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'Dienemann, C.' 3 ? 'Taipale, J.' 4 0000-0003-4204-0951 'Cramer, P.' 5 0000-0001-5454-7755 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 580 _citation.language ? _citation.page_first 669 _citation.page_last 672 _citation.title 'Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-020-2195-y _citation.pdbx_database_id_PubMed 32350470 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dodonova, S.O.' 1 ? primary 'Zhu, F.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Taipale, J.' 4 ? primary 'Cramer, P.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6T7D _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6T7D _symmetry.cell_setting ? 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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYL TAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MGSSHHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYL TAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAATTTATGTTTGTTAGCGTTATACTATTCTAATTCTTTGTTTCGGTGGTATTGT TTATTTTGTTCCTTTGTGCGTTCAGCTTAATGCCTAACGACACTCGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCCGAGTGTCGTTAGGCATTAAGCTGAACGCACAAAGGAACAAAATAAACAATACCA 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The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6T7D _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6T7D _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6T7D _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N3 I DC 2 ? ? 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Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.' _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 54 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 2547 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6T7D 'double helix' 6T7D 'a-form double helix' 6T7D 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 3 1_555 J DG 149 1_555 0.503 -0.795 -1.681 -5.022 1.791 -9.451 1 I_DC1:DG145_J I 1 ? 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