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EMDB EMD-20513 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-12-18 2 'Structure model' 1 1 2024-03-20 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond 3 2 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6PWW _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-07-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-20513 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Park, S.H.' 1 ? 'Ayoub, A.' 2 ? 'Lee, Y.T.' 3 ? 'Xu, J.' 4 ? 'Zhang, W.' 5 ? 'Zhang, B.' 6 ? 'Zhang, Y.' 7 ? 'Cianfrocco, M.A.' 8 ? 'Su, M.' 9 ? 'Dou, Y.' 10 ? 'Cho, U.' 11 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 5540 _citation.page_last 5540 _citation.title 'Cryo-EM structure of the human MLL1 core complex bound to the nucleosome.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-13550-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31804488 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Park, S.H.' 1 0000-0003-3323-763X primary 'Ayoub, A.' 2 ? primary 'Lee, Y.T.' 3 ? primary 'Xu, J.' 4 ? primary 'Kim, H.' 5 0000-0001-7518-6936 primary 'Zheng, W.' 6 0000-0002-2984-9003 primary 'Zhang, B.' 7 ? primary 'Sha, L.' 8 ? primary 'An, S.' 9 ? primary 'Zhang, Y.' 10 ? primary 'Cianfrocco, M.A.' 11 ? primary 'Su, M.' 12 ? primary 'Dou, Y.' 13 0000-0002-4040-1429 primary 'Cho, U.S.' 14 0000-0002-6992-2455 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Retinoblastoma-binding protein 5' 59179.359 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'WD repeat-containing protein 5' 34390.992 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone-lysine N-methyltransferase 2A' 24141.732 1 2.1.1.43 ? ? ? 4 polymer man 'Histone H3.2' 15435.126 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Histone H2A type 1' 13978.241 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone 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KKQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHG RGLFCKRNIDAGEMVIEYAGIVIRSILTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINI DGQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; ;SGSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHG RGLFCKRNIDAGEMVIEYAGIVIRSILTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINI DGQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; G,K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; H,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; I,M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; J,N ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; O ? 9 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; P ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE SAH 11 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 ASN n 1 3 LEU n 1 4 GLU n 1 5 LEU n 1 6 LEU n 1 7 GLU n 1 8 SER n 1 9 PHE n 1 10 GLY n 1 11 GLN n 1 12 ASN n 1 13 TYR n 1 14 PRO n 1 15 GLU n 1 16 GLU n 1 17 ALA n 1 18 ASP n 1 19 GLY n 1 20 THR n 1 21 LEU n 1 22 ASP n 1 23 CYS n 1 24 ILE n 1 25 SER n 1 26 MET n 1 27 ALA n 1 28 LEU n 1 29 THR n 1 30 CYS n 1 31 THR n 1 32 PHE n 1 33 ASN n 1 34 ARG n 1 35 TRP n 1 36 GLY n 1 37 THR n 1 38 LEU n 1 39 LEU n 1 40 ALA n 1 41 VAL n 1 42 GLY n 1 43 CYS n 1 44 ASN n 1 45 ASP n 1 46 GLY n 1 47 ARG n 1 48 ILE n 1 49 VAL n 1 50 ILE n 1 51 TRP n 1 52 ASP n 1 53 PHE n 1 54 LEU n 1 55 THR n 1 56 ARG n 1 57 GLY n 1 58 ILE n 1 59 ALA n 1 60 LYS n 1 61 ILE n 1 62 ILE n 1 63 SER n 1 64 ALA n 1 65 HIS n 1 66 ILE n 1 67 HIS n 1 68 PRO n 1 69 VAL n 1 70 CYS n 1 71 SER n 1 72 LEU n 1 73 CYS n 1 74 TRP n 1 75 SER n 1 76 ARG n 1 77 ASP n 1 78 GLY n 1 79 HIS n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 VAL n 1 83 SER n 1 84 ALA n 1 85 SER n 1 86 THR n 1 87 ASP n 1 88 ASN n 1 89 ILE n 1 90 VAL n 1 91 SER n 1 92 GLN n 1 93 TRP n 1 94 ASP n 1 95 VAL n 1 96 LEU n 1 97 SER n 1 98 GLY n 1 99 ASP n 1 100 CYS n 1 101 ASP n 1 102 GLN n 1 103 ARG n 1 104 PHE n 1 105 ARG n 1 106 PHE n 1 107 PRO n 1 108 SER n 1 109 PRO n 1 110 ILE n 1 111 LEU n 1 112 LYS n 1 113 VAL n 1 114 GLN n 1 115 TYR n 1 116 HIS n 1 117 PRO n 1 118 ARG n 1 119 ASP n 1 120 GLN n 1 121 ASN n 1 122 LYS n 1 123 VAL n 1 124 LEU n 1 125 VAL n 1 126 CYS n 1 127 PRO n 1 128 MET n 1 129 LYS n 1 130 SER n 1 131 ALA n 1 132 PRO n 1 133 VAL n 1 134 MET n 1 135 LEU n 1 136 THR n 1 137 LEU n 1 138 SER n 1 139 ASP n 1 140 SER n 1 141 LYS n 1 142 HIS n 1 143 VAL n 1 144 VAL n 1 145 LEU n 1 146 PRO n 1 147 VAL n 1 148 ASP n 1 149 ASP n 1 150 ASP n 1 151 SER n 1 152 ASP n 1 153 LEU n 1 154 ASN n 1 155 VAL n 1 156 VAL n 1 157 ALA n 1 158 SER n 1 159 PHE n 1 160 ASP n 1 161 ARG n 1 162 ARG n 1 163 GLY n 1 164 GLU n 1 165 TYR n 1 166 ILE n 1 167 TYR n 1 168 THR n 1 169 GLY n 1 170 ASN n 1 171 ALA n 1 172 LYS n 1 173 GLY n 1 174 LYS n 1 175 ILE n 1 176 LEU n 1 177 VAL n 1 178 LEU n 1 179 LYS n 1 180 THR n 1 181 ASP n 1 182 SER n 1 183 GLN n 1 184 ASP n 1 185 LEU n 1 186 VAL n 1 187 ALA n 1 188 SER n 1 189 PHE n 1 190 ARG n 1 191 VAL n 1 192 THR n 1 193 THR n 1 194 GLY n 1 195 THR n 1 196 SER n 1 197 ASN n 1 198 THR n 1 199 THR n 1 200 ALA n 1 201 ILE n 1 202 LYS n 1 203 SER n 1 204 ILE n 1 205 GLU n 1 206 PHE n 1 207 ALA n 1 208 ARG n 1 209 LYS n 1 210 GLY n 1 211 SER n 1 212 CYS n 1 213 PHE n 1 214 LEU n 1 215 ILE n 1 216 ASN n 1 217 THR n 1 218 ALA n 1 219 ASP n 1 220 ARG n 1 221 ILE n 1 222 ILE n 1 223 ARG n 1 224 VAL n 1 225 TYR n 1 226 ASP n 1 227 GLY n 1 228 ARG n 1 229 GLU n 1 230 ILE n 1 231 LEU n 1 232 THR n 1 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_refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0040 ? 19118 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5889 ? 27114 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0396 ? 3080 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0033 ? 2419 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 20.5102 ? 10967 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6PWW _struct.title 'Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6PWW _struct_keywords.text 'Mixed-Lineage Leukemia, MLL1, nucleosome, histone H3 Lys4 methyltransferase, RbBP5, WDR5, HISTONE BINDING-DNA BINDING-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'HISTONE BINDING/DNA BINDING/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 4 ? I N N 6 ? J N N 7 ? K N N 8 ? L N N 9 ? M N N 5 ? N N N 10 ? O N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RBBP5_HUMAN Q15291 ? 1 ;NLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHKL VSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFDR RGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPEP MQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSIW AQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALLY LPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSKK KQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; 2 2 UNP WDR5_HUMAN P61964 ? 2 ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; 22 3 UNP KMT2A_HUMAN Q03164 ? 3 ;GSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHGR GLFCKRNIDAGEMVIEYAGNVIRSIQTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINID GQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; 3762 4 UNP H32_XENLA P84233 ? 4 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 5 UNP H4_XENLA P62799 ? 5 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 6 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 6 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 7 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 7 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 8 PDB 6PWW 6PWW ? 8 ? 1 9 PDB 6PWW 6PWW ? 9 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6PWW A 2 ? 538 ? Q15291 2 ? 538 ? 2 538 2 2 6PWW B 1 ? 313 ? P61964 22 ? 334 ? 22 334 3 3 6PWW C 2 ? 209 ? Q03164 3762 ? 3969 ? 3762 3969 4 4 6PWW G 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 5 5 6PWW H 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 6 6 6PWW I 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 7 7 6PWW J 2 ? 123 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 8 4 6PWW K 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 9 6 6PWW M 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 10 7 6PWW N 2 ? 123 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 11 8 6PWW O 1 ? 147 ? 6PWW 1 ? 147 ? 1 147 12 9 6PWW P 1 ? 147 ? 6PWW 1 ? 147 ? 1 147 13 5 6PWW L 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6PWW SER A 1 ? UNP Q15291 ? ? 'expression tag' 1 1 3 6PWW SER C 1 ? UNP Q03164 ? ? 'expression tag' 3761 2 3 6PWW ILE C 101 ? UNP Q03164 ASN 3861 conflict 3861 3 3 6PWW LEU C 107 ? UNP Q03164 GLN 3867 conflict 3867 4 4 6PWW ALA G 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 5 6 6PWW ARG I 99 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 6 6 6PWW SER I 123 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 7 7 6PWW MET J 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 8 7 6PWW THR J 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 9 8 6PWW ALA K 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 10 9 6PWW ARG M 99 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 11 9 6PWW SER M 123 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 12 10 6PWW MET N 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 13 10 6PWW THR N 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 14 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tridecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 227 ? GLY A 234 ? GLY A 227 GLY A 234 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO C 55 ? SER C 67 ? PRO C 3815 SER C 3827 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 SER C 105 ? GLY C 119 ? SER C 3865 GLY C 3879 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA C 141 ? ILE C 145 ? ALA C 3901 ILE C 3905 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY D 45 ? SER D 58 ? GLY G 44 SER G 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 AA6 ARG D 64 ? LYS D 80 ? ARG G 63 LYS G 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 AA7 GLN D 86 ? ALA D 115 ? GLN G 85 ALA G 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P8 AA8 MET D 121 ? ARG D 132 ? MET G 120 ARG G 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP E 25 ? ILE E 30 ? ASP H 24 ILE H 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 THR E 31 ? GLY E 43 ? THR H 30 GLY H 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU E 50 ? ALA E 77 ? LEU H 49 ALA H 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 THR E 83 ? GLN E 94 ? THR H 82 GLN H 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 THR F 16 ? ALA F 21 ? THR I 16 ALA I 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO F 26 ? LYS F 36 ? PRO I 26 LYS I 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA F 45 ? ASN F 73 ? ALA I 45 ASN I 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P16 AB7 ILE F 79 ? ASP F 90 ? ILE I 79 ASP I 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP F 90 ? LEU F 97 ? ASP I 90 LEU I 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 AB9 TYR G 35 ? HIS G 47 ? TYR J 34 HIS J 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 AC1 SER G 53 ? ASN G 82 ? SER J 52 ASN J 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P20 AC2 THR G 88 ? LEU G 100 ? THR J 87 LEU J 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY G 102 ? SER G 121 ? GLY J 101 SER J 120 1 ? 20 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY H 45 ? SER H 58 ? GLY K 44 SER K 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG H 64 ? LYS H 80 ? ARG K 63 LYS K 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN H 86 ? ALA H 115 ? GLN K 85 ALA K 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P25 AC7 MET H 121 ? ARG H 132 ? MET K 120 ARG K 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 THR I 16 ? GLY I 22 ? THR M 16 GLY M 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO I 26 ? GLY I 37 ? PRO M 26 GLY M 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA I 45 ? ASN I 73 ? ALA M 45 ASN M 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE I 79 ? ASP I 90 ? 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