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_entity_src_gen.pdbx_description ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 3741 ? 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'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6QKL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6QKL _struct.title 'Mechanism of eIF6 release from the nascent 60S ribosomal subunit' _struct.pdbx_descriptor ;60S ribosomal protein L3, 60S ribosomal protein L9, 60S ribosomal protein L23, 60S ribosomal protein L10, 60S ribosomal protein L24, Ubiquitin-60S ribosomal protein L40, Eukaryotic translation initiation factor 6, Ribosome maturation protein SBDS, 60S acidic ribosomal protein P0, 60S ribosomal protein L12/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6QKL _struct_keywords.text '60S subunit, eIF6, SBDS, uL16, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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SER A 190 ALA A 200 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 207 ? PHE B 212 ? ASN A 207 PHE A 212 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 380 ? PHE B 388 ? THR A 380 PHE A 388 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 AA7 GLN C 64 ? LYS C 84 ? GLN B 64 LYS B 84 1 ? 21 HELX_P HELX_P8 AA8 SER C 148 ? ARG C 162 ? SER B 148 ARG B 162 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 LYS D 66 ? ARG D 70 ? LYS E 66 ARG E 70 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 TRP D 125 ? THR D 130 ? TRP E 125 THR E 130 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 SER E 62 ? GLY E 80 ? SER F 62 GLY F 80 1 ? 19 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY E 107 ? GLN E 112 ? GLY F 107 GLN F 112 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP E 142 ? LEU E 145 ? ASP F 142 LEU F 145 5 ? 4 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA E 146 ? SER E 156 ? ALA F 146 SER F 156 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN E 177 ? ASP E 187 ? ASN F 177 ASP F 187 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP E 212 ? ALA E 216 ? ASP F 212 ALA F 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN F 33 ? ARG F 42 ? ASN G 33 ARG G 42 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU G 2 ? CYS G 14 ? 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ARG D 92 LYS D 96 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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HOOGSTEEN ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? 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ALA I 204 GLY I 207 AC1 3 CYS H 197 ? VAL H 199 ? CYS I 197 VAL I 199 AC2 1 LEU H 17 ? LYS H 18 ? LEU I 17 LYS I 18 AC2 2 LEU H 25 ? VAL H 26 ? LEU I 25 VAL I 26 AC3 1 LEU H 71 ? LEU H 72 ? LEU I 71 LEU I 72 AC3 2 GLN H 95 ? ARG H 96 ? GLN I 95 ARG I 96 AC4 1 VAL H 114 ? LEU H 116 ? VAL I 114 LEU I 116 AC4 2 GLU H 136 ? PHE H 138 ? GLU I 136 PHE I 138 AC5 1 ALA H 153 ? LEU H 154 ? ALA I 153 LEU I 154 AC5 2 ALA H 159 ? LEU H 160 ? ALA I 159 LEU I 160 AC6 1 LYS I 25 ? ALA I 30 ? LYS J 25 ALA J 30 AC6 2 VAL I 17 ? ARG I 22 ? VAL J 17 ARG J 22 AC6 3 GLU I 92 ? GLN I 94 ? GLU J 92 GLN J 94 AC7 1 PHE I 57 ? ASN I 59 ? PHE J 57 ASN J 59 AC7 2 GLN I 64 ? VAL I 65 ? GLN J 64 VAL J 65 AC8 1 LYS I 195 ? GLU I 200 ? LYS J 195 GLU J 200 AC8 2 GLU I 207 ? PRO I 214 ? GLU J 207 PRO J 214 AC8 3 HIS I 171 ? LEU I 178 ? HIS J 171 LEU J 178 AC8 4 LEU I 234 ? LEU I 239 ? LEU J 234 LEU J 239 AC9 1 LYS J 25 ? ILE J 27 ? LYS C 25 ILE C 27 AC9 2 ILE J 191 ? ASP J 193 ? ILE C 191 ASP C 193 AC9 3 CYS J 197 ? 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C4 N A 2651 ? ? 113.97 110.60 3.37 0.50 N 74 1 "O5'" N G 2660 ? ? P N G 2660 ? ? OP1 N G 2660 ? ? 99.46 105.70 -6.24 0.90 N 75 1 "C1'" N G 2660 ? ? "C2'" N G 2660 ? ? "O2'" N G 2660 ? ? 91.16 110.60 -19.44 3.00 N 76 1 C6 N C 2671 ? ? N1 N C 2671 ? ? C2 N C 2671 ? ? 117.66 120.30 -2.64 0.40 N 77 1 N1 N C 2671 ? ? C2 N C 2671 ? ? O2 N C 2671 ? ? 123.19 118.90 4.29 0.60 N 78 1 N3 N C 2671 ? ? C2 N C 2671 ? ? O2 N C 2671 ? ? 117.25 121.90 -4.65 0.70 N 79 1 C2 N C 2671 ? ? N1 N C 2671 ? ? "C1'" N C 2671 ? ? 125.65 118.80 6.85 1.10 N 80 1 C6 N C 2672 ? ? N1 N C 2672 ? ? C2 N C 2672 ? ? 117.80 120.30 -2.50 0.40 N 81 1 C6 N C 2673 ? ? N1 N C 2673 ? ? C2 N C 2673 ? ? 117.02 120.30 -3.28 0.40 N 82 1 C5 N C 2673 ? ? C6 N C 2673 ? ? N1 N C 2673 ? ? 125.59 121.00 4.59 0.50 N 83 1 N1 N U 2674 ? ? C2 N U 2674 ? ? O2 N U 2674 ? ? 127.19 122.80 4.39 0.70 N 84 1 C6 N C 2688 ? ? N1 N C 2688 ? ? C2 N C 2688 ? ? 117.58 120.30 -2.72 0.40 N 85 1 C6 N C 2933 ? ? N1 N C 2933 ? ? C2 N C 2933 ? ? 117.21 120.30 -3.09 0.40 N 86 1 C5 N C 2933 ? ? C6 N C 2933 ? ? N1 N C 2933 ? ? 124.49 121.00 3.49 0.50 N 87 1 N1 N C 2955 ? ? C2 N C 2955 ? ? O2 N C 2955 ? ? 122.59 118.90 3.69 0.60 N 88 1 N3 N C 2955 ? ? C2 N C 2955 ? ? O2 N C 2955 ? ? 117.64 121.90 -4.26 0.70 N 89 1 C6 N C 2999 ? ? N1 N C 2999 ? ? C2 N C 2999 ? ? 116.61 120.30 -3.69 0.40 N 90 1 N3 N C 2999 ? ? C2 N C 2999 ? ? O2 N C 2999 ? ? 117.25 121.90 -4.65 0.70 N 91 1 C6 N C 3040 ? ? N1 N C 3040 ? ? C2 N C 3040 ? ? 116.83 120.30 -3.47 0.40 N 92 1 C5 N C 3040 ? ? C6 N C 3040 ? ? N1 N C 3040 ? ? 124.87 121.00 3.87 0.50 N 93 1 N1 N C 3059 ? ? C2 N C 3059 ? ? O2 N C 3059 ? ? 124.49 118.90 5.59 0.60 N 94 1 N3 N C 3059 ? ? C2 N C 3059 ? ? O2 N C 3059 ? ? 115.88 121.90 -6.02 0.70 N 95 1 C6 N C 3059 ? ? N1 N C 3059 ? ? "C1'" N C 3059 ? ? 112.64 120.80 -8.16 1.20 N 96 1 C2 N C 3059 ? ? N1 N C 3059 ? ? "C1'" N C 3059 ? ? 128.80 118.80 10.00 1.10 N 97 1 C6 N C 3083 ? ? N1 N C 3083 ? ? C2 N C 3083 ? ? 117.77 120.30 -2.53 0.40 N 98 1 N1 N C 3093 ? ? C2 N C 3093 ? ? O2 N C 3093 ? ? 122.51 118.90 3.61 0.60 N 99 1 N1 N C 3121 ? ? C2 N C 3121 ? ? O2 N C 3121 ? ? 124.29 118.90 5.39 0.60 N 100 1 N3 N C 3121 ? ? C2 N C 3121 ? ? O2 N C 3121 ? ? 115.13 121.90 -6.77 0.70 N 101 1 N1 N C 3154 ? ? C2 N C 3154 ? ? O2 N C 3154 ? ? 123.26 118.90 4.36 0.60 N 102 1 N1 N U 3155 ? ? C2 N U 3155 ? ? O2 N U 3155 ? ? 127.81 122.80 5.01 0.70 N 103 1 N3 N U 3155 ? ? C2 N U 3155 ? ? O2 N U 3155 ? ? 117.16 122.20 -5.04 0.70 N 104 1 C5 N C 3158 ? ? C6 N C 3158 ? ? N1 N C 3158 ? ? 124.17 121.00 3.17 0.50 N 105 1 C2 N U 3160 ? ? N1 N U 3160 ? ? "C1'" N U 3160 ? ? 125.99 117.70 8.29 1.20 N 106 1 N1 N C 3169 ? ? C2 N C 3169 ? ? O2 N C 3169 ? ? 123.27 118.90 4.37 0.60 N 107 1 N3 N C 3169 ? ? C2 N C 3169 ? ? O2 N C 3169 ? ? 117.42 121.90 -4.48 0.70 N 108 1 C2 N C 3169 ? ? N1 N C 3169 ? ? "C1'" N C 3169 ? ? 127.04 118.80 8.24 1.10 N 109 1 C2 N C 3175 ? ? N1 N C 3175 ? ? "C1'" N C 3175 ? ? 126.06 118.80 7.26 1.10 N 110 1 C6 N U 3216 ? ? N1 N U 3216 ? ? C2 N U 3216 ? ? 116.98 121.00 -4.02 0.60 N 111 1 C5 N U 3216 ? ? C6 N U 3216 ? ? N1 N U 3216 ? ? 126.13 122.70 3.43 0.50 N 112 1 C6 N C 3217 ? ? N1 N C 3217 ? ? C2 N C 3217 ? ? 117.19 120.30 -3.11 0.40 N 113 1 C5 N C 3217 ? ? C6 N C 3217 ? ? N1 N C 3217 ? ? 124.04 121.00 3.04 0.50 N 114 1 C6 N C 3258 ? ? N1 N C 3258 ? ? C2 N C 3258 ? ? 117.86 120.30 -2.44 0.40 N 115 1 N1 N C 3268 ? ? C2 N C 3268 ? ? O2 N C 3268 ? ? 122.99 118.90 4.09 0.60 N 116 1 C4 N G 3276 ? ? C5 N G 3276 ? ? N7 N G 3276 ? ? 113.31 110.80 2.51 0.40 N 117 1 N1 N U 3287 ? ? C2 N U 3287 ? ? O2 N U 3287 ? ? 127.89 122.80 5.09 0.70 N 118 1 C6 N U 3287 ? ? N1 N U 3287 ? ? "C1'" N U 3287 ? ? 111.57 121.20 -9.63 1.40 N 119 1 C2 N U 3287 ? ? N1 N U 3287 ? ? "C1'" N U 3287 ? ? 127.38 117.70 9.68 1.20 N 120 1 C5 N U 3343 ? ? C6 N U 3343 ? ? N1 N U 3343 ? ? 126.26 122.70 3.56 0.50 N 121 1 C6 N C 3379 ? ? N1 N C 3379 ? ? 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