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LQMNSLRPEDTALYYCAKDLREDECEEWWSDYYDFGKQLPCAKSRGGLVGIADNWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSS KSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVD KRVEPKSCDKGLEVLFQ ; H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QSVLTQPPSVSAAPGQKVTISCSGNTSNIGNNFVSWYQQRPGRAPQLLIYETDKRPSGIPDRFSASKSGTSGTLAITGLQ TGDEADYYCATWAASLSSARVFGTGTKVIVLVQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPV KAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; ;QSVLTQPPSVSAAPGQKVTISCSGNTSNIGNNFVSWYQQRPGRAPQLLIYETDKRPSGIPDRFSASKSGTSGTLAITGLQ TGDEADYYCATWAASLSSARVFGTGTKVIVLVQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPV KAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; L ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AVVGLGAVFLGFLGAAGSTMGAASNTLTVQARQLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHMLQLGVWGFKQLQARVLAIERYLEVQ QLLGMWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNKTYNEIWDNMTWMQWDREIGNYTDTIYKLLEVSQFQQEINEKDNLTLD ; ;AVVGLGAVFLGFLGAAGSTMGAASNTLTVQARQLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHMLQLGVWGFKQLQARVLAIERYLEVQ 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A2NUT2 138 ? 235 ? 116 213 7 5 6VTT A 1 ? 154 ? 6VTT 510 ? 664 ? 510 664 8 5 6VTT B 1 ? 154 ? 6VTT 510 ? 664 ? 510 664 9 5 6VTT C 1 ? 154 ? 6VTT 510 ? 664 ? 510 664 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 TYS 'L-peptide linking' n O-SULFO-L-TYROSINE ? 'C9 H11 N O6 S' 261.252 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6VTT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6VTT _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.70 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 16921 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.575 ? 22959 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.032 ? 2743 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.067 ? 2882 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 2776 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6VTT _struct.title 'Cryo-EM Structure of CAP256-VRC26.25 Fab bound to HIV-1 Env trimer CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6VTT _struct_keywords.text 'V1V2, VRC26, CAP256, HIV-1, SOSIP, Vaccine, Superinfecting, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 6 ? 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SB N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 67 ? LEU A 84 ? ASP F 99 LEU F 116 1 ? 18 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 298 ? LEU A 312 ? GLU F 335 LEU F 349 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG A 313 ? PHE A 316 ? ARG F 350 PHE F 353 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 383 ? GLU A 387 ? ASN F 425 GLU F 429 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 MET A 433 ? TRP A 437 ? MET F 475 TRP F 479 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 67 ? SER B 83 ? 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LEU A 523 ALA A 526 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 AC3 THR F 19 ? ARG F 32 ? THR A 529 ARG A 542 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY F 59 ? TRP F 86 ? GLY A 569 TRP A 596 1 ? 28 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 108 ? TRP F 113 ? THR A 618 TRP A 623 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 117 ? GLY F 126 ? THR A 627 GLY A 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P25 AC7 TYR F 128 ? ASP F 149 ? TYR A 638 ASP A 659 1 ? 22 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 19 ? ALA G 31 ? THR B 529 ALA B 541 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY G 59 ? MET G 85 ? GLY B 569 MET B 595 1 ? 27 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 108 ? TRP G 113 ? THR B 618 TRP B 623 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 THR G 117 ? GLY G 126 ? THR B 627 GLY B 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN G 127 ? THR G 129 ? ASN B 637 THR B 639 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 130 ? LYS G 148 ? ASP B 640 LYS B 658 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU H 5 ? LEU H 10 ? LEU C 514 LEU C 520 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA H 22 ? GLN H 33 ? ALA C 532 GLN C 543 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY H 59 ? MET H 85 ? 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THR C 639 ASP C 659 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 42 SG ? ? E CYS 54 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 94 SG ? ? ? 1_555 B CYS 160 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 99 SG ? ? ? 1_555 B CYS 118 SG ? ? E CYS 131 E CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 182 SG ? ? ? 1_555 B CYS 211 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 192 SG ? ? ? 1_555 B CYS 203 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 260 SG ? ? ? 1_555 B CYS 294 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 339 SG ? ? ? 1_555 B CYS 403 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 346 SG ? ? ? 1_555 B CYS 376 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 459 SG ? ? ? 1_555 H CYS 95 SG ? ? E CYS 501 C CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 42 SG ? ? G CYS 54 G CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 94 SG ? ? ? 1_555 C CYS 160 SG ? ? G CYS 126 G CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 99 SG ? ? ? 1_555 C CYS 118 SG ? ? G CYS 131 G CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 182 SG ? ? ? 1_555 C CYS 211 SG ? ? G CYS 218 G CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 192 SG ? ? ? 1_555 C CYS 203 SG ? ? G CYS 228 G CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 260 SG ? ? ? 1_555 C CYS 294 SG ? ? G CYS 296 G CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 339 SG ? ? ? 1_555 C CYS 403 SG ? ? G CYS 378 G CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 346 SG ? ? ? 1_555 C CYS 376 SG ? ? G CYS 385 G CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 459 SG ? ? ? 1_555 G CYS 95 SG ? ? G CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf28 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf29 disulf ? ? D CYS 105 SG ? A ? 1_555 D CYS 121 SG ? Q H CYS 100 H CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 89 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf31 disulf ? ? F CYS 88 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? A CYS 598 A CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf32 disulf ? ? G CYS 88 SG ? ? ? 1_555 G CYS 94 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf33 disulf ? ? H CYS 88 SG ? ? ? 1_555 H CYS 94 SG ? ? C CYS 598 C CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? covale1 covale one ? A ASN 56 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? F ASN 88 F NAG 1088 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 98 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? F ASN 130 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 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F ASN 448 F NAG 1448 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? A ASN 460 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? F ASN 502 F NAG 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 56 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? E ASN 88 E NAG 1088 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 98 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? E ASN 130 E NAG 1130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 117 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? E ASN 156 E NAG 1156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 121 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 1160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 161 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? E ASN 197 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 194 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? E ASN 230 E NAG 1230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 198 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? E ASN 234 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 205 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? E ASN 241 E NAG 1241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 226 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? E ASN 262 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? B ASN 240 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? E ASN 276 E NAG 1276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? B ASN 253 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? E ASN 289 E NAG 1289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? B ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? B ASN 295 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? E ASN 332 E NAG 1332 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? B ASN 317 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? E ASN 356 E NAG 1356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? B ASN 323 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? E ASN 362 E NAG 1362 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? B ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? E ASN 386 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? B ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? E ASN 442 E NAG 1442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? B ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? E ASN 448 E NAG 1443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? B ASN 460 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? E ASN 502 E NAG 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 56 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? G ASN 88 G NAG 1088 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? C ASN 98 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? G ASN 130 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? C ASN 117 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? G ASN 156 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? C ASN 121 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? G ASN 160 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? C ASN 161 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? G ASN 197 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? C ASN 194 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? G ASN 230 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? C ASN 198 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? G ASN 234 G NAG 1234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? C ASN 205 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? G ASN 241 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? C ASN 226 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? G ASN 262 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? C ASN 240 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? G ASN 276 G NAG 1276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? C ASN 253 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? G ASN 289 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? C ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? G ASN 301 G NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? C ASN 295 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? G ASN 332 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? C ASN 317 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? G ASN 356 G NAG 1356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? C ASN 323 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? G ASN 362 G NAG 1362 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? C ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? G ASN 386 G NAG 1386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? C ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? G ASN 442 G NAG 1442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? C ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? G ASN 448 G NAG 1448 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? C ASN 460 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? G ASN 502 G NAG 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale58 covale both ? D ASP 111 C ? G ? 1_555 D TYS 112 N ? H H ASP 100 H TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale59 covale both ? D TYS 112 C ? H ? 1_555 D TYS 113 N ? I H TYS 100 H TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? ? covale60 covale both ? D TYS 113 C ? I ? 1_555 D ASP 114 N ? J H TYS 100 H ASP 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale61 covale one ? F ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? A ASN 611 A NAG 1611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale62 covale one ? F ASN 127 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? A ASN 637 A NAG 1637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale63 covale one ? G ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 1611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale64 covale one ? G ASN 127 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 1637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale65 covale one ? H ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 RB NAG . C1 ? ? C ASN 611 C NAG 1611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale66 covale one ? H ASN 127 ND2 ? ? ? 