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'P2 MCP subunit of periportal P hexon' 2 polymer nat 'Small capsomere-interacting protein' 12108.655 4 ? ? ? ;Chain E: P1 SCP subunit of periportal P hexon; decorates periportal P1 MCP (chain S) Chain F: P2 SCP subunit of periportal P hexon; decorates periportal P2 MCP (chain T) Chain L: P5 SCP subunit of periportal P hexon; decorates periportal P5 MCP (chain W) Chain P: P6 SCP subunit of periportal P hexon; decorates periportal P6 MCP (chain X) ; 3 polymer nat 'Triplex capsid protein 1' 50370.363 2 ? ? ? 'Tri1 subunit of periportal triplex Ta' 4 polymer nat 'Triplex capsid protein 2' 34301.617 4 ? ? ? 'Chain 6: Tri2B subunit of periportal triplex Ta Chain H: Tri2B subunit of periportal triplex Tc' 5 polymer nat 'Capsid vertex component 1' 74769.391 1 ? ? ? 'pUL17 subunit of the periportal capsid-associated tegument complex (CATC); each CATC contains one pUL17 subunit' 6 polymer nat 'Capsid vertex component 2' 62752.777 2 ? ? ? 'upper pUL25 subunit of the periportal capsid-associated tegument complex (CATC); each CATC contains two pUL25 subunits' 7 polymer nat 'Large tegument protein deneddylase' 329179.500 2 3.4.19.12,3.4.22.- ? ? ;Chain B: left pUL36 subunit of the periportal capsid-associated tegument complex (CATC); each CATC contains two pUL36 subunits Chain O: right pUL36 subunit of the periportal CATC ; # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name MCP # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAAPNRDPPGYRYAAAMVPTGSLLSTIEVASHRRLFDFFSRVRSDANSLYDVEFDALLGSYCNTLSLVRFLELGLSVACV CTKFPELAYMNEGRVQFEVHQPLIARDGPHPIEQPTHNYMTKIIDRRALNAAFSLATEAIALLTGEALDGTGISAHRQLR AIQQLARNVQAVLGAFERGTADQMLHVLLEKAPPLALLLPMQRYLDNGRLATRVARATLVAELKRSFCETSFFLGKAGHR 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G8H8D9 1 ? 318 ? 1 318 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 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4 279 LEU 279 279 279 LEU LEU A . n S 4 280 THR 280 280 280 THR THR A . n S 4 281 HIS 281 281 281 HIS HIS A . n S 4 282 ALA 282 282 282 ALA ALA A . n S 4 283 GLY 283 283 283 GLY GLY A . n S 4 284 GLN 284 284 284 GLN GLN A . n S 4 285 LEU 285 285 285 LEU LEU A . n S 4 286 GLY 286 286 286 GLY GLY A . n S 4 287 ASP 287 287 287 ASP ASP A . n S 4 288 THR 288 288 288 THR THR A . n S 4 289 LEU 289 289 289 LEU LEU A . n S 4 290 ALA 290 290 290 ALA ALA A . n S 4 291 LEU 291 291 291 LEU LEU A . n S 4 292 ALA 292 292 292 ALA ALA A . n S 4 293 PRO 293 293 293 PRO PRO A . n S 4 294 VAL 294 294 294 VAL VAL A . n S 4 295 VAL 295 295 295 VAL VAL A . n S 4 296 ARG 296 296 296 ARG ARG A . n S 4 297 VAL 297 297 297 VAL VAL A . n S 4 298 CYS 298 298 298 CYS CYS A . n S 4 299 THR 299 299 299 THR THR A . n S 4 300 PHE 300 300 300 PHE PHE A . n S 4 301 ASP 301 301 301 ASP ASP A . n S 4 302 GLY 302 302 302 GLY GLY A . n S 4 303 ALA 303 303 303 ALA ALA A . n S 4 304 ALA 304 304 304 ALA ALA A . n S 4 305 VAL 305 305 305 VAL VAL A . n S 4 306 VAL 306 306 306 VAL VAL A . n S 4 307 ARG 307 307 307 ARG ARG A . n S 4 308 SER 308 308 308 SER SER A . n S 4 309 GLY 309 309 309 GLY GLY A . n S 4 310 ASP 310 310 310 ASP ASP A . n S 4 311 MET 311 311 311 MET MET A . n S 4 312 ALA 312 312 312 ALA ALA A . n S 4 313 PRO 313 313 313 PRO PRO A . n S 4 314 VAL 314 314 314 VAL VAL A . n S 4 315 ILE 315 315 315 ILE ILE A . n S 4 316 ARG 316 316 316 ARG ARG A . n S 4 317 TYR 317 317 317 TYR TYR A . n S 4 318 PRO 318 318 318 PRO PRO A . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 19 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-06-19 2 'Structure model' 1 1 2019-06-26 3 'Structure model' 1 2 2019-11-27 4 'Structure 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_pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 3 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 5 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 6 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 7 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' # loop_ _software.citation_id _software.classification _software.compiler_name _software.compiler_version _software.contact_author _software.contact_author_email _software.date _software.description _software.dependencies _software.hardware _software.language _software.location _software.mods _software.name _software.os _software.os_version _software.type _software.version _software.pdbx_ordinal ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? phenix.real_space_refine ? ? program 1.13_2998 1 ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? PHENIX ? ? program 1.13_2998 2 # _em_3d_fitting.entry_id 6ODM _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Capsid and CATC atomic models from Dai & Zhou, Science 2018 (PDB-6CGR) were docked into the C5 portal vertex map (EMD-9860) and manually refined in Coot to improve fit. Regions demonstrating major differences were reconstructed ab initio. Models were then iteratively refined between real space refinement in PHENIX and manual refinement in Coot. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 100 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6ODM _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 42857 _em_3d_reconstruction.resolution 4.3 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Cultured in Vero cells.' _em_entity_assembly.name 'Human herpesvirus 1 strain KOS' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6ODM _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 1440 _em_image_scans.dimension_width 1440 _em_image_scans.frames_per_image 26 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 2.5 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6ODM _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min 1000 _em_imaging.calibrated_magnification 24271 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max ? 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_em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger.' _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.entry_id 6ODM _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6ODM _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6ODM _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C5 # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 OH _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 C _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 TYR _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 510 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 O _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 C _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 PRO _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 642 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.18 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA T LEU 466 ? ? 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