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Transition State 1 ; EMD-12037 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7B5L _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-12-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Horn-Ghetko, D.' 1 0000-0003-2290-2147 'Prabu, J.R.' 2 0000-0002-7726-9310 'Schulman, B.A.' 3 0000-0002-3083-1126 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 590 _citation.language ? _citation.page_first 671 _citation.page_last 676 _citation.title 'Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF-RBR E3-E3 super-assembly.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-021-03197-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33536622 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Horn-Ghetko, D.' 1 ? primary 'Krist, D.T.' 2 ? primary 'Prabu, J.R.' 3 ? primary 'Baek, K.' 4 ? primary 'Mulder, M.P.C.' 5 ? primary 'Klugel, M.' 6 ? primary 'Scott, D.C.' 7 ? primary 'Ovaa, H.' 8 ? primary 'Kleiger, G.' 9 ? primary 'Schulman, B.A.' 10 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7B5L _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7B5L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Cullin-1 89800.367 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1' 64197.777 1 2.3.2.31 ? ? ? 3 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 2' 47817.785 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1' 8968.261 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 1' 18679.965 1 ? ? ? ? 6 polymer man Polyubiquitin-C 8519.778 1 ? ? ? ? 7 polymer man NEDD8 8573.978 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RBX1' 12289.977 1 2.3.2.27,2.3.2.32 ? ? ? 9 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3' 17825.459 1 2.3.2.23 'C17A, C137A' ? ? 10 polymer man 'Cyclin-dependent kinase 2' 34056.469 1 2.7.11.22 ? ? ? 11 polymer man Cyclin-A2 48609.574 1 ? ? ? ? 12 polymer man 'Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B' 22188.303 1 ? ? ? 'misaligned sequence' 13 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 9 ? ? ? ? 14 non-polymer syn 5-azanylpentan-2-one 101.147 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 CUL-1 2 ;H7-AP2,HHARI,Monocyte protein 6,MOP-6,Protein ariadne-1 homolog,ARI-1,UbcH7-binding protein,UbcM4-interacting protein,Ubiquitin-conjugating enzyme E2-binding protein 1 ; 3 'Cyclin-A/CDK2-associated protein p45,F-box protein Skp2,F-box/LRR-repeat protein 1,p45skp2' 4 CKS-1 5 ;Cyclin-A/CDK2-associated protein p19,p19A,Organ of Corti protein 2,OCP-2,Organ of Corti protein II,OCP-II,RNA polymerase II elongation factor-like protein,SIII,Transcription elongation factor B polypeptide 1-like,p19skp1 ; 7 'Neddylin,Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8,NEDD-8,Ubiquitin-like protein Nedd8' 8 'E3 ubiquitin-protein transferase RBX1,Protein ZYP,RING finger protein 75,RING-box protein 1,Rbx1,Regulator of cullins 1,ROC1' 9 ;E2 ubiquitin-conjugating enzyme L3,L-UBC,UbcH7,Ubiquitin carrier protein L3,Ubiquitin-conjugating enzyme E2-F1,Ubiquitin-protein ligase L3 ; 10 'Cell division protein kinase 2,p33 protein kinase' 11 'Cyclin-A,Cyclin A' 12 'Cyclin-dependent kinase inhibitor p27,p27Kip1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG AQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIY SLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLG RMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACG RFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA 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QILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA ; C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MDSDEGYNYEFDEDEECSEEDSGAEEEEDEDDDEPDDDTLDLGEVELVEPGLGVGGERDGLLCGETGGGGGSALGPGGGG GGGGGGGGGGPGHEQEEDYRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNLEKLFAE CHVINPSKKSRTRQMNTRSSAQDMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILV DDNTVMRLITDSKVKLKYQHLITNSFVECNRLLKWCPAPDCHHVVKVQYPDAKPVRCKCGRQFCFNCGENWHDPVKCKWL KKWIKKCDDDSETSNWIAANTKECPKCHVTIEKDGGCNHMVCRNQNCKAEFCWVCLGPWEPHGSAWYNCNRYNEDDAKAA RDAQERSRAALQRYLFYCNRYMNHMQSLRFEHKLYAQVKQKMEEMQQHNMSWIEVQFLKKAVDVLCQCRATLMYTYVFAF YLKKNNQSIIFENNQADLENATEVLSGYLERDISQDSLQDIKQKVQDKYRYCESRRRVLLQHVHEGYEKDLWEYIED ; ;MDSDEGYNYEFDEDEECSEEDSGAEEEEDEDDDEPDDDTLDLGEVELVEPGLGVGGERDGLLCGETGGGGGSALGPGGGG GGGGGGGGGGPGHEQEEDYRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNLEKLFAE CHVINPSKKSRTRQMNTRSSAQDMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILV 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IAFRCPRSFMDQPLAEHFSPFRVQHMDLSNSVIEVSTLHGILSQCSKLQNLSLEGLRLSDPIVNTLAKNSNLVRLNLSGC SGFSEFALQTLLSSCSRLDELNLSWCFDFTEKHVQVAVAHVSETITQLNLSGYRKNLQKSDLSTLVRRCPNLVHLDLSDS VMLKNDCFQEFFQLNYLQHLSLSRCYDIIPETLLELGEIPTLKTLQVFGIVPDGTLQLLKEALPHLQINCSHFTTIARPT IGNKKNQEIWGIKCRLTLQKPSCL ; T ? 4 'polypeptide(L)' no no MSHKQIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL MSHKQIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEK RTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC EEK ; ;MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEK RTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC EEK ; S ? 6 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG U ? 7 'polypeptide(L)' no no MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFH FHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH ; ;MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFH FHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH ; R ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAASRRLMKELEEIRKAGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNID EKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFAKNAEEFTKKYGEKRPVD ; ;MAASRRLMKELEEIRKAGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNID EKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFAKNAEEFTKKYGEKRPVD ; D ? 10 'polypeptide(L)' no yes ;MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVF EFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTY (TPO)HEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPD YKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL ; ;MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVF EFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYT HEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSF PKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL ; L ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MLGNSAPGPATREAGSALLALQQTALQEDQENINPEKAAPVQQPRTRAALAVLKSGNPRGLAQQQRPKTRRVAPLKDLPV NDEHVTVPPWKANSKQPAFTIHVDEAEKEAQKKPAESQKIEREDALAFNSAISLPGPRKPLVPLDYPMDGSFESPHTMDM SIILEDEKPVSVNEVPDYHEDIHTYLREMEVKCKPKVGYMKKQPDITNSMRAILVDWLVEVGEEYKLQNETLHLAVNYID RFLSSMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKFEEIYPPEVAEFVYITDDTYTKKQVLRMEHLVLKVLTFDLAAPTVNQFLTQYFL HQQPANCKVESLAMFLGELSLIDADPYLKYLPSVIAGAAFHLALYTVTGQSWPESLIRKTGYTLESLKPCLMDLHQTYLK APQHAQQSIREKYKNSKYHGVSLLNPPETLNL ; ;MLGNSAPGPATREAGSALLALQQTALQEDQENINPEKAAPVQQPRTRAALAVLKSGNPRGLAQQQRPKTRRVAPLKDLPV NDEHVTVPPWKANSKQPAFTIHVDEAEKEAQKKPAESQKIEREDALAFNSAISLPGPRKPLVPLDYPMDGSFESPHTMDM SIILEDEKPVSVNEVPDYHEDIHTYLREMEVKCKPKVGYMKKQPDITNSMRAILVDWLVEVGEEYKLQNETLHLAVNYID RFLSSMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKFEEIYPPEVAEFVYITDDTYTKKQVLRMEHLVLKVLTFDLAAPTVNQFLTQYFL HQQPANCKVESLAMFLGELSLIDADPYLKYLPSVIAGAAFHLALYTVTGQSWPESLIRKTGYTLESLKPCLMDLHQTYLK APQHAQQSIREKYKNSKYHGVSLLNPPETLNL ; Y ? 