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G N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 294 ? LYS A 304 ? ASP C 294 LYS C 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 337 ? PHE A 342 ? PRO C 337 PHE C 342 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 TYR A 365 ? ASN A 370 ? TYR C 365 ASN C 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 383 ? ASP A 389 ? SER C 383 ASP C 389 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 737 ? CYS A 743 ? ASP C 737 CYS C 743 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 CYS A 749 ? 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A CYS 743 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? D CYS 131 D CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? D CYS 291 D CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? D CYS 336 D CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? D CYS 379 D CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? D CYS 391 D CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? D CYS 480 D CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? D CYS 538 D CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? D CYS 617 D CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? D CYS 662 D CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? D CYS 738 D CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? D CYS 743 D CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? D CYS 1032 D CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? D CYS 1082 D CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 95 SG ? ? E CYS 22 E CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 146 SG ? ? ? 1_555 C CYS 201 SG ? ? E CYS 146 E CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf28 disulf ? ? D CYS 23 SG ? ? ? 1_555 D CYS 88 SG ? ? H CYS 23 H CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf29 disulf ? ? D CYS 134 SG ? ? ? 1_555 D CYS 194 SG ? ? H CYS 134 H CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 131 SG ? ? ? 1_555 E CYS 166 SG ? ? K CYS 131 K CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 291 SG ? ? ? 1_555 E CYS 301 SG ? ? K CYS 291 K CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 336 SG ? ? ? 1_555 E CYS 361 SG ? ? K CYS 336 K CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 379 SG ? ? ? 1_555 E CYS 432 SG ? ? K CYS 379 K CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 480 SG ? ? ? 1_555 E CYS 488 SG ? ? K CYS 480 K CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 538 SG ? ? ? 1_555 E CYS 590 SG ? ? K CYS 538 K CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf36 disulf ? ? E CYS 617 SG ? ? ? 1_555 E CYS 649 SG ? ? K CYS 617 K CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf37 disulf ? ? E CYS 662 SG ? ? ? 1_555 E CYS 671 SG ? ? K CYS 662 K CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf38 disulf ? ? E CYS 738 SG ? ? ? 1_555 E CYS 760 SG ? ? K CYS 738 K CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf39 disulf ? ? E CYS 743 SG ? ? ? 1_555 E CYS 749 SG ? ? K CYS 743 K CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf40 disulf ? ? E CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1043 SG ? ? K CYS 1032 K CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf41 disulf ? ? E CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1126 SG ? ? K CYS 1082 K CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf42 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 95 SG ? ? A CYS 22 A CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf43 disulf ? ? F CYS 146 SG ? ? ? 1_555 F CYS 201 SG ? ? A CYS 146 A CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf44 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? B CYS 23 B CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf45 disulf ? ? G CYS 134 SG ? ? ? 1_555 G CYS 194 SG ? ? B CYS 134 B CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 152 C . ? 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AC8 ? 5 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 4 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 3 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 3 ? AF9 ? 6 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 3 ? AG4 ? 5 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 2 ? AG7 ? 4 ? AG8 ? 3 ? AG9 ? 2 ? AH1 ? 4 ? AH2 ? 2 ? AH3 ? 4 ? AH4 ? 6 ? AH5 ? 4 ? AH6 ? 4 ? AH7 ? 3 ? AH8 ? 2 ? AH9 ? 3 ? AI1 ? 4 ? AI2 ? 4 ? 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anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AF9 4 5 ? anti-parallel AF9 5 6 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG5 4 5 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG7 1 2 ? parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? anti-parallel AH4 1 2 ? parallel AH4 2 3 ? anti-parallel AH4 3 4 ? anti-parallel AH4 4 5 ? anti-parallel AH4 5 6 ? anti-parallel AH5 1 2 ? parallel AH5 2 3 ? anti-parallel AH5 3 4 ? 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B . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 42120 ? 1 MORE -205 ? 1 'SSA (A^2)' 182980 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-12-02 2 'Structure model' 1 1 2021-01-27 3 'Structure model' 1 2 2021-03-10 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' entity 4 3 'Structure model' entity_name_com # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 6 2 'Structure model' '_citation.year' 7 3 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 8 3 'Structure model' '_entity_name_com.name' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.12_2829: _software.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_entry_details.entry_id 7DD2 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;In order to express SARS-CoV-2 S glycoprotein ectodomain, the mammalian codon-optimized gene coding SARS-CoV-2 S glycoprotein ectodomain (residues M1-Q1208) with proline substitutions at K986 and V987 which could make S protein more stable, a 'GSAS' substitution at the furin cleavage site (R682-R685) to avoid the furin cleavage. A C-terminal T4 fibritin trimerization motif, a TEV protease cleavage site, a FLAG tag and a His tag were cloned downstream of the SARS-CoV-2 S glycoprotein ectodomain (1209-1261). ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.entry_id 7DD2 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7DD2 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 31143 _em_3d_reconstruction.resolution 5.6 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' ? ? 2 2 ? ? 10090 ? ? 'Mus musculus' Balb/C ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell HEK293F _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 49.6 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Chinese Academy of Sciences' _pdbx_audit_support.country China _pdbx_audit_support.grant_number XDB29040300 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'assay for oligomerization' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #