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'Canine morbillivirus' 11232 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 438 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Canine morbillivirus' 11232 ? ? ? ? ? ? ? Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q9YKL7_9MONO Q9YKL7 ? 1 ;QIHWNNLSTIGIIGTDSVHYKIMTRPSHQYLVIKLMPNVSLIDNCTKAELGEYEKLLNSVLEPINQALTLMTKNVKPLQS VGSGRRQRR ; 136 2 UNP Q9YKL7_9MONO Q9YKL7 ? 2 ;FAGVVLAGAALGVATAAQITAGIALHQSNLNAQAIQSLRTSLEQSNKAIEEIREATQETVIAVQGVQDYVNNELVPAMQH MSCELVGQRLGLKLLRYYTELLSIFGPSLRDPISAEISIQALSYALGGEIHKILEKLGYSGNDMIAILESRGIKTKITHV DLPGKLIILSISYPTLSEVKGVIVHRLEAVSYNIGSQEWYTTVPRYVATNGYLISNFDESPCVFVSESAICSQNSLYPMS PLLQQCIRGDTSSCARTLVSGTMGNKFILSKGNIVANCASILCKCYSTGTIINQSPDKLLTFIASDTCPLVEIDGVTIQV GGRQYPDMVYESKVALGPAISLERLDVGTNLGNALKKLDDAKVLIDSSNQILETVRRSSFNFGSLLSVPILICTALALLL LIYCCKRRYQQTLKQNAKVDPTFKPDLTGTSKSYVRSL ; 225 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6XYE A 1 ? 89 ? Q9YKL7 136 ? 224 ? 136 224 2 2 6XYE B 1 ? 438 ? Q9YKL7 225 ? 662 ? 225 662 3 1 6XYE C 1 ? 89 ? Q9YKL7 136 ? 224 ? 136 224 4 2 6XYE D 1 ? 438 ? Q9YKL7 225 ? 662 ? 225 662 5 1 6XYE E 1 ? 89 ? Q9YKL7 136 ? 224 ? 136 224 6 2 6XYE F 1 ? 438 ? Q9YKL7 225 ? 662 ? 225 662 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6XYE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6XYE _struct.title 'Cryo-EM structure of the prefusion state of canine distemper virus fusion protein ectodomain' _struct.pdbx_descriptor 'Fusion glycoprotein F0' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6XYE _struct_keywords.text 'fusion protein, prefusion state, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 TRP A 4 ? LEU A 7 ? TRP A 139 LEU A 142 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 2 SER A 40 ? ILE A 42 ? SER A 175 ILE A 177 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 3 LYS A 47 ? THR A 72 ? LYS A 182 THR A 207 1 ? 26 HELX_P HELX_P4 4 GLY B 8 ? LEU B 11 ? GLY B 232 LEU B 235 1 ? 4 HELX_P HELX_P5 5 ALA B 16 ? GLN B 27 ? ALA B 240 GLN B 251 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 6 GLN B 36 ? GLN B 44 ? GLN B 260 GLN B 268 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 7 GLN B 67 ? ASN B 72 ? GLN B 291 ASN B 296 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 PRO B 76 ? HIS B 80 ? PRO B 300 HIS B 304 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 9 CYS B 83 ? ILE B 104 ? CYS B 307 ILE B 328 1 ? 22 HELX_P HELX_P10 10 HIS B 131 ? LYS B 136 ? HIS B 355 LYS B 360 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 11 MET B 144 ? LEU B 148 ? MET B 368 LEU B 372 1 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 PRO B 241 ? GLY B 249 ? PRO B 465 GLY B 473 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 13 ARG B 344 ? LEU B 358 ? ARG B 568 LEU B 582 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 14 TRP C 4 ? LEU C 7 ? TRP C 139 LEU C 142 5 ? 4 HELX_P HELX_P15 15 SER C 40 ? ILE C 42 ? SER C 175 ILE C 177 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 16 LYS C 47 ? THR C 72 ? LYS C 182 THR C 207 1 ? 26 HELX_P HELX_P17 17 GLY D 8 ? LEU D 11 ? GLY D 232 LEU D 235 1 ? 4 HELX_P HELX_P18 18 ALA D 16 ? GLN D 27 ? ALA D 240 GLN D 251 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 19 GLN D 36 ? GLN D 44 ? GLN D 260 GLN D 268 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 20 GLN D 67 ? ASN D 72 ? GLN D 291 ASN D 296 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 21 PRO D 76 ? HIS D 80 ? PRO D 300 HIS D 304 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 22 CYS D 83 ? ILE D 104 ? CYS D 307 ILE D 328 1 ? 22 HELX_P HELX_P23 23 HIS D 131 ? LYS D 136 ? HIS D 355 LYS D 360 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 MET D 144 ? LEU D 148 ? MET D 368 LEU D 372 1 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 PRO D 241 ? GLY D 249 ? PRO D 465 GLY D 473 1 ? 9 HELX_P HELX_P26 26 ARG D 344 ? LEU D 358 ? ARG D 568 LEU D 582 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 27 TRP E 4 ? LEU E 7 ? TRP E 139 LEU E 142 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 28 SER E 40 ? ILE E 42 ? SER E 175 ILE E 177 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 29 LYS E 47 ? THR E 72 ? LYS E 182 THR E 207 1 ? 26 HELX_P HELX_P30 30 GLY F 8 ? LEU F 11 ? GLY F 232 LEU F 235 1 ? 4 HELX_P HELX_P31 31 ALA F 16 ? GLN F 27 ? ALA F 240 GLN F 251 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 32 GLN F 36 ? GLN F 44 ? GLN F 260 GLN F 268 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 33 GLN F 67 ? ASN F 72 ? GLN F 291 ASN F 296 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 34 PRO F 76 ? HIS F 80 ? PRO F 300 HIS F 304 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 CYS F 83 ? ILE F 104 ? CYS F 307 ILE F 328 1 ? 22 HELX_P HELX_P36 36 HIS F 131 ? LYS F 136 ? HIS F 355 LYS F 360 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 37 MET F 144 ? LEU F 148 ? MET F 368 LEU F 372 1 ? 5 HELX_P HELX_P38 38 PRO F 241 ? GLY F 249 ? PRO F 465 GLY F 473 1 ? 9 HELX_P HELX_P39 39 ARG F 344 ? LEU F 358 ? ARG F 568 LEU F 582 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? A CYS 45 SG ? ? ? 1_555 B CYS 83 SG ? ? A CYS 180 B CYS 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? disulf2 disulf ? ? B CYS 222 SG ? ? ? 1_555 B CYS 231 SG ? ? B CYS 446 B CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? disulf3 disulf ? ? B CYS 246 SG ? ? ? 1_555 B CYS 254 SG ? ? B CYS 470 B CYS 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? disulf4 disulf ? ? B CYS 278 SG ? ? ? 1_555 B CYS 283 SG ? ? B CYS 502 B CYS 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf5 disulf ? ? B CYS 285 SG ? ? ? 1_555 B CYS 308 SG ? ? B CYS 509 B CYS 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf6 disulf ? ? C CYS 45 SG ? ? ? 1_555 D CYS 83 SG ? ? C CYS 180 D CYS 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? disulf7 disulf ? ? D CYS 222 SG ? ? ? 1_555 D CYS 231 SG ? ? D CYS 446 D CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf8 disulf ? ? D CYS 246 SG ? ? ? 1_555 D CYS 254 SG ? ? D CYS 470 D CYS 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? disulf9 disulf ? ? D CYS 278 SG ? ? ? 1_555 D CYS 283 SG ? ? D CYS 502 D CYS 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf10 disulf ? ? D CYS 285 SG ? ? ? 1_555 D CYS 308 SG ? ? D CYS 509 D CYS 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf11 disulf ? ? E CYS 45 SG ? ? ? 1_555 F CYS 83 SG ? ? E CYS 180 F CYS 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? disulf12 disulf ? ? F CYS 222 SG ? ? ? 1_555 F CYS 231 SG ? ? F CYS 446 F CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf13 disulf ? ? F CYS 246 SG ? ? ? 1_555 F CYS 254 SG ? ? F CYS 470 F CYS 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf14 disulf ? ? F CYS 278 SG ? ? ? 1_555 F CYS 283 SG ? ? F CYS 502 F CYS 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf15 disulf ? ? F CYS 285 SG ? ? ? 1_555 F CYS 308 SG ? ? F CYS 509 F CYS 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 2 ? C ? 3 ? D ? 2 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 3 ? H ? 3 ? I ? 6 ? J ? 2 ? K ? 3 ? L ? 2 ? M ? 2 ? N ? 2 ? O ? 3 ? P ? 3 ? Q ? 6 ? R ? 2 ? S ? 3 ? T ? 2 ? U ? 2 ? V ? 2 ? W ? 3 ? X ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? anti-parallel I 5 6 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? parallel Q 3 4 ? anti-parallel Q 4 5 ? anti-parallel Q 5 6 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 CYS B 222 ? 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