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'Ordered portion representing the mixed DNA fragments bound to the complex after sonicating cells and treating with DNaseI.' 6 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 8 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MKINFSLLDEPMEVNLGTVLVIEDVSVFAQLVKEFYQYDEQSNLTIFDSKIRSIRSSELLLITDILGYDINTSQVLKLLH TDIVSQLNDKPEVRSEIDSLVSLITDIIMAECIENELDIEYDEITLLELIKALGVRIETKSCTVFEKIFEILQIFKYLVK KRILVFVNSLSYFSKDEIYQILEYTKLSQADVLFLEPRQIEGIQQFILDKDYILMPYNN ; ;MKINFSLLDEPMEVNLGTVLVIEDVSVFAQLVKEFYQYDEQSNLTIFDSKIRSIRSSELLLITDILGYDINTSQVLKLLH TDIVSQLNDKPEVRSEIDSLVSLITDIIMAECIENELDIEYDEITLLELIKALGVRIETKSCTVFEKIFEILQIFKYLVK KRILVFVNSLSYFSKDEIYQILEYTKLSQADVLFLEPRQIEGIQQFILDKDYILMPYNN ; A,B,C,D,E,F,G,H ? 2 'polypeptide(L)' no no 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC ? ? 1 ? 16 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.05 _em_specimen.details 'Sample was DNaseI treated followed by gel filtration. Peak fractions were concentrated prior to making grids.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _ndb_struct_conf_na.entry_id 6QXF _ndb_struct_conf_na.feature 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 U DT 1 1_555 V DA 25 1_555 -0.061 -0.240 -0.816 -1.256 -6.681 4.210 1 X_DT1:DA25_Y X 1 ? 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