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ALA n 3 344 ALA n 3 345 GLY n 3 346 GLY n 3 347 GLY n 3 348 GLY n 3 349 THR n 3 350 GLY n 3 351 SER n 3 352 GLU n 3 353 ARG n 3 354 ASP n 3 355 ARG n 3 356 GLY n 3 357 SER n 3 358 SER n 3 359 ALA n 3 360 GLY n 3 361 PHE n 3 362 LEU n 3 363 THR n 3 364 LEU n 3 365 HIS n 3 366 ASN n 3 367 ALA n 3 368 PHE n 3 369 PRO n 3 370 LYS n 3 371 GLU n 3 372 ALA n 3 373 ALA n 3 374 SER n 3 375 GLY n 3 376 VAL n 3 377 THR n 3 378 VAL n 3 379 THR n 3 380 VAL n 3 381 THR n 3 382 GLY n 3 383 PRO n 3 384 PRO n 3 385 ALA n 3 386 ALA n 3 387 PRO n 3 388 ALA n 3 389 PRO n 3 390 ALA n 3 391 PRO n 3 392 PRO n 3 393 ALA n 3 394 PRO n 3 395 ALA n 3 396 ALA n 3 397 PRO n 3 398 ALA n 3 399 PRO n 3 400 GLY n 3 401 THR n 3 402 LEU n 3 403 SER n 3 404 LYS n 3 405 GLU n 3 406 ALA n 3 407 ALA n 3 408 ALA n 3 409 SER n 3 410 ASN n 3 411 THR n 3 412 ASN n 3 413 THR n 3 414 LEU n 3 415 ASN n 3 416 ARG n 3 417 LYS n 3 418 LEU n 3 419 GLU n 3 420 VAL n 3 421 LEU n 3 422 PHE n 3 423 GLN n # loop_ _entity_src_gen.entity_id 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O5 ? ? C ASN 231 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale10 covale one ? C ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 231 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.384 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 247 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 239 C NAG 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? C ASN 353 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 345 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? N-Glycosylation covale13 covale none ? C ASN 353 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . O5 ? ? C ASN 345 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? ? covale14 covale one ? D ASN 235 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? D ASN 235 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale16 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale17 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale18 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale19 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale20 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale21 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale22 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale23 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale24 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 42 A . ? PRO 34 A PRO 43 A ? PRO 35 A 1 4.21 2 ASN 316 A . ? ASN 308 A PRO 317 A ? PRO 309 A 1 0.73 3 ASN 312 B . ? ASN 312 B PRO 313 B ? PRO 313 B 1 3.12 4 GLU 678 B . ? GLU 678 B PRO 679 B ? PRO 679 B 1 -2.46 5 LYS 716 B . ? LYS 716 B PRO 717 B ? PRO 717 B 1 -6.06 6 PRO 42 C . ? PRO 34 C PRO 43 C ? PRO 35 C 1 4.13 7 ASN 316 C . ? ASN 308 C PRO 317 C ? PRO 309 C 1 0.76 8 ASP 407 C . ? ASP 399 C PRO 408 C ? PRO 400 C 1 -2.21 9 ASN 312 D . ? ASN 312 D PRO 313 D ? PRO 313 D 1 3.16 10 GLU 678 D . ? GLU 678 D PRO 679 D ? PRO 679 D 1 -2.48 11 LYS 716 D . ? LYS 716 D PRO 717 D ? PRO 717 D 1 -6.24 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 8 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 8 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 8 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB2 7 8 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? parallel AB9 5 6 ? anti-parallel AB9 6 7 ? anti-parallel AB9 7 8 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? parallel AC7 4 5 ? parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? parallel AC8 3 4 ? parallel AC8 4 5 ? parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC8 6 7 ? anti-parallel AC8 7 8 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LYS A 44 ? 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GLY A 447 ARG A 449 AA6 2 TRP A 464 ? GLY A 466 ? TRP A 456 GLY A 458 AA7 1 ASP A 494 ? PHE A 495 ? ASP A 486 PHE A 487 AA7 2 ALA A 739 ? THR A 740 ? ALA A 731 THR A 732 AA8 1 SER A 501 ? LEU A 502 ? SER A 493 LEU A 494 AA8 2 LYS A 734 ? GLY A 735 ? LYS A 726 GLY A 727 AA9 1 ALA A 650 ? GLY A 652 ? ALA A 642 GLY A 644 AA9 2 TYR A 704 ? GLU A 709 ? TYR A 696 GLU A 701 AA9 3 ILE A 504 ? LYS A 509 ? ILE A 496 LYS A 501 AA9 4 THR A 724 ? VAL A 727 ? THR A 716 VAL A 719 AB1 1 ARG B 36 ? LEU B 44 ? ARG B 36 LEU B 44 AB1 2 SER B 5 ? PRO B 13 ? SER B 5 PRO B 13 AB1 3 ILE B 67 ? GLY B 69 ? ILE B 67 GLY B 69 AB1 4 PHE B 90 ? THR B 92 ? PHE B 90 THR B 92 AB1 5 VAL B 104 ? GLN B 106 ? VAL B 104 GLN B 106 AB2 1 GLN B 153 ? ASN B 158 ? GLN B 153 ASN B 158 AB2 2 LYS B 126 ? TYR B 131 ? LYS B 126 TYR B 131 AB2 3 ARG B 185 ? ILE B 187 ? ARG B 185 ILE B 187 AB2 4 HIS B 213 ? ILE B 216 ? HIS B 213 ILE B 216 AB2 5 ASN B 235 ? GLN B 240 ? ASN B 235 GLN B 240 AB2 6 THR B 351 ? LYS B 358 ? THR B 351 LYS B 358 AB2 7 GLY B 361 ? SER B 369 ? GLY B 361 SER B 369 AB2 8 LYS B 373 ? VAL B 376 ? LYS B 373 VAL B 376 AB3 1 VAL B 332 ? GLY B 334 ? VAL B 332 GLY B 334 AB3 2 GLY B 337 ? ILE B 339 ? GLY B 337 ILE B 339 AB4 1 LEU B 442 ? ILE B 444 ? LEU B 442 ILE B 444 AB4 2 VAL B 397 ? THR B 399 ? VAL B 397 THR B 399 AB4 3 ILE B 474 ? THR B 480 ? ILE B 474 THR B 480 AB4 4 LYS B 730 ? THR B 736 ? LYS B 730 THR B 736 AB4 5 ASP B 490 ? PHE B 491 ? ASP B 490 PHE B 491 AB5 1 LEU B 442 ? ILE B 444 ? LEU B 442 ILE B 444 AB5 2 VAL B 397 ? THR B 399 ? VAL B 397 THR B 399 AB5 3 ILE B 474 ? THR B 480 ? ILE B 474 THR B 480 AB5 4 LYS B 730 ? THR B 736 ? LYS B 730 THR B 736 AB5 5 MET B 496 ? LEU B 498 ? MET B 496 LEU B 498 AB6 1 MET B 407 ? MET B 408 ? MET B 407 MET B 408 AB6 2 TYR B 421 ? GLU B 422 ? TYR B 421 GLU B 422 AB7 1 PHE B 682 ? VAL B 683 ? PHE B 682 VAL B 683 AB7 2 ALA B 646 ? LEU B 650 ? ALA B 646 LEU B 650 AB7 3 TYR B 700 ? GLU B 705 ? TYR B 700 GLU B 705 AB7 4 ILE B 500 ? LYS B 505 ? 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GLY C 447 ARG C 449 AC3 2 TRP C 464 ? GLY C 466 ? TRP C 456 GLY C 458 AC4 1 ASP C 494 ? PHE C 495 ? ASP C 486 PHE C 487 AC4 2 ALA C 739 ? THR C 740 ? ALA C 731 THR C 732 AC5 1 SER C 501 ? LEU C 502 ? SER C 493 LEU C 494 AC5 2 LYS C 734 ? GLY C 735 ? LYS C 726 GLY C 727 AC6 1 ALA C 650 ? GLY C 652 ? ALA C 642 GLY C 644 AC6 2 TYR C 704 ? GLU C 709 ? TYR C 696 GLU C 701 AC6 3 ILE C 504 ? LYS C 509 ? ILE C 496 LYS C 501 AC6 4 THR C 724 ? VAL C 727 ? THR C 716 VAL C 719 AC7 1 ARG D 36 ? LEU D 44 ? ARG D 36 LEU D 44 AC7 2 SER D 5 ? PRO D 13 ? SER D 5 PRO D 13 AC7 3 ILE D 67 ? GLY D 69 ? ILE D 67 GLY D 69 AC7 4 PHE D 90 ? THR D 92 ? PHE D 90 THR D 92 AC7 5 VAL D 104 ? GLN D 106 ? VAL D 104 GLN D 106 AC8 1 GLN D 153 ? ASN D 158 ? GLN D 153 ASN D 158 AC8 2 LYS D 126 ? TYR D 131 ? LYS D 126 TYR D 131 AC8 3 ARG D 185 ? ILE D 187 ? ARG D 185 ILE D 187 AC8 4 HIS D 213 ? ILE D 216 ? HIS D 213 ILE D 216 AC8 5 ASN D 235 ? GLN D 240 ? ASN D 235 GLN D 240 AC8 6 THR D 351 ? LYS D 358 ? 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RELION 3.0 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.4 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 4 NAG 1 E NAG 1 G NAG 600 n G 4 NAG 2 E NAG 2 G NAG 601 n G 4 BMA 3 E BMA 3 G BMA 602 n H 5 NAG 1 F NAG 1 G NAG 700 n H 5 NAG 2 F NAG 2 G NAG 701 n I 5 NAG 1 G NAG 1 G NAG 800 n I 5 NAG 2 G NAG 2 G NAG 801 n J 5 NAG 1 H NAG 1 F NAG 402 n J 5 NAG 2 H NAG 2 F NAG 403 n K 4 NAG 1 K NAG 1 H NAG 600 n K 4 NAG 2 K NAG 2 H NAG 601 n K 4 BMA 3 K BMA 3 H BMA 602 n L 5 NAG 1 L NAG 1 H NAG 700 n L 5 NAG 2 L NAG 2 H NAG 701 n M 5 NAG 1 M NAG 1 H NAG 800 n M 5 NAG 2 M NAG 2 H NAG 801 n N 5 NAG 1 N NAG 1 E NAG 402 n N 5 NAG 2 N NAG 2 E NAG 403 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 '6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide' E2Q 7 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #