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;MAAPAQPKKIVAPTVSQINAEFVTQLACKYWAPHIKKKSPFDIKVIEDIYEKEIVKSRFAIRKIMLLEFSQYLENYLWMN YSPEVSSKAYLMSICCMVNEKFRENVPAWEIFKKKPDHFPFFFKHILKAALAETDGEFSLHEQTVLLLFLDHCFNSLEVD LIRSQVQQLISLPMWMGLQLARLELELKKTPKLRKFWNLIKKNDEKMDPEAREQAYQERRFLSQLIQKFISVLKSVPLSE PVTMDKVHYCERFIELMIDLEALLPTRRWFNTILDDSHLLVHCYLSNLVRREEDGHLFSQLLDMLKFYTGFEINDQTGNA LTENEMTTIHYDRITSLQRAAFAHFPELYDFALSNVAEVDTRESLVKFFGPLSSNTLHQVASYLCLLPTLPKNEDTTFDK EFLLELLVSRHERRISQIQQLNQMPLYPTEKIIWDENIVPTEYYSGEGCLALPKLNLQFLTLHDYLLRNFNLFRLESTYE IRQDIEDSVSRMKPWQSEYGGVVFGGWARMAQPIVAFTVVEVAKPNIGENWPTRVRADVTINLNVRDHIKDEWEGLRKHD VCFLITVRPTKPYGTKFDRRRPFIEQVGLVYVRGCEIQGMLDDKGRVIEDGPEPRPNLRGESRTFRVFLDPNQYQQDMTN TIQNGAEDVYETFNIIMRRKPKENNFKAVLETIRNLMNTDCVVPDWLHDIILGYGDPSSAHYSKMPNQIATLDFNDTFLS IEHLKASFPGHNVKVTVEDPALQIPPFRITFPVRSGKGKKRKDADVEDEDTEEAKTLIVEPHVIPNRGPYPYNQPKRNTI QFTHTQIEAIRAGMQPGLTMVVGPPGTGKTDVAVQIISNIYHNFPEQRTLIVTHSNQALNQLFEKIMALDIDERHLLRLG HGEEELETEKDFSRYGRVNYVLARRIELLEEVKRLQKSLGVPGDASYTCETAGYFFLYQVMSRWEEYISKVKNKGSTLPD 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'polypeptide(L)' no no ;MSATVVDAVNAAPLSGSKEMSLEEPKKMTREDWRKKKELEEQRKLGNAPAEVDEEGKDINPHIPQYISSVPWYIDPSKRP TLKHQRPQPEKQKQFSSSGEWYKRGVKENSIITKYRKGACENCGAMTHKKKDCFERPRRVGAKFTGTNIAPDEHVQPQLM FDYDGKRDRWNGYNPEEHMKIVEEYAKVDLAKRTLKAQKLQEELASGKLVEQANSPKHQWGEEEPNSQMEKDHNSEDEDE DKYADDIDMPGQNFDSKRRITVRNLRIREDIAKYLRNLDPNSAYYDPKTRAMRENPYANAGKNPDEVSYAGDNFVRYTGD TISMAQTQLFAWEAYDKGSEVHLQADPTKLELLYKSFKVKKEDFKEQQKESILEKYGGQEHLDAPPAELLLAQTEDYVEY SRHGTVIKGQERAVACSKYEEDVKIHNHTHIWGSYWKEGRWGYKCCHSFFKYSYCTGEAGKEIVNSEECIINEITGEESV KKPQTLMELHQEKLKEEKKKKKKKKKKHRKSSSDSDDEEKKHEKLKKALNAEEARLLHVKETMQIDERKRPYNSMYETRE PTEEEMEAYRMKRQRPDDPMASFLGQ ; ;MSATVVDAVNAAPLSGSKEMSLEEPKKMTREDWRKKKELEEQRKLGNAPAEVDEEGKDINPHIPQYISSVPWYIDPSKRP TLKHQRPQPEKQKQFSSSGEWYKRGVKENSIITKYRKGACENCGAMTHKKKDCFERPRRVGAKFTGTNIAPDEHVQPQLM FDYDGKRDRWNGYNPEEHMKIVEEYAKVDLAKRTLKAQKLQEELASGKLVEQANSPKHQWGEEEPNSQMEKDHNSEDEDE DKYADDIDMPGQNFDSKRRITVRNLRIREDIAKYLRNLDPNSAYYDPKTRAMRENPYANAGKNPDEVSYAGDNFVRYTGD 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AHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV g,r ? 37 'polypeptide(L)' no no MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL h,l ? 38 'polypeptide(L)' no no ;AIPPDSWQPPNVYLETSMGIIVLELYWKHAPKTCKNFAELARRGYYNGTKFHRIIKDFMIQGGDPTGTGRGGASIYGKQF EDELHPDLKFTGAGILAMANAGPDTNGSQFFVTLAPTQWLDGKHTIFGRVCQGIGMVNRVGMVETNSQDRPVDDVKIIKA YPSG ; ;AIPPDSWQPPNVYLETSMGIIVLELYWKHAPKTCKNFAELARRGYYNGTKFHRIIKDFMIQGGDPTGTGRGGASIYGKQF EDELHPDLKFTGAGILAMANAGPDTNGSQFFVTLAPTQWLDGKHTIFGRVCQGIGMVNRVGMVETNSQDRPVDDVKIIKA YPSG ; i ? 39 'polypeptide(L)' no no ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; j,m ? 40 'polypeptide(L)' no no 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VTLSPNGKWLACQSMDNQILIFGAQNRFRLNKKKIFKGHMVAGYACQVDFSPDMSYVISGDGNGKLNIWDWKTTKLYSRF KAHDKVCIGAVWHPHETSKVITCGWDGLIKLWD ; o ? 41 'polypeptide(L)' no no ;MAGTGLVAGEVVVDALPYFDQGYEAPGVREAAAALVEEETRRYRPTKNYLSYLTAPDYSAFETDIMRNEFERLAARQPIE LLSMKRYELPAPSSGQKNDITAWQECVNNSMAQLEHQAVRIENLELMSQHGCNAWKVYNENLVHMIEHAQKELQKLRKHI QDLNWQRKNMQLTAGSKLREMESNWVSLVSKNYEIERTIVQLENEIYQIKQQHGEANKENIRQDF ; ;MAGTGLVAGEVVVDALPYFDQGYEAPGVREAAAALVEEETRRYRPTKNYLSYLTAPDYSAFETDIMRNEFERLAARQPIE LLSMKRYELPAPSSGQKNDITAWQECVNNSMAQLEHQAVRIENLELMSQHGCNAWKVYNENLVHMIEHAQKELQKLRKHI QDLNWQRKNMQLTAGSKLREMESNWVSLVSKNYEIERTIVQLENEIYQIKQQHGEANKENIRQDF ; s ? 42 'polypeptide(L)' no no ;MSLICSISNEVPEHPCVSPVSNHVYERRLIEKYIAENGTDPINNQPLSEEQLIDIKVAHPIRPKPPSATSIPAILKALQD EWDAVMLHSFTLRQQLQTTRQELSHALYQHDAACRVIARLTKEVTAAREALATLKPQAGLIVPQAVPSSQPSVVGAGEPM DLGELVGMTPEIIQKLQDKATVLTTERKKRGKTVPEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTG GADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDY 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C U 31 O4 ? ? ? 1_555 O U 15 N3 ? ? 6 U 31 I U 15 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog208 hydrog ? ? C U 32 N3 ? ? ? 1_555 O A 14 N1 ? ? 6 U 32 I A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog209 hydrog ? ? C U 32 O4 ? ? ? 1_555 O A 14 N6 ? ? 6 U 32 I A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog210 hydrog ? ? C G 33 N1 ? ? ? 1_555 O C 13 N3 ? ? 6 G 33 I C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog211 hydrog ? ? C G 33 N2 ? ? ? 1_555 O C 13 O2 ? ? 6 G 33 I C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog212 hydrog ? ? C G 33 O6 ? ? ? 1_555 O C 13 N4 ? ? 6 G 33 I C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog213 hydrog ? ? C C 37 N3 ? ? ? 1_555 O U 10 N3 ? ? 6 C 37 I U 10 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_18_PAIR ? ? ? hydrog214 hydrog ? ? C C 37 N4 ? ? ? 1_555 O U 10 O4 ? ? 6 C 37 I U 10 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_18_PAIR ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? C G 38 N1 ? ? ? 1_555 O C 9 N3 ? ? 6 G 38 I C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? C G 38 N2 ? ? ? 1_555 O C 9 O2 ? ? 6 G 38 I C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? C G 38 O6 ? ? ? 1_555 O C 9 N4 ? ? 6 G 38 I C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? C A 39 N6 ? ? ? 1_555 O C 8 N3 ? ? 6 A 39 I C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? C U 40 O4 ? ? ? 1_555 O G 7 N1 ? ? 6 U 40 I G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? C A 41 N6 ? ? ? 1_555 O A 6 N1 ? ? 6 A 41 I A 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? C C 42 N3 ? ? ? 1_555 O G 5 N1 ? ? 6 C 42 I G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? C C 42 N4 ? ? ? 1_555 O G 5 O6 ? ? 6 C 42 I G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog223 hydrog ? ? C C 42 O2 ? ? ? 1_555 O G 5 N2 ? ? 6 C 42 I G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog224 hydrog ? ? C A 43 N3 ? ? ? 1_555 O A 4 N6 ? ? 6 A 43 I A 4 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog225 hydrog ? ? C G 44 N2 ? ? ? 1_555 O A 3 N7 ? ? 6 G 44 I A 3 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog226 hydrog ? ? C G 44 N3 ? ? ? 1_555 O A 3 N6 ? ? 6 G 44 I A 3 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog227 hydrog ? ? C A 45 N6 ? ? ? 1_555 O U 2 O2 ? ? 6 A 45 I U 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog228 hydrog ? ? C A 45 N7 ? ? ? 1_555 O U 2 N3 ? ? 6 A 45 I U 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog229 hydrog ? ? C G 46 N1 ? ? ? 1_555 C G 54 N7 ? ? 6 G 46 6 G 54 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_7_PAIR ? ? ? hydrog230 hydrog ? ? C G 46 N2 ? ? ? 1_555 C G 54 O6 ? ? 6 G 46 6 G 54 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_7_PAIR ? ? ? hydrog231 hydrog ? ? C A 47 N1 ? ? ? 1_555 C A 53 N6 ? ? 6 A 47 6 A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_5_PAIR ? ? ? hydrog232 hydrog ? ? C A 47 N6 ? ? ? 1_555 C A 53 N7 ? ? 6 A 47 6 A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_5_PAIR ? ? ? hydrog233 hydrog ? ? C C 55 N4 ? ? ? 1_555 C U 74 O2 ? ? 6 C 55 6 U 74 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-U MISPAIR' ? ? ? hydrog234 hydrog ? ? 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C G 65 N2 ? ? ? 1_555 C A 69 N7 ? ? 6 G 65 6 A 69 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog253 hydrog ? ? C G 65 N3 ? ? ? 1_555 C A 69 N6 ? ? 6 G 65 6 A 69 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog254 hydrog ? ? O G 1 N1 ? ? ? 1_555 O G 113 O6 ? ? I G 1 I G 167 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_6_PAIR ? ? ? hydrog255 hydrog ? ? O G 1 N2 ? ? ? 1_555 O G 113 N7 ? ? I G 1 I G 167 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_6_PAIR ? ? ? hydrog256 hydrog ? ? O A 97 N6 ? ? ? 1_555 O A 112 N7 ? ? I A 144 I A 166 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 166 G . ? PHE 166 A PRO 167 G ? PRO 167 A 1 -1.54 2 GLU 158 P . ? GLU 342 J PRO 159 P ? PRO 343 J 1 4.45 3 PHE 216 P . ? PHE 400 J PRO 217 P ? 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parallel AC9 2 3 ? parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? parallel AC9 5 6 ? parallel AC9 6 7 ? parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? parallel AD1 5 6 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? parallel AD7 3 4 ? parallel AD7 4 5 ? parallel AD7 5 6 ? parallel AD7 6 7 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AD9 6 7 ? anti-parallel AD9 7 8 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? 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RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6QDV 'double helix' 6QDV 'a-form double helix' 6QDV 'hairpin loop' 6QDV 'bulge loop' 6QDV 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 1 1_555 C U 97 1_555 0.228 -0.154 0.665 10.012 -10.213 9.693 1 2_A1:U97_6 2 1 ? 6 97 ? 20 1 1 A U 2 1_555 C U 96 1_555 -2.740 -1.527 -0.355 8.454 -23.154 9.778 2 2_U2:U96_6 2 2 ? 6 96 ? 16 1 1 A C 3 1_555 C G 95 1_555 0.034 -0.598 -0.483 5.771 -23.402 0.691 3 2_C3:G95_6 2 3 ? 6 95 ? 19 1 1 A G 4 1_555 C C 94 1_555 -0.362 -0.096 -0.578 -9.420 -4.350 9.657 4 2_G4:C94_6 2 4 ? 6 94 ? 19 1 1 A C 5 1_555 C G 93 1_555 -0.498 -0.133 -0.369 1.654 -0.998 3.186 5 2_C5:G93_6 2 5 ? 6 93 ? 19 1 1 A U 6 1_555 C A 92 1_555 -0.302 -0.137 -0.438 3.869 0.825 -7.408 6 2_U6:A92_6 2 6 ? 6 92 ? 20 1 1 A U 7 1_555 C A 91 1_555 -0.855 0.026 -0.493 6.074 2.056 -3.201 7 2_U7:A91_6 2 7 ? 6 91 ? 20 1 1 A C 8 1_555 C G 90 1_555 -0.389 0.328 -0.514 11.062 0.769 12.750 8 2_C8:G90_6 2 8 ? 6 90 ? 19 1 1 A C 10 1_555 C G 88 1_555 -0.151 0.093 -0.275 5.939 -10.051 12.301 9 2_C10:G88_6 2 10 ? 6 88 ? 19 1 1 A G 11 1_555 C C 87 1_555 -0.494 -0.524 0.377 0.947 -2.797 -0.528 10 2_G11:C87_6 2 11 ? 6 87 ? 19 1 1 A G 19 1_555 C G 80 1_555 -5.633 -0.791 0.726 -10.644 30.003 -98.521 11 2_G19:G80_6 2 19 ? 6 80 ? 7 4 1 A G 20 1_555 C C 55 1_555 -0.566 -0.628 -0.017 6.910 -14.141 -1.371 12 2_G20:C55_6 2 20 ? 6 55 ? 19 1 1 A C 21 1_555 C G 54 1_555 1.050 -0.484 -0.285 5.523 -16.931 9.431 13 2_C21:G54_6 2 21 ? 6 54 ? 19 1 1 A U 22 1_555 C A 53 1_555 1.559 -0.012 -0.250 7.472 -14.421 9.065 14 2_U22:A53_6 2 22 ? 6 53 ? 20 1 1 A G 25 1_555 C U 52 1_555 -2.334 -0.948 -0.775 -13.909 -6.725 4.197 15 2_G25:U52_6 2 25 ? 6 52 ? 28 1 1 A A 26 1_555 C U 51 1_555 0.284 0.205 -0.430 -7.730 -2.420 8.410 16 2_A26:U51_6 2 26 ? 6 51 ? 20 1 1 A U 27 1_555 C A 50 1_555 1.282 -0.094 -0.299 0.736 -2.332 4.892 17 2_U27:A50_6 2 27 ? 6 50 ? 20 1 1 A C 28 1_555 C G 49 1_555 0.534 -0.151 -0.077 6.827 -4.664 -6.010 18 2_C28:G49_6 2 28 ? 6 49 ? 19 1 1 A G 31 1_555 O C 100 1_555 -0.495 -0.690 -0.899 0.748 -5.535 -3.406 19 2_G31:C147_I 2 31 ? 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