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;MAWALLLLTLLTQGTGSWAQSALTQPASVSGSPGQTITISCNGTSSDVGGFDSVSWYQQSPGKAPKVMVFDVSHRPSGIS NRFSGSKSGNTASLTISGLHIEDEGDYFCSSLTDRSHRIFGGGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLIS DFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECSGGSGG HHHHHHHHHH ; L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ARG n 1 3 VAL n 1 4 ARG n 1 5 GLY n 1 6 ILE n 1 7 GLN n 1 8 ARG n 1 9 ASN n 1 10 CYS n 1 11 GLN n 1 12 HIS n 1 13 LEU n 1 14 TRP n 1 15 ARG n 1 16 TRP n 1 17 GLY n 1 18 THR n 1 19 LEU n 1 20 ILE n 1 21 LEU n 1 22 GLY n 1 23 MET n 1 24 LEU n 1 25 MET n 1 26 ILE n 1 27 CYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 ALA n 1 31 GLU n 1 32 ASN n 1 33 LEU n 1 34 TRP n 1 35 VAL n 1 36 THR n 1 37 VAL n 1 38 TYR n 1 39 TYR n 1 40 GLY n 1 41 VAL n 1 42 PRO n 1 43 VAL n 1 44 TRP n 1 45 LYS n 1 46 ASP n 1 47 ALA n 1 48 GLU n 1 49 THR n 1 50 THR n 1 51 LEU n 1 52 PHE n 1 53 CYS n 1 54 ALA n 1 55 SER n 1 56 ASP n 1 57 ALA n 1 58 LYS n 1 59 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A CYS 332 SG ? ? ? 1_555 A CYS 384 SG ? ? A CYS 333 A CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 332 SG ? ? ? 1_555 A CYS 412 SG ? ? A CYS 333 A CYS 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.829 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 377 SG ? ? ? 1_555 A CYS 439 SG ? ? A CYS 378 A CYS 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 384 SG ? ? ? 1_555 A CYS 412 SG ? ? A CYS 385 A CYS 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? ? disulf14 disulf ? ? A CYS 593 SG ? ? ? 1_555 A CYS 599 SG ? ? A CYS 1452 A CYS 1458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 53 SG ? ? ? 1_555 B CYS 73 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 118 SG ? ? ? 1_555 B CYS 207 SG ? ? C CYS 119 C CYS 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 125 SG ? ? ? 1_555 B CYS 198 SG ? ? C CYS 126 C CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 130 SG ? ? ? 1_555 B CYS 156 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 220 SG ? ? ? 1_555 B CYS 249 SG ? ? C CYS 221 C CYS 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 230 SG ? ? ? 1_555 B CYS 241 SG ? ? C CYS 231 C CYS 242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 298 SG ? ? ? 1_555 B CYS 332 SG ? ? C CYS 299 C CYS 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.907 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 298 SG ? ? ? 1_555 B CYS 384 SG ? ? C CYS 299 C CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 298 SG ? ? ? 1_555 B CYS 412 SG ? ? C CYS 299 C CYS 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 332 SG ? ? ? 1_555 B CYS 384 SG ? ? C CYS 333 C CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 332 SG ? ? ? 1_555 B CYS 412 SG ? ? C CYS 333 C CYS 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.827 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 377 SG ? ? ? 1_555 B CYS 439 SG ? ? C CYS 378 C CYS 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf27 disulf ? ? 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A ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? A ASN 298 A NAG 1828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 304 A NAG 1829 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? A ASN 334 A NAG 1830 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? A ASN 356 A NAG 1831 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 363 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? A ASN 385 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 386 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? A ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? A ASN 394 A NAG 1837 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? A ASN 397 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? A ASN 398 A NAG 1838 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 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B ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? C ASN 279 C NAG 1818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? B ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? C ASN 292 C NAG 1819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? B ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? C ASN 298 C NAG 1820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? B ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? C ASN 304 C NAG 1821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? B ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? C ASN 334 C NAG 1822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? B ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? C ASN 356 C NAG 1823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? B ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 363 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? B ASN 385 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? C ASN 386 C NAG 1827 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? 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TYR A 38 ? TRP A 35 TYR A 39 AA1 2 GLY A 489 ? THR A 493 ? GLY A 490 THR A 494 AA2 1 LYS A 45 ? ASP A 46 ? LYS A 46 ASP A 47 AA2 2 LYS A 481 ? ARG A 484 ? LYS A 482 ARG A 485 AA2 3 TYR A 225 ? CYS A 230 ? TYR A 226 CYS A 231 AA2 4 VAL A 244 ? VAL A 247 ? VAL A 245 VAL A 248 AA2 5 GLU A 82 ? MET A 85 ? GLU A 83 MET A 86 AA3 1 GLU A 90 ? ASN A 93 ? GLU A 91 ASN A 94 AA3 2 THR A 238 ? CYS A 241 ? THR A 239 CYS A 242 AA4 1 ASP A 129 ? SER A 131 ? ASP A 130 SER A 132 AA4 2 LYS A 154 ? THR A 161 ? LYS A 155 THR A 162 AA4 3 LYS A 167 ? PHE A 175 ? LYS A 168 PHE A 176 AA4 4 VAL D 128 E TYR D 131 H VAL H 100 TYR H 100 AA4 5 ILE D 123 ? HIS D 125 B ILE H 100 HIS H 100 AA5 1 VAL A 180 ? GLN A 182 ? VAL A 181 GLN A 183 AA5 2 TYR A 193 ? LEU A 195 ? TYR A 194 LEU A 196 AA6 1 LEU A 203 ? GLN A 205 ? LEU A 204 GLN A 206 AA6 2 ALA A 427 ? TYR A 429 ? ALA A 428 TYR A 430 AA6 3 ILE A 417 ? ILE A 418 ? ILE A 418 ILE A 419 AA7 1 MET A 273 ? SER A 276 ? MET A 274 SER A 277 AA7 2 ASN A 285 ? GLN A 289 ? ASN A 286 GLN A 290 AA7 3 LEU A 448 ? ARG A 450 ? LEU A 449 ARG A 451 AA7 4 ILE A 461 ? PRO A 464 ? ILE A 462 PRO A 465 AA7 5 ILE A 359 ? PHE A 360 ? ILE A 360 PHE A 361 AA8 1 PHE A 381 ? CYS A 384 ? PHE A 382 CYS A 385 AA8 2 THR A 407 ? LYS A 415 ? THR A 408 LYS A 416 AA8 3 HIS A 331 ? SER A 335 ? HIS A 332 SER A 336 AA8 4 ILE A 296 ? ARG A 300 ? ILE A 297 ARG A 301 AA8 5 ILE A 437 ? CYS A 439 ? ILE A 