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'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LPP non-polymer . '2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE' ;1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE; L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT; 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID; 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT ; 'C35 H69 O8 P' 648.891 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MQ9 non-polymer . MENAQUINONE-9 ? 'C56 H80 O2' 785.233 PEV non-polymer . '(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE' 'PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE; 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE' 'C39 H78 N O8 P' 720.012 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PIE non-polymer . 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL ? 'C43 H80 O13 P -1' 836.061 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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FE2 ? ? Q CYS 177 Q SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? ? metalc28 metalc ? ? O CYS 180 SG ? ? ? 1_555 ZA SF4 . FE1 ? ? Q CYS 180 Q SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? ? metalc29 metalc ? ? O CYS 184 SG ? ? ? 1_555 AB F3S . FE1 ? ? Q CYS 184 Q F3S 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? ? metalc30 metalc ? ? O CYS 230 SG ? ? ? 1_555 AB F3S . FE3 ? ? Q CYS 230 Q F3S 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? ? metalc31 metalc ? ? O THR 233 O ? ? ? 1_555 AB F3S . FE4 ? ? Q THR 233 Q F3S 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? ? metalc32 metalc ? ? O CYS 236 SG ? ? ? 1_555 AB F3S . FE4 ? ? Q CYS 236 Q F3S 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.240 ? ? metalc33 metalc ? ? O CYS 240 SG ? ? ? 1_555 ZA SF4 . FE3 ? ? Q CYS 240 Q SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.460 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? 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? -171.25 142.14 66 1 THR J 363 ? ? -78.18 -169.64 67 1 ASP J 371 ? ? -112.22 -169.47 68 1 THR J 398 ? ? 70.68 -0.43 69 1 VAL J 425 ? ? -90.38 -69.27 70 1 ASP J 426 ? ? -173.87 -175.15 71 1 ASN J 430 ? ? 32.78 68.88 72 1 ARG J 500 ? ? -92.95 -60.57 73 1 PRO J 541 ? ? -93.56 58.63 74 1 GLU K 15 ? ? -63.08 -71.80 75 1 LEU K 16 ? ? -176.46 144.10 76 1 PRO K 18 ? ? -69.88 -170.21 77 1 ASP K 39 ? ? -94.92 50.94 78 1 SER K 53 ? ? -97.69 59.09 79 1 TYR K 66 ? ? -94.57 -61.07 80 1 ASP K 68 ? ? -93.36 -152.09 81 1 SER K 76 ? ? -123.26 -60.40 82 1 ALA K 78 ? ? -61.77 -71.66 83 1 HIS K 79 ? ? -146.88 28.78 84 1 LEU K 95 ? ? 62.26 78.60 85 1 ALA K 96 ? ? -46.00 -17.85 86 1 LEU K 100 ? ? 57.09 70.43 87 1 MET K 101 ? ? -68.49 9.18 88 1 PRO K 106 ? ? -65.65 2.55 89 1 PRO K 109 ? ? -64.62 5.67 90 1 ARG K 141 ? ? -84.67 47.90 91 1 LYS K 144 ? ? 