data_6VQ8 # _entry.id 6VQ8 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6VQ8 pdb_00006vq8 10.2210/pdb6vq8/pdb WWPDB D_1000246862 ? ? EMDB EMD-21319 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-03-18 2 'Structure model' 1 1 2020-09-30 3 'Structure model' 1 2 2024-03-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 7 2 'Structure model' '_citation.page_first' 8 2 'Structure model' '_citation.page_last' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 10 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 2 'Structure model' '_citation.title' 12 2 'Structure model' '_citation.year' 13 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 14 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6VQ8 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-02-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details . _pdbx_database_related.db_id EMD-21319 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Abbas, Y.M.' 1 0000-0001-5625-1034 'Rubinstein, J.L.' 2 0000-0003-0566-2209 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.journal_id_ISSN 1095-9203 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 367 _citation.language ? _citation.page_first 1240 _citation.page_last 1246 _citation.title 'Structure of V-ATPase from the mammalian brain.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.aaz2924 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32165585 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Abbas, Y.M.' 1 0000-0001-5625-1034 primary 'Wu, D.' 2 ? primary 'Bueler, S.A.' 3 ? primary 'Robinson, C.V.' 4 0000-0001-7829-5505 primary 'Rubinstein, J.L.' 5 0000-0003-0566-2209 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATPase H+-transporting V1 subunit A' 68341.836 3 ? ? ? ? 2 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit B, brain isoform' 56611.570 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit C 1' 43958.453 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'ATPase H+-transporting V1 subunit D' 28359.020 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit E 1' 26167.453 3 ? ? ? ? 6 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit F' 13389.262 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit G' 13690.476 3 ? ? ? ? 8 polymer man 'Effector protein SidK' 34693.605 3 ? ? 'N-terminal fragment with 3x FLAG tag' ? 9 polymer nat 'V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1' 96429.438 1 ? ? ? ? 10 polymer nat 'ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a' 21618.553 1 ? ? ? ? 11 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit S1' 51160.359 1 ? ? ? ? 12 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit' 40341.934 1 ? ? ? ? 13 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit e 2' 9203.020 1 ? ? ? ? 14 polymer nat 'Ribonuclease K' 11000.004 1 ? ? ? ? 15 polymer nat 'V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit' 15815.833 9 ? ? ? ? 16 polymer nat 'Renin receptor' 39118.578 1 ? ? ? ? 17 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 RCG52629 2 'V-ATPase subunit B 2,Endomembrane proton pump 58 kDa subunit,Vacuolar proton pump subunit B 2' 3 'V-ATPase subunit C 1,Vacuolar proton pump subunit C 1' 4 'ATPase,H+ transporting,V1 subunit D,isoform CRA_c,lysosomal V1 subunit D' 5 'V-ATPase subunit E 1,Vacuolar proton pump subunit E 1' 6 'V-ATPase subunit F,V-ATPase 14 kDa subunit,Vacuolar proton pump subunit F' 9 ;V-ATPase 116 kDa isoform a1,Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit,Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116,Vacuolar proton pump subunit 1,Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 ; 10 'ATPase,H+ transporting,lysosomal V0 subunit B,Atp6v0b protein' 11 'V-ATPase subunit S1,C7-1 protein,V-ATPase Ac45 subunit,V-ATPase S1 accessory protein,Vacuolar proton pump subunit S1' 13 'V-ATPase subunit e 2,Vacuolar proton pump subunit e 2' 14 'Rnasek protein' 15 'V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit,Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit' 16 ;ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2,ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2,Renin/prorenin receptor ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVL RTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDIKWEFIPSKNLRVGSHITGGDIYGIVNENS LIKHKIMLPPRSRGSVTYIAPPGNYDASDVVLELEFEGVKEKLSMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPC VQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPV AAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPER EGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAK EILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMISFYDMARRAVETTAQ SDNKITWSIIREHMGEILYKLSSMKFKDPVKDGEAKIKADYAQLLEDMQNAFRSLED ; ;MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVL RTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDIKWEFIPSKNLRVGSHITGGDIYGIVNENS LIKHKIMLPPRSRGSVTYIAPPGNYDASDVVLELEFEGVKEKLSMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPC VQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPV AAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPER EGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAK EILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMISFYDMARRAVETTAQ SDNKITWSIIREHMGEILYKLSSMKFKDPVKDGEAKIKADYAQLLEDMQNAFRSLED ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MALRAMRGIVNGAAPELPVPTGGPMAGAREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGVNGPLVILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGT KRSGQVLEVSGSKAVVQVFEGTSGIDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPIDRGPVVLAEDFLDIMGQPINP QCRIYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYSEENFAIVFAAMGVNMET ARFFKSDFEENGSMDNVCLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGR RGFPGYMYTDLATIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPSLSR LMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQKFEKNFITQGPYENRTVYETLDIG WQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH ; ;MALRAMRGIVNGAAPELPVPTGGPMAGAREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGVNGPLVILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGT KRSGQVLEVSGSKAVVQVFEGTSGIDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPIDRGPVVLAEDFLDIMGQPINP QCRIYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYSEENFAIVFAAMGVNMET ARFFKSDFEENGSMDNVCLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGR RGFPGYMYTDLATIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPSLSR LMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQKFEKNFITQGPYENRTVYETLDIG WQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MTEFWLISAPGEKTCQQTWEKLHAATTKNNNLAVSSKFNIPDLKVGTLDVLVGLSDELAKLDAFVEGVVKKVAQYMADVL EDSKDKVQENLLASGVDLVTYITRFQWDMAKYPIKQSLKNISEIIAKGVTQIDNDLKSRASAYNNLKGNLQNLERKNAGS LLTRSLAEIVKKDDFVLDSEYLVTLLVVVPKLNHNDWIKQYETLAEMVVPRSSNVLSEDQDSYLCNVTLFKKAVDDFRHK ARENKFIVRDFQYNEEEMRADKEEMNRLSTDKKKQFGPLVRWLKVNFSEAFIAWIHIKALRVFVESVLRYGLPVNFQAML LQPNKKSVKKLREVLHELYKHLDSSAAAIIDAPMDIPGLNLSQQEYYPYVYYKIDCNLLEFK ; ;MTEFWLISAPGEKTCQQTWEKLHAATTKNNNLAVSSKFNIPDLKVGTLDVLVGLSDELAKLDAFVEGVVKKVAQYMADVL EDSKDKVQENLLASGVDLVTYITRFQWDMAKYPIKQSLKNISEIIAKGVTQIDNDLKSRASAYNNLKGNLQNLERKNAGS LLTRSLAEIVKKDDFVLDSEYLVTLLVVVPKLNHNDWIKQYETLAEMVVPRSSNVLSEDQDSYLCNVTLFKKAVDDFRHK ARENKFIVRDFQYNEEEMRADKEEMNRLSTDKKKQFGPLVRWLKVNFSEAFIAWIHIKALRVFVESVLRYGLPVNFQAML LQPNKKSVKKLREVLHELYKHLDSSAAAIIDAPMDIPGLNLSQQEYYPYVYYKIDCNLLEFK ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQAR LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPMYKIATK KDVDVQIDLEAYLPEDIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; ;MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQAR LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPMYKIATK KDVDVQIDLEAYLPEDIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; I,J,K ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRAKGMFTAEDLR ; ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRAKGMFTAEDLR ; L ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVEQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLTQLLGMVCDVRPQVHPNYRITV ; ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVEQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLTQLLGMVCDVRPQVHPNYRITV ; M,N,O ? 8 'polypeptide(L)' no no ;GMSFIKVGIKMGGLTSEQYHSQVVGKIGYIARCMQTIDPENNLKKIREDYQDVLIWAEKNYRFEEILEASKSGKCPNDLD ALSRRSLILQELLRLVSSISPFKMKLDLIESQYEKMKQHVNLWKSDYHVKLNQLNQLTDYLKNAAPTPKNNFLRAMTSVL QMQIAQYGITEDNEGINQLFKLGLHLLAMANEKIDEQYHLFKGYVKDQPEESPFEGILPAEDQKILVKTMIDYAMPKLSS KVLQDKLSALSSSDVLTKTLLDSIDRIVKENEKLNALSKDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK ; ;GMSFIKVGIKMGGLTSEQYHSQVVGKIGYIARCMQTIDPENNLKKIREDYQDVLIWAEKNYRFEEILEASKSGKCPNDLD ALSRRSLILQELLRLVSSISPFKMKLDLIESQYEKMKQHVNLWKSDYHVKLNQLNQLTDYLKNAAPTPKNNFLRAMTSVL QMQIAQYGITEDNEGINQLFKLGLHLLAMANEKIDEQYHLFKGYVKDQPEESPFEGILPAEDQKILVKTMIDYAMPKLSS KVLQDKLSALSSSDVLTKTLLDSIDRIVKENEKLNALSKDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK ; Q,R,S ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELEELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPNEM GRGAPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTHGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTVITFP FLFAVMFGDFGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSMVFSGRYIILLMGLFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFTIGNWTEETLLGSSVLQLNPAIPGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH IYFKKPLNIYFGFIPEIIFMSSLFGYLVILIFYKWTAYDAHSSRNAPSLLIHFINMFLFSYPESGNAMLYSGQKGIQCFL IVVAMLCVPWMLLFKPLILRHQYLRKKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLHVRSLAGGLGLFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYTGTGFKFLPFSFEHIREGKFDE ; ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELEELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPNEM GRGAPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTHGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTVITFP FLFAVMFGDFGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSMVFSGRYIILLMGLFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFTIGNWTEETLLGSSVLQLNPAIPGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH IYFKKPLNIYFGFIPEIIFMSSLFGYLVILIFYKWTAYDAHSSRNAPSLLIHFINMFLFSYPESGNAMLYSGQKGIQCFL IVVAMLCVPWMLLFKPLILRHQYLRKKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLHVRSLAGGLGLFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYTGTGFKFLPFSFEHIREGKFDE ; a ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MTGLELLYLGIFVAFWACMIVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; ;MTGLELLYLGIFVAFWACMIVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; b ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MMAATVVSRIRTGTRWAPVLWLLLSLVAVAAAVAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPVADTHEGHITSDMQLSTYLDPALELGP RNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAISTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLKE LKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLESEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAMVAGGLGRQLLQ TQVASPAIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDEWKDLTSLTFGVENLNLTGSFWNDSFAMLSLTYEPLFGATVTFKFI LASRFYPVSARYWFTMERLEIHSNGSVAHFNVSQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVTNVPSLWQMTLHNFQIQAFNV TGEQFSYASDCAGFFSPGIWMGLLTTLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDRKGPTITLTQIV ; ;MMAATVVSRIRTGTRWAPVLWLLLSLVAVAAAVAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPVADTHEGHITSDMQLSTYLDPALELGP RNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAISTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLKE LKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLESEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAMVAGGLGRQLLQ TQVASPAIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDEWKDLTSLTFGVENLNLTGSFWNDSFAMLSLTYEPLFGATVTFKFI LASRFYPVSARYWFTMERLEIHSNGSVAHFNVSQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVTNVPSLWQMTLHNFQIQAFNV TGEQFSYASDCAGFFSPGIWMGLLTTLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDRKGPTITLTQIV ; c ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDKLKEKMVV EFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPL AAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKL FPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVK LKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF ; ;MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDKLKEKMVV EFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPL AAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKL FPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVK LKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF ; d ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MTAHSFALPVIIFTTFWGLIGIAGPWFVPKGPNRGVIITMLVATAVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYVRFLW E ; ;MTAHSFALPVIIFTTFWGLIGIAGPWFVPKGPNRGVIITMLVATAVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYVRFLW E ; e ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLG GFSFCQVRLNKRKEYMVR ; ;MASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLG GFSFCQVRLNKRKEYMVR ; f ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MADIKNNPEYSSFFGVMGASSAMVFSAMGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPELIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL TDGITLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; ;MADIKNNPEYSSFFGVMGASSAMVFSAMGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPELIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL TDGITLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; g,h,i,j,k,l,m,n,o ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MAVLVVLLSSLVSSALANEFSILRSPGSVVFRNGNWPIPGDRIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATIMVT VKGVDKLALPTGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLF QENSVLNSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDELGKRYGEDSEQFRDASRI LVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLVRKSRTILETKQENTQSPYNLAYKYNLEYSVVFNLVLWIMTGLALA VIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD ; 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'expression tag' 300 69 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 34-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 34 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 105 ? 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TYR 389 D PRO 390 D ? PRO 390 D 1 -2.28 5 TYR 389 E . ? TYR 389 E PRO 390 E ? PRO 390 E 1 -5.23 6 TYR 389 F . ? TYR 389 F PRO 390 F ? PRO 390 F 1 -8.07 7 LEU 312 G . ? LEU 312 G PRO 313 G ? PRO 313 G 1 7.32 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 23 ? AA2 ? 23 ? AA3 ? 23 ? AA4 ? 23 ? AA5 ? 31 ? AA6 ? 31 ? AA7 ? 31 ? AA8 ? 31 ? AA9 ? 31 ? AB1 ? 31 ? AB2 ? 31 ? AB3 ? 31 ? AB4 ? 23 ? AB5 ? 23 ? AB6 ? 23 ? AB7 ? 23 ? AB8 ? 31 ? AB9 ? 31 ? AC1 ? 31 ? AC2 ? 31 ? AC3 ? 31 ? AC4 ? 31 ? AC5 ? 31 ? AC6 ? 31 ? AC7 ? 23 ? AC8 ? 23 ? AC9 ? 23 ? AD1 ? 23 ? AD2 ? 31 ? AD3 ? 31 ? AD4 ? 31 ? AD5 ? 31 ? AD6 ? 31 ? AD7 ? 31 ? AD8 ? 31 ? AD9 ? 31 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 7 ? AE3 ? 8 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 5 ? AF1 ? 6 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 7 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 2 ? AG1 ? 5 ? AG2 ? 2 ? AG3 ? 3 ? AG4 ? 2 ? AG5 ? 2 ? AG6 ? 2 ? AG7 ? 5 ? AG8 ? 2 ? AG9 ? 2 ? AH1 ? 2 ? AH2 ? 2 ? AH3 ? 7 ? 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LYS D 403 . ? 1_555 ? # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 C A ARG 215 ? ? 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The composite model was not refined against the data. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6VQ8 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 79654 _em_3d_reconstruction.resolution 3.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Rat brain V-ATPase complex bound to the Legionella pneumophila effector protein SidK' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6VQ8 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE-PROPANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 6VQ8 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6VQ8 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6VQ8 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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