438 CYS A 440 AA9 1 LYS A 307 ? ARG A 310 ? LYS A 308 ARG A 311 AA9 2 THR A 316 ? ALA A 319 ? THR A 317 ALA A 320 AB1 1 LEU B 488 ? THR B 493 ? LEU C 489 THR C 494 AB1 2 TRP B 34 ? TYR B 39 ? TRP C 35 TYR C 40 AB1 3 CYS B 599 ? PRO B 604 ? CYS C 1458 PRO C 1463 AB2 1 LYS B 45 ? ASP B 46 ? LYS C 46 ASP C 47 AB2 2 VAL B 482 ? ARG B 484 ? VAL C 483 ARG C 485 AB2 3 TYR B 225 ? CYS B 230 ? TYR C 226 CYS C 231 AB2 4 VAL B 244 ? VAL B 247 ? VAL C 245 VAL C 248 AB2 5 ILE B 83 ? MET B 85 ? ILE C 84 MET C 86 AB3 1 VAL B 74 ? PRO B 75 ? VAL C 75 PRO C 76 AB3 2 PHE B 52 ? SER B 55 ? 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THR C 317 ALA C 320 AC1 1 TRP C 34 ? TYR C 38 ? TRP E 35 TYR E 39 AC1 2 GLY C 489 ? THR C 493 ? GLY E 490 THR E 494 AC2 1 LYS C 45 ? ASP C 46 ? LYS E 46 ASP E 47 AC2 2 TYR C 480 ? ARG C 484 ? TYR E 481 ARG E 485 AC2 3 TYR C 225 ? CYS C 230 ? TYR E 226 CYS E 231 AC2 4 VAL C 244 ? VAL C 247 ? VAL E 245 VAL E 248 AC2 5 ILE C 83 ? MET C 85 ? ILE E 84 MET E 86 AC3 1 ALA C 54 ? SER C 55 ? ALA E 55 SER E 56 AC3 2 VAL C 74 ? PRO C 75 ? VAL E 75 PRO E 76 AC4 1 GLU C 90 ? PHE C 92 ? GLU E 91 PHE E 93 AC4 2 GLY C 239 ? CYS C 241 ? GLY E 240 CYS E 242 AC5 1 CYS C 130 ? SER C 131 ? CYS E 131 SER E 132 AC5 2 LYS C 154 ? THR C 161 ? LYS E 155 THR E 162 AC5 3 ASN C 168 ? PHE C 175 ? ASN E 169 PHE E 176 AC6 1 VAL C 180 ? GLN C 182 ? VAL E 181 GLN E 183 AC6 2 TYR C 193 ? LEU C 195 ? TYR E 194 LEU E 196 AC7 1 LEU C 203 ? GLN C 205 ? LEU E 204 GLN E 206 AC7 2 ALA C 427 ? TYR C 429 ? ALA E 428 TYR E 430 AC8 1 MET C 273 ? SER C 276 ? MET E 274 SER E 277 AC8 2 ASN C 285 ? GLN C 289 ? ASN E 286 GLN E 290 AC8 3 GLY C 445 ? ARG C 450 ? GLY E 446 ARG E 451 AC8 4 ILE C 461 ? PRO C 464 ? ILE E 462 PRO E 465 AC8 5 ILE C 359 ? PHE C 360 ? ILE E 360 PHE E 361 AC9 1 HIS C 373 ? CYS C 377 ? HIS E 374 CYS E 378 AC9 2 GLU C 380 ? CYS C 384 ? GLU E 381 CYS E 385 AC9 3 ILE C 408 ? LYS C 415 ? ILE E 409 LYS E 416 AC9 4 HIS C 331 ? VAL C 334 ? HIS E 332 VAL E 335 AC9 5 ILE C 296 ? ARG C 300 ? ILE E 297 ARG E 301 AC9 6 ILE C 437 ? SER C 441 ? ILE E 438 SER E 442 AD1 1 LYS C 307 ? ARG C 310 ? LYS E 308 ARG E 311 AD1 2 THR C 316 ? ALA C 319 ? THR E 317 ALA E 320 AD2 1 GLN D 22 ? SER D 26 ? GLN H 3 SER H 7 AD2 2 ARG D 38 ? SER D 44 ? ARG H 19 SER H 25 AD2 3 THR D 97 ? PHE D 102 ? THR H 77 PHE H 82 AD2 4 VAL D 87 ? ASP D 92 ? VAL H 67 ASP H 72 AD3 1 VAL D 30 ? VAL D 31 ? VAL H 11 VAL H 12 AD3 2 THR D 150 ? VAL D 154 ? THR H 107 VAL H 111 AD3 3 ALA D 111 ? ALA D 116 ? ALA H 88 ALA H 93 AD3 4 HIS D 54 ? GLN D 58 ? HIS H 35 GLN H 39 AD3 5 LEU D 64 ? ILE D 70 ? LEU H 45 ILE H 51 AD3 6 LYS D 77 ? HIS D 79 ? LYS H 57 HIS H 59 AD4 1 SER D 163 ? SER D 173 ? SER H 120 SER H 130 AD4 2 THR D 178 ? TYR D 188 ? THR H 135 TYR H 145 AD4 3 TYR D 219 ? PRO D 228 ? TYR H 176 PRO H 185 AD4 4 VAL D 206 ? THR D 208 ? VAL H 163 THR H 165 AD5 1 SER D 163 ? SER D 173 ? SER H 120 SER H 130 AD5 2 THR D 178 ? TYR D 188 ? THR H 135 TYR H 145 AD5 3 TYR D 219 ? PRO D 228 ? TYR H 176 PRO H 185 AD5 4 VAL D 212 ? LEU D 213 ? VAL H 169 LEU H 170 AD6 1 THR D 194 ? TRP D 197 ? THR H 151 TRP H 154 AD6 2 TYR D 237 ? HIS D 243 ? TYR H 194 HIS H 200 AD6 3 THR D 248 ? VAL D 254 ? THR H 205 VAL H 211 AD7 1 SER E 28 ? GLY E 31 ? SER L 9 GLY L 13 AD7 2 THR E 124 ? VAL E 128 ? THR L 102 VAL L 106 AD7 3 GLY E 105 ? LEU E 112 ? GLY L 84 LEU L 91 AD7 4 VAL E 54 ? GLN E 59 ? VAL L 33 GLN L 38 AD7 5 LYS E 66 ? VAL E 69 ? LYS L 45 VAL L 48 AD8 1 SER E 28 ? GLY E 31 ? SER L 9 GLY L 13 AD8 2 THR E 124 ? VAL E 128 ? THR L 102 VAL L 106 AD8 3 GLY E 105 ? LEU E 112 ? 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THR L 201 VAL L 206 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N TRP A 34 ? 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A GLY 511 41 1 Y 1 A ALA 1371 ? A ALA 512 42 1 Y 1 A VAL 1372 ? A VAL 513 43 1 Y 1 A PHE 1373 ? A PHE 514 44 1 Y 1 A ILE 1374 ? A ILE 515 45 1 Y 1 A LYS 1519 ? A LYS 660 46 1 Y 1 A TRP 1520 ? A TRP 661 47 1 Y 1 A ALA 1521 ? A ALA 662 48 1 Y 1 A ASN 1522 ? A ASN 663 49 1 Y 1 A LEU 1523 ? A LEU 664 50 1 Y 1 A TRP 1524 ? A TRP 665 51 1 Y 1 A ASN 1525 ? A ASN 666 52 1 Y 1 A TRP 1526 ? A TRP 667 53 1 Y 1 A PHE 1527 ? A PHE 668 54 1 Y 1 A ASP 1528 ? A ASP 669 55 1 Y 1 A ILE 1529 ? A ILE 670 56 1 Y 1 A SER 1530 ? A SER 671 57 1 Y 1 A ASN 1531 ? A ASN 672 58 1 Y 1 A TRP 1532 ? A TRP 673 59 1 Y 1 A LEU 1533 ? A LEU 674 60 1 Y 1 A TRP 1534 ? A TRP 675 61 1 Y 1 A TYR 1535 ? A TYR 676 62 1 Y 1 A ILE 1536 ? A ILE 677 63 1 Y 1 A LYS 1537 ? A LYS 678 64 1 Y 1 A ILE 1538 ? A ILE 679 65 1 Y 1 A PHE 1539 ? A PHE 680 66 1 Y 1 A ILE 1540 ? A ILE 681 67 1 Y 1 A MET 1541 ? A MET 682 68 1 Y 1 A ILE 1542 ? A ILE 683 69 1 Y 1 A VAL 1543 ? A VAL 684 70 1 Y 1 A GLY 1544 ? A GLY 685 71 1 Y 1 A GLY 1545 ? A GLY 686 72 1 Y 1 A LEU 1546 ? A LEU 687 73 1 Y 1 A ILE 1547 ? A ILE 688 74 1 Y 1 A GLY 1548 ? A GLY 689 75 1 Y 1 A LEU 1549 ? A LEU 690 76 1 Y 1 A ARG 1550 ? A ARG 691 77 1 Y 1 A ILE 1551 ? A ILE 692 78 1 Y 1 A VAL 1552 ? A VAL 693 79 1 Y 1 A PHE 1553 ? A PHE 694 80 1 Y 1 A ALA 1554 ? A ALA 695 81 1 Y 1 A VAL 1555 ? A VAL 696 82 1 Y 1 A LEU 1556 ? A LEU 697 83 1 Y 1 A SER 1557 ? A SER 698 84 1 Y 1 A VAL 1558 ? A VAL 699 85 1 Y 1 A ILE 1559 ? A ILE 700 86 1 Y 1 A ASN 1560 ? A ASN 701 87 1 Y 1 A ARG 1561 ? A ARG 702 88 1 Y 1 A VAL 1562 ? A VAL 703 89 1 Y 1 A ARG 1563 ? A ARG 704 90 1 Y 1 A GLN 1564 ? A GLN 705 91 1 Y 1 A GLY 1565 ? A GLY 706 92 1 Y 1 A TYR 1566 ? A TYR 707 93 1 Y 1 A SER 1567 ? A SER 708 94 1 Y 1 A PRO 1568 ? A PRO 709 95 1 Y 1 A LEU 1569 ? A LEU 710 96 1 Y 1 A SER 1570 ? A SER 711 97 1 Y 1 A PHE 1571 ? A PHE 712 98 1 Y 1 A GLN 1572 ? A GLN 713 99 1 Y 1 A THR 1573 ? A THR 714 100 1 Y 1 A LEU 1574 ? A LEU 715 101 1 Y 1 A THR 1575 ? A THR 716 102 1 Y 1 A PRO 1576 ? 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'Homo sapiens' ? ? 1 2 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 3 HEK293T 9606 'Homo sapiens' pVRC-IRES-Puro ? 1 2 HEK293T 9606 'Homo sapiens' pVRC-IRES-Puro ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time 0.125 _em_image_recording.details ;image size and sampling interval reported here are for super resolution. The physical pixel size of the camera is 5.0 um and image size is 3838 pixels by 3710 pixels. ; _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 8138 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'Gautomatch was used to automatically pick particles.' Gautomatch 0.53 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ;unblur was used for motion correction, gautomatch for auto picking, relion for 2D classification, e2initialmodel.py for initial model generation, and frealign and relion for 3D alignments and reconstruction. ; SerialEM 3.5.6 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.13.