data_7D1U # _entry.id 7D1U # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.339 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 7D1U WWPDB D_1300018601 EMDB EMD-30548 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM Structure of PSII at 2.08 angstrom resolution' _pdbx_database_related.db_id EMD-30548 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7D1U _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-09-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Kato, K.' 1 ? 'Miyazaki, N.' 2 ? 'Hamaguchi, T.' 3 ? 'Nakajima, Y.' 4 ? 'Akita, F.' 5 ? 'Yonekura, K.' 6 ? 'Shen, J.R.' 7 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Commun Biol' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2399-3642 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 4 _citation.language ? _citation.page_first 382 _citation.page_last 382 _citation.title 'High-resolution cryo-EM structure of photosystem II reveals damage from high-dose electron beams.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s42003-021-01919-3 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33753866 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Kato, K.' 1 ? primary 'Miyazaki, N.' 2 ? primary 'Hamaguchi, T.' 3 ? primary 'Nakajima, Y.' 4 ? primary 'Akita, F.' 5 ? primary 'Yonekura, K.' 6 ? primary 'Shen, J.R.' 7 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7D1U _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7D1U _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Photosystem II protein D1' 37029.234 2 1.10.3.9 ? ? ? 2 polymer nat 'Photosystem II CP47 reaction center protein' 56068.742 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Photosystem II CP43 reaction center protein' 49207.250 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Photosystem II D2 protein' 38419.941 2 1.10.3.9 ? ? ? 5 polymer nat 'Cytochrome b559 subunit alpha' 9321.515 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Cytochrome b559 subunit beta' 3868.611 2 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein H' 7057.349 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein I' 4195.983 2 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein J' 3756.439 2 ? ? ? ? 10 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein K' 4101.911 2 ? ? ? ? 11 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein L' 4299.044 2 ? ? ? ? 12 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein M' 3835.527 2 ? ? ? ? 13 polymer nat 'Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide' 26651.707 2 ? ? ? ? 14 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein T' 3777.559 2 ? ? ? ? 15 polymer nat 'Photosystem II 12 kDa extrinsic protein' 10966.317 2 ? ? ? ? 16 polymer nat 'Cytochrome c-550' 15148.255 2 ? ? ? ? 17 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein Ycf12' 3228.035 2 ? ? ? ? 18 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein X' 4191.030 2 ? ? ? ? 19 polymer nat 'Photosystem II reaction center protein Z' 6766.187 2 ? ? ? ? 20 polymer nat 'Photosystem II protein Y' 3859.732 2 ? ? ? ? 21 non-polymer syn 'CA-MN4-O5 CLUSTER' 339.827 2 ? ? ? ? 22 non-polymer syn 'FE (II) ION' 55.845 2 ? ? ? ? 23 non-polymer syn 'CHLORIDE ION' 35.453 4 ? ? ? ? 24 non-polymer syn 'CHLOROPHYLL A' 893.489 70 ? ? ? ? 25 non-polymer syn 'PHEOPHYTIN A' 871.200 4 ? ? ? ? 26 non-polymer syn BETA-CAROTENE 536.873 20 ? ? ? ? 27 non-polymer syn '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' 795.116 8 ? ? ? ? 28 non-polymer syn ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; 749.201 4 ? ? ? ? 29 non-polymer syn 'UNKNOWN LIGAND' ? 36 ? ? ? ? 30 non-polymer syn 'BICARBONATE ION' 61.017 2 ? ? ? ? 31 non-polymer syn 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 787.158 10 ? ? ? ? 32 non-polymer syn 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE 722.970 10 ? ? ? ? 33 non-polymer syn 'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' 949.299 8 ? ? ? ? 34 non-polymer syn 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' 616.487 2 ? ? ? ? 35 non-polymer syn '(3R)-beta,beta-caroten-3-ol' 552.872 2 ? ? ? ? 36 non-polymer syn DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE 510.615 8 ? ? ? ? 37 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 38 non-polymer syn 'HEME C' 618.503 2 ? ? ? ? 39 water nat water 18.015 2121 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'PSII D1 protein,Photosystem II Q(B) protein' 2 'PSII 47 kDa protein,Protein CP-47' 3 'PSII 43 kDa protein,Protein CP-43' 4 'PSII D2 protein,Photosystem Q(A) protein' 5 'PSII reaction center subunit V' 6 'PSII reaction center subunit VI' 7 PSII-H 8 'PSII-I,PSII 4.4 kDa protein' 9 PSII-J 10 PSII-K 11 PSII-L 12 PSII-M 13 'MSP,Extrinsic protein O of oxygen-evolving complex' 14 PSII-Tc 15 'PS II complex 12 kDa extrinsic protein,PSII-U,Extrinsic protein U of oxygen-evolving complex' 16 'Cytochrome c550,Low-potential cytochrome c,Extrinsic protein V of oxygen-evolving complex' 19 PSII-Z # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPSSNAIG LHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLIYPIGQGSFSD GMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFGQEEETYNIVA AHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGVWFAALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADIINRANLGMEV MHERNAHNFPLDLA ; ;ANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPSSNAIG LHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLIYPIGQGSFSD GMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFGQEEETYNIVA AHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGVWFAALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADIINRANLGMEV MHERNAHNFPLDLA ; A,a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSIT GETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTGL FGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSS IAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPAK GGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVSF YGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFSG IDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRK ; ;GLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSIT GETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTGL FGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSS IAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPAK GGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVSF YGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFSG IDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRK ; B,b ? 3 'polypeptide(L)' no no ;ATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPG GEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFF GGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARR AFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLM RSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSP RSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD ; ;ATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPG GEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFF GGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARR AFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLM RSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSP RSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD ; C,c ? 4 'polypeptide(L)' no yes ;ERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVSTPANSMGHSLL LLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFA PSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQAEETYSMVTAN RFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLLLNEGIRAWMA PQDQP(HSK)ENFVFPEEVLPRGNAL ; ;ERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVSTPANSMGHSLL LLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFA PSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQAEETYSMVTAN RFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLLLNEGIRAWMA PQDQPXENFVFPEEVLPRGNAL ; D,d ? 5 'polypeptide(L)' no no ;TTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFLEQL K ; ;TTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFLEQL K ; E,e ? 6 'polypeptide(L)' no no SYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR SYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR F,f ? 7 'polypeptide(L)' no no ARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKA ARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKA H,h ? 8 'polypeptide(L)' no yes '(FME)ETLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKD' METLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKD I,i ? 9 'polypeptide(L)' no no EGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL EGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL J,j ? 10 'polypeptide(L)' no no KLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFLALAFVWQAAVGFR KLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFLALAFVWQAAVGFR K,k ? 11 'polypeptide(L)' no no MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN L,l ? 