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'Harrison, S.C.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev J.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM JMOBAK _citation.journal_id_CSD 0070 _citation.journal_id_ISSN 1089-8638 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 432 _citation.language ? _citation.page_first 1158 _citation.page_last 1168 _citation.title 'Cryo-EM Structure of Full-length HIV-1 Env Bound With the Fab of Antibody PG16.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.jmb.2019.11.028 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31931014 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Pan, J.' 1 ? primary 'Peng, H.' 2 ? primary 'Chen, B.' 3 ? primary 'Harrison, S.C.' 4 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6ULC _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ULC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'envelope glycoprotein gp120,envelope glycoprotein gp120' 57173.941 3 ? ? 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SMKPNDTITLPCRIKQIINMWQRVGQAIYAPPIQGVIRCESNITGLILTRDGGGNINESQIFRPGGGDMRDNWRSELYKY KVVRIEPLGVAPTKAKRRVVEREKR ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVVELGAVFIGFLGTAGSTMGAASITLTVQVRKLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQ QLLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNKSEREIWENMTWLQWDKEISNYTHIIYELIEESQKQQEKNEQELLELDKWANLW NWFDISNWLWYIKIFIMIVGGLIGLRIVFAVLSVINRVRQGYSPLSFQTLTPNPRDPDRPGRIEGEGGEQDRGRSIRLVS GFLALAWDDLRNLCLSSYHQLRDFILIVARTVELLGHSSLKGLRLGWEGLKYLGNLLLYWGRELKTSAINLFDTIAIVVA GWTDRVIEVGQRLGRAILNIPRRIRQGLERALL ; ;AVVELGAVFIGFLGTAGSTMGAASITLTVQVRKLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQ QLLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNKSEREIWENMTWLQWDKEISNYTHIIYELIEESQKQQEKNEQELLELDKWANLW NWFDISNWLWYIKIFIMIVGGLIGLRIVFAVLSVINRVRQGYSPLSFQTLTPNPRDPDRPGRIEGEGGEQDRGRSIRLVS GFLALAWDDLRNLCLSSYHQLRDFILIVARTVELLGHSSLKGLRLGWEGLKYLGNLLLYWGRELKTSAINLFDTIAIVVA GWTDRVIEVGQRLGRAILNIPRRIRQGLERALL ; B,D,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MEFGLSWVFLVALLRGVQCQEQLVESGGGVVQPGGSLRLSCLASGFTFHKYGMHWVRQAPGKGLEWVALISDDGMRKYHS 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 5626 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6ULC _struct.title 'Structure of full-length, fully glycosylated, non-modified HIV-1 gp160 bound to PG16 Fab at a nominal resolution of 4.6 Angstrom' _struct.pdbx_descriptor 'Envelope glycoprotein GP120, Envelope glycoprotein GP41, Antibody PG16 Fab heavy chain, Antibody PG16 Fab light chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ULC _struct_keywords.text 'HIV-1, ENV, gp160, PG16, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 8 ? N N N 7 ? O N N 8 ? P N N 8 ? 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A CYS 332 SG ? ? ? 1_555 A CYS 384 SG ? ? A CYS 331 A CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.270 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 332 SG ? ? ? 1_555 A CYS 412 SG ? ? A CYS 331 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 377 SG ? ? ? 1_555 A CYS 439 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 384 SG ? ? ? 1_555 A CYS 412 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 88 SG ? ? ? 1_555 B CYS 94 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 53 SG ? ? ? 1_555 C CYS 73 SG ? ? C CYS 54 C CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 118 SG ? ? ? 1_555 C CYS 207 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 125 SG ? ? ? 1_555 C CYS 198 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 130 SG ? ? ? 1_555 C CYS 156 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 220 SG ? ? ? 1_555 C CYS 249 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 230 SG ? ? ? 1_555 C CYS 241 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 332 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? C CYS 296 C CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 412 SG ? ? C CYS 296 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 332 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? C CYS 331 C CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 332 SG ? ? ? 1_555 C CYS 412 SG ? ? C CYS 331 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.824 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 377 SG ? ? ? 1_555 C CYS 439 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 384 SG ? ? ? 1_555 C CYS 412 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? ? disulf28 disulf ? ? D CYS 88 SG ? ? ? 1_555 D CYS 94 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 53 SG ? ? ? 1_555 E CYS 73 SG ? ? E CYS 54 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 118 SG ? ? ? 1_555 E CYS 207 SG ? ? E CYS 119 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 125 SG ? ? ? 1_555 E CYS 198 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 130 SG ? ? ? 1_555 E CYS 156 SG ? ? E CYS 131 E CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 220 SG ? ? ? 1_555 E CYS 249 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 230 SG ? ? ? 1_555 E CYS 241 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 298 SG ? ? ? 1_555 E CYS 332 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? ? disulf36 disulf ? ? E CYS 298 SG ? ? ? 1_555 E CYS 384 SG ? ? E CYS 296 E CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? ? disulf37 disulf ? ? E CYS 298 SG ? ? ? 1_555 E CYS 412 SG ? ? E CYS 296 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? disulf38 disulf ? ? E CYS 332 SG ? ? ? 1_555 E CYS 384 SG ? ? E CYS 331 E CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.270 ? ? disulf39 disulf ? ? E CYS 332 SG ? ? ? 1_555 E CYS 412 SG ? ? E CYS 331 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? ? disulf40 disulf ? ? E CYS 377 SG ? ? ? 1_555 E CYS 439 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf41 disulf ? ? E CYS 384 SG ? ? ? 1_555 E CYS 412 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? ? disulf42 disulf ? ? F CYS 88 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf43 disulf ? ? G CYS 41 SG ? ? ? 1_555 G CYS 115 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf44 disulf ? ? G CYS 183 SG ? ? ? 1_555 G CYS 239 SG ? ? H CYS 140 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf45 disulf ? ? H CYS 41 SG ? ? ? 1_555 H CYS 109 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf46 disulf ? ? H CYS 157 SG ? ? ? 1_555 H CYS 216 SG ? ? L CYS 134 L CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? covale1 covale one ? A ASN 87 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? A ASN 88 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 133 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 134 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 137 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? A ASN 138 A NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? A ASN 145 A NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 155 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? A ASN 156 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 159 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 160 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 187 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? A ASN 188 A NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 197 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 243 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? A ASN 241 A NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 262 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? A ASN 276 A NAG 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? A ASN 289 A NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? A ASN 295 A NAG 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? A ASN 332 A NAG 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 363 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? A ASN 385 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 386 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? A ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? A ASN 394 A NAG 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? A ASN 397 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? A ASN 398 A NAG 638 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? A ASN 405 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? A ASN 411 A NAG 639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? A ASN 442 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? A ASN 457 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? A ASN 463 A NAG 641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 611 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 115 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? B ASN 625 B NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 127 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 637 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 87 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 133 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? C ASN 134 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 137 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 138 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 145 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 155 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 156 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 159 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 160 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? C ASN 197 C NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 262 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? C ASN 289 C NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 MB NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? C ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 NB NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? C ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 OB NAG . C1 ? ? C ASN 332 C NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? C ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 PB NAG . C1 ? ? C ASN 355 C NAG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? C ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 363 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? C ASN 385 ND2 ? ? ? 1_555 QB NAG . C1 ? ? C ASN 386 C NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? C ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 RB NAG . C1 ? ? C ASN 394 C NAG 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? C ASN 405 ND2 ? ? ? 1_555 SB NAG . C1 ? ? C ASN 411 C NAG 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? C ASN 442 ND2 ? ? ? 1_555 TB NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? D ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 UB NAG . C1 ? ? D ASN 611 D NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? E ASN 87 ND2 ? ? ? 1_555 VB NAG . C1 ? ? E ASN 88 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? E ASN 133 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? E ASN 134 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? E ASN 137 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 138 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale52 covale one ? E ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 145 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? E ASN 155 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? E ASN 156 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? E ASN 159 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? E ASN 160 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? E ASN 187 ND2 ? ? ? 1_555 WB NAG . C1 ? ? E ASN 188 E NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? E ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? E ASN 197 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? E ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? E ASN 234 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale58 covale one ? E ASN 243 ND2 ? ? ? 1_555 XB NAG . C1 ? ? E ASN 241 E NAG 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale59 covale one ? E ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? E ASN 262 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale60 covale one ? E ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 YB NAG . C1 ? ? E ASN 276 E NAG 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale61 covale one ? E ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 ZB NAG . C1 ? ? E ASN 289 E NAG 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale62 covale one ? E ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? E ASN 295 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale63 covale one ? E ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 AC NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale64 covale one ? E ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? E ASN 332 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale65 covale one ? E ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? E ASN 355 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale66 covale one ? E ASN 362 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? E ASN 363 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale67 covale one ? E ASN 385 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? E ASN 386 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale68 covale one ? E ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 BC NAG . C1 ? ? E ASN 394 E NAG 646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale69 covale one ? E ASN 397 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? E ASN 398 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale70 covale one ? E ASN 405 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? E ASN 411 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale71 covale one ? E ASN 442 ND2 ? ? ? 1_555 CC NAG . C1 ? ? E ASN 448 E NAG 653 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale72 covale one ? E ASN 457 ND2 ? ? ? 1_555 DC NAG . C1 ? ? E ASN 463 E NAG 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale73 covale one ? F ASN 101 ND2 ? ? ? 1_555 EC NAG . C1 ? ? F ASN 611 F NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale74 covale one ? F ASN 115 ND2 ? ? ? 1_555 FC NAG . C1 ? ? F ASN 625 F NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? N-Glycosylation covale75 covale one ? F ASN 127 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? F ASN 637 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale76 covale one ? H ASN 42 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? L ASN 24 n NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale77 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale78 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale79 covale both ? I BMA . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale80 covale both ? I MAN . O2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G MAN 4 G NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale81 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I GAL . C1 ? ? G NAG 5 G GAL 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale82 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale83 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale84 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale85 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale86 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale87 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale88 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale89 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale90 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale91 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale92 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale93 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale94 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale95 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale96 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale97 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale98 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? Q NAG 2 Q BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale99 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale100 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale101 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale102 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? 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H TRP 3 790 1 Y 1 L ALA -15 ? H ALA 4 791 1 Y 1 L LEU -14 ? H LEU 5 792 1 Y 1 L LEU -13 ? H LEU 6 793 1 Y 1 L LEU -12 ? H LEU 7 794 1 Y 1 L LEU -11 ? H LEU 8 795 1 Y 1 L THR -10 ? H THR 9 796 1 Y 1 L LEU -9 ? H LEU 10 797 1 Y 1 L LEU -8 ? H LEU 11 798 1 Y 1 L THR -7 ? H THR 12 799 1 Y 1 L GLN -6 ? H GLN 13 800 1 Y 1 L GLY -5 ? H GLY 14 801 1 Y 1 L THR -4 ? H THR 15 802 1 Y 1 L GLY -3 ? H GLY 16 803 1 Y 1 L SER -2 ? H SER 17 804 1 Y 1 L TRP -1 ? H TRP 18 805 1 Y 1 L ALA 0 ? H ALA 19 806 1 Y 1 L GLY 211 ? H GLY 236 807 1 Y 1 L GLY 212 ? H GLY 237 808 1 Y 1 L SER 213 ? H SER 238 809 1 Y 1 L GLY 214 ? H GLY 239 810 1 Y 1 L GLY 215 ? H GLY 240 811 1 Y 1 L HIS 216 ? H HIS 241 812 1 Y 1 L HIS 217 ? H HIS 242 813 1 Y 1 L HIS 218 ? H HIS 243 814 1 Y 1 L HIS 219 ? H HIS 244 815 1 Y 1 L HIS 220 ? H HIS 245 816 1 Y 1 L HIS 221 ? H HIS 246 817 1 Y 1 L HIS 222 ? H HIS 247 818 1 Y 1 L HIS 223 ? H HIS 248 819 1 Y 1 L HIS 224 ? H HIS 249 820 1 Y 1 L HIS 225 ? H HIS 250 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM '(HOCH2)3CNH2' Tris 1 2 150 mM NaCl 'sodium chloride' 1 3 0.05 % 'H(C2H4O)nO(C6H4)C9H19' NP40 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.53 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 1 2 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 3 HEK293T 9606 'Homo sapiens' pVRC-IRES-Puro ? 1 2 HEK293T 9606 'Homo sapiens' pVRC-IRES-Puro ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time 0.125 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 8138 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ;Unbar was used for motion correction, gautomatch for auto picking, relion for 2D classification, e2initialmodel.py for initial model generation, and frealign and relion for 3D alignments and reconstruction. ; SerialEM 3.5.6 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.13.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 14 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'from 2D classification' RELION 2.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0.4 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.0.4 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0.4 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse (stoichiometry of 3:1 gp160:Fab).' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI-100645 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI129721 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero I 5 NAG 1 G NAG 1 A NAG 1340 n I 5 NAG 2 G NAG 2 A NAG 1341 n I 5 BMA 3 G BMA 3 A BMA 1342 n I 5 MAN 4 G MAN 4 A MAN 1347 n I 5 NAG 5 G NAG 5 A NAG 1348 n I 5 GAL 6 G GAL 6 A GAL 1349 n J 6 NAG 1 I NAG 1 A NAG 1600 n J 6 NAG 2 I NAG 2 A NAG 1601 n J 6 BMA 3 I BMA 3 A BMA 1602 n J 6 MAN 4 I MAN 4 A MAN 1603 n J 6 MAN 5 I MAN 5 A MAN 1604 n K 6 NAG 1 J NAG 1 A NAG 1970 n K 6 NAG 2 J NAG 2 A NAG 1971 n K 6 BMA 3 J BMA 3 A BMA 1972 n K 6 MAN 4 J MAN 4 A MAN 1973 n K 6 MAN 5 J MAN 5 A MAN 1974 n L 7 NAG 1 K NAG 1 A NAG 2620 n L 7 NAG 2 K NAG 2 A NAG 2621 n L 7 BMA 3 K BMA 3 A BMA 2622 n M 8 NAG 1 M NAG 1 A NAG 3630 n M 8 NAG 2 M NAG 2 A NAG 3631 n N 7 NAG 1 N NAG 1 A NAG 3860 n N 7 NAG 2 N NAG 2 A NAG 3861 n N 7 BMA 3 N BMA 3 A BMA 3862 n O 8 NAG 1 O NAG 1 B NAG 6110 n O 8 NAG 2 O NAG 2 B NAG 6111 n P 8 NAG 1 P NAG 1 B NAG 6370 n P 8 NAG 2 P NAG 2 B NAG 6371 n Q 7 NAG 1 Q NAG 1 C NAG 1380 n Q 7 NAG 2 Q NAG 2 C NAG 1381 n Q 7 BMA 3 Q BMA 3 C BMA 1382 n R 8 NAG 1 R NAG 1 C NAG 1450 n R 8 NAG 2 R NAG 2 C NAG 1451 n S 7 NAG 1 S NAG 1 C NAG 1560 n S 7 NAG 2 S NAG 2 C NAG 1561 n S 7 BMA 3 S BMA 3 C BMA 1562 n T 9 NAG 1 T NAG 1 C NAG 1601 n T 9 NAG 2 T NAG 2 C NAG 1602 n T 9 FUC 3 T FUC 3 C FUC 1600 n U 8 NAG 1 U NAG 1 C NAG 2620 n U 8 NAG 2 U NAG 2 C NAG 2621 n V 7 NAG 1 V NAG 1 C NAG 3630 n V 7 NAG 2 V NAG 2 C NAG 3631 n V 7 BMA 3 V BMA 3 C BMA 3632 n W 8 NAG 1 W NAG 1 E NAG 1340 n W 8 NAG 2 W NAG 2 E NAG 1341 n X 7 NAG 1 X NAG 1 E NAG 1380 n X 7 NAG 2 X NAG 2 E NAG 1381 n X 7 BMA 3 X BMA 3 E BMA 1382 n Y 7 NAG 1 Y NAG 1 E NAG 1450 n Y 7 NAG 2 Y NAG 2 E NAG 1451 n Y 7 BMA 3 Y BMA 3 E BMA 1452 n Z 8 NAG 1 Z NAG 1 E NAG 1560 n Z 8 NAG 2 Z NAG 2 E NAG 1561 n AA 10 NAG 1 a NAG 1 E NAG 1600 n AA 10 NAG 2 a NAG 2 E NAG 1601 n AA 10 BMA 3 a BMA 3 E BMA 1602 n AA 10 MAN 4 a MAN 4 E MAN 1604 n AA 10 MAN 5 a MAN 5 E MAN 1606 n AA 10 MAN 6 a MAN 6 E MAN 1605 n AA 10 MAN 7 a MAN 7 E MAN 1603 n BA 8 NAG 1 b NAG 1 E NAG 1970 n BA 8 NAG 2 b NAG 2 E NAG 1971 n CA 7 NAG 1 c NAG 1 E NAG 2340 n CA 7 NAG 2 c NAG 2 E NAG 2341 n CA 7 BMA 3 c BMA 3 E BMA 2342 n DA 7 NAG 1 d NAG 1 E NAG 2620 n DA 7 NAG 2 d NAG 2 E NAG 2621 n DA 7 BMA 3 d BMA 3 E BMA 2622 n EA 7 NAG 1 e NAG 1 E NAG 2950 n EA 7 NAG 2 e NAG 2 E NAG 2951 n EA 7 BMA 3 e BMA 3 E BMA 2952 n FA 7 NAG 1 f NAG 1 E NAG 3320 n FA 7 NAG 2 f NAG 2 E NAG 3321 n FA 7 BMA 3 f BMA 3 E BMA 3322 n GA 7 NAG 1 g NAG 1 E NAG 3550 n GA 7 NAG 2 g NAG 2 E NAG 3551 n GA 7 BMA 3 g BMA 3 E BMA 3552 n HA 8 NAG 1 h NAG 1 E NAG 3630 n HA 8 NAG 2 h NAG 2 E NAG 3631 n IA 7 NAG 1 i NAG 1 E NAG 3860 n IA 7 NAG 2 i NAG 2 E NAG 3861 n IA 7 BMA 3 i BMA 3 E BMA 3862 n JA 7 NAG 1 j NAG 1 E NAG 3980 n JA 7 NAG 2 j NAG 2 E NAG 3981 n JA 7 BMA 3 j BMA 3 E BMA 3982 n KA 7 NAG 1 k NAG 1 E NAG 4110 n KA 7 NAG 2 k NAG 2 E NAG 4111 n KA 7 BMA 3 k BMA 3 E BMA 4112 n LA 8 NAG 1 l NAG 1 F NAG 6370 n LA 8 NAG 2 l NAG 2 F NAG 6371 n MA 11 NAG 1 m NAG 1 A NAG 1561 n MA 11 NAG 2 m NAG 2 A NAG 1562 n MA 11 BMA 3 m BMA 3 A BMA 1563 n MA 11 FUC 4 m FUC 4 A FUC 1560 n NA 7 NAG 1 n NAG 1 L NAG 240 n NA 7 NAG 2 n NAG 2 L NAG 241 n NA 7 BMA 3 n BMA 3 L BMA 242 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc GAL 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGalpb GAL 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-galactopyranose GAL 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Galp GAL 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Gal MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide 11 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 8 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 9 'DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 9 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 9 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 16 10 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 17 10 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 18 10 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 19 11 'DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 20 11 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 21 11 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 4 5 5 NAG C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 5 6 GAL C1 O1 5 NAG O4 HO4 sing ? 6 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 9 6 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 10 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 12 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 13 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 14 9 3 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 15 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 16 10 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 17 10 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 18 10 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 19 10 6 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 20 10 7 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 21 11 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 22 11 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 23 11 4 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 NAG 5 n 5 GAL 6 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 FUC 3 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 10 BMA 3 n 10 MAN 4 n 10 MAN 5 n 10 MAN 6 n 10 MAN 7 n 11 NAG 1 n 11 NAG 2 n 11 BMA 3 n 11 FUC 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 12 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ;The (gp160)3:PG16Fab sample came off a Superose 6 increase 10/300 column as a nonodispersed peak at 12.09 mL, consistent with the size of a detergent micelle solubilized gp160 trimer in complex with an Fab. ; 2 1 'gel filtration' 'The PG16Fab sample came off a Superdex 200 increase 20/300 column as a mono dispersed peak.' #