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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H3_YEAST P61830 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPHRYKPGTVALREIRRFQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAIGALQESVEAYLVSLFEDTNLAAIHAKRVTIQKKDIKLARRLRGE ; 1 2 UNP H4_YEAST P02309 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A2_YEAST P04912 ? 3 ;MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRI IPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKTAKASQEL ; 1 4 UNP H2B2_YEAST P02294 ? 4 ;MSSAAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSVDGKKRSKVRKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; 1 5 PDB 7E9F 7E9F ? 5 ? 1 6 PDB 7E9F 7E9F ? 6 ? 1 7 UNP ORC1_YEAST P54784 ? 7 ;AKTLKDLQGWEIITTDEQGNIIDGGQKRLRRRGAKTEHYLKRSSDGIKLGRGDSVVMHNEAAGTYSVYMIQELRLNTLNN VVELWALTYLRWFEVNPLAHYRQFNPDANILNRPLNYYNKLFSETANKNELYLTAELAELQLFNFIRVANVMDGSKWEVL KGNVDPERDFTVRYICEPTGEKFVDINIEDVKAYIKKVEPREAQEYLKDLTLPSKKKE ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7E9F A 1 ? 134 ? P61830 1 ? 134 ? 0 133 2 2 7E9F B 1 ? 103 ? P02309 1 ? 103 ? 0 102 3 3 7E9F C 1 ? 132 ? P04912 1 ? 132 ? 0 131 4 4 7E9F D 1 ? 131 ? P02294 1 ? 131 ? 0 130 5 1 7E9F E 1 ? 134 ? P61830 1 ? 134 ? 0 133 6 2 7E9F F 1 ? 103 ? P02309 1 ? 103 ? 0 102 7 3 7E9F G 1 ? 132 ? P04912 1 ? 132 ? 0 131 8 4 7E9F H 1 ? 131 ? P02294 1 ? 131 ? 0 130 9 5 7E9F I 1 ? 147 ? 7E9F 1 ? 147 ? 1 147 10 6 7E9F J 1 ? 147 ? 7E9F 1 ? 147 ? 1 147 11 7 7E9F K 2 ? 219 ? P54784 2 ? 219 ? 2 219 12 7 7E9F L 2 ? 219 ? P54784 2 ? 219 ? 2 219 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 11 7E9F ACE K 1 ? UNP P54784 ? ? acetylation 1 1 12 7E9F ACE L 1 ? UNP P54784 ? ? acetylation 1 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ACE non-polymer . 'ACETYL GROUP' ? 'C2 H4 O' 44.053 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7E9F _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7E9F _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 14005 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.716 ? 20007 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 22.985 ? 7526 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 2316 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1668 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7E9F _struct.title 'Cryo-EM structure of the 2:1 Orc1 BAH domain in complex with nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7E9F _struct_keywords.text 'nucleosome, transcriptional silencing, chromatin, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 46 ? SER A 58 ? THR A 45 SER A 57 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? GLN A 77 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN A 121 ? LEU A 131 ? GLN A 120 LEU A 130 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 43 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 ILE B 51 ? ALA B 77 ? ILE B 50 ALA B 76 1 ? 27 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 SER C 18 ? GLY C 24 ? SER C 17 GLY C 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 28 ? GLY C 39 ? PRO C 27 GLY C 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 SER C 47 ? ASN C 75 ? SER C 46 ASN C 74 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 81 ? ASP C 92 ? ILE C 80 ASP C 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 93 ? LEU C 99 ? ASP C 92 LEU C 98 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 41 ? LYS D 50 ? TYR D 40 LYS D 49 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 59 ? ASN D 88 ? SER D 58 ASN D 87 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 94 ? LEU D 106 ? SER D 93 LEU D 105 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY D 108 ? SER D 128 ? GLY D 107 SER D 127 1 ? 21 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA E 48 ? GLN E 56 ? ALA E 47 GLN E 55 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 64 ? GLN E 77 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 121 ? LEU E 131 ? GLN E 120 LEU E 130 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP F 25 ? GLY F 29 ? ASP F 24 GLY F 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 31 ? GLY F 43 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 SER G 18 ? GLY G 24 ? SER G 17 GLY G 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO G 28 ? GLY G 39 ? PRO G 27 GLY G 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 SER G 47 ? ASP G 74 ? SER G 46 ASP G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 81 ? ASP G 92 ? ILE G 80 ASP G 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP G 92 ? LEU G 99 ? ASP G 91 LEU G 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 41 ? GLN H 51 ? TYR H 40 GLN H 50 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 59 ? TYR H 87 ? SER H 58 TYR H 86 1 ? 29 HELX_P HELX_P33 AD6 SER H 94 ? LEU H 106 ? SER H 93 LEU H 105 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY H 108 ? SER H 127 ? GLY H 107 SER H 126 1 ? 20 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY K 26 ? LEU K 30 ? GLY K 26 LEU K 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ILE K 189 ? VAL K 199 ? ILE K 189 VAL K 199 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU K 200 ? THR K 212 ? GLU K 200 THR K 212 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 GLY L 26 ? LEU L 30 ? GLY L 26 LEU L 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 ILE L 189 ? VAL L 199 ? ILE L 189 VAL L 199 1 ? 11 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU L 200 ? THR L 212 ? GLU L 200 THR L 212 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? K ACE 1 C ? ? ? 1_555 K ALA 2 N ? ? K ACE 1 K ALA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale2 covale both ? L ACE 1 C ? ? ? 1_555 L ALA 2 N ? ? L ACE 1 L ALA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? hydrog1 hydrog ? ? I DC 11 N3 ? ? ? 1_555 J DG 137 N1 ? ? I DC 11 J DG 137 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? I DC 11 N4 ? ? ? 1_555 J DG 137 O6 ? ? I DC 11 J DG 137 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? I DC 11 O2 ? ? ? 1_555 J DG 137 N2 ? ? I DC 11 J DG 137 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? I DC 12 N3 ? ? ? 1_555 J DG 136 N1 ? ? I DC 12 J DG 136 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? I DC 12 N4 ? ? ? 1_555 J DG 136 O6 ? ? I DC 12 J DG 136 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? I DC 12 O2 ? ? ? 1_555 J DG 136 N2 ? ? I DC 12 J DG 136 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DG 13 N1 ? ? ? 1_555 J DC 135 N3 ? ? I DG 13 J DC 135 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? 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PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7E9F 'double helix' 7E9F 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 11 1_555 J DG 137 1_555 0.136 -0.440 -1.452 -4.610 -0.162 2.854 1 I_DC11:DG137_J I 11 ? 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