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 14 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 2 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 2 1 ? ? 14 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 15 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 17 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 18 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 19 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse (stoichiometry 3:1).' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI-100645 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI129721 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero F 4 NAG 1 B NAG 1 A NAG 1340 n F 4 NAG 2 B NAG 2 A NAG 1341 n F 4 BMA 3 B BMA 3 A BMA 1342 n F 4 MAN 4 B MAN 4 A MAN 1347 n F 4 NAG 5 B NAG 5 A NAG 1348 n F 4 GAL 6 B GAL 6 A GAL 1349 n G 5 NAG 1 D NAG 1 A NAG 1600 n G 5 NAG 2 D NAG 2 A NAG 1601 n G 5 BMA 3 D BMA 3 A BMA 1602 n G 5 MAN 4 D MAN 4 A MAN 1603 n G 5 MAN 5 D MAN 5 A MAN 1604 n H 5 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1970 n H 5 NAG 2 F NAG 2 A NAG 1971 n H 5 BMA 3 F BMA 3 A BMA 1972 n H 5 MAN 4 F MAN 4 A MAN 1973 n H 5 MAN 5 F MAN 5 A MAN 1974 n I 6 NAG 1 G NAG 1 A NAG 2620 n I 6 NAG 2 G NAG 2 A NAG 2621 n I 6 BMA 3 G BMA 3 A BMA 2622 n J 7 NAG 1 I NAG 1 A NAG 3630 n J 7 NAG 2 I NAG 2 A NAG 3631 n K 6 NAG 1 J NAG 1 A NAG 3860 n K 6 NAG 2 J NAG 2 A NAG 3861 n K 6 BMA 3 J BMA 3 A BMA 3862 n L 7 NAG 1 K NAG 1 B NAG 6110 n L 7 NAG 2 K NAG 2 B NAG 6111 n M 7 NAG 1 M NAG 1 B NAG 6370 n M 7 NAG 2 M NAG 2 B NAG 6371 n N 6 NAG 1 N NAG 1 C NAG 1380 n N 6 NAG 2 N NAG 2 C NAG 1381 n N 6 BMA 3 N BMA 3 C BMA 1382 n O 7 NAG 1 O NAG 1 C NAG 1450 n O 7 NAG 2 O NAG 2 C NAG 1451 n P 6 NAG 1 P NAG 1 C NAG 1560 n P 6 NAG 2 P NAG 2 C NAG 1561 n P 6 BMA 3 P BMA 3 C BMA 1562 n Q 8 NAG 1 Q NAG 1 C NAG 1601 n Q 8 NAG 2 Q NAG 2 C NAG 1602 n Q 8 FUC 3 Q FUC 3 C FUC 1600 n R 7 NAG 1 R NAG 1 C NAG 2620 n R 7 NAG 2 R NAG 2 C NAG 2621 n S 6 NAG 1 S NAG 1 C NAG 3630 n S 6 NAG 2 S NAG 2 C NAG 3631 n S 6 BMA 3 S BMA 3 C BMA 3632 n T 7 NAG 1 T NAG 1 E NAG 1340 n T 7 NAG 2 T NAG 2 E NAG 1341 n U 6 NAG 1 U NAG 1 E NAG 1380 n U 6 NAG 2 U NAG 2 E NAG 1381 n U 6 BMA 3 U BMA 3 E BMA 1382 n V 6 NAG 1 V NAG 1 E NAG 1450 n V 6 NAG 2 V NAG 2 E NAG 1451 n V 6 BMA 3 V BMA 3 E BMA 1452 n W 7 NAG 1 W NAG 1 E NAG 1560 n W 7 NAG 2 W NAG 2 E NAG 1561 n X 9 NAG 1 X NAG 1 E NAG 1600 n X 9 NAG 2 X NAG 2 E NAG 1601 n X 9 BMA 3 X BMA 3 E BMA 1602 n X 9 MAN 4 X MAN 4 E MAN 1604 n X 9 MAN 5 X MAN 5 E MAN 1606 n X 9 MAN 6 X MAN 6 E MAN 1605 n X 9 MAN 7 X MAN 7 E MAN 1603 n Y 7 NAG 1 Y NAG 1 E NAG 1970 n Y 7 NAG 2 Y NAG 2 E NAG 1971 n Z 6 NAG 1 Z NAG 1 E NAG 2340 n Z 6 NAG 2 Z NAG 2 E NAG 2341 n Z 6 BMA 3 Z BMA 3 E BMA 2342 n AA 6 NAG 1 a NAG 1 E NAG 2620 n AA 6 NAG 2 a NAG 2 E NAG 2621 n AA 6 BMA 3 a BMA 3 E BMA 2622 n BA 6 NAG 1 b NAG 1 E NAG 2950 n BA 6 NAG 2 b NAG 2 E NAG 2951 n BA 6 BMA 3 b BMA 3 E BMA 2952 n CA 6 NAG 1 c NAG 1 E NAG 3320 n CA 6 NAG 2 c NAG 2 E NAG 3321 n CA 6 BMA 3 c BMA 3 E BMA 3322 n DA 6 NAG 1 d NAG 1 E NAG 3550 n DA 6 NAG 2 d NAG 2 E NAG 3551 n DA 6 BMA 3 d BMA 3 E BMA 3552 n EA 7 NAG 1 e NAG 1 E NAG 3630 n EA 7 NAG 2 e NAG 2 E NAG 3631 n FA 6 NAG 1 f NAG 1 E NAG 3860 n FA 6 NAG 2 f NAG 2 E NAG 3861 n FA 6 BMA 3 f BMA 3 E BMA 3862 n GA 6 NAG 1 g NAG 1 E NAG 3980 n GA 6 NAG 2 g NAG 2 E NAG 3981 n GA 6 BMA 3 g BMA 3 E BMA 3982 n HA 6 NAG 1 h NAG 1 E NAG 4110 n HA 6 NAG 2 h NAG 2 E NAG 4111 n HA 6 BMA 3 h BMA 3 E BMA 4112 n IA 7 NAG 1 i NAG 1 F NAG 6370 n IA 7 NAG 2 i NAG 2 F NAG 6371 n JA 10 NAG 1 j NAG 1 A NAG 1561 n JA 10 NAG 2 j NAG 2 A NAG 1562 n JA 10 BMA 3 j BMA 3 A BMA 1563 n JA 10 FUC 4 j FUC 4 A FUC 1560 n KA 6 NAG 1 k NAG 1 L NAG 240 n KA 6 NAG 2 k NAG 2 L NAG 241 n KA 6 BMA 3 k BMA 3 L BMA 242 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc GAL 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGalpb GAL 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-galactopyranose GAL 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Galp GAL 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Gal MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 6 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 7 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 7 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 8 'DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 8 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 16 9 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 17 9 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 18 9 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 19 10 'DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 20 10 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 21 10 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 4 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 4 4 5 NAG C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 4 6 GAL C1 O1 5 NAG O4 HO4 sing ? 6 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 9 5 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 10 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 12 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 13 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 14 8 3 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 15 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 16 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 17 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 18 9 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 19 9 6 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 20 9 7 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 21 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 22 10 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 23 10 4 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 4 NAG 5 n 4 GAL 6 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 FUC 3 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n 9 MAN 5 n 9 MAN 6 n 9 MAN 7 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 10 BMA 3 n 10 FUC 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ? 2 1 'gel filtration' ? 3 1 'gel filtration' ? 4 1 'gel filtration' ? #