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YRNDKNGIIHTTIGKVDFDADKLKENLEALLVALKKAKPTQAKGVYIKKVSISTTMGAGVAVD ; ;KLTKRMRVIREKVDATKQYDINEAIALLKELATAKFVESVDVAVNLGIDARKSDQNVRGATVLPHGTGRSVRVAVFTQGA NAEAAKAAGAELVGMEDLADQIKKGEMNFDVVIASPDAMRVVGQLGQVLGPRGLMPNPKVGTVTPNVAEAVKNAKAGQVR YRNDKNGIIHTTIGKVDFDADKLKENLEALLVALKKAKPTQAKGVYIKKVSISTTMGAGVAVD ; a ? 31 polyribonucleotide no no ;GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCG GUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGA AUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCC AGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGA UACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUG AAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAA GAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGC GUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUC 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_exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6WNT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6WNT _struct.title '50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6WNT _struct_keywords.text 'Ribosome, 23S-cp5S rRNA, engineering' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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17 ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; 1 18 UNP RL23_ECOLI P0ADZ0 ? 18 ;MIREERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDW KKAYVTLKEGQNL ; 1 19 UNP RL24_ECOLI P60624 ? 19 ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETI ; 2 20 UNP RL25_ECOLI P68919 ? 20 ;MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNMQAKAEFYSEVLTIVVDGKEIKVKAQDVQRH PYKPKLQHIDFVRA ; 1 21 UNP RL27_ECOLI P0A7L8 ? 21 RNGRDSEAKRLGVKRFGGESVLAGSIIVRQRGTKFHAGANVGCGRDHTLFAKADGKVKFEVKGPKNRKFISIEAE 11 22 UNP RL28_ECOLI P0A7M2 ? 22 SRVCQVTGKRPVTGNNRSHALNATKRRFLPNLHSHRFWVESEKRFVTLRVSAKGMRVIDKKGIDTVLAELRARGEKY 2 23 UNP RL29_ECOLI P0A7M6 ? 23 MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEKAGA 1 24 UNP RL30_ECOLI P0AG51 ? 24 AKTIKITQTRSAIGRLPKHKATLLGLGLRRIGHTVEREDTPAIRGMINAVSFMVKVEE 2 25 UNP RL31_ECOLI P0A7M9 ? 25 MKKDIHPKYEEITASCSCGNVMKIRSTVGHDLNLDVCSKCHPFFTGKQRDVATGGRVDRFNKRFNIPGSK 1 26 UNP RL32_ECOLI P0A7N4 ? 26 AVQQNKPTRSKRGMRRSHDALTAVTSLSVDKTSGEKHLRHHITADGYYRGRKVIAK 2 27 UNP RL34_ECOLI P0A7P5 ? 27 MKRTFQPSVLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVSK 1 28 UNP RL35_ECOLI P0A7Q1 ? 28 PKIKTVRGAAKRFKKTGKGGFKHKHANLRHILTKKATKRKRHLRPKAMVSKGDLGLVIACLPYA 2 29 UNP RL36_ECOLI P0A7Q6 ? 29 MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG 1 30 UNP RL1_ECOLI P0A7L0 ? 30 ;KLTKRMRVIREKVDATKQYDINEAIALLKELATAKFVESVDVAVNLGIDARKSDQNVRGATVLPHGTGRSVRVAVFTQGA NAEAAKAAGAELVGMEDLADQIKKGEMNFDVVIASPDAMRVVGQLGQVLGPRGLMPNPKVGTVTPNVAEAVKNAKAGQVR YRNDKNGIIHTTIGKVDFDADKLKENLEALLVALKKAKPTQAKGVYIKKVSISTTMGAGVAVD ; 3 31 PDB 6WNT 6WNT ? 31 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6WNT b 1 ? 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P0A7L0 3 ? 225 ? 3 225 31 31 6WNT 4 1 ? 3031 ? 6WNT 1 ? 3031 ? 1 3031 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 31-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 31 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'mass spectrometry' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE A 29 ? PRO A 31 ? PHE b 29 PRO b 31 5 ? 3 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 132 ? ILE A 134 ? ARG b 132 ILE b 134 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 206 ? TRP A 212 ? LYS b 206 TRP b 212 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 THR B 61 ? GLY B 72 ? THR c 61 GLY c 72 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 97 ? VAL B 104 ? SER c 97 VAL c 104 5 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY B 120 ? ASN B 126 ? GLY c 120 ASN c 126 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 AA7 SER C 15 ? GLY C 20 ? SER d 15 GLY d 20 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN C 24 ? GLY C 38 ? ASN d 24 GLY d 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN C 97 ? GLN C 115 ? ASN d 97 GLN d 115 1 ? 19 HELX_P HELX_P10 AB1 LYS C 130 ? LYS C 139 ? LYS d 130 LYS d 139 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP C 154 ? ALA C 161 ? ASP d 154 ALA d 161 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 THR C 173 ? ILE C 175 ? THR d 173 ILE d 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 176 ? PHE C 183 ? ASP d 176 PHE d 183 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA C 190 ? LEU C 200 ? ALA d 190 LEU d 200 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 LYS D 2 ? PHE D 19 ? LYS e 2 PHE e 19 1 ? 18 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY D 40 ? ALA D 44 ? GLY e 40 ALA e 44 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP D 45 ? SER D 60 ? ASP e 45 SER e 60 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 92 ? ALA D 106 ? GLY e 92 ALA e 106 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 VAL D 107 ? ILE D 110 ? VAL e 107 ILE e 110 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 SER D 161 ? ALA D 170 ? SER e 161 ALA e 170 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA D 171 ? ASP D 173 ? ALA e 171 ASP e 173 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP E 59 ? GLY E 81 ? ASP f 59 GLY f 81 1 ? 23 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP E 136 ? TYR E 150 ? ASP f 136 TYR f 150 1 ? 15 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS F 22 ? PHE F 29 ? LYS g 22 PHE g 29 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 40 ? ALA F 49 ? THR g 40 ALA g 49 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU G 3 ? ALA G 19 ? LEU h 3 ALA h 19 1 ? 17 HELX_P HELX_P27 AC9 VAL G 33 ? MET G 38 ? VAL h 33 MET h 38 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 39 ? ARG G 46 ? THR h 39 ARG h 46 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 CYS G 71 ? GLY G 78 ? CYS h 71 GLY h 78 5 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 PHE G 96 ? LYS G 101 ? PHE h 96 LYS h 101 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO H 19 ? GLY H 24 ? PRO i 19 GLY i 24 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 AD5 MET H 35 ? ALA H 43 ? MET i 35 ALA i 43 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO H 74 ? GLY H 84 ? PRO i 74 GLY i 84 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 101 ? ALA H 113 ? SER i 101 ALA i 113 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP H 120 ? SER H 134 ? ASP i 120 SER i 134 1 ? 15 HELX_P HELX_P36 AD9 THR I 24 ? GLY I 38 ? THR j 24 GLY j 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN I 58 ? VAL I 62 ? ASN j 58 VAL j 62 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN I 67 ? LYS I 72 ? ASN j 67 LYS j 72 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 THR I 88 ? ARG I 96 ? THR j 88 ARG j 96 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU I 98 ? MET I 108 ? GLU j 98 MET j 108 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY I 112 ? LYS I 121 ? GLY j 112 LYS j 121 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 AE6 HIS I 132 ? GLN I 136 ? HIS j 132 GLN j 136 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 PHE J 112 ? LEU J 118 ? 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EA A 3007 N7 ? ? ? 1_555 EA A 3010 N6 ? ? 4 A 3007 4 A 3010 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 7 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 7 ? AC4 ? 7 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 6 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 6 ? AE1 ? 4 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 3 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? parallel AC1 3 4 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC3 6 7 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD6 5 6 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 2 ? 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