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'Rossmann, M.G.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 873 _citation.page_last 873 _citation.title 'A sequestered fusion peptide in the structure of an HIV-1 transmitted founder envelope trimer.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-08825-7 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30787293 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ananthaswamy, N.' 1 ? primary 'Fang, Q.' 2 ? primary 'AlSalmi, W.' 3 ? primary 'Jain, S.' 4 ? primary 'Chen, Z.' 5 ? primary 'Klose, T.' 6 0000-0002-2150-9792 primary 'Sun, Y.' 7 ? primary 'Liu, Y.' 8 0000-0002-8759-5478 primary 'Mahalingam, M.' 9 ? primary 'Chand, S.' 10 0000-0002-2072-2743 primary 'Tovanabutra, S.' 11 ? primary 'Robb, M.L.' 12 ? primary 'Rossmann, M.G.' 13 ? primary 'Rao, V.B.' 14 0000-0002-0777-6587 # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6NQD _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6NQD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'T/F100 Env gp120' 54739.133 3 ? ? 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AEDFGTFYCQQYDTYPGTFGQGTKVEVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNS QESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; D,H,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 THR n 1 3 ASN n 1 4 ASN n 1 5 LEU n 1 6 TRP n 1 7 VAL n 1 8 THR n 1 9 VAL n 1 10 TYR n 1 11 TYR n 1 12 GLY n 1 13 VAL n 1 14 PRO n 1 15 VAL n 1 16 TRP n 1 17 ARG n 1 18 ASP n 1 19 ALA n 1 20 ASP n 1 21 THR n 1 22 THR n 1 23 LEU n 1 24 PHE n 1 25 CYS n 1 26 ALA n 1 27 SER n 1 28 ASP n 1 29 ALA n 1 30 LYS n 1 31 ALA n 1 32 HIS n 1 33 GLU n 1 34 THR n 1 35 GLU n 1 36 VAL n 1 37 HIS n 1 38 ASN n 1 39 VAL n 1 40 TRP n 1 41 ALA n 1 42 THR n 1 43 HIS n 1 44 ALA n 1 45 CYS n 1 46 VAL n 1 47 PRO n 1 48 THR n 1 49 ASP n 1 50 PRO n 1 51 ASN n 1 52 PRO n 1 53 GLN n 1 54 GLU n 1 55 MET n 1 56 HIS n 1 57 LEU n 1 58 LYS n 1 59 ASN n 1 60 VAL n 1 61 THR n 1 62 GLU n 1 63 ASN n 1 64 PHE n 1 65 ASN n 1 66 MET n 1 67 TRP n 1 68 LYS n 1 69 ASN n 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n 1 156 PRO n 1 157 ILE n 1 158 ASP n 1 159 ASP n 1 160 SER n 1 161 SER n 1 162 ASN n 1 163 ASN n 1 164 GLY n 1 165 SER n 1 166 SER n 1 167 ASN n 1 168 PHE n 1 169 SER n 1 170 GLU n 1 171 TYR n 1 172 ARG n 1 173 LEU n 1 174 ILE n 1 175 ASN n 1 176 CYS n 1 177 ASN n 1 178 THR n 1 179 SER n 1 180 VAL n 1 181 ILE n 1 182 LYS n 1 183 GLN n 1 184 ALA n 1 185 CYS n 1 186 PRO n 1 187 LYS n 1 188 VAL n 1 189 SER n 1 190 PHE n 1 191 ASP n 1 192 PRO n 1 193 ILE n 1 194 PRO n 1 195 ILE n 1 196 HIS n 1 197 TYR n 1 198 CYS n 1 199 THR n 1 200 PRO n 1 201 ALA n 1 202 GLY n 1 203 TYR n 1 204 ALA n 1 205 ILE n 1 206 LEU n 1 207 ARG n 1 208 CYS n 1 209 ASN n 1 210 ASP n 1 211 LYS n 1 212 LYS n 1 213 PHE n 1 214 ASN n 1 215 GLY n 1 216 THR n 1 217 GLY n 1 218 PRO n 1 219 CYS n 1 220 LYS n 1 221 ASN n 1 222 VAL n 1 223 SER n 1 224 SER n 1 225 VAL n 1 226 GLN n 1 227 CYS n 1 228 THR n 1 229 HIS n 1 230 GLY n 1 231 ILE n 1 232 LYS n 1 233 PRO n 1 234 VAL n 1 235 VAL n 1 236 SER n 1 237 THR n 1 238 GLN n 1 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Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A140EMT3_9HIV1 A0A140EMT3 ? 1 ;ATNNLWVTVYYGVPVWRDADTTLFCASDAKAHETEVHNVWATHACVPTDPNPQEMHLKNVTENFNMWKNNMVEQMQEDVI SLWDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTSATVTNYTKVNDTSDIIGNITDDVRNCSFNMTTELRDKQQKVYALFYKLDIVPIDDS SNNGSSNFSEYRLINCNTSVIKQACPKVSFDPIPIHYCTPAGYAILRCNDKKFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLL LNGSLAEEGIIIRSENLTNNAKTIIVHFNESVKINCTRPSNNTRTGIHIGPGQVFYKTGDIIGDIRKAYCNISGAQWHKV LGRVANKLKEHFNNKTIVFKPSSGGDPEITMHHFNCRGEFFYCNTTKLFNSTWGGNKNETRDNGTITIPCRIKQIINMWQ GVGQAMYAPPIKGVIKCLSNITGILLTRDGGNDSTENNETFRPGGGNIKDNWRNELYKYKVVQIEPLGIAPTKAKRRVVE ; 29 2 UNP A0A140EMT3_9HIV1 A0A140EMT3 ? 2 ;AVGLGAMIFGFLGAAGSTMGAASITLTVQARQLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLQDQK FLGLWGCSGKIICTTAVPWNSSWSNKTFEEIWNNMTWIEWEREISNYTSQIYDILTISQTQQEKNEKDLLELD ; 513 3 PDB 6NQD 6NQD ? 3 ? 1 4 UNP S6B2A6_HUMAN S6B2A6 ? 3 ;ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQT YICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTH ; 145 5 PDB 6NQD 6NQD ? 4 ? 1 6 UNP IGK_HUMAN P0DOX7 ? 4 ;TVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEK HKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; 109 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6NQD A 1 ? 480 ? 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'expression tag' 225 135 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6NQD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6NQD _struct.title 'Cryo-EM structure of T/F100 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with 8ANC195 Fab' _struct.pdbx_descriptor 'T/F100 Env gp120, T/F100 Env gp41, 8ANC195 G52K5 heavy chain, IG gamma-1 chain,8ANC195 G52K5 light chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6NQD _struct_keywords.text 'HIV-1, Env, trimer, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 221 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 241 A NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 242 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 262 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 276 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 269 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 289 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 275 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? A ASN 295 A NAG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 332 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 334 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 386 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 392 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 420 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? B ASN 625 B NAG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 637 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 88 ND2 ? B ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? C ASN 82 C NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? E ASN 130 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 129 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? E ASN 156 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 133 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 177 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? E ASN 197 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 214 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 234 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 221 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? E ASN 241 E NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 242 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? E ASN 262 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? E ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 276 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? E ASN 269 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? E ASN 289 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? E ASN 275 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? E ASN 295 E NAG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? E ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? E ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? E ASN 332 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? E ASN 334 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? E ASN 355 E NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? E ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? E ASN 386 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? E ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? E ASN 392 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? E ASN 420 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? E ASN 448 E NAG 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? F ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? F ASN 611 F NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? F ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? F ASN 616 F NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? F ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? F ASN 625 F NAG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? F ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? F ASN 637 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? G ASN 88 ND2 ? B ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? G ASN 82 G NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? I ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? I ASN 130 q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? I ASN 129 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? I ASN 156 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? I ASN 133 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? I ASN 160 I NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? I ASN 177 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? I ASN 197 p NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? I ASN 214 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? I ASN 234 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? I ASN 221 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? I ASN 241 I NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? I ASN 242 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? I ASN 262 r NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? I ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? I ASN 276 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? I ASN 269 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? I ASN 289 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? I ASN 275 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? I ASN 295 I NAG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? I ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? I ASN 301 I NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? I ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? I ASN 332 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? I ASN 334 ND2 ? ? ? 1_555 RB NAG . C1 ? ? I ASN 355 I NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? I ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? I ASN 386 n NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? I ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? I ASN 392 o NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale58 covale one ? I ASN 420 ND2 ? ? ? 1_555 SB NAG . C1 ? ? I ASN 448 I NAG 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? N-Glycosylation covale59 covale one ? J ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 TB NAG . C1 ? ? J ASN 611 J NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale60 covale one ? J ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 UB NAG . C1 ? ? J ASN 616 J NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale61 covale one ? J ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 VB NAG . C1 ? ? J ASN 625 J NAG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale62 covale one ? J ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? J ASN 637 s NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale63 covale one ? K ASN 88 ND2 ? B ? 1_555 WB NAG . C1 ? ? K ASN 82 K NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale64 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale65 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale66 covale one ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale67 covale one ? M BMA . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale68 covale one ? M MAN . O2 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M MAN 4 M MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale69 covale one ? M MAN . O2 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M MAN 5 M MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale70 covale one ? M MAN . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M MAN 7 M MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale71 covale one ? M MAN . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M MAN 7 M MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale72 covale one ? M MAN . O2 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M MAN 8 M MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale73 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale74 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale75 covale one ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale76 covale one ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale77 covale one ? N MAN . O2 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 4 N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale78 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale79 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale80 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale81 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale82 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale83 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale84 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale85 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale86 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale87 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale88 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale89 covale one ? W BMA . O3 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale90 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale91 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X BMA . C1 ? ? X NAG 2 X BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale92 covale one ? X BMA . O3 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X BMA 3 X MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale93 covale one ? X BMA . O6 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X BMA 3 X MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale94 covale one ? X MAN . O2 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 4 X MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale95 covale one ? X MAN . O2 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 5 X MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale96 covale one ? X MAN . O6 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 7 X MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale97 covale one ? X MAN . O3 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 7 X MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale98 covale one ? X MAN . O2 ? ? ? 1_555 X MAN . C1 ? ? X MAN 8 X MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale99 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale100 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y BMA . C1 ? ? Y NAG 2 Y BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale101 covale one ? Y BMA . O3 ? ? ? 1_555 Y MAN . C1 ? ? Y BMA 3 Y MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale102 covale one ? Y BMA . O6 ? ? ? 