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'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6V9I _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6V9I _struct.title 'cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)' _struct.pdbx_descriptor 'Cullin-5, RING-box protein 2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6V9I _struct_keywords.text 'E3 Ubiquitin Ligase, RING-box protein, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 97 ? ARG A 114 ? GLN C 14 ARG C 31 1 ? 18 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 119 ? ASP A 137 ? THR C 36 ASP C 54 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 139 ? SER A 165 ? LYS C 56 SER C 82 1 ? 27 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 168 ? LEU A 190 ? ASP C 85 LEU C 107 1 ? 23 HELX_P HELX_P5 AA5 PHE A 194 ? LEU A 201 ? PHE C 111 LEU C 118 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 216 ? ILE A 230 ? 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ASN R 86 LYS R 94 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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R CYS 87 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? ? metalc7 metalc ? ? B CYS 88 SG ? ? ? 1_555 C ZN . ZN ? ? R CYS 88 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? ? metalc8 metalc ? ? B CYS 99 SG ? ? ? 1_555 D ZN . ZN ? ? R CYS 99 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 609 ? ASN A 615 ? VAL C 526 ASN C 532 AA1 2 PHE B 30 ? TRP B 43 ? PHE R 30 TRP R 43 AA1 3 ARG A 652 ? HIS A 655 ? ARG C 569 HIS C 572 AA2 1 VAL A 609 ? ASN A 615 ? VAL C 526 ASN C 532 AA2 2 PHE B 30 ? TRP B 43 ? PHE R 30 TRP R 43 AA2 3 ASN A 662 ? ASN A 669 ? ASN C 579 ASN C 586 AA2 4 GLY A 672 ? THR A 679 ? GLY C 589 THR C 596 AA2 5 ARG A 766 ? ASN A 770 ? ARG C 683 ASN C 687 AA3 1 ILE A 697 ? SER A 698 ? ILE C 614 SER C 615 AA3 2 LEU A 748 ? VAL A 751 ? LEU C 665 VAL C 668 AA3 3 LEU A 731 ? TYR A 733 ? LEU C 648 TYR C 650 AA4 1 ILE A 758 ? LYS A 759 ? ILE C 675 LYS C 676 AA4 2 LYS A 762 ? VAL A 763 ? LYS C 679 VAL C 680 AA5 1 LYS A 811 ? SER A 813 ? LYS C 728 SER C 730 AA5 2 ASP A 855 ? TYR A 861 ? ASP C 772 TYR C 778 AA5 3 ILE A 849 ? ASP A 852 ? ILE C 766 ASP C 769 AA6 1 SER B 83 ? HIS B 85 ? SER R 83 HIS R 85 AA6 2 VAL B 75 ? GLY B 78 ? VAL R 75 GLY R 78 AA6 3 VAL B 108 ? ARG B 110 ? VAL R 108 ARG R 110 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ASN A 610 ? N ASN C 527 O TRP B 35 ? O TRP R 35 AA1 2 3 O MET B 40 ? O MET R 40 N HIS A 655 ? N HIS C 572 AA2 1 2 N ASN A 610 ? N ASN C 527 O TRP B 35 ? O TRP R 35 AA2 2 3 O LYS B 33 ? O LYS R 33 N ILE A 664 ? N ILE C 581 AA2 3 4 N ASN A 669 ? N ASN C 586 O GLY A 672 ? O GLY C 589 AA2 4 5 N ASP A 675 ? N ASP C 592 O GLY A 767 ? O GLY C 684 AA3 1 2 N ILE A 697 ? N ILE C 614 O PHE A 749 ? O PHE C 666 AA3 2 3 O SER A 750 ? O SER C 667 N LEU A 732 ? N LEU C 649 AA4 1 2 N LYS A 759 ? N LYS C 676 O LYS A 762 ? O LYS C 679 AA5 1 2 N ILE A 812 ? N ILE C 729 O PHE A 859 ? O PHE C 776 AA5 2 3 O ILE A 860 ? O ILE C 777 N ARG A 850 ? N ARG C 767 AA6 1 2 O PHE B 84 ? O PHE R 84 N VAL B 76 ? N VAL R 76 AA6 2 3 N TRP B 77 ? N TRP R 77 O ARG B 110 ? O ARG R 110 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software R ZN 201 ? 4 'binding site for residue ZN R 201' AC2 Software R ZN 202 ? 3 'binding site for residue ZN R 202' AC3 Software R ZN 203 ? 4 'binding site for residue ZN R 203' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 4 CYS B 50 ? CYS R 50 . ? 1_555 ? 2 AC1 4 CYS B 53 ? CYS R 53 . ? 1_555 ? 3 AC1 4 HIS B 85 ? HIS R 85 . ? 1_555 ? 4 AC1 4 CYS B 88 ? 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