12 'polypeptide(L)' no yes ;MSNVRVSNGSPSLERMDARQAEHPKPSACRNLFGPVDHEELTRDLEKHCRDMEEASQRKWNFDFQNHKPLEGKYEWQEVE KGSLPEFYYRPPRPPKGACKVPAQESQDVSGSRPAAPLIGAPANSEDTHLVDPKTDPSDSQTGLAEQCAGIRKRPATDDS STQNKRANRTEENVSDGSPNAGSVEQ(TPO)PKKPGLRRRQT ; ;MSNVRVSNGSPSLERMDARQAEHPKPSACRNLFGPVDHEELTRDLEKHCRDMEEASQRKWNFDFQNHKPLEGKYEWQEVE KGSLPEFYYRPPRPPKGACKVPAQESQDVSGSRPAAPLIGAPANSEDTHLVDPKTDPSDSQTGLAEQCAGIRKRPATDDS STQNKRANRTEENVSDGSPNAGSVEQTPKKPGLRRRQT ; P ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET 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n 12 66 ASN n 12 67 HIS n 12 68 LYS n 12 69 PRO n 12 70 LEU n 12 71 GLU n 12 72 GLY n 12 73 LYS n 12 74 TYR n 12 75 GLU n 12 76 TRP n 12 77 GLN n 12 78 GLU n 12 79 VAL n 12 80 GLU n 12 81 LYS n 12 82 GLY n 12 83 SER n 12 84 LEU n 12 85 PRO n 12 86 GLU n 12 87 PHE n 12 88 TYR n 12 89 TYR n 12 90 ARG n 12 91 PRO n 12 92 PRO n 12 93 ARG n 12 94 PRO n 12 95 PRO n 12 96 LYS n 12 97 GLY n 12 98 ALA n 12 99 CYS n 12 100 LYS n 12 101 VAL n 12 102 PRO n 12 103 ALA n 12 104 GLN n 12 105 GLU n 12 106 SER n 12 107 GLN n 12 108 ASP n 12 109 VAL n 12 110 SER n 12 111 GLY n 12 112 SER n 12 113 ARG n 12 114 PRO n 12 115 ALA n 12 116 ALA n 12 117 PRO n 12 118 LEU n 12 119 ILE n 12 120 GLY n 12 121 ALA n 12 122 PRO n 12 123 ALA n 12 124 ASN n 12 125 SER n 12 126 GLU n 12 127 ASP n 12 128 THR n 12 129 HIS n 12 130 LEU n 12 131 VAL n 12 132 ASP n 12 133 PRO n 12 134 LYS n 12 135 THR n 12 136 ASP n 12 137 PRO n 12 138 SER n 12 139 ASP n 12 140 SER n 12 141 GLN n 12 142 THR n 12 143 GLY n 12 144 LEU n 12 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 776 Human ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CUL1_HUMAN Q13616 ? 1 ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG AQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIY SLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLG RMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACG RFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELE RSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVL QILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA ; 1 2 UNP ARI1_HUMAN Q9Y4X5 ? 2 ;MDSDEGYNYEFDEDEECSEEDSGAEEEEDEDDDEPDDDTLDLGEVELVEPGLGVGGERDGLLCGETGGGGGSALGPGGGG GGGGGGGGGGPGHEQEEDYRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNLEKLFAE CHVINPSKKSRTRQMNTRSSAQDMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILV DDNTVMRLITDSKVKLKYQHLITNSFVECNRLLKWCPAPDCHHVVKVQYPDAKPVRCKCGRQFCFNCGENWHDPVKCKWL KKWIKKCDDDSETSNWIAANTKECPKCHVTIEKDGGCNHMVCRNQNCKAEFCWVCLGPWEPHGSAWYNCNRYNEDDAKAA RDAQERSRAALQRYLFYCNRYMNHMQSLRFEHKLYAQVKQKMEEMQQHNMSWIEVQFLKKAVDVLCQCRATLMYTYVFAF YLKKNNQSIIFENNQADLENATEVLSGYLERDISQDSLQDIKQKVQDKYRYCESRRRVLLQHVHEGYEKDLWEYIED ; 1 3 UNP SKP2_HUMAN Q13309 ? 3 ;MHRKHLQEIPDLSSNVATSFTWGWDSSKTSELLSGMGVSALEKEEPDSENIPQELLSNLGHPESPPRKRLKSKGSDKDFV IVRRPKLNRENFPGVSWDSLPDELLLGIFSCLCLPELLKVSGVCKRWYRLASDESLWQTLDLTGKNLHPDVTGRLLSQGV IAFRCPRSFMDQPLAEHFSPFRVQHMDLSNSVIEVSTLHGILSQCSKLQNLSLEGLRLSDPIVNTLAKNSNLVRLNLSGC SGFSEFALQTLLSSCSRLDELNLSWCFDFTEKHVQVAVAHVSETITQLNLSGYRKNLQKSDLSTLVRRCPNLVHLDLSDS VMLKNDCFQEFFQLNYLQHLSLSRCYDIIPETLLELGEIPTLKTLQVFGIVPDGTLQLLKEALPHLQINCSHFTTIARPT IGNKKNQEIWGIKCRLTLQKPSCL ; 1 4 UNP CKS1_HUMAN P61024 ? 4 MSHKQIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL 1 5 UNP SKP1_HUMAN P63208 ? 5 ;MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEK RTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC EEK ; 1 6 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 6 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG 1 7 UNP NEDD8_HUMAN Q15843 ? 7 MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG 1 8 UNP RBX1_HUMAN P62877 ? 8 ;MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFH FHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH ; 1 9 UNP UB2L3_HUMAN P68036 ? 9 ;MAASRRLMKELEEIRKCGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNID EKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFCKNAEEFTKKYGEKRPVD ; 1 10 UNP CDK2_HUMAN P24941 ? 10 ;MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVF EFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYT HEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSF PKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL ; 1 11 UNP CCNA2_HUMAN P20248 ? 11 ;MLGNSAPGPATREAGSALLALQQTALQEDQENINPEKAAPVQQPRTRAALAVLKSGNPRGLAQQQRPKTRRVAPLKDLPV NDEHVTVPPWKANSKQPAFTIHVDEAEKEAQKKPAESQKIEREDALAFNSAISLPGPRKPLVPLDYPMDGSFESPHTMDM SIILEDEKPVSVNEVPDYHEDIHTYLREMEVKCKPKVGYMKKQPDITNSMRAILVDWLVEVGEEYKLQNETLHLAVNYID RFLSSMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKFEEIYPPEVAEFVYITDDTYTKKQVLRMEHLVLKVLTFDLAAPTVNQFLTQYFL HQQPANCKVESLAMFLGELSLIDADPYLKYLPSVIAGAAFHLALYTVTGQSWPESLIRKTGYTLESLKPCLMDLHQTYLK APQHAQQSIREKYKNSKYHGVSLLNPPETLNL ; 1 12 UNP CDN1B_HUMAN P46527 ? 12 ;MSNVRVSNGSPSLERMDARQAEHPKPSACRNLFGPVDHEELTRDLEKHCRDMEEASQRKWNFDFQNHKPLEGKYEWQEVE KGSLPEFYYRPPRPPKGACKVPAQESQDVSGSRPAAPLIGAPANSEDTHLVDPKTDPSDSQTGLAEQCAGIRKRPATDDS STQNKRANRTEENVSDGSPNAGSVEQTPKKPGLRRRQT ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7B5L C 1 ? 776 ? 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UNP P68036 CYS 17 'engineered mutation' 17 1 9 7B5L ALA D 137 ? UNP P68036 CYS 137 'engineered mutation' 137 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 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Transition State 1 ; _struct.pdbx_descriptor ;Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 (E.C.2.3.2.31), S-phase kinase-associated protein 2, Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1, S-phase kinase-associated protein 1, Polyubiquitin-C, NEDD8, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 (E.C.2.3.2.27,2.3.2.32), Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 (E.C.2.3.2.23), Cyclin-dependent kinase 2 (E.C.2.7.11.22), Cyclin-A2, Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7B5L _struct_keywords.text ;ubiquitin, ubiquitin ligase, E3 ligase, F-box protein, RBR ligase, Cullin-RING-Ligase, CRL, SCF, NEDD8, Post-translational modification, ubiquitylation, LIGASE ; _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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PRO P 85 ARG P 90 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale none ? 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ZN ? ? H CYS 299 H ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? ? metalc13 metalc ? ? B CYS 304 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H CYS 304 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc14 metalc ? ? B CYS 307 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H CYS 307 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc15 metalc ? ? B HIS 312 NE2 ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H HIS 312 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? metalc16 metalc ? ? B CYS 317 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H CYS 317 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc17 metalc ? ? B CYS 344 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 344 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc18 metalc ? ? B CYS 347 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 347 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc19 metalc ? ? B CYS 362 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 362 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc20 metalc ? ? B CYS 367 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 367 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc21 metalc ? ? B CYS 372 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H CYS 372 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc22 metalc ? ? B CYS 375 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H CYS 375 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc23 metalc ? ? B HIS 382 NE2 ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H HIS 382 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? ? metalc24 metalc ? ? B CYS 389 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H CYS 389 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc25 metalc ? ? H CYS 42 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? R CYS 42 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc26 metalc ? ? H CYS 45 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? R CYS 45 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? ? metalc27 metalc ? ? H CYS 53 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R CYS 53 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? metalc28 metalc ? ? H CYS 56 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R CYS 56 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc29 metalc ? ? H CYS 68 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R CYS 68 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? ? metalc30 metalc ? ? H CYS 75 SG ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? R CYS 75 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc31 metalc ? ? H HIS 77 ND1 ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? R HIS 77 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? metalc32 metalc ? ? H HIS 80 ND1 ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? R HIS 80 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? ? metalc33 metalc ? ? H HIS 82 ND1 ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R HIS 82 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? metalc34 metalc ? ? H CYS 83 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? R CYS 83 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc35 metalc ? ? H CYS 94 SG ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? R CYS 94 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc36 metalc ? ? H ASP 97 OD1 ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? R ASP 97 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? ? metalc37 metalc ? ? H ASP 97 OD2 ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? R ASP 97 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 44 I . ? PRO 44 D PRO 45 I ? PRO 45 D 1 -1.44 2 TYR 61 I . ? TYR 61 D PRO 62 I ? PRO 62 D 1 2.95 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? 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GLU B 343 ? LYS H 342 GLU H 343 AA9 2 THR B 350 ? ILE B 351 ? THR H 350 ILE H 351 AB1 1 HIS B 359 ? VAL B 361 ? HIS H 359 VAL H 361 AB1 2 GLU B 370 ? CYS B 372 ? GLU H 370 CYS H 372 AB2 1 ALA C 162 ? ARG C 164 ? ALA T 162 ARG T 164 AB2 2 HIS C 185 ? ASP C 187 ? HIS T 185 ASP T 187 AB2 3 ASN C 210 ? LEU C 211 ? ASN T 210 LEU T 211 AB3 1 GLU C 260 ? ASN C 262 ? GLU T 260 ASN T 262 AB3 2 GLN C 287 ? ASN C 289 ? GLN T 287 ASN T 289 AB3 3 HIS C 314 ? ASP C 316 ? HIS T 314 ASP T 316 AB3 4 HIS C 339 ? SER C 341 ? HIS T 339 SER T 341 AB3 5 THR C 364 ? LEU C 365 ? THR T 364 LEU T 365 AB4 1 TYR D 7 ? TYR D 8 ? TYR K 7 TYR K 8 AB4 2 PHE D 17 ? MET D 23 ? PHE K 17 MET K 23 AB4 3 TYR D 12 ? ASP D 13 ? TYR K 12 ASP K 13 AB5 1 TYR D 7 ? TYR D 8 ? TYR K 7 TYR K 8 AB5 2 PHE D 17 ? MET D 23 ? PHE K 17 MET K 23 AB5 3 ILE D 66 ? PRO D 72 ? ILE K 66 PRO K 72 AB5 4 VAL D 55 ? ILE D 59 ? VAL K 55 ILE K 59 AB6 1 PHE E 14 ? ASP E 17 ? PHE S 14 ASP S 17 AB6 2 SER E 3 ? GLN E 7 ? 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