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ASN U 342 GLY U 359 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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U . n PA 3 338 PRO 338 338 338 PRO PRO U . n PA 3 339 PHE 339 339 339 PHE PHE U . n PA 3 340 GLU 340 340 340 GLU GLU U . n PA 3 341 SER 341 341 341 SER SER U . n PA 3 342 ASN 342 342 342 ASN ASN U . n PA 3 343 THR 343 343 343 THR THR U . n PA 3 344 ALA 344 344 344 ALA ALA U . n PA 3 345 ARG 345 345 345 ARG ARG U . n PA 3 346 SER 346 346 346 SER SER U . n PA 3 347 MET 347 347 347 MET MET U . n PA 3 348 GLN 348 348 348 GLN GLN U . n PA 3 349 GLN 349 349 349 GLN GLN U . n PA 3 350 LEU 350 350 350 LEU LEU U . n PA 3 351 ALA 351 351 351 ALA ALA U . n PA 3 352 GLU 352 352 352 GLU GLU U . n PA 3 353 GLN 353 353 353 GLN GLN U . n PA 3 354 ALA 354 354 354 ALA ALA U . n PA 3 355 VAL 355 355 355 VAL VAL U . n PA 3 356 GLU 356 356 356 GLU GLU U . n PA 3 357 LYS 357 357 357 LYS LYS U . n PA 3 358 SER 358 358 358 SER SER U . n PA 3 359 GLY 359 359 359 GLY GLY U . n PA 3 360 ARG 360 360 360 ARG ARG U . n PA 3 361 ARG 361 361 361 ARG ARG U . n PA 3 362 PRO 362 362 362 PRO PRO U . n PA 3 363 ALA 363 363 363 ALA ALA U . n PA 3 364 THR 364 364 364 THR THR U . n PA 3 365 LEU 365 365 365 LEU LEU U . n PA 3 366 THR 366 366 366 THR THR U . n PA 3 367 ILE 367 367 367 ILE ILE U . n PA 3 368 ASN 368 368 368 ASN ASN U . n PA 3 369 GLN 369 369 369 GLN GLN U . n PA 3 370 GLY 370 370 370 GLY GLY U . n PA 3 371 THR 371 371 371 THR THR U . n PA 3 372 VAL 372 372 372 VAL VAL U . n PA 3 373 LEU 373 373 373 LEU LEU U . n PA 3 374 ASN 374 374 374 ASN ASN U . n PA 3 375 VAL 375 375 375 VAL VAL U . n PA 3 376 TYR 376 376 376 TYR TYR U . n PA 3 377 VAL 377 377 377 VAL VAL U . n PA 3 378 ALA 378 378 378 ALA ALA U . n PA 3 379 LYS 379 379 379 LYS LYS U . n PA 3 380 ASP 380 380 380 ASP ASP U . n PA 3 381 VAL 381 381 381 VAL VAL U . n PA 3 382 ASP 382 382 382 ASP ASP U . n PA 3 383 PHE 383 383 383 PHE PHE U . n PA 3 384 SER 384 384 384 SER SER U . n PA 3 385 ALA 385 385 385 ALA ALA U . n PA 3 386 VAL 386 386 386 VAL VAL U . n PA 3 387 LEU 387 387 387 LEU LEU U . n PA 3 388 PRO 388 388 388 PRO PRO U . n PA 3 389 LYS 389 389 389 LYS LYS U . n PA 3 390 ALA 390 390 ? ? ? U . n PA 3 391 ALA 391 391 ? ? ? U . n PA 3 392 ALA 392 392 ? ? ? U . n PA 3 393 LEU 393 393 ? ? ? U . n PA 3 394 GLU 394 394 ? ? ? U . n PA 3 395 GLY 395 395 ? ? ? U . n PA 3 396 LEU 396 396 ? ? ? U . n PA 3 397 SER 397 397 ? ? ? U . n PA 3 398 ALA 398 398 ? ? ? U . n PA 3 399 TRP 399 399 ? ? ? U . n PA 3 400 SER 400 400 ? ? ? U . n PA 3 401 HIS 401 401 ? ? ? U . n PA 3 402 PRO 402 402 ? ? ? U . n PA 3 403 GLN 403 403 ? ? ? U . n PA 3 404 PHE 404 404 ? ? ? U . n PA 3 405 GLU 405 405 ? ? ? U . n PA 3 406 LYS 406 406 ? ? ? U . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 42-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 42 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 211350 ? 1 MORE -910 ? 1 'SSA (A^2)' 308440 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2018-10-24 2 'Structure model' 1 1 2018-10-31 3 'Structure model' 1 2 2018-12-05 4 'Structure model' 1 3 2019-11-06 5 'Structure model' 1 4 2019-12-11 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Data collection' 6 4 'Structure model' 'Refinement description' 7 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' citation 4 3 'Structure model' citation_author 5 4 'Structure model' em_3d_fitting 6 5 'Structure model' atom_sites # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 2 2 'Structure model' '_citation.title' 3 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 4 2 'Structure model' '_citation_author.name' 5 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 3 'Structure model' '_citation.page_first' 7 3 'Structure model' '_citation.page_last' 8 3 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 9 4 'Structure model' '_em_3d_fitting.target_criteria' 10 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 11 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 12 5 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.12_2829: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 6GYB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The electron density was clearly interpretable, which allowed us to build a de novo structural model. This process began by fitting the crystallographic model of the X. citri VirB7 C-terminal N0 domain (PDB:3OV5) and the NMR model of the X. citri VirB9CTD-VirB7NTD complex (PDB:2N01) in order to identify the map with the correct handedness. Models were positioned using Fit in map tool in Chimera, and saved relative to the map. Using these as starting points, we were able to manually build the rest of the model for VirB7 and VirB9CTD, and the de novo models for VirB10CTD, VirB10NTD_150-161 and VirB9NTD using Coot. In this manner, we obtained a combined model for a single VirB7-VirB9-VirB10 heterotrimer unit, which was submitted to iterative rounds of real space refinement and building using PHENIX and Coot software, respectively. Thirteen more copies of the refined heterotrimer were then fit into the density map using Chimera and new rounds of real space refinement (now using NCS for the 42 chains contained in the structure) and building using PHENIX and Coot, respectively, were executed until we obtained good parameters for Ramachandran plot and MolProbity. Chimera and PyMol were used for map and model visualization and figure production. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 138 _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6GYB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 142306 _em_3d_reconstruction.resolution 3.28 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Fourteen copies of each of the following three subunits: VirB7, VirB9 and VirB10' _em_entity_assembly.name 'Core complex of a bacterial killing type IV secretion system from Xanthomonas' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6GYB _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6GYB _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295.2 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Blot for 4.5 seconds after 30 seconds of incubation.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6GYB _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6GYB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6GYB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C14 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 TYR a 112 ? 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PA LYS 406 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM 'NH2C(CH2OH)3HCl' Tris-HCl 1 2 200 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 10 mM 'CH3(CH2)11N(O)(CH3)2' LDAO # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 190486 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time 12 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1469 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 185079 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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