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'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6WVJ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6WVJ _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.36 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 22812 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.586 ? 31054 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.831 ? 3425 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 3583 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 3918 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6WVJ _struct.title 'Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6WVJ _struct_keywords.text 'DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? 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GLU C 779 ASP C 784 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP C 819 ? ASN C 823 ? ASP C 819 ASN C 823 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 GLU C 896 ? GLY C 898 ? GLU C 896 GLY C 898 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 LEU C 960 ? ARG C 965 ? LEU C 960 ARG C 965 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN C 967 ? GLY C 984 ? ASN C 967 GLY C 984 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 AE3 ARG C 996 ? GLY C 1008 ? ARG C 996 GLY C 1008 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 MET C 1043 ? LEU C 1048 ? MET C 1043 LEU C 1048 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY C 1066 ? PHE C 1070 ? GLY C 1066 PHE C 1070 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY C 1076 ? GLY C 1087 ? GLY C 1076 GLY C 1087 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 ALA C 1088 ? THR C 1097 ? ALA C 1088 THR C 1097 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP C 1102 ? GLY C 1116 ? ASP C 1102 GLY C 1116 1 ? 15 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO C 1125 ? LEU C 1138 ? PRO C 1125 LEU C 1138 1 ? 14 HELX_P HELX_P46 AF1 SER D 16 ? SER D 24 ? SER D 16 SER D 24 1 ? 9 HELX_P HELX_P47 AF2 CYS D 48 ? GLY D 53 ? CYS D 48 GLY D 53 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 ARG D 84 ? 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'DC-G PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 26 A . ? GLU 26 A PRO 27 A ? PRO 27 A 1 -0.64 2 GLU 26 B . ? GLU 26 B PRO 27 B ? PRO 27 B 1 -20.02 3 THR 847 C . ? THR 847 C PRO 848 C ? 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C ASP 1167 231 1 Y 1 C GLY 1168 ? C GLY 1168 232 1 Y 1 C LEU 1169 ? C LEU 1169 233 1 Y 1 C ALA 1170 ? C ALA 1170 234 1 Y 1 C LEU 1171 ? C LEU 1171 235 1 Y 1 C SER 1172 ? C SER 1172 236 1 Y 1 C GLY 1173 ? C GLY 1173 237 1 Y 1 C ASP 1174 ? C ASP 1174 238 1 Y 1 C GLU 1175 ? C GLU 1175 239 1 Y 1 C GLU 1176 ? C GLU 1176 240 1 Y 1 C PRO 1177 ? C PRO 1177 241 1 Y 1 C GLU 1178 ? C GLU 1178 242 1 Y 1 C GLU 1179 ? C GLU 1179 243 1 Y 1 C THR 1180 ? C THR 1180 244 1 Y 1 C ALA 1181 ? C ALA 1181 245 1 Y 1 C SER 1182 ? C SER 1182 246 1 Y 1 C ALA 1183 ? C ALA 1183 247 1 Y 1 C ASP 1184 ? C ASP 1184 248 1 Y 1 C VAL 1185 ? C VAL 1185 249 1 Y 1 C GLU 1186 ? C GLU 1186 250 1 Y 1 C ARG 1187 ? C ARG 1187 251 1 Y 1 C ASP 1188 ? C ASP 1188 252 1 Y 1 C VAL 1189 ? C VAL 1189 253 1 Y 1 C VAL 1190 ? C VAL 1190 254 1 Y 1 C THR 1191 ? C THR 1191 255 1 Y 1 C LYS 1192 ? C LYS 1192 256 1 Y 1 C GLU 1193 ? C GLU 1193 257 1 Y 1 D MET 1 ? D MET 1 258 1 Y 1 D LEU 2 ? D LEU 2 259 1 Y 1 D ASP 3 ? 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E GLU 67 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM 'NH2C(CH2OH)3' Tris 1 2 150 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 10 mM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 4 1 mM '(HO2CCH2)2NCH2CH2N(CH2CO2H)2' EDTA 1 5 5 mM 'HSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH' DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.344200 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 1423 ? ? 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