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_entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 875 ? ? 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 14 'Escherichia coli' ? 562 ? 4 1 sample 1 18 'Escherichia coli' ? 562 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GYRA_ECOLI P0AES4 ? 1 ;MSDLAREITPVNIEEELKSSYLDYAMSVIVGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPH GDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMP TKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTEVINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKV YIRARAEVEVDAKTGRETIIVHEIPYQVNKARLIEKIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEVKRDAVGEVVLNNL YSQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREVVTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHA PTPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLERAGDDAARPEWLEPEFGVRDGLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKE LLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEITANSADINLEDLITQEDVVVTLSHQGYVKYQPLSEYEAQ RRGGKGKSAARIKEEDFIDRLLVANTHDHILCFSSRGRVYSMKVYQLPEATRGARGRPIVNLLPLEQDERITAILPVTEF EEGVKVFMATANGTVKKTVLTEFNRLRTAGKVAIKLVDGDELIGVDLTSGEDEVMLFSAEGKVVRFKESSVRAMGCNTTG VRGIRLGEGDKVVSLIVPRGDGAILTATQNGYGKRTAVAEYPTKSRATKGVISIKVTERNGLVVGAVQVDDCDQIMMITD AGTLVRTRVSEISIVGRNTQGVILIRTAEDENVVGLQRVAEPVDEEDLDTIDGSAAEGDDEIAPEVDVDDEPEEE ; 1 2 UNP GYRB_ECOLI P0AES6 ? 2 ;MSNSYDSSSIKVLKGLDAVRKRPGMYIGDTDDGTGLHHMVFEVVDNAIDEALAGHCKEIIVTIHADNSVSVQDDGRGIPT GIHPEEGVSAAEVIMTVLHAGGKFDDNSYKVSGGLHGVGVSVVNALSQKLELVIQREGKIHRQIYEHGVPQAPLAVTGET EKTGTMVRFWPSLETFTNVTEFEYEILAKRLRELSFLNSGVSIRLRDKRDGKEDHFHYEGGIKAFVEYLNKNKTPIHPNI FYFSTEKDGIGVEVALQWNDGFQENIYCFTNNIPQRDGGTHLAGFRAAMTRTLNAYMDKEGYSKKAKVSATGDDAREGLI AVVSVKVPDPKFSSQTKDKLVSSEVKSAVEQQMNELLAEYLLENPTDAKIVVGKIIDAARAREAARRAREMTRRKGALDL AGLPGKLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVEKARFDKMLSSQEVATLITALGCGIGR DEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIA LDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDK EQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFE QALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGDAVEPRRAFIEENALKAA NIDI ; 1 3 PDB 6RKS 6RKS ? 3 ? 1 4 PDB 6RKS 6RKS ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6RKS A 1 ? 875 ? 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'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 JHN non-polymer . ;(3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione ; ? 'C24 H28 N6 O3' 448.518 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6RKS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6RKS _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 12912 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.573 ? 17720 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.914 ? 7716 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2000 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.022 ? 2154 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6RKS _struct.title 'E. coli DNA Gyrase - DNA binding and cleavage domain in State 1 without TOPRIM insertion' _struct.pdbx_descriptor 'DNA gyrase subunit A, DNA gyrase subunit B/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6RKS _struct_keywords.text 'Isomerase, Complex, DNA Gyrase, Inhibitor, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords ISOMERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 15 ? ILE A 29 ? GLU A 15 ILE A 29 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 42 ? LEU A 55 ? LYS A 42 LEU A 55 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 66 ? TYR A 77 ? SER A 66 TYR A 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 82 ? GLN A 94 ? ASP A 82 GLN A 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 95 ? LEU A 98 ? PRO A 95 LEU A 98 5 ? 4 HELX_P HELX_P6 AA6 ILE A 130 ? MET A 135 ? ILE A 130 MET A 135 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 164 ? ASN A 169 ? PRO A 164 ASN A 169 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 186 ? ASP A 200 ? ASN A 186 ASP A 200 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 204 ? ILE A 212 ? SER A 204 ILE A 212 1 ? 