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_audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Gouaux, E.' 1 0000-0002-8549-2360 'Zhao, Y.' 2 0000-0002-4348-256X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.journal_id_ISSN 1095-9203 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 364 _citation.language ? _citation.page_first 355 _citation.page_last 362 _citation.title 'Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.aaw8250 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30975770 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhao, Y.' 1 ? primary 'Chen, S.' 2 ? primary 'Swensen, A.C.' 3 ? primary 'Qian, W.J.' 4 ? primary 'Gouaux, E.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Glutamate receptor 1' 101518.773 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Glutamate receptor 2' 98783.805 2 ? ? ? ? 3 polymer nat ;A'/C' auxiliary proteins ; 13039.064 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit' 35938.746 2 ? ? ? ? 5 polymer man '11B8 scFv' 27511.527 2 ? ? ? ? 6 polymer man '15F1 Fab light chain' 25111.660 2 ? ? ? ? 7 polymer man '15F1 Fab heavy chain' 27975.439 2 ? ? ? ? 8 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 6 ? ? ? ? 9 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(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; E,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MGLFDRGVQMLLTTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCKTKSVSENETSKKNEEVMTHSGLWRTCCLEGNFKGLCKQI DHFPEDADYEADTAEYFLRAVRASSIFPILSVILLFMGGLCIAASEFYKTRHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISAN 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ESVDSYGSSFVHWYQQKPGQPPKLLIFLASKLESGVPARFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQQTNEDPYTFGGGT KLEIKRASNWSHPQFEK ; I,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MEIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLSWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGIDYSLTINNLE QEDFATYFCQQGNTLPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGV LNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNECSNWSHPQFEK ; ;MEIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLSWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGIDYSLTINNLE QEDFATYFCQQGNTLPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGV LNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNECSNWSHPQFEK ; J,M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MVSAIVLYVLLAAAAHSAFAMQAQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTNYGVHWVRQPPGKGLEWLGVIWAGGSTNY NSALMSRVSISKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTVMYYCAREDYDYDWHFDVWGAGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTN SMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKLEVL FQGPGSGSADTITIRGYVRDNR ; ;MVSAIVLYVLLAAAAHSAFAMQAQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTNYGVHWVRQPPGKGLEWLGVIWAGGSTNY 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'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZK1 non-polymer . '{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid' '[[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid' 'C14 H15 F3 N3 O6 P' 409.254 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6NJL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6NJL _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 6.70 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _struct.entry_id 6NJL _struct.title 'Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors' _struct.pdbx_descriptor ;Glutamate receptor 1, Glutamate receptor 2, A'/C' auxiliary proteins, Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit, 11B8 scFv, 15F1 Fab light chain, 15F1 Fab heavy chain ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6NJL _struct_keywords.text 'AMPA receptor, ligand gated ion channel, neurotransmitter, synapse, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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GLY H 177 ARG H 213 1 ? 37 HELX_P HELX_P129 AO3 ARG I 87 ? THR I 91 ? ARG I 87 THR I 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P130 AO4 SER J 122 ? GLY J 129 ? SER J 122 GLY J 129 1 ? 8 HELX_P HELX_P131 AO5 LYS J 184 ? ARG J 189 ? LYS J 184 ARG J 189 1 ? 6 HELX_P HELX_P132 AO6 ARG L 87 ? THR L 91 ? ARG L 87 THR L 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P133 AO7 SER M 122 ? SER M 128 ? SER M 122 SER M 128 1 ? 7 HELX_P HELX_P134 AO8 LYS M 184 ? ARG M 189 ? LYS M 184 ARG M 189 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C ASN 249 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 231 C NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 239 C NAG 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 363 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 345 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? D ASN 235 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 349 D NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale14 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale15 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale16 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale17 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale18 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 52 A . ? PRO 34 A PRO 53 A ? PRO 35 A 1 -2.77 2 ASN 326 A . ? ASN 308 A PRO 327 A ? PRO 309 A 1 -0.79 3 ASP 417 A . ? ASP 403 A PRO 418 A ? 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