1_555 SB NAG . C1 ? ? C ASN 637 C NAG 1637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale67 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale68 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale69 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale70 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale71 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale72 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale73 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale74 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale75 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale76 covale both ? O BMA . O3 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale77 covale both ? O BMA . O6 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale78 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale79 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale80 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale81 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale82 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale83 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? T NAG 2 T BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale84 covale both ? T BMA . O3 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? T BMA 3 T MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale85 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale86 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale87 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale88 covale both ? V BMA . O6 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? V BMA 3 V MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale89 covale both ? V BMA . O3 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? V BMA 3 V MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale90 covale both ? V MAN . O3 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? V MAN 4 V MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale91 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale92 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale93 covale both ? W BMA . O3 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale94 covale both ? W BMA . O6 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale95 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale96 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X BMA . C1 ? ? X NAG 2 X BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale97 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale98 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale99 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale100 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale101 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA BMA . C1 ? ? b NAG 2 b BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale102 covale both ? BA BMA . O3 ? ? ? 1_555 BA MAN . C1 ? ? b BMA 3 b MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale103 covale both ? BA BMA . O6 ? ? ? 1_555 BA MAN . C1 ? ? b BMA 3 b MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale104 covale both ? BA MAN . O2 ? ? ? 1_555 BA MAN . C1 ? ? b MAN 4 b MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale105 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale106 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 4 ? 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AE2 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD4 5 6 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD7 5 6 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TRP A 3 ? 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_software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.18rc1_3769: _software.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_entry_details.entry_id 6VTT _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N # _em_3d_fitting.entry_id 6VTT _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? 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'Human immunodeficiency virus 1' ? ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 64.48 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1777 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2 _em_specimen.details 'Cryo-EM Structure of Fab CAP256-VRC26.25 bound to HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number GM103310 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero I 5 NAG 1 D NAG 1 F NAG 1130 n I 5 NAG 2 D NAG 2 F NAG 1131 n J 5 NAG 1 I NAG 1 F NAG 1156 n J 5 NAG 2 I NAG 2 F NAG 1157 n K 5 NAG 1 J NAG 1 F NAG 1160 n K 5 NAG 2 J NAG 2 F NAG 1161 n L 6 NAG 1 K NAG 1 F NAG 1197 n L 6 NAG 2 K NAG 2 F NAG 1198 n L 6 BMA 3 K BMA 3 F BMA 1199 n M 5 NAG 1 M NAG 1 F NAG 1230 n M 5 NAG 2 M NAG 2 F NAG 1231 n N 5 NAG 1 N NAG 1 F NAG 1241 n N 5 NAG 2 N NAG 2 F NAG 1242 n O 7 NAG 1 O NAG 1 F NAG 1262 n O 7 NAG 2 O NAG 2 F NAG 1263 n O 7 BMA 3 O BMA 3 F BMA 1264 n O 7 MAN 4 O MAN 4 F MAN 1265 n O 7 MAN 5 O MAN 5 F MAN 1266 n P 5 NAG 1 P NAG 1 F NAG 1276 n P 5 NAG 2 P NAG 2 F NAG 1277 n Q 5 NAG 1 Q NAG 1 F NAG 1332 n Q 5 NAG 2 Q NAG 2 F NAG 1333 n R 5 NAG 1 R NAG 1 E NAG 1197 n R 5 NAG 2 R NAG 2 E NAG 1198 n S 5 NAG 1 S NAG 1 E NAG 1234 n S 5 NAG 2 S NAG 2 E NAG 1503 n T 8 NAG 1 T NAG 1 E NAG 1262 n T 8 NAG 2 T NAG 2 E NAG 1263 n T 8 BMA 3 T BMA 3 E BMA 1264 n T 8 MAN 4 T MAN 4 E MAN 1265 n U 5 NAG 1 U NAG 1 E NAG 1386 n U 5 NAG 2 U NAG 2 E NAG 1387 n V 9 NAG 1 V NAG 1 G NAG 1130 n V 9 NAG 2 V NAG 2 G NAG 1131 n V 9 BMA 3 V BMA 3 G BMA 1132 n V 9 MAN 4 V MAN 4 G MAN 1134 n V 9 MAN 5 V MAN 5 G MAN 1136 n V 9 MAN 6 V MAN 6 G MAN 1135 n W 7 NAG 1 W NAG 1 G NAG 1156 n W 7 NAG 2 W NAG 2 G NAG 1157 n W 7 BMA 3 W BMA 3 G BMA 1158 n W 7 MAN 4 W MAN 4 G MAN 1159 n W 7 MAN 5 W MAN 5 G MAN 2159 n X 6 NAG 1 X NAG 1 G NAG 1160 n X 6 NAG 2 X NAG 2 G NAG 1161 n X 6 BMA 3 X BMA 3 G BMA 1162 n Y 5 NAG 1 Y NAG 1 G NAG 1197 n Y 5 NAG 2 Y NAG 2 G NAG 1198 n Z 5 NAG 1 Z NAG 1 G NAG 1230 n Z 5 NAG 2 Z NAG 2 G NAG 1231 n AA 5 NAG 1 a NAG 1 G NAG 1241 n AA 5 NAG 2 a NAG 2 G NAG 1242 n BA 10 NAG 1 b NAG 1 G NAG 1262 n BA 10 NAG 2 b NAG 2 G NAG 1263 n BA 10 BMA 3 b BMA 3 G BMA 1264 n BA 10 MAN 4 b MAN 4 G MAN 1266 n BA 10 MAN 5 b MAN 5 G MAN 1267 n BA 10 MAN 6 b MAN 6 G MAN 1268 n CA 5 NAG 1 c NAG 1 G NAG 1289 n CA 5 NAG 2 c NAG 2 G NAG 1290 n DA 5 NAG 1 d NAG 1 G NAG 1332 n DA 5 NAG 2 d NAG 2 G NAG 1333 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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