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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.382 ? 23631 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.782 ? 6303 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.038 ? 2625 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3030 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6XGC _struct.title 'CryoEM structure of influenza hemagglutinin A/Michigan/45/2015 in complex with cyno antibody 1C4' _struct.pdbx_descriptor 'Hemagglutinin, Cyno antibody light chain, Cyno antibody heavy chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6XGC _struct_keywords.text 'influenza, hemagglutinin, antibody, vaccine, broadly neutralizing antibody, ANTIVIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ANTIVIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? 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A CYS 4 SG ? ? ? 1_555 B CYS 137 SG ? ? A CYS 14 B CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 42 SG ? ? ? 1_555 A CYS 275 SG ? ? A CYS 52 A CYS 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 55 SG ? ? ? 1_555 A CYS 67 SG ? ? A CYS 65 A CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 90 SG ? ? ? 1_555 A CYS 136 SG ? ? A CYS 100 A CYS 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 279 SG ? ? ? 1_555 A CYS 303 SG ? ? A CYS 289 A CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 144 SG ? ? ? 1_555 B CYS 148 SG ? ? B CYS 144 B CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf7 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 96 SG ? ? M CYS 22 M CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf8 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 89 SG ? ? N CYS 29 N CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf9 disulf ? ? E CYS 4 SG ? ? ? 1_555 F CYS 137 SG ? ? C CYS 14 D CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? ? disulf10 disulf ? ? E CYS 42 SG ? ? ? 1_555 E CYS 275 SG ? ? C CYS 52 C CYS 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? E CYS 55 SG ? ? ? 1_555 E CYS 67 SG ? ? C CYS 65 C CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? E CYS 90 SG ? ? ? 1_555 E CYS 136 SG ? ? C CYS 100 C CYS 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 279 SG ? ? ? 1_555 E CYS 303 SG ? ? C CYS 289 C CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf14 disulf ? ? F CYS 144 SG ? ? ? 1_555 F CYS 148 SG ? ? D CYS 144 D CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf16 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 89 SG ? ? L CYS 29 L CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? I CYS 4 SG ? ? ? 1_555 J CYS 137 SG ? ? E CYS 14 F CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf18 disulf ? ? I CYS 42 SG ? ? ? 1_555 I CYS 275 SG ? ? E CYS 52 E CYS 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? I CYS 55 SG ? ? ? 1_555 I CYS 67 SG ? ? E CYS 65 E CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? I CYS 90 SG ? ? ? 1_555 I CYS 136 SG ? ? E CYS 100 E CYS 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf21 disulf ? ? I CYS 279 SG ? ? ? 1_555 I CYS 303 SG ? ? E CYS 289 E CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf22 disulf ? ? J CYS 144 SG ? ? ? 1_555 J CYS 148 SG ? ? F CYS 144 F CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? K CYS 22 SG ? ? ? 1_555 K CYS 96 SG ? ? I CYS 22 I CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf24 disulf ? ? L CYS 22 SG ? ? ? 1_555 L CYS 89 SG ? ? J CYS 29 J CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 11 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 21 A NAG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 23 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 33 A NAG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 87 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 97 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 286 A NAG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 287 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 297 A NAG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 154 B NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 11 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 21 C NAG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? E ASN 23 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 33 C NAG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? E ASN 87 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 97 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? E ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 286 C NAG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? E ASN 287 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 297 C NAG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? F ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? D ASN 154 D NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? I ASN 11 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? E ASN 21 E NAG 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? I ASN 23 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? E ASN 33 E NAG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? I ASN 87 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? E ASN 97 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? I ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? E ASN 286 E NAG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? I ASN 287 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? E ASN 297 E NAG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? J ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? F ASN 154 F NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale19 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale20 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale21 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 6 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? parallel AE5 1 2 ? parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF5 5 6 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF7 4 5 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY B 31 ? 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'Macaca fascicularis' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 5 NAG 1 G NAG 1 A NAG 334 n M 5 NAG 2 G NAG 2 A NAG 335 n N 5 NAG 1 K NAG 1 C NAG 334 n N 5 NAG 2 K NAG 2 C NAG 335 n O 5 NAG 1 O NAG 1 E NAG 334 n O 5 NAG 2 O NAG 2 E NAG 335 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 5 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 5 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #