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? 65.43 -6.95 205 1 GLN I 313 ? ? -97.39 -142.07 206 1 SER I 326 ? ? -122.42 -55.00 207 1 GLU I 370 ? ? -120.30 -154.99 208 1 LYS I 371 ? ? -65.52 3.82 209 1 ILE I 388 ? ? -120.52 -54.66 210 1 ALA I 421 ? ? -82.10 42.58 211 1 LYS I 500 ? ? -104.57 64.75 212 1 LEU I 574 ? ? -101.14 41.79 213 1 LYS I 581 ? ? -106.09 -62.60 214 1 LEU I 582 ? ? 61.15 -0.66 215 1 ASN I 589 ? ? -178.97 -179.92 216 1 ASN I 626 ? ? -140.26 45.13 217 1 ALA I 640 ? ? -147.25 -49.66 218 1 GLU I 641 ? ? -140.40 -14.44 219 1 SER I 655 ? ? -172.69 -169.54 220 1 GLU I 676 ? ? -128.46 -56.78 221 1 LEU I 700 ? ? -93.47 -62.97 222 1 SER I 705 ? ? -35.28 117.07 223 1 GLU I 721 ? ? -145.32 15.50 224 1 LEU I 725 ? ? -74.78 -162.89 225 1 PHE I 772 ? ? -51.31 104.33 226 1 ASP J 106 ? ? -69.09 -177.96 227 1 TYR J 167 ? ? -153.89 -150.49 228 1 ASP J 182 ? ? 29.73 51.76 229 1 GLN J 276 ? ? -69.74 2.05 230 1 LEU J 311 ? ? -95.73 -69.08 231 1 SER J 312 ? ? 65.63 -6.97 232 1 GLN J 313 ? ? -97.29 -141.67 233 1 GLU J 370 ? ? -120.38 -155.27 234 1 LYS J 371 ? ? -66.11 2.93 235 1 ILE J 388 ? ? -120.54 -54.34 236 1 ALA J 421 ? ? -82.53 41.92 237 1 ASN J 482 ? ? -103.50 -169.85 238 1 LYS J 500 ? ? -106.71 68.39 239 1 LEU J 574 ? ? -101.31 42.45 240 1 LEU J 582 ? ? 49.68 -1.58 241 1 ASN J 589 ? ? -177.17 -179.88 242 1 ASN J 626 ? ? -140.50 45.74 243 1 ALA J 640 ? ? -146.75 -49.64 244 1 GLU J 641 ? ? -140.60 -14.53 245 1 SER J 655 ? ? -172.72 -169.32 246 1 GLU J 676 ? ? -128.46 -57.02 247 1 LEU J 700 ? ? -83.78 -92.65 248 1 SER J 705 ? ? -34.94 117.85 249 1 GLU J 721 ? ? -145.00 15.27 250 1 LEU J 725 ? ? -75.03 -163.11 251 1 PHE J 772 ? ? -51.82 104.30 # _pdbx_validate_peptide_omega.id 1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 GLN _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 H _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 165 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 PRO _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 H _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 166 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_peptide_omega.omega 34.96 # loop_ _pdbx_validate_polymer_linkage.id _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1 1 C A THR 517 ? ? N A LYS 518 ? ? 1.17 2 1 C B THR 517 ? ? N B LYS 518 ? ? 1.11 3 1 C C THR 517 ? ? N C LYS 518 ? ? 1.09 4 1 C E THR 517 ? ? N E LYS 518 ? ? 1.18 5 1 C F THR 517 ? ? N F LYS 518 ? ? 1.14 6 1 C G THR 517 ? ? N G LYS 518 ? ? 1.10 # _em_3d_fitting.entry_id 6ZXL _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The previously generated PA7LF(2+1B) model (PDB:6ZXK) served as starting point and was placed into the density using rigid-body fit in Chimera. From this model, chain J was fitted into the density corresponding to the third LF, located adjacent to the second LF. For the entire model a restrained refinement in phenix was performed. The resulting model was further refined with a combination of phenix and coot. Unresolved regions were deleted and side chain information was removed for less well-resolved regions. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 6ZXK _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 6ZXK # _em_3d_reconstruction.entry_id 6ZXL _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 44000 _em_3d_reconstruction.resolution 4.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Heptameric pre-pores of proteolytically-acitivated protective antigen were loaded with excess of LFs to create the PA7LF3 complexes. The LFs form a continuous chain of head-to-tail interactions. In the PA7LF(2+1A) arrangement, the third LF binds with its N-terminal domain to the C-terminal region of the 2nd LF. ; 'Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1A) arrangement' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2' ? ? 2 1 'The trypsin-activated 63 kDa fragments assemble into a hepatameric pre-pore' 'Protective antigen' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 ;Three LF molecules crown the heptameric PA ring. The LFs form a continuous chain of head-to-tail interactions. In the PA7LF(2+1A) arrangement, the third LF binds with its N-terminal domain to the C-terminus of the 2nd LF. ; 'Lethal factor' RECOMBINANT COMPLEX 2 ? ? # _em_image_scans.entry_id 6ZXL _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6ZXL _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max 2600 _em_imaging.calibrated_defocus_min 1200 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 286 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.' _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'GATAN CRYOPLUNGE 3' _em_vitrification.entry_id 6ZXL _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6ZXL _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6ZXL _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -23 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLY -22 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A HIS -21 ? A HIS 3 4 1 Y 1 A HIS -20 ? A HIS 4 5 1 Y 1 A HIS -19 ? A HIS 5 6 1 Y 1 A HIS -18 ? A HIS 6 7 1 Y 1 A HIS -17 ? A HIS 7 8 1 Y 1 A HIS -16 ? A HIS 8 9 1 Y 1 A HIS -15 ? A HIS 9 10 1 Y 1 A HIS -14 ? A HIS 10 11 1 Y 1 A HIS -13 ? A HIS 11 12 1 Y 1 A HIS -12 ? A HIS 12 13 1 Y 1 A SER -11 ? A SER 13 14 1 Y 1 A SER -10 ? A SER 14 15 1 Y 1 A GLY -9 ? A GLY 15 16 1 Y 1 A HIS -8 ? A HIS 16 17 1 Y 1 A ILE -7 ? A ILE 17 18 1 Y 1 A ASP -6 ? A ASP 18 19 1 Y 1 A ASP -5 ? A ASP 19 20 1 Y 1 A ASP -4 ? A ASP 20 21 1 Y 1 A ASP -3 ? A ASP 21 22 1 Y 1 A LYS -2 ? A LYS 22 23 1 Y 1 A HIS -1 ? A HIS 23 24 1 Y 1 A MET 0 ? A MET 24 25 1 Y 1 A GLU 1 ? A GLU 25 26 1 Y 1 A VAL 2 ? A VAL 26 27 1 Y 1 A LYS 3 ? A LYS 27 28 1 Y 1 A GLN 4 ? A GLN 28 29 1 Y 1 A GLU 5 ? A GLU 29 30 1 Y 1 A ASN 6 ? A ASN 30 31 1 Y 1 A ARG 7 ? A ARG 31 32 1 Y 1 A LEU 8 ? A LEU 32 33 1 Y 1 A LEU 9 ? A LEU 33 34 1 Y 1 A ASN 10 ? A ASN 34 35 1 Y 1 A GLU 11 ? 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