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E ASN 349 ND2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7AO9 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7AO9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7AO9 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7AO9 _struct.title 'Structure of the core MTA1/HDAC1/MBD2 NURD deacetylase complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7AO9 _struct_keywords.text 'Deacetylase, Complex, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 6 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MBD2_HUMAN Q9UBB5 ? 1 ;MRAHPGGGRCCPEQEEGESAAGGSGAGGDSAIEQGGQGSALAPSPVSGVRREGARGGGRGRGRWKQAGRGGGVCGRGRGR GRGRGRGRGRGRGRGRPPSGGSGLGGDGGGCGGGGSGGGGAPRREPVPFPSGSAGPGPRGPRATESGKRMDCPALPPGWK KEEVIRKSGLSAGKSDVYYFSPSGKKFRSKPQLARYLGNTVDLSSFDFRTGKMMPSKLQKNKQRLRNDPLNQNKGKPDLN TTLPIRQTASIFKQPVTKVTNHPSNKVKSDPQRMNEQPRQLFWEKRLQGLSASDVTEQIIKTMELPKGLQGVGPGSNDET LLSAVASALHTSSAPITGQVSAAVEKNPAVWLNTSQPLCKAFIVTDEDIRKQEERVQQVRKKLEEALMADILSRAADTEE MDIEMDSGDEA ; 1 2 UNP MTA1_HUMAN Q13330 ? 2 ;MAANMYRVGDYVYFENSSSNPYLIRRIEELNKTANGNVEAKVVCFYRRRDISSTLIALADKHATLSVCYKAGPGADNGEE GEIEEEMENPEMVDLPEKLKHQLRHRELFLSRQLESLPATHIRGKCSVTLLNETESLKSYLEREDFFFYSLVYDPQQKTL LADKGEIRVGNRYQADITDLLKEGEEDGRDQSRLETQVWEAHNPLTDKQIDQFLVVARSVGTFARALDCSSSVRQPSLHM SAAAASRDITLFHAMDTLHKNIYDISKAISALVPQGGPVLCRDEMEEWSASEANLFEEALEKYGKDFTDIQQDFLPWKSL TSIIEYYYMWKTTDRYVQQKRLKAAEAESKLKQVYIPNYNKPNPNQISVNNVKAGVVNGTGAPGQSPGAGRACESCYTTQ SYQWYSWGPPNMQCRLCASCWTYWKKYGGLKMPTRLDGERPGPNRSNMSPHGLPARSSGSPKFAMKTRQAFYLHTTKLTR IARRLCREILRPWHAARHPYLPINSAAIKAECTARLPEASQSPLVLKQAVRKPLEAVLRYLETHPRPPKPDPVKSVSSVL SSLTPAKVAPVINNGSPTILGKRSYEQHNGVDGNMKKRLLMPSRGLANHGQARHMGPSRNLLLNGKSYPTKVRLIRGGSL PPVKRRRMNWIDAPDDVFYMATEETRKIRKLLSSSETKRAARRPYKPIALRQSQALPPRPPPPAPVNDEPIVIED ; 1 3 UNP HDAC1_HUMAN Q13547 ? 3 ;MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIR PDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAI LELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAI FKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVAL DTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDD PDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVK LA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7AO9 C 1 ? 411 ? Q9UBB5 1 ? 411 ? 1 411 2 2 7AO9 D 1 ? 715 ? Q13330 1 ? 715 ? 1 715 3 3 7AO9 E 1 ? 482 ? Q13547 1 ? 482 ? 1 482 4 2 7AO9 A 1 ? 715 ? Q13330 1 ? 715 ? 1 715 5 3 7AO9 B 1 ? 482 ? Q13547 1 ? 482 ? 1 482 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 16280 ? 1 MORE -154 ? 1 'SSA (A^2)' 45060 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' 'A flag tag on MTA1 was used to purify the complex.' 2 1 'gel filtration' 'Superose 6 column (GE Healthcare, UK)' 3 1 'light scattering' 'Determined with an Optilab T-rEX differential Refractive Index detector coupled to a DAWN HELEOS MALS detector (Wyatt Technology)' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 189 ? GLY A 198 ? SER C 189 GLY C 198 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 199 ? VAL A 201 ? ASN C 199 VAL C 201 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP B 190 ? ARG B 193 ? ASP D 190 ARG D 193 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 THR B 206 ? LEU B 227 ? THR D 206 LEU D 227 1 ? 22 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU B 238 ? SER B 246 ? LEU D 238 SER D 246 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 ARG B 247 ? ASN B 261 ? ARG D 247 ASN D 261 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP B 264 ? VAL B 273 ? ASP D 264 VAL D 273 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP B 283 ? TRP B 288 ? ASP D 283 TRP D 288 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 SER B 289 ? GLY B 304 ? SER D 289 GLY D 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP B 306 ? PHE B 314 ? ASP D 306 PHE D 314 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 SER B 319 ? LYS B 331 ? SER D 319 LYS D 331 1 ? 13 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP C 16 ? ASN C 21 ? ASP E 16 ASN E 21 5 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO C 32 ? TYR C 45 ? PRO E 32 TYR E 45 1 ? 14 HELX_P HELX_P14 AB5 LEU C 47 ? MET C 51 ? LEU E 47 MET E 51 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN C 60 ? THR C 65 ? ASN E 60 THR E 65 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 SER C 69 ? ILE C 79 ? SER E 69 ILE E 79 1 ? 11 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN C 83 ? PHE C 94 ? ASN E 83 PHE E 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY C 105 ? LYS C 126 ? GLY E 105 LYS E 126 1 ? 22 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN C 154 ? LEU C 164 ? ASN E 154 LEU E 164 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY C 180 ? PHE C 187 ? GLY E 180 PHE E 187 1 ? 8 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA C 216 ? LYS C 220 ? ALA E 216 LYS E 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP C 233 ? GLN C 253 ? ASP E 233 GLN E 253 1 ? 21 HELX_P HELX_P23 AC5 THR C 277 ? PHE C 291 ? THR E 277 PHE E 291 1 ? 15 HELX_P HELX_P24 AC6 THR C 304 ? LEU C 320 ? THR E 304 LEU E 320 1 ? 17 HELX_P HELX_P25 AC7 TYR C 333 ? PHE C 337 ? TYR E 333 PHE E 337 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 THR C 355 ? MET C 372 ? THR E 355 MET E 372 1 ? 18 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP D 190 ? ARG D 193 ? ASP A 190 ARG A 193 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 AD1 THR D 206 ? LEU D 227 ? THR A 206 LEU A 227 1 ? 22 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU D 238 ? SER D 246 ? LEU A 238 SER A 246 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 ARG D 247 ? ASN D 261 ? ARG A 247 ASN A 261 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP D 264 ? VAL D 273 ? ASP A 264 VAL A 273 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP D 283 ? TRP D 288 ? ASP A 283 TRP A 288 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 SER D 289 ? GLY D 304 ? SER A 289 GLY A 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP D 306 ? PHE D 314 ? ASP A 306 PHE A 314 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 AD8 SER D 319 ? LYS D 331 ? SER A 319 LYS A 331 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP E 16 ? ASN E 21 ? ASP B 16 ASN B 21 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO E 32 ? TYR E 45 ? PRO B 32 TYR B 45 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU E 47 ? MET E 51 ? LEU B 47 MET B 51 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN E 60 ? THR E 65 ? ASN B 60 THR B 65 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 SER E 69 ? ILE E 79 ? SER B 69 ILE B 79 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN E 83 ? PHE E 94 ? ASN B 83 PHE B 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY E 105 ? LYS E 126 ? GLY B 105 LYS B 126 1 ? 22 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN E 154 ? LEU E 164 ? ASN B 154 LEU B 164 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 AE8 GLY E 180 ? PHE E 187 ? GLY B 180 PHE B 187 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 AE9 ALA E 216 ? LYS E 220 ? ALA B 216 LYS B 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP E 233 ? GLN E 253 ? ASP B 233 GLN B 253 1 ? 21 HELX_P HELX_P47 AF2 THR E 277 ? PHE E 291 ? THR B 277 PHE B 291 1 ? 15 HELX_P HELX_P48 AF3 THR E 304 ? LEU E 320 ? THR B 304 LEU B 320 1 ? 17 HELX_P HELX_P49 AF4 TYR E 333 ? PHE E 337 ? TYR B 333 PHE B 337 5 ? 5 HELX_P HELX_P50 AF5 THR E 355 ? MET E 372 ? THR B 355 MET B 372 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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E SER 197 E K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? ? metalc11 metalc ? ? C PHE 198 O ? ? ? 1_555 H K . K ? ? E PHE 198 E K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? ? metalc12 metalc ? ? C ASP 264 OD2 ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? E ASP 264 E ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.930 ? ? metalc13 metalc ? ? E ASP 174 O ? ? ? 1_555 L K . K ? ? B ASP 174 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.001 ? ? metalc14 metalc ? ? E ASP 174 OD1 ? ? ? 1_555 L K . K ? ? B ASP 174 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? ? metalc15 metalc ? ? E ASP 176 OD1 ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? B ASP 176 B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? ? metalc16 metalc ? ? E ASP 176 O ? ? ? 1_555 L K . K ? ? B ASP 176 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.450 ? ? metalc17 metalc ? ? E HIS 178 ND1 ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? B HIS 178 B ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? ? metalc18 metalc ? ? E HIS 178 O ? ? ? 1_555 L K . K ? ? B HIS 178 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.178 ? ? metalc19 metalc ? ? E PHE 187 O ? ? ? 1_555 M K . K ? ? B PHE 187 B K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? ? metalc20 metalc ? ? E THR 190 O ? ? ? 1_555 M K . K ? ? B THR 190 B K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.263 ? ? metalc21 metalc ? ? E VAL 193 O ? ? ? 1_555 M K . K ? ? B VAL 193 B K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? ? metalc22 metalc ? ? E SER 197 OG ? ? ? 1_555 L K . K ? ? B SER 197 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? ? metalc23 metalc ? ? E PHE 198 O ? ? ? 1_555 L K . K ? ? B PHE 198 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? ? metalc24 metalc ? ? E ASP 264 OD2 ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? 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