1_555 Y MAN . C1 ? ? Y BMA 3 Y MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale103 covale one ? Y MAN . O2 ? ? ? 1_555 Y MAN . C1 ? ? Y MAN 4 Y MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale104 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale105 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale106 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale107 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale108 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale109 covale both ? EA NAG . O4 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale110 covale both ? FA NAG . O4 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? f NAG 1 f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale111 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? g NAG 1 g NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale112 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA BMA . C1 ? ? g NAG 2 g BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale113 covale both ? HA NAG . O4 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? h NAG 1 h NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale114 covale both ? HA NAG . O4 ? ? ? 1_555 HA BMA . C1 ? ? h NAG 2 h BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale115 covale one ? HA BMA . O3 ? ? ? 1_555 HA MAN . C1 ? ? h BMA 3 h MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale116 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? i NAG 1 i NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale117 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA BMA . C1 ? ? i NAG 2 i BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale118 covale one ? IA BMA . O3 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i BMA 3 i MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale119 covale one ? IA BMA . O6 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i BMA 3 i MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale120 covale one ? IA MAN . O2 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i MAN 4 i MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale121 covale one ? IA MAN . O2 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i MAN 5 i MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale122 covale one ? IA MAN . O6 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i MAN 7 i MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale123 covale one ? IA MAN . O3 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i MAN 7 i MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale124 covale one ? IA MAN . O2 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i MAN 8 i MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale125 covale both ? JA NAG . O4 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? j NAG 1 j NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale126 covale both ? JA NAG . O4 ? ? ? 1_555 JA BMA . C1 ? ? j NAG 2 j BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale127 covale one ? JA BMA . O3 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j BMA 3 j MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale128 covale one ? JA BMA . O6 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j BMA 3 j MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale129 covale one ? JA MAN . O2 ? ? ? 1_555 JA MAN . C1 ? ? j MAN 4 j MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale130 covale both ? KA NAG . O4 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? k NAG 1 k NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale131 covale both ? LA NAG . O4 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? l NAG 1 l NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale132 covale both ? MA NAG . O4 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? m NAG 1 m NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale133 covale both ? NA NAG . O4 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? n NAG 1 n NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale134 covale both ? OA NAG . O4 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? o NAG 1 o NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale135 covale both ? PA NAG . O4 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? p NAG 1 p NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale136 covale both ? QA NAG . O4 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? q NAG 1 q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale137 covale both ? RA NAG . O4 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? r NAG 1 r NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale138 covale both ? RA NAG . O4 ? ? ? 1_555 RA BMA . C1 ? ? r NAG 2 r BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale139 covale both ? SA NAG . O4 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? s NAG 1 s NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale140 covale both ? SA NAG . O4 ? ? ? 1_555 SA BMA . C1 ? ? s NAG 2 s BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale141 covale one ? SA BMA . O3 ? ? ? 