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YDHVVLGGGQEAMDVTTTSTRIGKFEARFFHLAFEEEFGRVKGHFGPINSVAFHPDGKSYSSGGEDGYVRIHYFDPQYFE FEFEA ; 1 3 UNP EIF3B_HUMAN P55884 ? 3 ;MQDAENVAVPEAAEERAEPGQQQPAAEPPPAEGLLRPAGPGAPEAAGTEASSEEVGIAEAGPESEVRTEPAAEAEAASGP SESPSPPAAEELPGSHAEPPVPAQGEAPGEQARDERSDSRAQAVSEDAGGNEGRAAEAEPRALENGDADEPSFSDPEDFV DDVSEEELLGDVLKDRPQEADGIDSVIVVDNVPQVGPDRLEKLKNVIHKIFSKFGKITNDFYPEEDGKTKGYIFLEYASP AHAVDAVKNADGYKLDKQHTFRVNLFTDFDKYMTISDEWDIPEKQPFKDLGNLRYWLEEAECRDQYSVIFESGDRTSIFW NDVKDPVSIEERARWTETYVRWSPKGTYLATFHQRGIALWGGEKFKQIQRFSHQGVQLIDFSPCERYLVTFSPLMDTQDD PQAIIIWDILTGHKKRGFHCESSAHWPIFKWSHDGKFFARMTLDTLSIYETPSMGLLDKKSLKISGIKDFSWSPGGNIIA FWVPEDKDIPARVTLMQLPTRQEIRVRNLFNVVDCKLHWQKNGDYLCVKVDRTPKGTQGVVTNFEIFRMREKQVPVDVVE MKETIIAFAWEPNGSKFAVLHGEAPRISVSFYHVKNNGKIELIKMFDKQQANTIFWSPQGQFVVLAGLRSMNGALAFVDT SDCTVMNIAEHYMASDVEWDPTGRYVVTSVSWWSHKVDNAYWLWTFQGRLLQKNNKDRFCQLLWRPRPPTLLSQEQIKQI KKDLKKYSKIFEQKDRLSQSKASKELVERRRTMMEDFRKYRKMAQELYMEQKNERLELRGGVDTDELDSNVDDWEEETIE FFVTEEIIPLGNQE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6YBT u 1 ? 1350 ? Q14152 33 ? 1382 ? 33 1382 2 2 6YBT 2 1 ? 325 ? Q13347 1 ? 325 ? 1 325 3 3 6YBT 1 1 ? 814 ? P55884 1 ? 814 ? 1 814 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6YBT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 616.69 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6YBT _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0077 ? 5444 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.6816 ? 7543 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0740 ? 1000 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0088 ? 1072 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.9079 ? 1029 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6YBT _struct.title 'Structure of a human 48S translational initiation complex - eIF3bgi' _struct.pdbx_descriptor ;Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F (E.C.3.4.19.12), Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H, 40S ribosomal protein S7, 40S ribosomal protein S27, 40S ribosomal protein S21, 40S ribosomal protein S17, 40S ribosomal protein S2, 40S ribosomal protein S3a, 40S ribosomal protein SA, 40S ribosomal protein S26, 40S ribosomal protein S14, 40S ribosomal protein S13, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6YBT _struct_keywords.text 'eIF3, ribosome, translation, initiation complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 541 ? GLU A 606 ? GLN u 573 GLU u 638 1 ? 66 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 622 ? GLU A 674 ? LYS u 654 GLU u 706 1 ? 53 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG B 128 ? GLN B 132 ? ARG 2 128 GLN 2 132 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO B 156 ? GLY B 158 ? PRO 2 156 GLY 2 158 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG C 199 ? ILE C 210 ? ARG 1 199 ILE 1 210 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 SER C 212 ? PHE C 214 ? SER 1 212 PHE 1 214 1 ? 3 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO C 240 ? ASN C 249 ? PRO 1 240 ASN 1 249 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO C 286 ? GLU C 298 ? PRO 1 286 GLU 1 298 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU C 457 ? LYS C 459 ? LEU 1 457 LYS 1 459 1 ? 3 HELX_P HELX_P10 AB1 GLN C 714 ? LYS C 721 ? GLN 1 714 LYS 1 721 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 AB2 GLU C 732 ? SER C 743 ? GLU 1 732 SER 1 743 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU C 748 ? MET C 763 ? GLU 1 748 MET 1 763 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 1 ? AA2 ? 1 ? AA3 ? 1 ? AA4 ? 1 ? AA5 ? 1 ? AA6 ? 1 ? AA7 ? 1 ? AA8 ? 1 ? AA9 ? 1 ? AB1 ? 1 ? AB2 ? 1 ? AB3 ? 1 ? AB4 ? 1 ? AB5 ? 1 ? AB6 ? 1 ? AB7 ? 1 ? AB8 ? 1 ? AB9 ? 1 ? AC1 ? 1 ? AC2 ? 1 ? AC3 ? 1 ? AC4 ? 1 ? AC5 ? 1 ? AC6 ? 1 ? AC7 ? 1 ? AC8 ? 1 ? AC9 ? 1 ? AD1 ? 1 ? AD2 ? 1 ? AD3 ? 1 ? AD4 ? 1 ? AD5 ? 1 ? AD6 ? 1 ? AD7 ? 1 ? AD8 ? 1 ? AD9 ? 1 ? AE1 ? 1 ? AE2 ? 1 ? AE3 ? 1 ? AE4 ? 1 ? AE5 ? 1 ? AE6 ? 1 ? AE7 ? 1 ? AE8 ? 1 ? AE9 ? 1 ? AF1 ? 1 ? AF2 ? 1 ? AF3 ? 1 ? AF4 ? 1 ? AF5 ? 1 ? AF6 ? 1 ? AF7 ? 1 ? AF8 ? 1 ? AF9 ? 1 ? AG1 ? 1 ? AG2 ? 1 ? AG3 ? 1 ? AG4 ? 1 ? AG5 ? 1 ? AG6 ? 1 ? AG7 ? 1 ? AG8 ? 1 ? AG9 ? 1 ? AH1 ? 1 ? # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL C 186 ? ASP C 190 ? 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