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_audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Matsumoto, S.' 1 0000-0002-8776-2096 'Cavadini, S.' 2 0000-0003-2777-7584 'Bunker, R.D.' 3 0000-0001-8866-5290 'Thoma, N.H.' 4 0000-0003-2685-906X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 571 _citation.language ? _citation.page_first 79 _citation.page_last 84 _citation.title 'DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-019-1259-3 _citation.pdbx_database_id_PubMed 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DNA (145-MER) with abasic sites at positions 93-94' 44452.434 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'DNA damage-binding protein 1' 129766.305 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'DNA damage-binding protein 2' 50601.844 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 7 ;DDB p127 subunit,DNA damage-binding protein a,DDBa,Damage-specific DNA-binding protein 1,HBV X-associated protein 1,XAP-1,UV-damaged DNA-binding factor,UV-damaged DNA-binding protein 1,UV-DDB 1,XPE-binding factor,XPE-BF,Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein,XPCe ; 8 'DDB p48 subunit,DDBb,Damage-specific DNA-binding protein 2,UV-damaged DNA-binding protein 2,UV-DDB 2' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGTTCAGCTG AACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no yes ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(3DR)(3DR)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGAACCAGCTG AACATGCCTTTTNNTGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGM YGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYD GLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEAS MVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTL KDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVT CSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQT FFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHE VACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLN IETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNS TLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAP HETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGK LQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKP 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;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGL AGPQILPPCRSIVRTLHQHKLGRASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIM LWNFGIKDKPTFIKGIGAGGSITGLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVV TGDNVGNVILLNMDGKELWNLRMHKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFS PDGARLLTTDQKSEIRVYSASQWDCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDG NSGKMMCQLYDPESSGISSLNEFNPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 1163 Human ? 'DDB1, XAP1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? 'High five' ? ? ? ? ? Baculovirus ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 450 Human ? DDB2 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? 'High five' ? ? ? ? ? Baculovirus ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 145 'Homo sapiens' human 9606 ? 6 1 sample 1 145 'Homo sapiens' human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 6R90 6R90 ? 5 ? 1 6 PDB 6R90 6R90 ? 6 ? 1 7 UNP DDB1_HUMAN Q16531 ? 7 ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNG VVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHA SIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGL WTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRT FRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES PRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFE VLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKL LASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEIL DDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLV TSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGM KREATADDLIKVVEELTRIH ; 1 8 UNP DDB2_HUMAN Q92466 ? 8 ;MAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGLAGPQILPPCRSIVRTLHQHKLGR ASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIMLWNFGIKDKPTFIKGIGAGGSIT GLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVVTGDNVGNVILLNMDGKELWNLRM HKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFSPDGARLLTTDQKSEIRVYSASQW DCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDGNSGKMMCQLYDPESSGISSLNEF NPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6R90 A 4 ? 139 ? 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 2 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' 'DNA only' REFMAC 5.8.0238 ? 1 ? 20 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX dev-3318 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6R90 'double helix' 6R90 'a-form double helix' 6R90 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 0.090 -0.165 -0.215 2.266 1.045 2.717 1 I_DA1:DT145_J I 1 ? 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