1_555 SA MAN . C1 ? ? s BMA 3 s MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 D . ? SER 7 D PRO 8 D ? 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AE9 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD3 5 6 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AE9 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 467 ? 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THR C 107 ILE C 109 AB4 1 HIS C 112 E HIS C 113 F HIS C 100 HIS C 100 AB4 2 VAL C 116 I MET C 117 J VAL C 100 MET C 100 AB5 1 THR D 5 ? SER D 7 ? THR D 5 SER D 7 AB5 2 THR D 18 ? ARG D 24 ? THR D 18 ARG D 24 AB5 3 ASP D 71 ? GLY D 77 ? ASP D 70 GLY D 76 AB5 4 PHE D 63 ? ALA D 68 ? PHE D 62 ALA D 67 AB6 1 THR D 10 ? SER D 12 ? THR D 10 SER D 12 AB6 2 THR D 103 ? GLU D 106 ? THR D 102 GLU D 105 AB6 3 GLY D 85 ? TYR D 88 ? GLY D 84 TYR D 87 AB6 4 ALA D 35 ? GLN D 39 ? ALA D 34 GLN D 38 AB6 5 ARG D 46 ? TYR D 50 ? ARG D 45 TYR D 49 AB6 6 ALA D 54 ? LEU D 55 ? ALA D 53 LEU D 54 AB7 1 LEU E 467 ? ILE E 469 ? LEU E 494 ILE E 496 AB7 2 TRP E 6 ? TYR E 11 ? TRP E 35 TYR E 40 AB7 3 CYS F 93 ? PRO F 98 ? CYS F 604 PRO F 609 AB8 1 TRP E 16 ? ARG E 17 ? TRP E 45 ARG E 46 AB8 2 VAL E 461 ? ILE E 464 ? VAL E 488 ILE E 491 AB8 3 TYR E 203 ? ARG E 207 ? TYR E 223 ARG E 227 AB8 4 SER E 223 ? VAL E 225 ? SER E 243 VAL E 245 AB9 1 PHE E 24 ? ALA E 26 ? PHE E 53 ALA E 55 AB9 2 HIS E 196 ? CYS E 198 ? HIS E 216 CYS E 218 AC1 1 PHE E 64 ? ASN E 65 ? PHE E 93 ASN E 94 AC1 2 THR E 216 ? GLY E 217 ? THR E 236 GLY E 237 AC2 1 GLN E 142 ? ALA E 147 ? GLN E 169 ALA E 174 AC2 2 CYS E 130 ? THR E 135 ? CYS E 157 THR E 162 AC2 3 LEU E 100 ? CYS E 102 ? LEU E 129 CYS E 131 AC2 4 SER E 169 ? LEU E 173 ? SER E 189 LEU E 193 AC2 5 ILE E 154 ? PRO E 156 ? ILE E 181 PRO E 183 AC3 1 ILE E 251 ? ARG E 253 ? ILE E 271 ARG E 273 AC3 2 ILE E 264 ? ARG E 278 ? ILE E 284 ARG E 298 AC3 3 ALA E 308 ? SER E 313 ? ALA E 329 SER E 334 AC3 4 THR E 385 ? LYS E 393 ? THR E 413 LYS E 421 AC3 5 PHE E 360 ? CYS E 363 ? PHE E 382 CYS E 385 AC3 6 HIS E 352 ? HIS E 353 ? HIS E 374 HIS E 375 AC4 1 ILE E 251 ? ARG E 253 ? ILE E 271 ARG E 273 AC4 2 ILE E 264 ? ARG E 278 ? ILE E 284 ARG E 298 AC4 3 ILE E 415 ? LEU E 426 ? ILE E 443 LEU E 454 AC5 1 SER E 280 ? GLY E 290 ? SER E 300 GLY E 312 AC5 2 GLN E 293 ? GLY E 303 ? GLN E 315 GLY E 324 AC6 1 SER E 371 ? TRP E 373 ? SER E 393 TRP E 395 AC6 2 ILE E 337 ? PHE E 339 ? 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_em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6NQD _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 170716 _em_3d_reconstruction.resolution 3.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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L LEU 137 907 1 Y 1 L ASN 137 ? L ASN 138 908 1 Y 1 L ASN 138 ? L ASN 139 909 1 Y 1 L PHE 139 ? L PHE 140 910 1 Y 1 L TYR 140 ? L TYR 141 911 1 Y 1 L PRO 141 ? L PRO 142 912 1 Y 1 L ARG 142 ? L ARG 143 913 1 Y 1 L GLU 143 ? L GLU 144 914 1 Y 1 L ALA 144 ? L ALA 145 915 1 Y 1 L LYS 145 ? L LYS 146 916 1 Y 1 L VAL 146 ? L VAL 147 917 1 Y 1 L GLN 147 ? L GLN 148 918 1 Y 1 L TRP 148 ? L TRP 149 919 1 Y 1 L LYS 149 ? L LYS 150 920 1 Y 1 L VAL 150 ? L VAL 151 921 1 Y 1 L ASP 151 ? L ASP 152 922 1 Y 1 L ASN 152 ? L ASN 153 923 1 Y 1 L ALA 153 ? L ALA 154 924 1 Y 1 L LEU 154 ? L LEU 155 925 1 Y 1 L GLN 155 ? L GLN 156 926 1 Y 1 L SER 156 ? L SER 157 927 1 Y 1 L GLY 157 ? L GLY 158 928 1 Y 1 L ASN 158 ? L ASN 159 929 1 Y 1 L SER 159 ? L SER 160 930 1 Y 1 L GLN 160 ? L GLN 161 931 1 Y 1 L GLU 161 ? L GLU 162 932 1 Y 1 L SER 162 ? L SER 163 933 1 Y 1 L VAL 163 ? L VAL 164 934 1 Y 1 L THR 164 ? L THR 165 935 1 Y 1 L GLU 165 ? L GLU 166 936 1 Y 1 L GLN 166 ? L GLN 167 937 1 Y 1 L ASP 167 ? 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L CYS 215 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 HEK293S 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 64 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number AI011219 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # 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loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 5 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 6 5 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 7 5 8 MAN C1 O1 7 MAN O6 HO6 sing ? 8 5 9 MAN C1 O1 8 MAN O2 HO2 sing ? 9 5 10 MAN C1 O1 7 MAN O3 HO3 sing ? 10 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 12 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 13 6 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 14 6 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 15 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 16 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 17 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 18 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 19 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 20 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # 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