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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 97 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 'Biological sequence' 1 78 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 'Biological sequence' 1 105 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 'Biological sequence' 1 93 'African clawed frog' ? XELAEV_18032686mg ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 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6 ;KVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYG FGG ; 21 8 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 7 ;TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNK LLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; 17 9 UNP A0A1L8FQA5_XENLA A0A1L8FQA5 ? 8 ;KTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHA VSEGTKAVTKYTSAK ; 32 10 UNP H32_XENLA P84233 ? 9 ;HRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVT IMPKDIQLARRIRGERA ; 40 11 UNP H4_XENLA P62799 ? 10 NIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG 26 12 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 11 ;AKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEEL NKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; 15 13 UNP A0A1L8FQ56_XENLA A0A1L8FQ56 ? 12 ;TRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAV SEGTKAVTKYTSA ; 33 14 PDB 6Z6P 6Z6P ? 13 ? 1 15 PDB 6Z6P 6Z6P ? 14 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6Z6P K 1 ? 661 ? 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A0A1L8FQ56 33 ? 125 ? 29 121 14 14 6Z6P I 1 ? 145 ? 6Z6P -72 ? 72 ? -72 72 15 15 6Z6P J 1 ? 145 ? 6Z6P -72 ? 72 ? -72 72 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 10 6Z6P ALA E 64 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 1 12 6Z6P ARG G 86 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.6059 ? 44900 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0874 ? 5058 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0107 ? 4730 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 25.0601 ? 12645 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6Z6P _struct.title HDAC-PC-Nuc _struct.pdbx_descriptor ;Histone deacetylase HDA1, HDA1 complex subunit 3,HDA1 complex subunit 3, HDA1 complex subunit 2, Histone H3, Histone H4, Histone H2A, Histone H2B, Histone H3.2, Histone H2A type 1/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Z6P _struct_keywords.text 'Protein complex, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? 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PRO 202 L 1 -6.58 4 TYR 248 B . ? TYR 276 L PRO 249 B ? PRO 277 L 1 -1.93 5 ASN 611 D . ? ASN 620 N ASP 612 D ? ASP 621 N 1 -0.94 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? 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THR F 80 VAL F 81 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O LEU A 80 ? 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B ARG 488 NH2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 K CYS 440 ? A CYS 401 2 1 Y 1 K ASN 441 ? A ASN 402 3 1 Y 1 K PHE 442 ? A PHE 403 4 1 Y 1 K ASN 443 ? A ASN 404 5 1 Y 1 K GLU 444 ? A GLU 405 6 1 Y 1 K GLU 659 ? A GLU 620 7 1 Y 1 K ASN 660 ? A ASN 621 8 1 Y 1 K GLU 661 ? A GLU 622 9 1 Y 1 K SER 662 ? A SER 623 10 1 Y 1 K ARG 663 ? A ARG 624 11 1 Y 1 L TRP 657 ? B TRP 629 12 1 Y 1 L LYS 658 ? B LYS 630 13 1 Y 1 L GLU 659 ? B GLU 631 14 1 Y 1 L ASN 660 ? B ASN 632 15 1 Y 1 L GLU 661 ? B GLU 633 16 1 Y 1 L SER 662 ? 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D GLU 52 50 1 Y 1 N THR 62 ? D THR 53 51 1 Y 1 N HIS 63 ? D HIS 54 52 1 Y 1 N PRO 64 ? D PRO 55 53 1 Y 1 N TYR 65 ? D TYR 56 54 1 Y 1 N GLU 132 ? D GLU 123 55 1 Y 1 N GLY 133 ? D GLY 124 56 1 Y 1 N SER 134 ? D SER 125 57 1 Y 1 N LEU 183 ? D LEU 174 58 1 Y 1 N PRO 184 ? D PRO 175 59 1 Y 1 N THR 185 ? D THR 176 60 1 Y 1 N VAL 186 ? D VAL 177 61 1 Y 1 N ASP 187 ? D ASP 178 62 1 Y 1 N SER 188 ? D SER 179 63 1 Y 1 N THR 189 ? D THR 180 64 1 Y 1 N ILE 190 ? D ILE 181 65 1 Y 1 N ASN 191 ? D ASN 182 66 1 Y 1 N LYS 192 ? D LYS 183 67 1 Y 1 N ASP 193 ? D ASP 184 68 1 Y 1 N GLY 194 ? D GLY 185 69 1 Y 1 N THR 195 ? D THR 186 70 1 Y 1 N PRO 196 ? D PRO 187 71 1 Y 1 N ASN 197 ? D ASN 188 72 1 Y 1 N SER 198 ? D SER 189 73 1 Y 1 N VAL 199 ? D VAL 190 74 1 Y 1 N SER 200 ? D SER 191 75 1 Y 1 N SER 201 ? D SER 192 76 1 Y 1 N THR 202 ? D THR 193 77 1 Y 1 N SER 203 ? D SER 194 78 1 Y 1 N SER 204 ? D SER 195 79 1 Y 1 N ASN 205 ? D ASN 196 80 1 Y 1 N SER 206 ? D SER 197 81 1 Y 1 N ASN 207 ? 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D LYS 603 113 1 Y 1 N LYS 613 ? D LYS 604 114 1 Y 1 N GLU 614 ? D GLU 605 115 1 Y 1 N LEU 615 ? D LEU 606 116 1 Y 1 N GLU 616 ? D GLU 607 117 1 Y 1 N ARG 617 ? D ARG 608 118 1 Y 1 N LEU 618 ? D LEU 609 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' ? ? 3 3 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 4 4 ? ? 45202 ? ? 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PHENIX ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cisTEM 1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6Z6P 'double helix' 6Z6P 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M DA 1 1_555 N DT 145 1_555 -0.006 -0.640 1.531 5.638 9.396 2.329 1 I_DA-72:DT72_J I -72 ? 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