9 HELX_P HELX_P10 AB1 ARG A 226 ? THR A 235 ? ARG A 226 THR A 235 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 AB2 ASN A 269 ? GLU A 283 ? ASN A 269 GLU A 283 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY A 313 ? THR A 324 ? GLY A 313 THR A 324 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN A 346 ? ASN A 389 ? ASN A 346 ASN A 389 1 ? 44 HELX_P HELX_P14 AB5 ILE A 390 ? ALA A 400 ? ILE A 390 ALA A 400 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 THR A 402 ? ASN A 413 ? THR A 402 ASN A 413 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 THR A 451 ? ASP A 460 ? THR A 451 ASP A 460 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU A 463 ? THR A 467 ? LEU A 463 THR A 467 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 470 ? SER A 494 ? GLU A 470 SER A 494 1 ? 25 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 494 ? PHE A 513 ? SER A 494 PHE A 513 1 ? 20 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY B 425 ? ARG B 436 ? GLY B 425 ARG B 436 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN B 465 ? ILE B 471 ? GLN B 465 ILE B 471 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP B 500 ? MET B 518 ? ASP B 500 MET B 518 1 ? 19 HELX_P HELX_P23 AC5 MET B 518 ? ARG B 524 ? MET B 518 ARG B 524 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP B 548 ? TYR B 555 ? ASP B 548 TYR B 555 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY B 741 ? MET B 745 ? GLY B 741 MET B 745 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN B 746 ? THR B 754 ? ASN B 746 THR B 754 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA B 772 ? PHE B 777 ? ALA B 772 PHE B 777 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 MET B 781 ? GLU B 786 ? MET B 781 GLU B 786 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU C 15 ? ILE C 29 ? GLU C 15 ILE C 29 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 LYS C 42 ? LEU C 55 ? LYS C 42 LEU C 55 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 SER C 66 ? TYR C 77 ? SER C 66 TYR C 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP C 82 ? GLN C 94 ? ASP C 82 GLN C 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO C 95 ? LEU C 98 ? PRO C 95 LEU C 98 5 ? 4 HELX_P HELX_P34 AD7 ILE C 130 ? MET C 135 ? 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MET D 781 GLU D 786 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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D ALA 717 1910 1 Y 1 D SER 718 ? D SER 718 1911 1 Y 1 D PHE 719 ? D PHE 719 1912 1 Y 1 D GLU 720 ? D GLU 720 1913 1 Y 1 D GLN 721 ? D GLN 721 1914 1 Y 1 D ALA 722 ? D ALA 722 1915 1 Y 1 D LEU 723 ? D LEU 723 1916 1 Y 1 D ASP 724 ? D ASP 724 1917 1 Y 1 D TRP 725 ? D TRP 725 1918 1 Y 1 D LEU 726 ? D LEU 726 1919 1 Y 1 D VAL 727 ? D VAL 727 1920 1 Y 1 D LYS 728 ? D LYS 728 1921 1 Y 1 D GLU 729 ? D GLU 729 1922 1 Y 1 D SER 730 ? D SER 730 1923 1 Y 1 D ARG 731 ? D ARG 731 1924 1 Y 1 D ARG 732 ? D ARG 732 1925 1 Y 1 D GLY 733 ? D GLY 733 1926 1 Y 1 D LEU 734 ? D LEU 734 1927 1 Y 1 D SER 735 ? D SER 735 1928 1 Y 1 D ILE 736 ? D ILE 736 1929 1 Y 1 D PHE 791 ? D PHE 791 1930 1 Y 1 D ILE 792 ? D ILE 792 1931 1 Y 1 D GLU 793 ? D GLU 793 1932 1 Y 1 D GLU 794 ? D GLU 794 1933 1 Y 1 D ASN 795 ? D ASN 795 1934 1 Y 1 D ALA 796 ? D ALA 796 1935 1 Y 1 D LEU 797 ? D LEU 797 1936 1 Y 1 D LYS 798 ? D LYS 798 1937 1 Y 1 D ALA 799 ? D ALA 799 1938 1 Y 1 D ALA 800 ? D ALA 800 1939 1 Y 1 D ASN 801 ? 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SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 2.0.3 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.11.2 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC V1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 2.0.3 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? 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