data_6PWV # _entry.id 6PWV # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.376 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6PWV pdb_00006pwv 10.2210/pdb6pwv/pdb WWPDB D_1000242885 ? ? EMDB EMD-20512 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-20512 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6PWV _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-07-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Park, S.H.' 1 ? 'Ayoub, A.' 2 ? 'Lee, Y.T.' 3 ? 'Xu, J.' 4 ? 'Zhang, W.' 5 ? 'Zhang, B.' 6 ? 'Zhang, Y.' 7 ? 'Cianfrocco, M.A.' 8 ? 'Su, M.' 9 ? 'Dou, Y.' 10 ? 'Cho, U.' 11 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 5540 _citation.page_last 5540 _citation.title 'Cryo-EM structure of the human MLL1 core complex bound to the nucleosome.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-13550-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31804488 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Park, S.H.' 1 0000-0003-3323-763X primary 'Ayoub, A.' 2 ? primary 'Lee, Y.T.' 3 ? primary 'Xu, J.' 4 ? primary 'Kim, H.' 5 0000-0001-7518-6936 primary 'Zheng, W.' 6 0000-0002-2984-9003 primary 'Zhang, B.' 7 ? primary 'Sha, L.' 8 ? primary 'An, S.' 9 ? primary 'Zhang, Y.' 10 ? primary 'Cianfrocco, M.A.' 11 ? primary 'Su, M.' 12 ? primary 'Dou, Y.' 13 0000-0002-4040-1429 primary 'Cho, U.S.' 14 0000-0002-6992-2455 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6PWV _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6PWV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Retinoblastoma-binding protein 5' 59179.359 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'WD repeat-containing protein 5' 34390.992 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone-lysine N-methyltransferase 2A' 24141.732 1 2.1.1.43 ? ? ? 4 polymer man 'Histone H3.2' 15435.126 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Histone H2A type 1' 13978.241 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 8 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45138.770 1 ? ? ? ? 9 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45610.043 1 ? ? ? ? 10 polymer man 'Protein dpy-30 homolog' 11492.876 2 ? ? ? ? 11 polymer man 'Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2' 60244.641 1 ? ? ? ? 12 non-polymer syn S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 384.411 2 ? ? ? ? 13 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'RBBP-5,Retinoblastoma-binding protein RBQ-3' 2 'BMP2-induced 3-kb gene protein' 3 ;Lysine N-methyltransferase 2A,ALL-1,CXXC-type zinc finger protein 7,Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia,Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 1,Trithorax-like protein,Zinc finger protein HRX ; 4 'Histone H3' 7 H2B1.1 10 'Dpy-30-like protein,Dpy-30L' 11 'ASH2-like protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;SNLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHK LVSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFD RRGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPE PMQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSI WAQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALL YLPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSK KKQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; ;SNLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHK LVSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFD RRGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPE PMQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSI WAQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALL YLPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSK KKQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHG RGLFCKRNIDAGEMVIEYAGIVIRSILTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINI DGQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; ;SGSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHG RGLFCKRNIDAGEMVIEYAGIVIRSILTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINI DGQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; G,K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; H,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; I,M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; J,N ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; O ? 9 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; P ? 10 'polypeptide(L)' no no ;SGSMEPEQMLEGQTQVAENPHSEYGLTDNVERIVENEKINAEKSSKQKVDLQSLPTRAYLDQTVVPILLQGLAVLAKERP PNPIEFLASYLLKNKAQFEDRN ; ;SGSMEPEQMLEGQTQVAENPHSEYGLTDNVERIVENEKINAEKSSKQKVDLQSLPTRAYLDQTVVPILLQGLAVLAKERP PNPIEFLASYLLKNKAQFEDRN ; E,F ? 11 'polypeptide(L)' no no ;SDTQAGSVDEENGRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTSSCLPFMTNYSFHCNVCHHSGNTYFLRKQANLKEMCLSALA NLTWQSRTQDEHPKTMFSKDKDIIPFIDKYWECMTTRQRPGKMTWPNNIVKTMSKERDVFLVKEHPDPGSKDPEEDYPKF GLLDQDLSNIGPAYDNQKQSSAVSTSGNLNGGIAAGSSGKGRGAKRKQQDGGTTGTTKKARSDPLFSAQRLPPHGYPLEH PFNKDGYRYILAEPDPHAPDPEKLELDCWAGKPIPGDLYRACLYERVLLALHDRAPQLKISDDRLTVVGEKGYSMVRASH GVRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGYGQGDVLGFYINLPE DTETAKSLPDTYKDKALIKFKSYLYFEEKDFVDKAEKSLKQTPHSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEGVYFPAISLYKSCTV SINFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMGWGAVVEHTLADVLYHVETEVDGRRSPPWEP ; ;SDTQAGSVDEENGRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTSSCLPFMTNYSFHCNVCHHSGNTYFLRKQANLKEMCLSALA NLTWQSRTQDEHPKTMFSKDKDIIPFIDKYWECMTTRQRPGKMTWPNNIVKTMSKERDVFLVKEHPDPGSKDPEEDYPKF GLLDQDLSNIGPAYDNQKQSSAVSTSGNLNGGIAAGSSGKGRGAKRKQQDGGTTGTTKKARSDPLFSAQRLPPHGYPLEH PFNKDGYRYILAEPDPHAPDPEKLELDCWAGKPIPGDLYRACLYERVLLALHDRAPQLKISDDRLTVVGEKGYSMVRASH GVRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGYGQGDVLGFYINLPE DTETAKSLPDTYKDKALIKFKSYLYFEEKDFVDKAEKSLKQTPHSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEGVYFPAISLYKSCTV SINFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMGWGAVVEHTLADVLYHVETEVDGRRSPPWEP ; D ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 ASN n 1 3 LEU n 1 4 GLU n 1 5 LEU n 1 6 LEU n 1 7 GLU n 1 8 SER n 1 9 PHE n 1 10 GLY n 1 11 GLN n 1 12 ASN n 1 13 TYR n 1 14 PRO n 1 15 GLU n 1 16 GLU n 1 17 ALA n 1 18 ASP n 1 19 GLY n 1 20 THR n 1 21 LEU n 1 22 ASP n 1 23 CYS n 1 24 ILE n 1 25 SER n 1 26 MET n 1 27 ALA n 1 28 LEU n 1 29 THR n 1 30 CYS n 1 31 THR n 1 32 PHE n 1 33 ASN n 1 34 ARG n 1 35 TRP n 1 36 GLY n 1 37 THR n 1 38 LEU n 1 39 LEU n 1 40 ALA n 1 41 VAL n 1 42 GLY n 1 43 CYS n 1 44 ASN n 1 45 ASP n 1 46 GLY n 1 47 ARG n 1 48 ILE n 1 49 VAL n 1 50 ILE n 1 51 TRP n 1 52 ASP n 1 53 PHE n 1 54 LEU n 1 55 THR n 1 56 ARG n 1 57 GLY n 1 58 ILE n 1 59 ALA n 1 60 LYS n 1 61 ILE n 1 62 ILE n 1 63 SER n 1 64 ALA n 1 65 HIS n 1 66 ILE n 1 67 HIS n 1 68 PRO n 1 69 VAL n 1 70 CYS n 1 71 SER n 1 72 LEU n 1 73 CYS n 1 74 TRP n 1 75 SER n 1 76 ARG n 1 77 ASP n 1 78 GLY n 1 79 HIS n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 VAL n 1 83 SER n 1 84 ALA n 1 85 SER n 1 86 THR n 1 87 ASP n 1 88 ASN n 1 89 ILE n 1 90 VAL n 1 91 SER n 1 92 GLN n 1 93 TRP n 1 94 ASP n 1 95 VAL n 1 96 LEU n 1 97 SER n 1 98 GLY n 1 99 ASP n 1 100 CYS n 1 101 ASP n 1 102 GLN n 1 103 ARG n 1 104 PHE n 1 105 ARG n 1 106 PHE n 1 107 PRO n 1 108 SER n 1 109 PRO n 1 110 ILE n 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 122 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 'Biological sequence' 1 102 Human ? DPY30 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 'Biological sequence' 1 534 Human ? 'ASH2L, ASH2L1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 8 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? 9 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RBBP5_HUMAN Q15291 ? 1 ;NLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHKL VSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFDR RGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPEP MQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSIW AQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALLY LPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSKK KQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; 2 2 UNP WDR5_HUMAN P61964 ? 2 ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; 22 3 UNP KMT2A_HUMAN Q03164 ? 3 ;GSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHGR GLFCKRNIDAGEMVIEYAGNVIRSIQTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINID GQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; 3762 4 UNP H32_XENLA P84233 ? 4 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 5 UNP H4_XENLA P62799 ? 5 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 6 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 6 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 7 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 7 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 8 PDB 6PWV 6PWV ? 8 ? 1 9 PDB 6PWV 6PWV ? 9 ? 1 10 UNP DPY30_HUMAN Q9C005 ? 10 ;MEPEQMLEGQTQVAENPHSEYGLTDNVERIVENEKINAEKSSKQKVDLQSLPTRAYLDQTVVPILLQGLAVLAKERPPNP IEFLASYLLKNKAQFEDRN ; 1 11 UNP ASH2L_HUMAN Q9UBL3 Q9UBL3-3 11 ;DTQAGSVDEENGRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTSSCLPFMTNYSFHCNVCHHSGNTYFLRKQANLKEMCLSALAN LTWQSRTQDEHPKTMFSKDKDIIPFIDKYWECMTTRQRPGKMTWPNNIVKTMSKERDVFLVKEHPDPGSKDPEEDYPKFG LLDQDLSNIGPAYDNQKQSSAVSTSGNLNGGIAAGSSGKGRGAKRKQQDGGTTGTTKKARSDPLFSAQRLPPHGYPLEHP FNKDGYRYILAEPDPHAPDPEKLELDCWAGKPIPGDLYRACLYERVLLALHDRAPQLKISDDRLTVVGEKGYSMVRASHG VRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGYGQGDVLGFYINLPED TETAKSLPDTYKDKALIKFKSYLYFEEKDFVDKAEKSLKQTPHSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEGVYFPAISLYKSCTVS INFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMGWGAVVEHTLADVLYHVETEVDGRRSPPWEP ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6PWV A 2 ? 538 ? Q15291 2 ? 538 ? 2 538 2 2 6PWV B 1 ? 313 ? P61964 22 ? 334 ? 22 334 3 3 6PWV C 2 ? 209 ? Q03164 3762 ? 3969 ? 3762 3969 4 4 6PWV G 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 5 5 6PWV H 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 6 6 6PWV I 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 7 7 6PWV J 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 8 4 6PWV K 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 9 5 6PWV L 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 10 6 6PWV M 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 11 7 6PWV N 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 12 8 6PWV O 1 ? 147 ? 6PWV 1 ? 147 ? 1 147 13 9 6PWV P 1 ? 147 ? 6PWV 1 ? 147 ? 1 147 14 10 6PWV E 4 ? 102 ? Q9C005 1 ? 99 ? 1 99 15 10 6PWV F 4 ? 102 ? Q9C005 1 ? 99 ? 1 99 16 11 6PWV D 2 ? 534 ? Q9UBL3 2 ? 534 ? 2 534 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6PWV SER A 1 ? UNP Q15291 ? ? 'expression tag' 1 1 3 6PWV SER C 1 ? UNP Q03164 ? ? 'expression tag' 3761 2 3 6PWV ILE C 101 ? UNP Q03164 ASN 3861 conflict 3861 3 3 6PWV LEU C 107 ? UNP Q03164 GLN 3867 conflict 3867 4 4 6PWV ALA G 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 5 6 6PWV ARG I 99 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 6 6 6PWV SER I 123 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 7 7 6PWV THR J 29 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 8 8 6PWV ALA K 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 9 10 6PWV ARG M 99 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 10 10 6PWV SER M 123 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 11 11 6PWV THR N 29 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 12 14 6PWV SER E 1 ? UNP Q9C005 ? ? 'expression tag' -2 13 14 6PWV GLY E 2 ? UNP Q9C005 ? ? 'expression tag' -1 14 14 6PWV SER E 3 ? UNP Q9C005 ? ? 'expression tag' 0 15 15 6PWV SER F 1 ? UNP Q9C005 ? ? 'expression tag' -2 16 15 6PWV GLY F 2 ? UNP Q9C005 ? ? 'expression tag' -1 17 15 6PWV SER F 3 ? UNP Q9C005 ? ? 'expression tag' 0 18 16 6PWV SER D 1 ? UNP Q9UBL3 ? ? 'expression tag' 1 19 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAH 'L-peptide linking' n S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE ? 'C14 H20 N6 O5 S' 384.411 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6PWV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6PWV _struct.title 'Cryo-EM structure of MLL1 core complex bound to the nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6PWV _struct_keywords.text 'Mixed-Lineage Leukemia, MLL1, nucleosome, histone H3 Lys4 methyltransferase, RbBP5, WDR5, HISTONE BINDING-DNA BINDING-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'HISTONE BINDING/DNA BINDING/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? 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GLU D 400 LYS D 406 1 ? 7 HELX_P HELX_P46 AF1 PRO P 499 ? VAL P 524 ? 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THR D 479 ASN D 483 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N THR A 29 ? 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