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UACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACC GGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGG UAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACC GCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAU UCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGU GAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCC UUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUC AUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGA CCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCA GAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUA GCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACC UGCGGUUGGAUCACCUCCUUA ; 1 ? 2 'polypeptide(L)' no no 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;MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRL MDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; ;MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRL MDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; M ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; N ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTY RGHAADKKAKKK ; ;MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTY RGHAADKKAKKK ; S ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 'MAGNESIUM ION' MG 11 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 A n 1 2 A n 1 3 A n 1 4 U n 1 5 U n 1 6 G n 1 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S . n I 9 85 ALA 85 85 ? ? ? S . n I 9 86 ASP 86 86 ? ? ? S . n I 9 87 LYS 87 87 ? ? ? S . n I 9 88 LYS 88 88 ? ? ? S . n I 9 89 ALA 89 89 ? ? ? S . n I 9 90 LYS 90 90 ? ? ? S . n I 9 91 LYS 91 91 ? ? ? S . n I 9 92 LYS 92 92 ? ? ? S . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 10 MG 1 1601 1 MG MG 1 . K 10 MG 1 1602 2 MG MG 1 . L 10 MG 1 1603 3 MG MG 1 . M 10 MG 1 1604 5 MG MG 1 . N 10 MG 1 1605 7 MG MG 1 . O 10 MG 1 1606 12 MG MG 1 . P 10 MG 1 1607 13 MG MG 1 . Q 10 MG 1 1608 14 MG MG 1 . R 10 MG 1 1609 15 MG MG 1 . S 10 MG 1 1610 16 MG MG 1 . T 10 MG 1 1611 17 MG MG 1 . U 10 MG 1 1612 21 MG MG 1 . V 11 ZN 1 301 301 ZN ZN B . # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7AFK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7AFK _struct.title 'Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state D (head domain)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7AFK _struct_keywords.text 'Cryo-EM, 30S biogenesis, ribosome assembly, RbfA, RsgA, YjeQ, RimP, KsgA, RsmA, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? 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C3SQW2 1 ? 92 ? 1 92 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 36960 ? 1 MORE -394 ? 1 'SSA (A^2)' 97880 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER B 5 ? 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ALA C 113 ARG C 126 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 MET C 129 ? GLY C 145 ? MET C 129 GLY C 145 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU D 21 ? MET D 31 ? GLU G 21 MET G 31 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 AB9 LYS D 35 ? SER D 54 ? LYS G 35 SER G 54 1 ? 20 HELX_P HELX_P19 AC1 SER D 57 ? ARG D 70 ? SER G 57 ARG G 70 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG D 92 ? GLY D 112 ? ARG G 92 GLY G 112 1 ? 21 HELX_P HELX_P21 AC3 SER D 115 ? GLU D 129 ? SER G 115 GLU G 129 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 AC4 THR D 133 ? ASN D 148 ? THR G 133 ASN G 148 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU E 35 ? PHE E 39 ? LEU I 35 PHE I 39 1 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 ARG E 41 ? ASP E 56 ? ARG I 41 ASP I 56 1 ? 16 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY E 71 ? GLU E 92 ? GLY I 71 GLU I 92 1 ? 22 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU E 94 ? GLY E 102 ? LEU I 94 GLY I 102 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP F 14 ? THR F 32 ? ASP J 14 THR J 32 1 ? 19 HELX_P HELX_P28 AD1 THR F 80 ? ARG F 89 ? THR J 80 ARG J 89 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 HIS G 14 ? SER G 21 ? 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A A 935 N1 ? ? ? 1_555 A U 1380 N3 ? ? 1 A 935 1 U 1380 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A A 935 N6 ? ? ? 1_555 A U 1380 O4 ? ? 1 A 935 1 U 1380 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A A 935 N3 ? ? ? 1_555 A C 1383 N4 ? ? 1 A 935 1 C 1383 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A C 936 N3 ? ? ? 1_555 A G 1379 N1 ? ? 1 C 936 1 G 1379 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A C 936 N4 ? ? ? 1_555 A G 1379 O6 ? ? 1 C 936 1 G 1379 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A C 936 O2 ? ? ? 1_555 A G 1379 N2 ? ? 1 C 936 1 G 1379 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A A 937 N3 ? ? ? 1_555 A C 1378 N4 ? ? 1 A 937 1 C 1378 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 940 N3 ? ? ? 1_555 A G 1343 N2 ? ? 1 C 940 1 G 1343 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 940 O2 ? ? ? 1_555 A G 1343 N1 ? ? 1 C 940 1 G 1343 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A G 941 N1 ? ? ? 1_555 A C 1342 N3 ? ? 1 G 941 1 C 1342 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A G 941 N2 ? ? ? 1_555 A C 1342 O2 ? ? 1 G 941 1 C 1342 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A G 941 O6 ? ? ? 1_555 A C 1342 N4 ? ? 1 G 941 1 C 1342 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 942 N1 ? ? ? 1_555 A U 1341 O2 ? ? 1 G 942 1 U 1341 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A G 942 O6 ? ? ? 1_555 A U 1341 N3 ? ? 1 G 942 1 U 1341 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A U 943 N3 ? ? ? 1_555 A A 1340 N1 ? ? 1 U 943 1 A 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A U 943 O4 ? ? ? 1_555 A A 1340 N6 ? ? 1 U 943 1 A 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A U 943 N3 ? ? ? 1_555 A U 1341 O2 ? ? 1 U 943 1 U 1341 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_16_PAIR ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? 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'G-U MISPAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 "O2'" ? 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