51.46 71.14 92 1 PRO K 145 ? ? -83.99 46.95 93 1 THR K 155 ? ? 72.08 -13.75 94 1 LYS K 156 ? ? -145.01 50.67 95 1 GLU K 157 ? ? 55.57 77.11 96 1 ARG K 158 ? ? -37.41 140.65 97 1 ASP K 170 ? ? 73.42 -9.73 98 1 SER K 189 ? ? -74.90 -169.17 99 1 PHE K 207 ? ? -98.37 30.68 100 1 ALA K 213 ? ? -140.08 24.81 101 1 PHE K 259 ? ? -92.43 50.25 102 1 ARG M 22 ? ? 60.71 65.56 103 1 LEU M 53 ? ? -65.06 2.48 104 1 ARG M 108 ? ? 73.08 -8.50 105 1 TRP N 72 ? ? -109.58 -61.45 106 1 TYR P 7 ? ? -167.19 -168.76 107 1 ASP P 8 ? ? -114.51 -164.19 108 1 VAL P 9 ? ? -36.95 122.76 109 1 ARG P 111 ? ? -83.02 -73.87 110 1 LYS P 126 ? ? -96.24 -60.87 111 1 ALA P 136 ? ? -169.53 -165.92 112 1 LEU P 219 ? ? -93.81 55.83 113 1 MET P 237 ? ? -92.53 34.18 114 1 LEU P 247 ? ? 58.05 70.19 115 1 THR P 280 ? ? 36.93 66.68 116 1 HIS P 354 ? ? -130.43 -35.94 117 1 SER P 389 ? ? 72.64 30.10 118 1 THR P 398 ? ? 56.55 15.66 119 1 ASP P 426 ? ? -172.29 -174.37 120 1 ASN P 430 ? ? 52.32 70.78 121 1 LYS P 497 ? ? 56.92 16.14 122 1 LYS P 529 ? ? -92.74 52.42 123 1 MET P 549 ? ? -92.17 58.19 124 1 ARG P 576 ? ? -140.38 12.33 125 1 MET Q 25 ? ? 60.03 64.90 126 1 PRO Q 35 ? ? -85.11 44.66 127 1 SER Q 53 ? ? -94.82 51.55 128 1 ASP Q 68 ? ? -96.86 -150.59 129 1 SER Q 76 ? ? -121.73 -56.34 130 1 HIS Q 79 ? ? -144.28 16.55 131 1 LEU Q 95 ? ? 58.91 72.61 132 1 ALA Q 96 ? ? -48.42 -17.98 133 1 LEU Q 100 ? ? 73.85 -13.32 134 1 MET Q 101 ? ? 32.70 43.58 135 1 LEU Q 129 ? ? 55.75 15.98 136 1 ARG Q 141 ? ? -83.00 49.77 137 1 LYS Q 144 ? ? 50.68 72.16 138 1 PHE Q 146 ? ? -160.39 -168.71 139 1 GLU Q 157 ? ? 66.21 77.03 140 1 ARG Q 158 ? ? -33.13 130.60 141 1 ASP Q 170 ? ? 72.76 -10.01 142 1 SER Q 189 ? ? -77.25 -166.26 143 1 ARG Q 210 ? ? -83.44 48.99 144 1 GLU Q 212 ? ? -140.77 33.33 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 ASN K 37 ? ? PRO K 38 ? ? 149.08 2 1 GLY K 80 ? ? VAL K 81 ? ? -149.26 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 D ARG 13 ? CG ? B ARG 13 CG 2 1 Y 1 D ARG 13 ? CD ? B ARG 13 CD 3 1 Y 1 D ARG 13 ? NE ? B ARG 13 NE 4 1 Y 1 D ARG 13 ? CZ ? B ARG 13 CZ 5 1 Y 1 D ARG 13 ? NH1 ? B ARG 13 NH1 6 1 Y 1 D ARG 13 ? NH2 ? B ARG 13 NH2 7 1 Y 1 A LYS 126 ? CG ? D LYS 126 CG 8 1 Y 1 A LYS 126 ? CD ? D LYS 126 CD 9 1 Y 1 A LYS 126 ? CE ? D LYS 126 CE 10 1 Y 1 A LYS 126 ? NZ ? D LYS 126 NZ 11 1 Y 1 A GLU 157 ? CG ? D GLU 157 CG 12 1 Y 1 A GLU 157 ? CD ? D GLU 157 CD 13 1 Y 1 A GLU 157 ? OE1 ? D GLU 157 OE1 14 1 Y 1 A GLU 157 ? OE2 ? D GLU 157 OE2 15 1 Y 1 A ARG 259 ? CG ? D ARG 259 CG 16 1 Y 1 A ARG 259 ? CD ? D ARG 259 CD 17 1 Y 1 A ARG 259 ? NE ? D ARG 259 NE 18 1 Y 1 A ARG 259 ? CZ ? D ARG 259 CZ 19 1 Y 1 A ARG 259 ? NH1 ? D ARG 259 NH1 20 1 Y 1 A ARG 259 ? NH2 ? D ARG 259 NH2 21 1 Y 1 A GLU 429 ? CG ? D GLU 429 CG 22 1 Y 1 A GLU 429 ? CD ? D GLU 429 CD 23 1 Y 1 A GLU 429 ? OE1 ? D GLU 429 OE1 24 1 Y 1 A GLU 429 ? OE2 ? D GLU 429 OE2 25 1 Y 1 A GLU 433 ? CG ? D GLU 433 CG 26 1 Y 1 A GLU 433 ? CD ? D GLU 433 CD 27 1 Y 1 A GLU 433 ? OE1 ? D GLU 433 OE1 28 1 Y 1 A GLU 433 ? OE2 ? D GLU 433 OE2 29 1 Y 1 B LYS 107 ? CG ? E LYS 107 CG 30 1 Y 1 B LYS 107 ? CD ? E LYS 107 CD 31 1 Y 1 B LYS 107 ? CE ? E LYS 107 CE 32 1 Y 1 B LYS 107 ? NZ ? E LYS 107 NZ 33 1 Y 1 J GLU 256 ? CG ? I GLU 256 CG 34 1 Y 1 J GLU 256 ? CD ? 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N TYR 7 CE1 61 1 Y 1 P TYR 7 ? CE2 ? N TYR 7 CE2 62 1 Y 1 P TYR 7 ? CZ ? N TYR 7 CZ 63 1 Y 1 P TYR 7 ? OH ? N TYR 7 OH 64 1 Y 1 P GLU 109 ? CG ? N GLU 109 CG 65 1 Y 1 P GLU 109 ? CD ? N GLU 109 CD 66 1 Y 1 P GLU 109 ? OE1 ? N GLU 109 OE1 67 1 Y 1 P GLU 109 ? OE2 ? N GLU 109 OE2 68 1 Y 1 P ARG 122 ? CG ? N ARG 122 CG 69 1 Y 1 P ARG 122 ? CD ? N ARG 122 CD 70 1 Y 1 P ARG 122 ? NE ? N ARG 122 NE 71 1 Y 1 P ARG 122 ? CZ ? N ARG 122 CZ 72 1 Y 1 P ARG 122 ? NH1 ? N ARG 122 NH1 73 1 Y 1 P ARG 122 ? NH2 ? N ARG 122 NH2 74 1 Y 1 P LYS 126 ? CG ? N LYS 126 CG 75 1 Y 1 P LYS 126 ? CD ? N LYS 126 CD 76 1 Y 1 P LYS 126 ? CE ? N LYS 126 CE 77 1 Y 1 P LYS 126 ? NZ ? N LYS 126 NZ 78 1 Y 1 P ARG 131 ? CG ? N ARG 131 CG 79 1 Y 1 P ARG 131 ? CD ? N ARG 131 CD 80 1 Y 1 P ARG 131 ? NE ? N ARG 131 NE 81 1 Y 1 P ARG 131 ? CZ ? N ARG 131 CZ 82 1 Y 1 P ARG 131 ? NH1 ? N ARG 131 NH1 83 1 Y 1 P ARG 131 ? NH2 ? N ARG 131 NH2 84 1 Y 1 P ARG 138 ? CG ? N ARG 138 CG 85 1 Y 1 P ARG 138 ? CD ? 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SerialEM 3.6 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? cryoSPARC ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5 _em_specimen.details 'This sample was mono disperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Chinese Academy of Sciences' China XDB08020200 1 'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' China '81520108019, 813300237' 2 'Chinese Academy of Sciences' China 2017YFC0840300 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 PIE ? ? 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'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 '(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE' PEV 7 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEM 8 MENAQUINONE-9 MQ9 9 CARDIOLIPIN CDL 10 '2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE' LPP 11 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL PIE 12 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' FAD 13 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' FES 14 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 15 'FE3-S4 CLUSTER' F3S # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'mass spectrometry' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #