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F CYS 152 SG ? ? ? 1_555 F CYS 208 SG ? ? C CYS 140 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf37 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 95 SG ? ? D CYS 22 D CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf38 disulf ? ? G CYS 152 SG ? ? ? 1_555 G CYS 208 SG ? ? D CYS 140 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf39 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 95 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf40 disulf ? ? H CYS 152 SG ? ? ? 1_555 H CYS 208 SG ? ? H CYS 140 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf41 disulf ? ? I CYS 23 SG ? ? ? 1_555 I CYS 88 SG ? ? B CYS 23 B CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf42 disulf ? ? I CYS 134 SG ? ? ? 1_555 I CYS 194 SG ? ? B CYS 134 B CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf43 disulf ? ? J CYS 23 SG ? ? ? 1_555 J CYS 88 SG ? ? E CYS 23 E CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf44 disulf ? ? J CYS 134 SG ? ? ? 1_555 J CYS 194 SG ? ? E CYS 134 E CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf45 disulf ? ? K CYS 23 SG ? ? ? 1_555 K CYS 88 SG ? ? G CYS 23 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf46 disulf ? ? K CYS 134 SG ? ? ? 1_555 K CYS 194 SG ? ? G CYS 134 G CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf47 disulf ? ? L CYS 23 SG ? ? ? 1_555 L CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf48 disulf ? ? L CYS 134 SG ? ? ? 1_555 L CYS 194 SG ? ? L CYS 134 L CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? covale1 covale one ? A ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? I ASN 144 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 445 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? I ASN 463 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.553 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? M ASN 144 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 445 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? M ASN 463 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? N ASN 144 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.556 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 445 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? N ASN 463 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? D ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? W ASN 144 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? D ASN 445 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W ASN 463 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale10 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale11 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale12 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale13 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale14 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale15 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale16 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale17 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale18 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale19 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale20 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale21 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale22 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale23 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? 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W CA 509 W HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 120 A . ? GLN 138 I PRO 121 A ? PRO 139 I 1 1.31 2 THR 307 A . ? THR 325 I PRO 308 A ? PRO 326 I 1 3.35 3 GLN 120 B . ? GLN 138 M PRO 121 B ? 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PHENIX 1.15.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.15 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 4 NAG 1 F NAG 1 I NAG 700 n M 4 NAG 2 F NAG 2 I NAG 701 n M 4 BMA 3 F BMA 3 I BMA 702 n N 5 NAG 1 J NAG 1 I NAG 703 n N 5 NAG 2 J NAG 2 I NAG 704 n O 4 NAG 1 K NAG 1 I NAG 705 n O 4 NAG 2 K NAG 2 I NAG 706 n O 4 BMA 3 K BMA 3 I BMA 707 n P 4 NAG 1 O NAG 1 M NAG 700 n P 4 NAG 2 O NAG 2 M NAG 701 n P 4 BMA 3 O BMA 3 M BMA 702 n Q 5 NAG 1 P NAG 1 M NAG 703 n Q 5 NAG 2 P NAG 2 M NAG 704 n R 5 NAG 1 Q NAG 1 M NAG 705 n R 5 NAG 2 Q NAG 2 M NAG 706 n S 4 NAG 1 R NAG 1 N NAG 700 n S 4 NAG 2 R NAG 2 N NAG 701 n S 4 BMA 3 R BMA 3 N BMA 702 n T 5 NAG 1 S NAG 1 N NAG 703 n T 5 NAG 2 S NAG 2 N NAG 704 n U 5 NAG 1 T NAG 1 N NAG 705 n U 5 NAG 2 T NAG 2 N NAG 706 n V 4 NAG 1 U NAG 1 W NAG 700 n V 4 NAG 2 U NAG 2 W NAG 701 n V 4 BMA 3 U BMA 3 W BMA 702 n W 5 NAG 1 V NAG 1 W NAG 703 n W 5 NAG 2 V NAG 2 W NAG 704 n X 4 NAG 1 X NAG 1 W NAG 705 n X 4 NAG 2 X NAG 2 W NAG 706 n X 4 BMA 3 X BMA 3 W BMA 707 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 BMA ? ? BMA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 CA ? ? CA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 NAG ? ? NAG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 'CALCIUM ION' CA 7 beta-D-mannopyranose BMA 8 water HOH # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #