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'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 S87 non-polymer . ondansetron '9-methyl-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-carbazol-4-one' 'C18 H19 N3 O' 293.363 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6W1M _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6W1M _struct.title 'Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of Ondansetron' _struct.pdbx_descriptor '5-hydroxytryptamine receptor 3A' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6W1M _struct_keywords.text 'TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 2 ? P N N 3 ? Q N N 4 ? R N N 2 ? S N N 3 ? T N N 4 ? U N N 5 ? V N N 5 ? W N N 5 ? X N N 5 ? Y N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 7 ? LEU A 14 ? LEU A 13 LEU A 20 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 85 ? ILE A 87 ? ASP A 91 ILE A 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 164 ? SER A 170 ? SER A 170 SER A 176 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 214 ? VAL A 219 ? PRO A 220 VAL A 225 5 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 222 ? VAL A 234 ? LEU A 228 VAL A 240 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 243 ? ASP A 265 ? GLY A 249 ASP A 271 1 ? 23 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 275 ? VAL A 302 ? PRO A 281 VAL A 308 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 312 ? HIS A 317 ? PRO A 318 HIS A 323 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 ALA A 386 ? LYS A 403 ? ALA A 398 LYS A 415 1 ? 18 HELX_P HELX_P10 AB1 LYS A 403 ? TYR A 449 ? LYS A 415 TYR A 461 1 ? 47 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU B 7 ? LEU B 14 ? LEU B 13 LEU B 20 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP B 85 ? ILE B 87 ? ASP B 91 ILE B 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 AB4 SER B 164 ? SER B 170 ? SER B 170 SER B 176 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO B 214 ? VAL B 219 ? PRO B 220 VAL B 225 5 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU B 222 ? VAL B 234 ? LEU B 228 VAL B 240 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY B 243 ? ASP B 265 ? GLY B 249 ASP B 271 1 ? 23 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO B 275 ? VAL B 302 ? 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LEU D 13 LEU D 20 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP D 85 ? ILE D 87 ? ASP D 91 ILE D 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 SER D 164 ? SER D 170 ? SER D 170 SER D 176 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO D 214 ? VAL D 219 ? PRO D 220 VAL D 225 5 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU D 222 ? VAL D 234 ? LEU D 228 VAL D 240 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY D 243 ? ASP D 265 ? GLY D 249 ASP D 271 1 ? 23 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO D 275 ? VAL D 302 ? PRO D 281 VAL D 308 1 ? 28 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO D 312 ? HIS D 317 ? PRO D 318 HIS D 323 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ALA D 386 ? LYS D 403 ? ALA D 398 LYS D 415 1 ? 18 HELX_P HELX_P40 AE4 LYS D 403 ? TYR D 449 ? LYS D 415 TYR D 461 1 ? 47 HELX_P HELX_P41 AE5 LEU E 7 ? LEU E 14 ? LEU E 13 LEU E 20 1 ? 8 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP E 85 ? ILE E 87 ? ASP E 91 ILE E 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 AE7 SER E 164 ? SER E 170 ? SER E 170 SER E 176 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO E 214 ? VAL E 219 ? PRO E 220 VAL E 225 5 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 LEU E 222 ? VAL E 234 ? 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LYS E 415 TYR E 461 1 ? 47 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? A ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 148 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 148 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 148 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? D ASN 148 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 142 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? E ASN 148 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C4 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale7 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.389 sing ? covale8 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale9 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 sing ? covale10 covale one ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C4 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale11 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.389 sing ? covale12 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale13 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.388 sing ? covale14 covale one ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C4 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale15 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.389 sing ? covale16 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale17 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 sing ? covale18 covale one ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C4 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale19 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.388 sing ? covale20 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale21 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 sing ? covale22 covale one ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C4 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale23 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.389 sing ? covale24 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale25 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 sing ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? 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_pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id S87 _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 5 _pdbx_entity_nonpoly.name ondansetron _pdbx_entity_nonpoly.comp_id S87 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #