 400 1009 1 Y 1 G GLY 401 ? F GLY 401 1010 1 Y 1 G LEU 402 ? F LEU 402 1011 1 Y 1 G ALA 403 ? F ALA 403 1012 1 Y 1 G PRO 404 ? F PRO 404 1013 1 Y 1 G LEU 405 ? F LEU 405 1014 1 Y 1 G ASN 406 ? F ASN 406 1015 1 Y 1 G SER 407 ? F SER 407 1016 1 Y 1 G LYS 408 ? F LYS 408 1017 1 Y 1 G GLY 409 ? F GLY 409 1018 1 Y 1 G GLU 410 ? F GLU 410 1019 1 Y 1 G LYS 411 ? F LYS 411 1020 1 Y 1 G LEU 412 ? F LEU 412 1021 1 Y 1 G GLU 413 ? F GLU 413 1022 1 Y 1 G ALA 414 ? F ALA 414 1023 1 Y 1 G HIS 415 ? F HIS 415 1024 1 Y 1 G VAL 416 ? F VAL 416 1025 1 Y 1 G THR 417 ? F THR 417 1026 1 Y 1 G THR 418 ? F THR 418 1027 1 Y 1 G SER 419 ? F SER 419 1028 1 Y 1 G LYS 420 ? F LYS 420 1029 1 Y 1 G TYR 421 ? F TYR 421 1030 1 Y 1 G HIS 530 ? F HIS 530 1031 1 Y 1 G HIS 531 ? F HIS 531 1032 1 Y 1 G HIS 532 ? F HIS 532 1033 1 Y 1 G HIS 533 ? F HIS 533 1034 1 Y 1 G HIS 534 ? F HIS 534 1035 1 Y 1 G HIS 535 ? F HIS 535 1036 1 Y 1 G GLU 536 ? F GLU 536 1037 1 Y 1 G PRO 537 ? F PRO 537 1038 1 Y 1 G GLU 538 ? F GLU 538 1039 1 Y 1 G ALA 539 ? F ALA 539 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.33 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? 'Plasma membrane' 9606 Brain ? 'Homo sapiens' ? ? 3 3 ? ? 9844 ? ? 'Lama glama' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 HEK293S 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 30 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate 'VOLTA PHASE PLATE' _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.08 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' Refine3D RELION 3.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' Refine3D RELION 3.0 1 ? ? 11 CLASSIFICATION Class3D RELION 3.0 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION Refine3D RELION 3.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.1 _em_specimen.details 'Monodisperse sample' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/L009609/1 1 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/15 2 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_A025_1013 3 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/M024709/1 4 'Cancer Research UK' 'United Kingdom' C20724/A14414 5 'Human Frontier Science Program' 'United Kingdom' RGP0065/2014 6 'Swiss National Science Foundation' Switzerland 168735 7 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 'GM 58448' 8 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 5 NAG 1 F NAG 1 R NAG 3000 n G 5 NAG 2 F NAG 2 R NAG 3001 n G 5 BMA 3 F BMA 3 R BMA 3002 n G 5 MAN 4 F MAN 4 R MAN 3008 n G 5 MAN 5 F MAN 5 R MAN 3009 n G 5 MAN 6 F MAN 6 R MAN 3010 n G 5 MAN 7 F MAN 7 R MAN 3003 n G 5 MAN 8 F MAN 8 R MAN 3006 n G 5 MAN 9 F MAN 9 R MAN 3004 n H 6 NAG 1 H NAG 1 O NAG 2000 n H 6 NAG 2 H NAG 2 O NAG 2001 n I 7 NAG 1 I NAG 1 S NAG 3000 n I 7 NAG 2 I NAG 2 S NAG 3001 n I 7 BMA 3 I BMA 3 S BMA 3002 n I 7 MAN 4 I MAN 4 S MAN 3003 n I 7 MAN 5 I MAN 5 S MAN 3005 n I 7 MAN 6 I MAN 6 S MAN 3004 n J 6 NAG 1 J NAG 1 T NAG 3000 n J 6 NAG 2 J NAG 2 T NAG 3001 n K 8 NAG 1 K NAG 1 U NAG 3000 n K 8 NAG 2 K NAG 2 U NAG 3001 n K 8 BMA 3 K BMA 3 U BMA 3002 n K 8 MAN 4 K MAN 4 U MAN 3008 n K 8 MAN 5 K MAN 5 U MAN 3003 n L 6 NAG 1 L NAG 1 P NAG 2000 n L 6 NAG 2 L NAG 2 P NAG 2001 n M 7 NAG 1 M NAG 1 V NAG 3000 n M 7 NAG 2 M NAG 2 V NAG 3001 n M 7 BMA 3 M BMA 3 V BMA 3002 n M 7 MAN 4 M MAN 4 V MAN 3003 n M 7 MAN 5 M MAN 5 V MAN 3005 n M 7 MAN 6 M MAN 6 V MAN 3004 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 ;WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1 ; WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 8 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 5 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 6 5 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 7 5 8 MAN C1 O1 7 MAN O3 HO3 sing ? 8 5 9 MAN C1 O1 7 MAN O6 HO6 sing ? 9 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 10 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 12 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 13 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 14 7 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 15 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 16 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 17 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 18 8 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 5 MAN 6 n 5 MAN 7 n 5 MAN 8 n 5 MAN 9 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; PIO 10 ;(1aR,2aR,3S,6R,6aS,8aS,8bR,9R)-2a-hydroxy-8b-methyl-9-(prop-1-en-2-yl)hexahydro-3,6-methano-1,5,7-trioxacyclopenta[ij]c yclopropa[a]azulene-4,8(3H)-dione ; RI5 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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