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_citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 77 _citation.language ? _citation.page_first 1 _citation.page_last 14 _citation.title ;Interconversion between Anticipatory and Active GID E3 Ubiquitin Ligase Conformations via Metabolically Driven Substrate Receptor Assembly ; _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2019.10.009 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31708416 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Qiao, S.' 1 ? primary 'Langlois, C.R.' 2 ? primary 'Chrustowicz, J.' 3 ? primary 'Sherpa, D.' 4 ? primary 'Karayel, O.' 5 ? primary 'Hansen, F.M.' 6 ? primary 'Beier, V.' 7 ? primary 'von Gronau, S.' 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 921 ;Baker's yeast ; ? 'VID28, GID5, YIL017C' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 455 ;Baker's yeast ; ? 'GID8, DCR1, YMR135C, YM9375.04C' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 958 ;Baker's yeast ; ? 'VID30, GID1, YGL227W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 2 sample 'Biological sequence' 959 973 ? ? 'VID30, GID1, YGL227W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 3 sample 'Biological sequence' 974 997 ;Baker's yeast ; ? 'VID30, GID1, YGL227W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 4 sample 'Biological sequence' 998 1018 ;Baker's yeast ; ? 'VID30, GID1, YGL227W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 5 sample 'Biological sequence' 1019 1044 ;Baker's yeast ; ? 'VID30, GID1, YGL227W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 6 sample 'Biological sequence' 1045 1064 ;Baker's yeast ; ? 'VID30, GID1, YGL227W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 362 ;Baker's yeast ; ? 'VID24, GID4, YBR105C, YBR0834' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 431 ;Baker's yeast ; ? 'FYV10, GID9, YIL097W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 2 sample 'Biological sequence' 432 467 ;Baker's yeast ; ? 'FYV10, GID9, YIL097W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 3 sample 'Biological sequence' 468 479 ;Baker's yeast ; ? 'FYV10, GID9, YIL097W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288c' 559292 ? ? ? ? ? ? ? 'Fall armyworm' 'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VID28_YEAST P40547 ? 1 ;MTVAYSLENLKKISNSLVGDQLAKVDYFLAPKCQIFQCLLSIEQSDGVELKNAKLDLLYTLLHLEPQQRDIVGTYYFDIV SAIYKSMSLASSFTKNNSSTNYKYIKLLNLCAGVYPNCGFPDLQYLQNGFIQLVNHKFLRSKCKIDEVVTIIELLKLFLL VDEKNCSDFNKSKFMEEEREVTETSHYQDFKMAESLEHIIVKISSKYLDQISLKYIVRLKVSRPASPSSVKNDPFDNKGV DCTRAIPKKINISNMYDSSLLSLALLLYLRYHYMIPGDRKLRNDATFKMFVLGLLKSNDVNIRCVALKFLLQPYFTEDKK WEDTRTLEKILPYLVKSFNYDPLPWWFDPFDMLDSLIVLYNEITPMNNPVLTTLAHTNVIFCILSRFAQCLSLPQHNEAT LKTTTKFIKICASFAASDEKYRLLLLNDTLLLNHLEYGLESHITLIQDFISLKDEIKETTTESHSMCLPPIYDHDFVAAW LLLLKSFSRSVSALRTTLKRNKIAQLLLQILSKTYTLTKECYFAGQDFMKPEIMIMGITLGSICNFVVEFSNLQSFMLRN GIIDIIEKMLTDPLFNSKKAWDDNEDERRIALQGIPVHEVKANSLWVLRHLMYNCQNEEKFQLLAKIPMNLILDFINDPC WAVQAQCFQLLRNLTCNSRKIVNILLEKFKDVEYKIDPQTGNKISIGSTYLFEFLAKKMRLLNPLDTQQKKAMEGILYII VNLAAVNENKKQLVIEQDEILNIMSEILVETTTDSSSNGNDSNLKLACLWVLNNLLWNSSVSHYTQYAIENGLEPGHSPS DSENPQSTVTIGYNESVAGGYSRGKYYDEPDGDDSSSNANDDEDDDNDEGDDEGDEFVRTPAAKGSTSNVQVTRATVERC RKLVEVGLYDLVRKNITDESLSVREKARTLLYHMDLLLKVK ; 1 2 UNP GID8_YEAST P40208 ? 2 ;MTISTLSNETTKSGSCSGQGKNGGKDFTYGKKCFTKEEWKEQVAKYSAMGELYANKTIHYPLKIQPNSSGGSQDEGFATI QTTPIEPTLPRLLLNYFVSMAYEDSSIRMAKELGFIRNNKDIAVFNDLYKIKERFHIKHLIKLGRINEAMEEINSIFGLE VLEETFNATGSYTGRTDRQQQQQQQQFDIDGDLHFKLLLLNLIEMIRSHHQQENITKDSNDFILNLIQYSQNKLAIKASS SVKKMQELELAMTLLLFPLSDSADSGSIKLPKSLQNLYSISLRSKIADLVNEKLLKFIHPRIQFEISNNNSKFPDLLNSD KKIITQNFTVYNNNLVNGSNGTKITHISSDQPINEKMSSNEVTAAANSVWLNQRDGNVGTGSAATTFHNLENKNYWNQTS ELLSSSNGKEKGLEFNNYYSSEFPYEPRLTQIMKLWCWCENQLHHNQIGVPRVEN ; 1 3 UNP VID30_YEAST P53076 ? 3 ;MSEYMDDVDREFINCLFPSYLLQQPVAYDLWILYLQHRKLFHKLKNTNLINADENPTGVGMGRTKLTALTRKEIWSKLMN LGVLGTISFEAVNDDYLIQVYKYFYPDVNDFTLRFGVKDSNKNSVRVMKASSDMRKNAQELLEPVLSEREMALNSNTSLE NDRNDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDESDLESLEGEVDTDTDDNNEGDGSDNHEEGGEEGSRGADADVSSAQQRAERVADP WIYQRSRSAINIETESRNLWDTSDKNSGLQYYPPDQSPSSSFSSPRVSSGNDKNDNEATNVLSNSGSKKKNSMIPDIYKI LGYFLPSRWQAQPNNSLQLSQDGITHLQPNPDYHSYMTYERSSASSASTRNRLRTSFENSGKVDFAVTWANKSLPDNKLT IFYYEIKVLSVTSTESAENSNIVIGYKLVENELMEATTKKSVSRSSVAGSSSSLGGSNNMSSNRVPSTSFTMEGTQRRDY IYEGGVSAMSLNVDGSINKCQKYGFDLNVFGYCGFDGLITNSTEQSKEYAKPFGRDDVIGCGINFIDGSIFFTKNGIHLG NAFTDLNDLEFVPYVALRPGNSIKTNFGLNEDFVFDIIGYQDKWKSLAYEHICRGRQMDVSIEEFDSDESEEDETENGPE ENKSTNVNEDLMDIDQEDGAAGNKDTKKLNDEKDNNLKFLLGEDNRFIDGKLVRPDVNNINNLSVDDGSLPNTLNVMIND YLIHEGLVDVAKGFLKDLQKDAVNVNGQHSESKDVIRHNERQIMKEERMVKIRQELRYLINKGQISKCINYIDNEIPDLL KNNLELVFELKLANYLVMIKKSSSKDDDEIENLILKGQELSNEFIYDTKIPQSLRDRFSGQLSNVSALLAYSNPLVEAPK EISGYLSDEYLQERLFQVSNNTILTFLHKDSECALENVISNTRAMLSTLLEYNAFGSTNSSDPRYYKAINFDEDVLNL ; 1 4 PDB 6SWY 6SWY ? 3 ? 959 5 PDB 6SWY 6SWY ? 3 ? 974 6 PDB 6SWY 6SWY ? 3 ? 998 7 PDB 6SWY 6SWY ? 3 ? 1019 8 PDB 6SWY 6SWY ? 3 ? 1045 9 UNP GID4_YEAST P38263 ? 4 ;MINNPKVDSVAEKPKAVTSKQSEQAASPEPTPAPPVSRNQYPITFNLTSTAPFHLHDRHRYLQEQDLYKCASRDSLSSLQ QLAHTPNGSTRKKYIVEDQSPYSSENPVIVTSSYNHTVCTNYLRPRMQFTGYQISGYKRYQVTVNLKTVDLPKKDCTSLS PHLSGFLSIRGLTNQHPEISTYFEAYAVNHKELGFLSSSWKDEPVLNEFKATDQTDLEHWINFPSFRQLFLMSQKNGLNS TDDNGTTNAAKKLPPQQLPTTPSADAGNISRIFSQEKQFDNYLNERFIFMKWKEKFLVPDALLMEGVDGASYDGFYYIVH DQVTGNIQGFYYHQDAEKFQQLELVPSLKNKVESSDCSFEFA ; 1 10 UNP FYV10_YEAST P40492 ? 5 ;MAEKSIFNEPDVDFHLKLNQQLFHIPYELLSKRIKHTQAVINKETKSLHEHTAALNQIFEHNDVEHDELALAKITEMIRK VDHIERFLNTQIKSYCQILNRIKKRLEFFHELKDIKSQNSGTSHNGNNEGTRTKLIQWYQSYTNILIGDYLTRNNPIKYN SETKDHWNSGVVFLKQSQLDDLIDYDVLLEANRISTSLLHERNLLPLISWINENKKTLTKKSSILEFQARLQEYIELLKV DNYTDAIVCFQRFLLPFVKSNFTDLKLASGLLIFIKYCNDQKPTSSTSSGFDTEEIKSQSLPMKKDRIFQHFFHKSLPRI TSKPAVNTTDYDKSSLINLQSGDFERYLNLLDDQRWSVLNDLFLSDFYSMYGISQNDPLLIYLSLGISSLKTRDCLHPSD DENGNQETETATTAEKEVEDLQLFTLHSLKR ; 1 11 PDB 6SWY 6SWY ? 5 ? 432 12 PDB 6SWY 6SWY ? 5 ? 468 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6SWY 5 1 ? 921 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6SWY _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6SWY _struct.title 'Structure of active GID E3 ubiquitin ligase complex minus Gid2 and delta Gid9 RING domain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6SWY _struct_keywords.text 'Suppressed, Suppreseed, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? 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