12 'polypeptide(L)' no yes '(FME)EVNQLGLIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQK' MEVNQLGLIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQK M,m ? 13 'polypeptide(L)' no no ;QTLTYDDIVGTGLANKCPTLDDTARGAYPIDSSQTYRIARLCLQPTTFLVKEEPKNKRQEAEFVPTKLVTRETTSLDQIQ GELKVNSDGSLTFVEEDGIDFQPVTVQMAGGERIPLLFTVKNLVASTQPNVTSITTSTDFKGEFNVPSYRTANFLDPKGR GLASGYDSAIALPQAKEEELARANVKRFSLTKGQISLNVAKVDGRTGEIAGTFESEQLSDDDMGAHEPHEVKIQGVFYAS IEPA ; ;QTLTYDDIVGTGLANKCPTLDDTARGAYPIDSSQTYRIARLCLQPTTFLVKEEPKNKRQEAEFVPTKLVTRETTSLDQIQ GELKVNSDGSLTFVEEDGIDFQPVTVQMAGGERIPLLFTVKNLVASTQPNVTSITTSTDFKGEFNVPSYRTANFLDPKGR GLASGYDSAIALPQAKEEELARANVKRFSLTKGQISLNVAKVDGRTGEIAGTFESEQLSDDDMGAHEPHEVKIQGVFYAS IEPA ; O,o ? 14 'polypeptide(L)' no yes '(FME)ETITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITK' METITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITK T,t ? 15 'polypeptide(L)' no no ;ELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEV ETALVEGGDRYNNGLYK ; ;ELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEV ETALVEGGDRYNNGLYK ; U,u ? 16 'polypeptide(L)' no no ;AELTPEVLTVPLNSEGKTITLTEKQYLEGKRLFQYACASCHVGGITKTNPSLDLRTETLALATPPRDNIEGLVDYMKNPT TYDGEQEIAEVHPSLRSADIFPKMRNLTEKDLVAIAGHILVEPKILGDKWGGGKVYY ; ;AELTPEVLTVPLNSEGKTITLTEKQYLEGKRLFQYACASCHVGGITKTNPSLDLRTETLALATPPRDNIEGLVDYMKNPT TYDGEQEIAEVHPSLRSADIFPKMRNLTEKDLVAIAGHILVEPKILGDKWGGGKVYY ; V,v ? 17 'polypeptide(L)' no no EVIAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL EVIAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL Y,y ? 18 'polypeptide(L)' no no TITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL TITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL X,x ? 19 'polypeptide(L)' no no MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV Z,z ? 20 'polypeptide(L)' no no DWRVLVVLLPVLLAAGWAVRNILPYAVKQVQKLL DWRVLVVLLPVLLAAGWAVRNILPYAVKQVQKLL R,r ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ASN n 1 3 LEU n 1 4 TRP n 1 5 GLU n 1 6 ARG n 1 7 PHE n 1 8 CYS n 1 9 ASN n 1 10 TRP n 1 11 VAL n 1 12 THR n 1 13 SER n 1 14 THR n 1 15 ASP n 1 16 ASN n 1 17 ARG n 1 18 LEU n 1 19 TYR n 1 20 VAL n 1 21 GLY n 1 22 TRP n 1 23 PHE n 1 24 GLY n 1 25 VAL n 1 26 ILE n 1 27 MET n 1 28 ILE n 1 29 PRO n 1 30 THR n 1 31 LEU n 1 32 LEU n 1 33 ALA n 1 34 ALA n 1 35 THR n 1 36 ILE n 1 37 CYS n 1 38 PHE n 1 39 VAL n 1 40 ILE n 1 41 ALA n 1 42 PHE n 1 43 ILE n 1 44 ALA n 1 45 ALA n 1 46 PRO n 1 47 PRO n 1 48 VAL 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UNP P12312 PHE 8 conflict 8 8 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BCR non-polymer . BETA-CAROTENE ? 'C40 H56' 536.873 BCT non-polymer . 'BICARBONATE ION' ? 'C H O3 -1' 61.017 CL non-polymer . 'CHLORIDE ION' ? 'Cl -1' 35.453 CLA non-polymer . 'CHLOROPHYLL A' ? 'C55 H72 Mg N4 O5 2' 893.489 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DGD saccharide . 'DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)' ? 'C51 H96 O15' 949.299 FE2 non-polymer . 'FE (II) ION' ? 'Fe 2' 55.845 FME 'L-peptide linking' n N-FORMYLMETHIONINE ? 'C6 H11 N O3 S' 177.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HEC non-polymer . 'HEME C' ? 'C34 H34 Fe N4 O4' 618.503 HEM non-polymer . 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 HSK 'L-peptide linking' n 3-hydroxy-L-histidine ? 'C6 H9 N3 O3' 171.154 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LHG non-polymer . 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ? 'C38 H75 O10 P' 722.970 LMG non-polymer . 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ? 'C45 H86 O10' 787.158 LMT D-saccharide . DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE ? 'C24 H46 O11' 510.615 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 OEX non-polymer . 'CA-MN4-O5 CLUSTER' ? 'Ca Mn4 O5' 339.827 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PHO non-polymer . 'PHEOPHYTIN A' ? 'C55 H74 N4 O5' 871.200 PL9 non-polymer . ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; 'PLASTOQUINONE 9' 'C53 H80 O2' 749.201 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 RRX non-polymer . '(3R)-beta,beta-caroten-3-ol' beta-Cryptoxanthin 'C40 H56 O' 552.872 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SQD non-polymer . '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL 'C41 H78 O12 S' 795.116 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNL non-polymer . 'UNKNOWN LIGAND' ? ? ? VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7D1U _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7D1U _struct.title 'Cryo-EM Structure of PSII at 2.08 angstrom resolution' _struct.pdbx_descriptor ;Photosystem II protein D1 (E.C.1.10.3.9), Photosystem II CP47 reaction center protein, Photosystem II CP43 reaction center protein, Photosystem II D2 protein (E.C.1.10.3.9), Cytochrome b559 subunit alpha, Cytochrome b559 subunit beta, Photosystem II reaction center protein H, Photosystem II reaction center protein I, Photosystem II reaction center protein J, Photosystem II reaction center protein K, Photosystem II reaction center protein L, Photosystem II reaction center protein M, Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide, Photosystem II reaction center protein T, Photosystem II 12 kDa extrinsic protein, Cytochrome c-550, Photosystem II reaction center protein Ycf12, Photosystem II reaction center protein X, Photosystem II reaction center protein Z, Photosystem II protein Y ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7D1U _struct_keywords.text 'Photosystem II, PHOTOSYNTHESIS' _struct_keywords.pdbx_keywords PHOTOSYNTHESIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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JC N N 24 ? KC N N 24 ? LC N N 24 ? MC N N 24 ? NC N N 24 ? OC N N 24 ? PC N N 24 ? QC N N 24 ? RC N N 24 ? SC N N 26 ? TC N N 26 ? UC N N 33 ? VC N N 33 ? WC N N 33 ? XC N N 31 ? YC N N 26 ? ZC N N 31 ? AD N N 29 ? BD N N 24 ? CD N N 25 ? DD N N 24 ? ED N N 24 ? FD N N 26 ? GD N N 28 ? HD N N 27 ? ID N N 32 ? JD N N 32 ? KD N N 32 ? LD N N 31 ? MD N N 29 ? ND N N 32 ? OD N N 29 ? PD N N 34 ? QD N N 35 ? RD N N 33 ? SD N N 29 ? TD N N 36 ? UD N N 29 ? VD N N 37 ? WD N N 36 ? XD N N 29 ? YD N N 29 ? ZD N N 27 ? AE N N 36 ? BE N N 29 ? CE N N 26 ? DE N N 29 ? EE N N 29 ? FE N N 38 ? GE N N 26 ? HE N N 29 ? IE N N 36 ? JE N N 21 ? KE N N 22 ? LE N N 23 ? ME N N 23 ? NE N N 24 ? OE N N 24 ? PE N N 25 ? QE N N 24 ? RE N N 26 ? SE N N 27 ? TE N N 28 ? UE N N 27 ? VE N N 29 ? WE N N 30 ? XE N N 29 ? YE N N 29 ? ZE N N 24 ? AF N N 24 ? BF N N 24 ? CF N N 24 ? DF N N 24 ? EF N N 24 ? FF N N 24 ? GF N N 24 ? HF N N 24 ? IF N N 24 ? JF N N 24 ? KF N N 24 ? LF N N 24 ? MF N N 24 ? NF N N 24 ? OF N N 24 ? PF N N 26 ? QF N N 26 ? RF N N 26 ? SF N N 31 ? TF N N 29 ? UF N N 29 ? VF N N 29 ? WF N N 29 ? XF N N 32 ? YF N N 31 ? ZF N N 24 ? AG N N 24 ? BG N N 24 ? CG N N 24 ? DG N N 24 ? EG N N 24 ? FG N N 24 ? GG N N 24 ? HG N N 24 ? IG N N 24 ? JG N N 24 ? KG N N 24 ? LG N N 24 ? MG N N 26 ? NG N N 26 ? OG N N 33 ? PG N N 33 ? QG N N 33 ? RG N N 31 ? SG N N 26 ? TG N N 31 ? UG N N 29 ? VG N N 24 ? WG N N 25 ? XG N N 24 ? YG N N 24 ? ZG N N 26 ? AH N N 28 ? BH N N 27 ? CH N N 32 ? DH N N 32 ? EH N N 32 ? FH N N 31 ? GH N N 29 ? HH N N 32 ? IH N N 29 ? JH N N 34 ? KH N N 35 ? LH N N 33 ? MH N N 29 ? NH N N 36 ? OH N N 29 ? PH N N 37 ? QH N N 36 ? RH N N 29 ? SH N N 29 ? TH N N 27 ? UH N N 29 ? VH N N 36 ? WH N N 29 ? XH N N 29 ? YH N N 38 ? ZH N N 26 ? AI N N 29 ? BI N N 36 ? CI N N 39 ? DI N N 39 ? EI N N 39 ? FI N N 39 ? GI N N 39 ? HI N N 39 ? II N N 39 ? JI N N 39 ? KI N N 39 ? LI N N 39 ? MI N N 39 ? NI N N 39 ? OI N N 39 ? PI N N 39 ? QI N N 39 ? RI N N 39 ? SI N N 39 ? TI N N 39 ? UI N N 39 ? VI N N 39 ? WI N N 39 ? XI N N 39 ? YI N N 39 ? ZI N N 39 ? AJ N N 39 ? BJ N N 39 ? CJ N N 39 ? DJ N N 39 ? EJ N N 39 ? FJ N N 39 ? GJ N N 39 ? HJ N N 39 ? IJ N N 39 ? JJ N N 39 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 2 ? THR A 12 ? ASN A 12 THR A 22 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 VAL A 20 ? ALA A 45 ? VAL A 30 ALA A 55 1 ? 26 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 60 ? GLY A 64 ? 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GLU i 2 LEU i 24 1 ? 23 HELX_P HELX_P216 AX9 GLY BA 26 ? ARG BA 30 ? GLY i 26 ARG i 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P217 AY1 PRO CA 6 ? ALA CA 29 ? PRO j 9 ALA j 32 1 ? 24 HELX_P HELX_P218 AY2 PRO DA 3 ? ILE DA 8 ? PRO k 12 ILE k 17 5 ? 6 HELX_P HELX_P219 AY3 PHE DA 9 ? ASP DA 14 ? PHE k 18 ASP k 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P220 AY4 VAL DA 15 ? PRO DA 17 ? VAL k 24 PRO k 26 5 ? 3 HELX_P HELX_P221 AY5 VAL DA 18 ? VAL DA 34 ? VAL k 27 VAL k 43 1 ? 17 HELX_P HELX_P222 AY6 ASN EA 13 ? ASN EA 37 ? ASN l 13 ASN l 37 1 ? 25 HELX_P HELX_P223 AY7 LEU FA 6 ? SER FA 31 ? LEU m 6 SER m 31 1 ? 26 HELX_P HELX_P224 AY8 THR GA 4 ? VAL GA 9 ? THR o 6 VAL o 11 1 ? 6 HELX_P HELX_P225 AY9 GLY GA 12 ? LYS GA 16 ? GLY o 14 LYS o 18 5 ? 5 HELX_P HELX_P226 AZ1 LEU GA 180 ? VAL GA 185 ? LEU o 182 VAL o 187 1 ? 6 HELX_P HELX_P227 AZ2 GLU HA 2 ? PHE HA 23 ? GLU t 2 PHE t 23 1 ? 22 HELX_P HELX_P228 AZ3 ASN IA 4 ? LEU IA 10 ? ASN u 11 LEU u 17 1 ? 7 HELX_P HELX_P229 AZ4 GLY IA 11 ? GLU IA 16 ? GLY u 18 GLU u 23 5 ? 6 HELX_P HELX_P230 AZ5 ASN IA 24 ? TYR IA 31 ? ASN u 31 TYR u 38 5 ? 8 HELX_P HELX_P231 AZ6 PRO IA 36 ? ASN IA 45 ? PRO u 43 ASN u 52 1 ? 10 HELX_P HELX_P232 AZ7 SER IA 50 ? ILE IA 57 ? SER u 57 ILE u 64 5 ? 8 HELX_P HELX_P233 AZ8 THR IA 61 ? ASN IA 71 ? THR u 68 ASN u 78 1 ? 11 HELX_P HELX_P234 AZ9 GLU IA 81 ? GLU IA 86 ? GLU u 88 GLU u 93 1 ? 6 HELX_P HELX_P235 BA1 GLY IA 87 ? ASP IA 89 ? GLY u 94 ASP u 96 5 ? 3 HELX_P HELX_P236 BA2 THR JA 22 ? CYS JA 37 ? THR v 22 CYS v 37 1 ? 16 HELX_P HELX_P237 BA3 CYS JA 37 ? VAL JA 42 ? CYS v 37 VAL v 42 1 ? 6 HELX_P HELX_P238 BA4 GLY JA 43 ? ILE JA 45 ? GLY v 43 ILE v 45 5 ? 3 HELX_P HELX_P239 BA5 ARG JA 55 ? LEU JA 61 ? ARG v 55 LEU v 61 1 ? 7 HELX_P HELX_P240 BA6 ASN JA 68 ? ASN JA 78 ? ASN v 68 ASN v 78 1 ? 11 HELX_P HELX_P241 BA7 SER JA 94 ? ALA JA 98 ? SER v 94 ALA v 98 5 ? 5 HELX_P HELX_P242 BA8 PHE JA 101 ? ARG JA 105 ? PHE v 101 ARG v 105 5 ? 5 HELX_P HELX_P243 BA9 THR JA 108 ? GLY JA 127 ? THR v 108 GLY v 127 1 ? 20 HELX_P HELX_P244 BB1 ASP JA 128 ? TRP JA 130 ? ASP v 128 TRP v 130 5 ? 3 HELX_P HELX_P245 BB2 GLY JA 132 ? TYR JA 137 ? GLY v 132 TYR v 137 5 ? 6 HELX_P HELX_P246 BB3 GLN KA 5 ? ARG KA 26 ? GLN y 21 ARG y 42 1 ? 22 HELX_P HELX_P247 BB4 THR LA 3 ? ASP LA 34 ? THR x 4 ASP x 35 1 ? 32 HELX_P HELX_P248 BB5 THR MA 2 ? ALA MA 28 ? THR z 2 ALA z 28 1 ? 27 HELX_P HELX_P249 BB6 TRP MA 33 ? PHE MA 59 ? TRP z 33 PHE z 59 1 ? 27 HELX_P HELX_P250 BB7 TRP NA 2 ? LEU NA 34 ? TRP r 3 LEU r 35 1 ? 33 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? M CYS 17 SG ? ? ? 1_555 M CYS 42 SG ? ? O CYS 19 O CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf2 disulf ? ? GA CYS 17 SG ? ? ? 1_555 GA CYS 42 SG ? ? o CYS 19 o CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? covale1 covale one ? D PRO 325 C ? ? ? 1_555 D HSK 326 N ? ? D PRO 335 D HSK 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? ? covale2 covale one ? D HSK 326 C ? ? ? 1_555 D GLU 327 N ? ? D HSK 336 D GLU 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? ? covale3 covale both ? H FME 1 C ? ? ? 1_555 H GLU 2 N ? ? I FME 1 I GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? ? covale4 covale both ? L FME 1 C ? ? ? 1_555 L GLU 2 N ? ? M FME 1 M GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale5 covale both ? N FME 1 C ? ? ? 1_555 N GLU 2 N ? ? T FME 1 T GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? ? covale6 covale none ? P CYS 37 SG ? ? ? 1_555 FE HEC . CAB ? ? V CYS 37 V HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.768 ? ? covale7 covale none ? P CYS 40 SG ? ? ? 1_555 FE HEC . CAC ? ? V CYS 40 V HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.769 ? ? covale8 covale one ? X PRO 325 C ? ? ? 1_555 X HSK 326 N ? ? d PRO 335 d HSK 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? ? covale9 covale one ? X HSK 326 C ? ? ? 1_555 X GLU 327 N ? ? d HSK 336 d GLU 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? ? covale10 covale both ? BA FME 1 C ? ? ? 1_555 BA GLU 2 N ? ? i FME 1 i GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? ? covale11 covale both ? FA FME 1 C ? ? ? 1_555 FA GLU 2 N ? ? m FME 1 m GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale12 covale both ? HA FME 1 C ? ? ? 1_555 HA GLU 2 N ? ? t FME 1 t GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? ? covale13 covale none ? JA CYS 37 SG ? ? ? 1_555 YH HEC . CAB ? ? v CYS 37 v HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.768 ? ? covale14 covale none ? JA CYS 40 SG ? ? ? 1_555 YH HEC . CAC ? ? v CYS 40 v HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.768 ? ? metalc1 metalc ? ? A ASP 160 OD1 ? ? ? 1_555 OA OEX . CA1 ? ? A ASP 170 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? ? metalc2 metalc ? ? A ASP 160 OD2 ? ? ? 1_555 OA OEX . CA1 ? ? A ASP 170 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.194 ? ? metalc3 metalc ? ? A ASP 160 OD2 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN4 ? ? A ASP 170 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? ? metalc4 metalc ? ? A GLU 179 OE2 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN1 ? ? A GLU 189 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? ? metalc5 metalc ? ? A HIS 205 NE2 ? ? ? 1_555 PA FE2 . FE ? ? A HIS 215 A FE2 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? metalc6 metalc ? ? A HIS 262 NE2 ? ? ? 1_555 PA FE2 . FE ? ? A HIS 272 A FE2 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? ? metalc7 metalc ? ? A HIS 322 NE2 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN1 ? ? A HIS 332 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? ? metalc8 metalc ? ? A GLU 323 OE1 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN3 ? ? A GLU 333 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? ? metalc9 metalc ? ? A GLU 323 OE2 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN4 ? ? A GLU 333 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? ? metalc10 metalc ? ? A ASP 332 OD1 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN2 ? ? A ASP 342 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? ? metalc11 metalc ? ? A ASP 332 OD2 ? ? ? 1_555 OA OEX . MN1 ? ? A ASP 342 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? ? metalc12 metalc ? ? A ALA 334 O ? ? ? 1_555 OA OEX . CA1 ? ? A ALA 344 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? ? metalc13 metalc ? ? A ALA 334 OXT ? ? ? 1_555 OA OEX . MN2 ? ? A ALA 344 A OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.827 ? ? metalc14 metalc ? ? OA OEX . MN4 ? ? ? 1_555 CI HOH . O ? ? A OEX 401 A HOH 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc15 metalc ? ? OA OEX . CA1 ? ? ? 1_555 CI HOH . O ? ? A OEX 401 A HOH 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? ? metalc16 metalc ? ? OA OEX . MN4 ? ? ? 1_555 CI HOH . O ? ? A OEX 401 A HOH 554 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? ? metalc17 metalc ? ? OA OEX . CA1 ? ? ? 1_555 CI HOH . O ? ? A OEX 401 A HOH 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? ? metalc18 metalc ? ? OA OEX . MN2 ? ? ? 1_555 C GLU 332 OE1 ? ? A OEX 401 C GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc19 metalc ? ? OA OEX . MN3 ? ? ? 1_555 C GLU 332 OE2 ? ? A OEX 401 C GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? ? metalc20 metalc ? ? PA FE2 . FE ? ? ? 1_555 BB BCT . O2 ? ? A FE2 402 A BCT 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc21 metalc ? ? PA FE2 . FE ? ? ? 1_555 BB BCT . O3 ? ? A FE2 402 A BCT 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? ? metalc22 metalc ? ? PA FE2 . FE ? ? ? 1_555 D HIS 204 NE2 ? ? A FE2 402 D HIS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? ? metalc23 metalc ? ? PA FE2 . FE ? ? ? 1_555 D HIS 258 NE2 ? ? A FE2 402 D HIS 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? ? metalc24 metalc ? ? TA CLA . MG ? ? ? 1_555 CI HOH . O ? ? A CLA 406 A HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? ? metalc25 metalc ? ? CB CLA . MG ? ? ? 1_555 DI HOH . O ? ? B CLA 601 B HOH 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? ? metalc26 metalc ? ? IB CLA . MG ? ? ? 1_555 DI HOH . O ? ? B CLA 607 B HOH 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? ? metalc27 metalc ? ? LB CLA . MG ? ? ? 1_555 DI HOH . O ? ? B CLA 610 B HOH 783 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? ? metalc28 metalc ? ? C ASN 17 OD1 ? ? ? 1_555 PC CLA . MG ? ? C ASN 39 C CLA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? ? metalc29 metalc ? ? IC CLA . MG ? ? ? 1_555 EI HOH . O ? ? C CLA 505 C HOH 740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? ? metalc30 metalc ? ? LC CLA . MG ? ? ? 1_555 EI HOH . O ? ? C CLA 508 C HOH 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc31 metalc ? ? BD CLA . MG ? ? ? 1_555 FI HOH . O ? ? D CLA 401 D HOH 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? ? metalc32 metalc ? ? LD LMG . O4 ? ? ? 1_555 VD MG . MG ? ? D LMG 411 J MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? ? metalc33 metalc ? ? E HIS 20 NE2 ? ? ? 1_555 PD HEM . FE ? ? E HIS 23 E HEM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? ? metalc34 metalc ? ? PD HEM . FE ? ? ? 1_555 F HIS 13 NE2 ? ? E HEM 103 F HIS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? metalc35 metalc ? ? HI HOH . O ? ? ? 1_555 VD MG . MG ? ? F HOH 102 J MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? ? metalc36 metalc ? ? I GLY 28 O ? ? ? 1_555 VD MG . MG ? ? J GLY 31 J MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? metalc37 metalc ? ? I ALA 31 O ? ? ? 1_555 VD MG . MG ? ? J ALA 34 J MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? ? metalc38 metalc ? ? I LEU 33 O ? ? ? 1_555 VD MG . MG ? ? J LEU 36 J MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? metalc39 metalc ? ? P HIS 41 NE2 ? ? ? 1_555 FE HEC . FE ? ? V HIS 41 V HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? ? metalc40 metalc ? ? P HIS 92 NE2 ? ? ? 1_555 FE HEC . FE ? ? V HIS 92 V HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? metalc41 metalc ? ? U ASP 160 OD1 ? ? ? 1_555 JE OEX . CA1 ? ? a ASP 170 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? ? metalc42 metalc ? ? U ASP 160 OD2 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN4 ? ? a ASP 170 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? ? metalc43 metalc ? ? U ASP 160 OD2 ? ? ? 1_555 JE OEX . CA1 ? ? a ASP 170 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? ? metalc44 metalc ? ? U GLU 179 OE2 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN1 ? ? a GLU 189 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? ? metalc45 metalc ? ? U HIS 205 NE2 ? ? ? 1_555 KE FE2 . FE ? ? a HIS 215 a FE2 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? metalc46 metalc ? ? U HIS 262 NE2 ? ? ? 1_555 KE FE2 . FE ? ? a HIS 272 a FE2 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? ? metalc47 metalc ? ? U HIS 322 NE2 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN1 ? ? a HIS 332 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? ? metalc48 metalc ? ? U GLU 323 OE1 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN3 ? ? a GLU 333 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? ? metalc49 metalc ? ? U GLU 323 OE2 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN4 ? ? a GLU 333 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? ? metalc50 metalc ? ? U ASP 332 OD1 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN2 ? ? a ASP 342 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? ? metalc51 metalc ? ? U ASP 332 OD2 ? ? ? 1_555 JE OEX . MN1 ? ? a ASP 342 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? ? metalc52 metalc ? ? U ALA 334 O ? ? ? 1_555 JE OEX . CA1 ? ? a ALA 344 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? ? metalc53 metalc ? ? U ALA 334 OXT ? ? ? 1_555 JE OEX . MN2 ? ? a ALA 344 a OEX 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.827 ? ? metalc54 metalc ? ? JE OEX . MN4 ? ? ? 1_555 TI HOH . O ? ? a OEX 401 a HOH 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc55 metalc ? ? JE OEX . CA1 ? ? ? 1_555 TI HOH . O ? ? a OEX 401 a HOH 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? ? metalc56 metalc ? ? JE OEX . MN4 ? ? ? 1_555 TI HOH . O ? ? a OEX 401 a HOH 554 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? ? metalc57 metalc ? ? JE OEX . CA1 ? ? ? 1_555 TI HOH . O ? ? a OEX 401 a HOH 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? ? metalc58 metalc ? ? JE OEX . MN2 ? ? ? 1_555 W GLU 332 OE1 ? ? a OEX 401 c GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc59 metalc ? ? JE OEX . MN3 ? ? ? 1_555 W GLU 332 OE2 ? ? a OEX 401 c GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? ? metalc60 metalc ? ? KE FE2 . FE ? ? ? 1_555 WE BCT . O3 ? ? a FE2 402 a BCT 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? ? metalc61 metalc ? ? KE FE2 . FE ? ? ? 1_555 WE BCT . O2 ? ? a FE2 402 a BCT 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc62 metalc ? ? KE FE2 . FE ? ? ? 1_555 X HIS 204 NE2 ? ? a FE2 402 d HIS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? ? metalc63 metalc ? ? KE FE2 . FE ? ? ? 1_555 X HIS 258 NE2 ? ? a FE2 402 d HIS 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? ? metalc64 metalc ? ? OE CLA . MG ? ? ? 1_555 TI HOH . O ? ? a CLA 406 a HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? ? metalc65 metalc ? ? ZE CLA . MG ? ? ? 1_555 UI HOH . O ? ? b CLA 603 b HOH 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? ? metalc66 metalc ? ? FF CLA . MG ? ? ? 1_555 UI HOH . O ? ? b CLA 609 b HOH 895 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? ? metalc67 metalc ? ? IF CLA . MG ? ? ? 1_555 UI HOH . O ? ? b CLA 612 b HOH 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? ? metalc68 metalc ? ? W ASN 17 OD1 ? ? ? 1_555 JG CLA . MG ? ? c ASN 39 c CLA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? ? metalc69 metalc ? ? CG CLA . MG ? ? ? 1_555 VI HOH . O ? ? c CLA 505 c HOH 740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? ? metalc70 metalc ? ? FG CLA . MG ? ? ? 1_555 VI HOH . O ? ? c CLA 508 c HOH 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? ? metalc71 metalc ? ? VG CLA . MG ? ? ? 1_555 WI HOH . O ? ? d CLA 401 d HOH 580 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? ? metalc72 metalc ? ? FH LMG . O4 ? ? ? 1_555 PH MG . MG ? ? d LMG 411 j MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? ? metalc73 metalc ? ? Y HIS 20 NE2 ? ? ? 1_555 JH HEM . FE ? ? e HIS 23 e HEM 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? ? metalc74 metalc ? ? JH HEM . FE ? ? ? 1_555 Z HIS 13 NE2 ? ? e HEM 103 f HIS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? metalc75 metalc ? ? YI HOH . O ? ? ? 1_555 PH MG . MG ? ? f HOH 102 j MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? ? metalc76 metalc ? ? CA GLY 28 O ? ? ? 1_555 PH MG . MG ? ? j GLY 31 j MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? metalc77 metalc ? ? CA ALA 31 O ? ? ? 1_555 PH MG . MG ? ? j ALA 34 j MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? ? metalc78 metalc ? ? CA LEU 33 O ? ? ? 1_555 PH MG . MG ? ? j LEU 36 j MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? metalc79 metalc ? ? JA HIS 41 NE2 ? ? ? 1_555 YH HEC . FE ? ? v HIS 41 v HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? ? metalc80 metalc ? ? JA HIS 92 NE2 ? ? ? 1_555 YH HEC . FE ? ? v HIS 92 v HEC 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 35 O . ? TYR 42 U PRO 36 O ? PRO 43 U 1 -0.66 2 ALA 46 O . ? ALA 53 U PRO 47 O ? PRO 54 U 1 0.85 3 THR 63 P . ? THR 63 V PRO 64 P ? PRO 64 V 1 -11.44 4 TYR 35 IA . ? TYR 42 u PRO 36 IA ? PRO 43 u 1 -0.65 5 ALA 46 IA . ? ALA 53 u PRO 47 IA ? PRO 54 u 1 0.84 6 THR 63 JA . ? THR 63 v PRO 64 JA ? PRO 64 v 1 -11.44 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 10 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 10 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB2 7 8 ? anti-parallel AB2 8 9 ? anti-parallel AB2 9 10 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC7 6 7 ? anti-parallel AC7 7 8 ? anti-parallel AC7 8 9 ? anti-parallel AC7 9 10 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 71 ? 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VAL D 68 ? ALA D 77 VAL D 78 AA9 2 PHE D 163 ? GLY D 164 ? PHE D 173 GLY D 174 AB1 1 TYR M 28 ? PRO M 29 ? TYR O 30 PRO O 31 AB1 2 SER M 133 ? ILE M 134 ? SER O 135 ILE O 136 AB2 1 PHE M 63 ? PRO M 65 ? PHE O 65 PRO O 67 AB2 2 TYR M 36 ? LYS M 51 ? TYR O 38 LYS O 53 AB2 3 GLU M 230 ? PRO M 243 ? GLU O 232 PRO O 245 AB2 4 GLU M 208 ? LEU M 218 ? GLU O 210 LEU O 220 AB2 5 LEU M 190 ? VAL M 202 ? LEU O 192 VAL O 204 AB2 6 ASP M 139 ? PRO M 147 ? ASP O 141 PRO O 149 AB2 7 VAL M 124 ? SER M 126 ? VAL O 126 SER O 128 AB2 8 LEU M 91 ? ILE M 99 ? LEU O 93 ILE O 101 AB2 9 LEU M 76 ? VAL M 85 ? LEU O 78 VAL O 87 AB2 10 TYR M 36 ? LYS M 51 ? TYR O 38 LYS O 53 AB3 1 LYS M 67 ? LEU M 68 ? LYS O 69 LEU O 70 AB3 2 PHE M 101 ? GLN M 107 ? PHE O 103 GLN O 109 AB3 3 ARG M 113 ? THR M 119 ? ARG O 115 THR O 121 AB4 1 ILE O 18 ? ASP O 19 ? ILE U 25 ASP U 26 AB4 2 PHE O 75 ? THR O 76 ? PHE U 82 THR U 83 AB5 1 THR P 9 ? PRO P 11 ? THR V 9 PRO V 11 AB5 2 THR P 18 ? THR P 20 ? 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THR v 9 PRO v 11 AD1 2 THR JA 18 ? THR JA 20 ? 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WE BCT . ? a BCT 414 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 O2 ? WE BCT . ? a BCT 414 ? 1_555 56.5 ? 288 NE2 ? U HIS 205 ? a HIS 215 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 204 ? d HIS 214 ? 1_555 107.3 ? 289 NE2 ? U HIS 262 ? a HIS 272 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 204 ? d HIS 214 ? 1_555 89.9 ? 290 O3 ? WE BCT . ? a BCT 414 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 204 ? d HIS 214 ? 1_555 92.4 ? 291 O2 ? WE BCT . ? a BCT 414 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 204 ? d HIS 214 ? 1_555 148.4 ? 292 NE2 ? U HIS 205 ? a HIS 215 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 258 ? d HIS 268 ? 1_555 91.4 ? 293 NE2 ? U HIS 262 ? a HIS 272 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 258 ? d HIS 268 ? 1_555 176.9 ? 294 O3 ? WE BCT . ? a BCT 414 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? X HIS 258 ? d HIS 268 ? 1_555 87.7 ? 295 O2 ? WE BCT . ? a BCT 414 ? 1_555 FE ? KE FE2 . ? a FE2 402 ? 1_555 NE2 ? 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