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'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.264 1.688 37727 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.968 5.000 3329 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.575 23.093 1306 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.385 15.000 4147 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.032 15.000 116 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.085 0.200 3869 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 0.020 20927 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.223 17.165 13388 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.661 25.727 16684 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 14.587 19.425 14241 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 40.206 ? 110735 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.10 ? 0.05 1 'interatomic distance' ? A 59716 ? ? 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.10 ? 0.05 2 'interatomic distance' ? B 59716 ? ? 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.10 ? 0.05 3 'interatomic distance' ? 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C 60954 ? ? 3 # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 3.700 _refine_ls_shell.d_res_low 3.796 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 11466 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.934 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 B 3 2 C 3 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 A 27 A 1147 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 2 B 27 B 1147 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 1 A 27 A 1147 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 2 C 27 C 1147 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 1 B 27 B 1147 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 2 C 27 C 1147 0 0 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? # _struct.entry_id 6ZHD _struct.title 'H11-H4 bound to Spike' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein,Fibritin, Nanobody H11-H4' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZHD _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, nanobody, llama, neutralisation, spike, ANTIVIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ANTIVIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 3 ? Z N N 3 ? AA N N 4 ? BA N N 4 ? CA N N 4 ? DA N N 4 ? EA N N 4 ? FA N N 4 ? GA N N 4 ? HA N N 4 ? IA N N 4 ? JA N N 4 ? KA N N 4 ? LA N N 4 ? MA N N 4 ? NA N N 4 ? OA N N 4 ? PA N N 4 ? QA N N 4 ? RA N N 4 ? SA N N 4 ? TA N N 4 ? UA N N 4 ? VA N N 4 ? WA N N 4 ? XA N N 4 ? YA N N 4 ? ZA N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 294 ? LYS A 304 ? ASP A 294 LYS A 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 337 ? ASN A 343 ? PRO A 337 ASN A 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 349 ? TRP A 353 ? SER A 349 TRP A 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 TYR A 365 ? ASN A 370 ? TYR A 365 ASN A 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 384 ? ASP A 389 ? PRO A 384 ASP A 389 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 405 ? 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LEU F 105 THR F 111 5 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 131 SG ? ? ? 1_555 A CYS 166 SG ? ? A CYS 131 A CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 291 SG ? ? ? 1_555 A CYS 301 SG ? ? A CYS 291 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 336 SG ? ? ? 1_555 A CYS 361 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 379 SG ? ? ? 1_555 A CYS 432 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 391 SG ? ? ? 1_555 A CYS 525 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 480 SG ? ? ? 1_555 A CYS 488 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf7 disulf ? ? A CYS 538 SG ? ? ? 1_555 A CYS 590 SG ? ? A CYS 538 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf8 disulf ? ? A CYS 617 SG ? ? ? 1_555 A CYS 649 SG ? ? A CYS 617 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf9 disulf ? ? A CYS 662 SG ? ? ? 1_555 A CYS 671 SG ? ? A CYS 662 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf10 disulf ? ? A CYS 738 SG ? ? ? 1_555 A CYS 760 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 743 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 480 SG ? ? ? 1_555 C CYS 488 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf38 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf39 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf40 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? D CYS 22 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf41 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? E CYS 22 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf42 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? F CYS 22 F CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 122 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 234 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 282 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 331 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1324 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 717 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 801 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 1098 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 1134 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 717 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 801 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 1098 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 1134 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 122 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 282 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 331 C NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 343 C NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 709 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? C ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 717 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? C ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 801 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 1074 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 1098 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? C ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 1134 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale47 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale48 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale49 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale50 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale51 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale52 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale53 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale54 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale55 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale56 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale57 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale58 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale59 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale60 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale61 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale62 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale63 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale64 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale65 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale66 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 8 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 6 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 6 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 6 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 6 ? 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The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 81 % relative humidity and ambient temperature. ; _em_vitrification.humidity 81 _em_vitrification.instrument SPOTITON _em_vitrification.entry_id 6ZHD _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6ZHD _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6ZHD _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O A ASN 81 ? ? 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REFMAC 5 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details 'Complex mixed together' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 100209/Z/12/Z 1 'Engineering and Physical Sciences Research Council' 'United Kingdom' 'Rosalind Franklin' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 3 NAG 1 G NAG 1 A NAG 1403 n G 3 NAG 2 G NAG 2 A NAG 1404 n H 3 NAG 1 H NAG 1 A NAG 1405 n H 3 NAG 2 H NAG 2 A NAG 1406 n I 3 NAG 1 I NAG 1 A NAG 1407 n I 3 NAG 2 I NAG 2 A NAG 1408 n J 3 NAG 1 J NAG 1 A NAG 1409 n J 3 NAG 2 J NAG 2 A NAG 1410 n K 3 NAG 1 K NAG 1 A NAG 1415 n K 3 NAG 2 K NAG 2 A NAG 1416 n L 3 NAG 1 L NAG 1 A NAG 1417 n L 3 NAG 2 L NAG 2 A NAG 1418 n M 3 NAG 1 M NAG 1 A NAG 1420 n M 3 NAG 2 M NAG 2 A NAG 1421 n N 3 NAG 1 N NAG 1 A NAG 1422 n N 3 NAG 2 N NAG 2 A NAG 1423 n O 3 NAG 1 O NAG 1 B NAG 1411 n O 3 NAG 2 O NAG 2 B NAG 1412 n P 3 NAG 1 P NAG 1 B NAG 1413 n P 3 NAG 2 P NAG 2 B NAG 1414 n Q 3 NAG 1 Q NAG 1 B NAG 1416 n Q 3 NAG 2 Q NAG 2 B NAG 1417 n R 3 NAG 1 R NAG 1 B NAG 1418 n R 3 NAG 2 R NAG 2 B NAG 1419 n S 3 NAG 1 S NAG 1 C NAG 1403 n S 3 NAG 2 S NAG 2 C NAG 1404 n T 3 NAG 1 T NAG 1 C NAG 1406 n T 3 NAG 2 T NAG 2 C NAG 1407 n U 3 NAG 1 U NAG 1 C NAG 1412 n U 3 NAG 2 U NAG 2 C NAG 1413 n V 3 NAG 1 V NAG 1 C NAG 1414 n V 3 NAG 2 V NAG 2 C NAG 1415 n W 3 NAG 1 W NAG 1 C NAG 1416 n W 3 NAG 2 W NAG 2 C NAG 1417 n X 3 NAG 1 X NAG 1 C NAG 1418 n X 3 NAG 2 X NAG 2 C NAG 1419 n Y 3 NAG 1 Y NAG 1 C NAG 1420 n Y 3 NAG 2 Y NAG 2 C NAG 1421 n Z 3 NAG 1 Z NAG 1 C NAG 1422 n Z 3 NAG 2 Z NAG 2 C NAG 1423 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 3 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 3 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 3 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 3 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 4 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #